ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50734

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 14, 7, 8, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.016, 0.057, 0.098, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.057 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.019, 0.070, 0.121, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.070 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.030, 0.097, 0.163, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.097 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.044, 0.115, 0.185, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.115 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.019, 0.097, 0.175, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.097 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.057, 0.145, 0.233, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.145 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.057, 0.172, 0.288, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.172 std_dev=0.115
N1 B 0, 0.117, 0.241, 0.365, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.241 std_dev=0.124
C6 B 0, 0.117, 0.246, 0.374, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.246 std_dev=0.129
C5 B 0, 0.122, 0.266, 0.410, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.266 std_dev=0.144
N7 B 0, 0.184, 0.337, 0.489, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.337 std_dev=0.152
N6 B 0, 0.174, 0.326, 0.479, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.326 std_dev=0.152
C2 B 0, 0.162, 0.319, 0.476, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.319 std_dev=0.157
C8 B 0, 0.200, 0.358, 0.517, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.358 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.144, 0.306, 0.468, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.306 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.013, 0.180, 0.346, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.180 std_dev=0.167
N9 B 0, 0.177, 0.350, 0.524, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.350 std_dev=0.174
N3 B 0, 0.188, 0.367, 0.546, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.367 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.031, 0.221, 0.410, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.221 std_dev=0.189
C2' B 0, 0.191, 0.381, 0.572, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.381 std_dev=0.191
C3' B 0, 0.184, 0.377, 0.570, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.377 std_dev=0.193
P A 0, 0.191, 0.387, 0.583, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.387 std_dev=0.196
C1' B 0, 0.204, 0.408, 0.611, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.408 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.277, 0.483, 0.689, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.483 std_dev=0.206
O3' B 0, 0.207, 0.418, 0.628, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.418 std_dev=0.211
O2' B 0, 0.210, 0.426, 0.642, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.426 std_dev=0.216
O4' B 0, 0.229, 0.459, 0.688, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.459 std_dev=0.230
OP2 A 0, 0.268, 0.503, 0.738, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.503 std_dev=0.235
C4' B 0, 0.220, 0.457, 0.694, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.457 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.296, 0.537, 0.779, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.537 std_dev=0.242
OP2 B 0, 0.416, 0.659, 0.903, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.659 std_dev=0.243
P B 0, 0.376, 0.631, 0.886, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.631 std_dev=0.255
C5' B 0, 0.268, 0.524, 0.780, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.524 std_dev=0.256
OP1 B 0, 0.496, 0.813, 1.130, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.813 std_dev=0.317

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.05 0.19 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.11 0.10 0.17 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.07 0.23 0.12
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.21 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.14 0.16 0.16 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.14 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.15 0.16 0.15 0.12
C5' 0.03 0.07 0.04 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.12 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.14 0.13 0.16 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.10 0.17 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.13 0.13 0.16 0.10
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.04 0.09 0.08 0.18 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.10 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.08 0.26 0.13
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.21 0.08
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.15 0.17 0.15 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.08 0.06 0.15 0.06
O5' 0.08 0.11 0.08 0.04 0.14 0.01 0.15 0.00 0.14 0.11 0.13 0.09 0.07 0.05 0.15 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.10 0.07 0.06 0.16 0.04 0.16 0.04 0.13 0.10 0.13 0.08 0.08 0.06 0.17 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.17 0.23 0.21 0.16 0.14 0.15 0.10 0.16 0.17 0.16 0.18 0.26 0.21 0.15 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.12 0.09 0.11 0.03 0.12 0.01 0.11 0.09 0.10 0.08 0.13 0.08 0.12 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09 0.06 0.10 0.05 0.05 0.11 0.14 0.13 0.12
C2 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.12 0.13 0.10
C2' 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.13 0.11 0.07 0.09 0.08 0.06 0.12 0.15 0.13 0.13
C3' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.13 0.10 0.10 0.09 0.08 0.13 0.12 0.08 0.08 0.07 0.08 0.17 0.20 0.16 0.17
C4 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10
C4' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09 0.05 0.07 0.15 0.17 0.13 0.14
C5 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11
C5' 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.12 0.12 0.08 0.12 0.14 0.14 0.09 0.11
C6 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.10 0.08 0.10 0.12 0.11 0.10
N1 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.12 0.12 0.10
N3 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10
O2 0.09 0.12 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.15 0.11 0.10 0.10 0.06 0.09 0.11 0.14 0.15 0.12
O2' 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.14 0.17 0.17 0.15
O3' 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.16 0.09 0.11 0.08 0.07 0.12 0.12 0.08 0.08 0.07 0.10 0.21 0.25 0.23 0.22
O4 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.11 0.13 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11
O4' 0.10 0.12 0.10 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.13 0.12 0.09 0.09 0.13 0.05 0.07 0.10 0.14 0.12 0.11
O5' 0.06 0.10 0.08 0.03 0.07 0.05 0.09 0.10 0.11 0.08 0.10 0.09 0.13 0.09 0.06 0.10 0.01 0.04 0.13 0.14 0.10 0.12
OP1 0.07 0.12 0.08 0.03 0.09 0.04 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.13 0.09 0.07 0.12 0.02 0.04 0.10 0.18 0.11 0.13
OP2 0.07 0.10 0.05 0.06 0.11 0.09 0.14 0.13 0.15 0.15 0.12 0.09 0.18 0.17 0.11 0.04 0.01 0.09 0.17 0.20 0.19 0.19
P 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.11 0.09 0.04 0.06 0.01 0.02 0.10 0.13 0.09 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03
N6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.06 0.06 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.03 0.05 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.03 0.09 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.07 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.03 0.03 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00