ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50735

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 18, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.017, 0.042, 0.066, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.042 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.017, 0.044, 0.072, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.044 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.052, 0.092, 0.131, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.092 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.041, 0.082, 0.123, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.082 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.028, 0.074, 0.120, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.074 std_dev=0.046
C5 B 0, 0.084, 0.141, 0.199, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.141 std_dev=0.058
C4 B 0, 0.084, 0.144, 0.204, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.144 std_dev=0.060
N7 B 0, 0.089, 0.150, 0.211, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.061
C6 B 0, 0.090, 0.155, 0.220, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.155 std_dev=0.065
C5' A 0, 0.084, 0.151, 0.218, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.151 std_dev=0.067
C8 B 0, 0.078, 0.146, 0.213, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.146 std_dev=0.067
N3 B 0, 0.100, 0.168, 0.236, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.168 std_dev=0.068
N9 B 0, 0.072, 0.141, 0.209, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.141 std_dev=0.068
N1 B 0, 0.100, 0.170, 0.240, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.170 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.070, 0.143, 0.216, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.143 std_dev=0.073
C2 B 0, 0.104, 0.177, 0.250, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.177 std_dev=0.073
C2' B 0, 0.095, 0.169, 0.244, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.169 std_dev=0.074
C1' B 0, 0.083, 0.158, 0.233, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.158 std_dev=0.075
N6 B 0, 0.085, 0.168, 0.251, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.168 std_dev=0.083
C3' B 0, 0.119, 0.204, 0.288, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.204 std_dev=0.084
P B 0, 0.119, 0.206, 0.293, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.206 std_dev=0.087
O4' B 0, 0.109, 0.198, 0.287, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.198 std_dev=0.089
OP2 B 0, 0.112, 0.203, 0.293, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.203 std_dev=0.091
O2' B 0, 0.104, 0.195, 0.287, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.195 std_dev=0.091
C4' B 0, 0.124, 0.217, 0.309, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.217 std_dev=0.092
O5' B 0, 0.123, 0.217, 0.312, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.217 std_dev=0.094
P A 0, 0.097, 0.193, 0.289, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.193 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.078, 0.177, 0.276, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.177 std_dev=0.099
OP1 B 0, 0.161, 0.262, 0.363, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.262 std_dev=0.101
O3' B 0, 0.151, 0.257, 0.363, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.257 std_dev=0.106
C5' B 0, 0.155, 0.265, 0.376, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.265 std_dev=0.111
OP1 A 0, 0.166, 0.279, 0.393, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.279 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.055, 0.169, 0.283, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.169 std_dev=0.114
OP2 A 0, 0.066, 0.188, 0.310, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.188 std_dev=0.122

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05 0.06
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.02 0.08 0.10 0.07 0.07
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.08 0.10 0.06 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.04
O2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.04
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.05 0.06 0.00 0.04 0.07 0.05 0.09 0.16 0.07 0.09
O3' 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.06 0.09 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.09 0.03 0.04
O5' 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.04 0.03 0.09 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.07 0.04 0.09 0.05 0.10 0.03 0.10 0.08 0.08 0.08 0.16 0.05 0.09 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04 0.09 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07 0.10 0.12 0.12 0.10
C2 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.08
C2' 0.08 0.05 0.09 0.12 0.05 0.12 0.05 0.14 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.04 0.06 0.09 0.12 0.09 0.15 0.17 0.18 0.16
C3' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.11 0.10 0.08
C4 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07
C4' 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.08
C5 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06
C5' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.05
C6 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.10 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06
N1 0.06 0.07 0.08 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08
N3 0.05 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.07 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06
O2 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.10 0.10 0.09
O2' 0.19 0.10 0.19 0.21 0.15 0.23 0.12 0.26 0.09 0.19 0.08 0.13 0.08 0.16 0.18 0.18 0.20 0.22 0.25 0.24 0.23 0.25
O3' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.10 0.10 0.08
O4 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.10 0.12 0.08 0.09
O4' 0.07 0.06 0.09 0.10 0.05 0.09 0.05 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.10
O5' 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.09 0.05 0.06
OP1 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.05
OP2 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06
P 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.07 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.06 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.08 0.09 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.07 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.06
O5' 0.04 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.05 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00