ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50732

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 8, 12, 16, 11, 7, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.041 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.082, 0.135, 0.187, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.135 std_dev=0.053
C4 B 0, 0.287, 0.444, 0.600, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.444 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.267, 0.432, 0.596, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.432 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.280, 0.457, 0.633, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.457 std_dev=0.176
N9 B 0, 0.293, 0.479, 0.664, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.479 std_dev=0.186
N7 B 0, 0.286, 0.471, 0.657, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.471 std_dev=0.186
C6 B 0, 0.223, 0.416, 0.610, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.416 std_dev=0.193
C8 B 0, 0.292, 0.494, 0.696, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.494 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.231, 0.444, 0.657, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.444 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.196, 0.419, 0.642, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.419 std_dev=0.223
N6 B 0, 0.214, 0.438, 0.662, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.438 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.321, 0.546, 0.771, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.546 std_dev=0.225
O4' A 0, -0.078, 0.183, 0.445, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.183 std_dev=0.261
C2' A 0, -0.079, 0.198, 0.474, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.198 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.200, 0.499, 0.798, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.499 std_dev=0.299
P A 0, 0.193, 0.500, 0.806, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.500 std_dev=0.306
O2' B 0, 0.381, 0.688, 0.994, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.688 std_dev=0.306
O4' B 0, 0.302, 0.623, 0.944, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.623 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.222, 0.544, 0.866, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.544 std_dev=0.322
O5' A 0, 0.078, 0.437, 0.795, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.437 std_dev=0.358
C4' A 0, -0.113, 0.288, 0.689, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.288 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.200, 0.603, 1.005, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.603 std_dev=0.402
C3' B 0, 0.091, 0.495, 0.898, 3.331 max_d=3.331 avg_d=0.495 std_dev=0.404
C4' B 0, 0.164, 0.576, 0.987, 3.083 max_d=3.083 avg_d=0.576 std_dev=0.411
C3' A 0, -0.142, 0.281, 0.703, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.281 std_dev=0.422
O2' A 0, -0.160, 0.318, 0.795, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.318 std_dev=0.478
C5' A 0, -0.058, 0.432, 0.922, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.432 std_dev=0.490
O5' B 0, 0.087, 0.645, 1.202, 4.418 max_d=4.418 avg_d=0.645 std_dev=0.557
O3' B 0, -0.029, 0.532, 1.094, 4.655 max_d=4.655 avg_d=0.532 std_dev=0.561
C5' B 0, 0.041, 0.634, 1.227, 4.386 max_d=4.386 avg_d=0.634 std_dev=0.593
O3' A 0, -0.266, 0.377, 1.020, 2.748 max_d=2.748 avg_d=0.377 std_dev=0.643
OP2 B 0, 0.077, 0.728, 1.379, 5.135 max_d=5.135 avg_d=0.728 std_dev=0.651
P B 0, 0.058, 0.715, 1.373, 5.170 max_d=5.170 avg_d=0.715 std_dev=0.658
OP1 B 0, 0.012, 0.771, 1.531, 5.694 max_d=5.694 avg_d=0.771 std_dev=0.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.02 0.00 0.12 0.35 0.21 0.18
C2 0.01 0.00 0.12 0.14 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.01 0.08 0.10 0.26 0.19 0.14
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.14 0.11 0.02 0.09 0.20 0.00 0.02 0.04 0.01 0.30 0.66 0.46 0.46
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.21 0.00 0.21 0.01 0.17 0.12 0.18 0.11 0.02 0.01 0.23 0.01 0.06 0.42 0.20 0.19
C4 0.02 0.01 0.04 0.21 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.00 0.03 0.12 0.19 0.24 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.04 0.06 0.17 0.02 0.08 0.00 0.01 0.18 0.10 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.10 0.01 0.08 0.13 0.19 0.24 0.20
C5' 0.06 0.08 0.14 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.13 0.10 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.11 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.07 0.01 0.10 0.11 0.21 0.20 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.09 0.01 0.01 0.10 0.26 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.09 0.18 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.01 0.06 0.10 0.21 0.21 0.15
O2 0.02 0.01 0.20 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.21 0.02 0.14 0.11 0.30 0.19 0.14
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.22 0.17 0.26 0.07 0.24 0.13 0.14 0.13 0.00 0.03 0.23 0.11 0.24 0.66 0.54 0.45
O3' 0.20 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.13 0.07 0.09 0.08 0.21 0.03 0.00 0.10 0.15 0.13 0.23 0.28 0.13
O4 0.02 0.01 0.04 0.23 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.10 0.00 0.03 0.13 0.20 0.27 0.22
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.14 0.11 0.15 0.03 0.00 0.07 0.15 0.14 0.10
O5' 0.12 0.10 0.30 0.06 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.10 0.10 0.11 0.24 0.13 0.13 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.35 0.26 0.66 0.42 0.19 0.18 0.19 0.06 0.21 0.26 0.21 0.30 0.66 0.23 0.20 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.19 0.46 0.20 0.24 0.10 0.24 0.05 0.20 0.19 0.21 0.19 0.54 0.28 0.27 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.14 0.46 0.19 0.19 0.06 0.20 0.02 0.15 0.14 0.15 0.14 0.45 0.13 0.22 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.16 0.18 0.20 0.13 0.13 0.15 0.18 0.14 0.17 0.15 0.14 0.18 0.18 0.14 0.18 0.26 0.13 0.16 0.20 0.26 0.20
C2 0.15 0.16 0.20 0.24 0.15 0.15 0.16 0.19 0.15 0.17 0.15 0.15 0.18 0.18 0.16 0.20 0.31 0.14 0.18 0.19 0.27 0.20
C2' 0.11 0.21 0.15 0.16 0.11 0.11 0.13 0.16 0.12 0.17 0.18 0.17 0.20 0.20 0.12 0.16 0.20 0.13 0.21 0.25 0.34 0.26
C3' 0.36 0.40 0.33 0.33 0.37 0.36 0.37 0.39 0.39 0.36 0.41 0.38 0.39 0.37 0.36 0.34 0.33 0.39 0.26 0.35 0.34 0.30
C4 0.17 0.13 0.21 0.27 0.14 0.20 0.14 0.26 0.10 0.20 0.10 0.13 0.11 0.19 0.17 0.19 0.32 0.16 0.25 0.26 0.33 0.27
C4' 0.22 0.26 0.20 0.23 0.23 0.24 0.25 0.29 0.27 0.25 0.28 0.24 0.31 0.27 0.23 0.20 0.26 0.25 0.15 0.28 0.28 0.23
C5 0.17 0.13 0.19 0.24 0.13 0.21 0.14 0.27 0.10 0.20 0.11 0.12 0.12 0.20 0.17 0.18 0.29 0.17 0.24 0.27 0.34 0.28
C5' 0.25 0.28 0.24 0.26 0.26 0.28 0.29 0.33 0.31 0.30 0.30 0.26 0.35 0.31 0.27 0.24 0.29 0.29 0.20 0.34 0.31 0.28
C6 0.15 0.14 0.18 0.22 0.13 0.18 0.15 0.23 0.11 0.19 0.13 0.13 0.13 0.20 0.16 0.17 0.27 0.16 0.21 0.25 0.31 0.25
N1 0.14 0.15 0.18 0.22 0.14 0.15 0.15 0.20 0.13 0.18 0.14 0.14 0.16 0.19 0.15 0.18 0.28 0.14 0.18 0.21 0.28 0.21
N3 0.17 0.16 0.22 0.26 0.15 0.18 0.15 0.22 0.13 0.18 0.13 0.15 0.14 0.18 0.16 0.21 0.33 0.15 0.21 0.22 0.29 0.22
O2 0.16 0.18 0.21 0.23 0.15 0.14 0.16 0.18 0.17 0.17 0.18 0.17 0.20 0.17 0.16 0.22 0.31 0.15 0.17 0.18 0.25 0.18
O2' 0.40 0.36 0.37 0.38 0.42 0.38 0.48 0.41 0.49 0.49 0.41 0.36 0.57 0.52 0.43 0.34 0.37 0.41 0.52 0.50 0.58 0.54
O3' 0.31 0.30 0.26 0.27 0.32 0.33 0.36 0.39 0.36 0.37 0.32 0.29 0.42 0.39 0.33 0.26 0.26 0.37 0.30 0.41 0.43 0.38
O4 0.20 0.14 0.24 0.30 0.15 0.24 0.14 0.30 0.10 0.22 0.11 0.15 0.12 0.20 0.19 0.21 0.35 0.19 0.30 0.29 0.36 0.32
O4' 0.12 0.17 0.17 0.21 0.12 0.16 0.12 0.22 0.13 0.15 0.16 0.14 0.16 0.15 0.12 0.18 0.27 0.14 0.11 0.23 0.24 0.18
O5' 0.28 0.28 0.26 0.28 0.28 0.31 0.30 0.36 0.30 0.31 0.29 0.27 0.33 0.32 0.29 0.26 0.30 0.32 0.23 0.35 0.32 0.30
OP1 0.24 0.23 0.24 0.29 0.20 0.32 0.21 0.38 0.21 0.27 0.25 0.20 0.23 0.25 0.23 0.22 0.31 0.30 0.28 0.44 0.37 0.37
OP2 0.33 0.26 0.31 0.34 0.30 0.36 0.29 0.38 0.26 0.33 0.24 0.28 0.24 0.33 0.32 0.31 0.36 0.37 0.30 0.33 0.32 0.32
P 0.31 0.23 0.29 0.34 0.27 0.37 0.27 0.43 0.23 0.34 0.22 0.24 0.23 0.32 0.30 0.28 0.35 0.37 0.30 0.44 0.39 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.19 0.08
C2 0.02 0.00 0.14 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.09 0.14 0.11 0.19 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05 0.12 0.13 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.13 0.12 0.05
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.17 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.10 0.05 0.13 0.09 0.18 0.09
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.16 0.11 0.18 0.11
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.09 0.07 0.11 0.09 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.05 0.17 0.13 0.19 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.06 0.16 0.10 0.18 0.11
N1 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.08 0.16 0.12 0.19 0.13
N3 0.02 0.01 0.13 0.11 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.08 0.12 0.10 0.19 0.10
N6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.13 0.05 0.19 0.16 0.20 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.17 0.12 0.18 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.08 0.18 0.08
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.12 0.13 0.07 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.12 0.13 0.05
O3' 0.02 0.17 0.03 0.01 0.10 0.02 0.10 0.03 0.13 0.09 0.16 0.15 0.13 0.10 0.05 0.05 0.00 0.02 0.12 0.24 0.09 0.13
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.07 0.22 0.11
O5' 0.06 0.14 0.09 0.12 0.13 0.02 0.16 0.01 0.17 0.16 0.16 0.12 0.19 0.17 0.11 0.06 0.12 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.11 0.13 0.17 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.10 0.12 0.10 0.16 0.12 0.08 0.12 0.24 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.19 0.12 0.08 0.18 0.14 0.18 0.11 0.19 0.18 0.19 0.19 0.20 0.18 0.18 0.13 0.09 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.05 0.08 0.09 0.03 0.11 0.01 0.13 0.11 0.13 0.10 0.16 0.13 0.08 0.05 0.13 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00