ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50736

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 6, 10, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.017, 0.026, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.017, 0.027, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.031, 0.042, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.023, 0.034, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.018, 0.030, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.037, 0.060, 0.082, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.060 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.045, 0.118, 0.190, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.118 std_dev=0.073
N3 B 0, 0.192, 0.331, 0.470, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.331 std_dev=0.139
C4 B 0, 0.466, 0.634, 0.801, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.634 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.519, 0.732, 0.945, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.732 std_dev=0.213
O4' A 0, 0.634, 0.857, 1.080, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.857 std_dev=0.223
N9 B 0, 0.721, 0.963, 1.205, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.963 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.774, 1.039, 1.304, 1.276 max_d=1.276 avg_d=1.039 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.732, 1.009, 1.286, 1.275 max_d=1.275 avg_d=1.009 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.836, 1.115, 1.393, 1.477 max_d=1.477 avg_d=1.115 std_dev=0.279
N1 B 0, 0.786, 1.081, 1.376, 1.381 max_d=1.381 avg_d=1.081 std_dev=0.295
C2' B 0, 0.890, 1.196, 1.502, 1.606 max_d=1.606 avg_d=1.196 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.843, 1.163, 1.484, 1.480 max_d=1.480 avg_d=1.163 std_dev=0.320
C3' A 0, 1.206, 1.554, 1.902, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.554 std_dev=0.348
C8 B 0, 1.033, 1.383, 1.733, 1.686 max_d=1.686 avg_d=1.383 std_dev=0.350
N7 B 0, 1.035, 1.397, 1.759, 1.686 max_d=1.686 avg_d=1.397 std_dev=0.362
O4' B 0, 1.123, 1.497, 1.872, 1.927 max_d=1.927 avg_d=1.497 std_dev=0.375
C4' A 0, 1.318, 1.704, 2.090, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.704 std_dev=0.386
O2' A 0, 1.463, 1.885, 2.306, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.885 std_dev=0.421
N6 B 0, 1.172, 1.597, 2.022, 2.009 max_d=2.009 avg_d=1.597 std_dev=0.425
C3' B 0, 1.330, 1.763, 2.196, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.763 std_dev=0.433
O3' A 0, 1.655, 2.118, 2.582, 2.579 max_d=2.579 avg_d=2.118 std_dev=0.464
C4' B 0, 1.440, 1.908, 2.375, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.908 std_dev=0.468
O5' B 0, 1.684, 2.230, 2.776, 2.957 max_d=2.957 avg_d=2.230 std_dev=0.546
O2' B 0, 0.701, 1.264, 1.827, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.264 std_dev=0.563
O3' B 0, 1.435, 2.002, 2.569, 2.785 max_d=2.785 avg_d=2.002 std_dev=0.567
C5' B 0, 1.732, 2.301, 2.869, 3.085 max_d=3.085 avg_d=2.301 std_dev=0.568
C5' A 0, 2.080, 2.703, 3.327, 3.227 max_d=3.227 avg_d=2.703 std_dev=0.623
P B 0, 2.778, 3.605, 4.431, 4.228 max_d=4.228 avg_d=3.605 std_dev=0.826
OP2 B 0, 2.802, 3.652, 4.501, 4.412 max_d=4.412 avg_d=3.652 std_dev=0.850
O5' A 0, 3.740, 4.786, 5.831, 5.458 max_d=5.458 avg_d=4.786 std_dev=1.045
P A 0, 4.597, 5.879, 7.161, 6.646 max_d=6.646 avg_d=5.879 std_dev=1.282
OP1 B 0, 4.831, 6.188, 7.545, 7.082 max_d=7.082 avg_d=6.188 std_dev=1.357
OP2 A 0, 5.236, 6.676, 8.117, 7.295 max_d=7.295 avg_d=6.676 std_dev=1.440
OP1 A 0, 6.178, 7.904, 9.630, 9.024 max_d=9.024 avg_d=7.904 std_dev=1.726

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.09 0.13 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.03 0.13 0.15 0.23 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.08 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.12 0.07 0.07
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.18 0.23 0.32 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.02 0.04 0.20 0.24 0.32 0.25
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.12 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.18 0.19 0.25 0.21
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.13 0.14 0.21 0.16
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.01 0.03 0.15 0.18 0.28 0.20
O2 0.04 0.01 0.12 0.11 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.13 0.03 0.04 0.12 0.14 0.22 0.16
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.12 0.00 0.03 0.06 0.05 0.07 0.12 0.07 0.06
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.07 0.13 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.19 0.12 0.12
O4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.08 0.00 0.04 0.19 0.26 0.35 0.26
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.08 0.09 0.14 0.10
O5' 0.08 0.13 0.05 0.05 0.18 0.02 0.20 0.01 0.18 0.13 0.15 0.12 0.07 0.08 0.19 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.15 0.10 0.12 0.23 0.08 0.24 0.08 0.19 0.14 0.18 0.14 0.12 0.19 0.26 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.23 0.08 0.07 0.32 0.05 0.32 0.05 0.25 0.21 0.28 0.22 0.07 0.12 0.35 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.06 0.07 0.24 0.02 0.25 0.01 0.21 0.16 0.20 0.16 0.06 0.12 0.26 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.30 0.23 0.15 0.11 0.18 0.08 0.19 0.21 0.18 0.15 0.21 0.23 0.15 0.68 0.31 0.14 0.09 0.19 0.05 0.09
C2 0.12 0.18 0.21 0.23 0.14 0.11 0.16 0.11 0.18 0.18 0.19 0.15 0.18 0.20 0.13 0.63 0.19 0.12 0.17 0.19 0.08 0.11
C2' 0.16 0.16 0.34 0.22 0.16 0.13 0.17 0.11 0.17 0.20 0.17 0.16 0.18 0.20 0.16 0.59 0.29 0.18 0.10 0.22 0.07 0.10
C3' 0.13 0.10 0.37 0.21 0.09 0.14 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.59 0.35 0.16 0.12 0.16 0.02 0.11
C4 0.16 0.17 0.15 0.25 0.16 0.16 0.17 0.12 0.13 0.21 0.15 0.16 0.12 0.22 0.17 0.59 0.18 0.15 0.16 0.19 0.10 0.10
C4' 0.13 0.11 0.36 0.23 0.09 0.16 0.11 0.16 0.12 0.14 0.12 0.10 0.15 0.15 0.10 0.67 0.44 0.16 0.16 0.14 0.06 0.11
C5 0.18 0.16 0.18 0.26 0.17 0.17 0.17 0.12 0.13 0.24 0.14 0.16 0.12 0.22 0.19 0.68 0.22 0.17 0.14 0.18 0.11 0.09
C5' 0.17 0.13 0.37 0.26 0.09 0.24 0.08 0.26 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.11 0.68 0.53 0.20 0.23 0.11 0.13 0.13
C6 0.17 0.17 0.24 0.25 0.17 0.15 0.19 0.10 0.16 0.25 0.16 0.16 0.16 0.24 0.19 0.72 0.26 0.16 0.12 0.18 0.10 0.09
N1 0.13 0.17 0.25 0.23 0.15 0.12 0.18 0.08 0.18 0.22 0.18 0.15 0.19 0.23 0.15 0.68 0.25 0.13 0.12 0.18 0.05 0.08
N3 0.13 0.17 0.16 0.23 0.14 0.13 0.16 0.11 0.15 0.19 0.17 0.15 0.14 0.21 0.14 0.59 0.16 0.13 0.18 0.20 0.09 0.11
O2 0.11 0.18 0.22 0.22 0.13 0.10 0.15 0.13 0.19 0.15 0.20 0.15 0.22 0.17 0.11 0.61 0.18 0.11 0.20 0.23 0.11 0.16
O2' 0.19 0.21 0.35 0.22 0.21 0.15 0.23 0.13 0.24 0.23 0.23 0.20 0.26 0.26 0.20 0.58 0.31 0.21 0.10 0.28 0.13 0.14
O3' 0.15 0.08 0.39 0.20 0.09 0.16 0.09 0.17 0.09 0.11 0.08 0.09 0.11 0.10 0.11 0.50 0.35 0.19 0.17 0.20 0.10 0.18
O4 0.20 0.19 0.19 0.28 0.22 0.21 0.23 0.16 0.20 0.24 0.19 0.20 0.19 0.25 0.22 0.50 0.22 0.20 0.18 0.23 0.13 0.12
O4' 0.12 0.14 0.32 0.24 0.11 0.14 0.15 0.12 0.16 0.18 0.15 0.11 0.19 0.20 0.11 0.72 0.41 0.13 0.12 0.15 0.04 0.08
O5' 0.24 0.19 0.40 0.34 0.16 0.31 0.12 0.31 0.13 0.17 0.16 0.20 0.12 0.12 0.18 0.74 0.55 0.26 0.27 0.18 0.16 0.18
OP1 0.35 0.29 0.46 0.39 0.24 0.39 0.18 0.41 0.19 0.20 0.24 0.31 0.16 0.15 0.25 0.69 0.62 0.34 0.34 0.24 0.19 0.24
OP2 0.27 0.34 0.31 0.40 0.25 0.35 0.21 0.31 0.25 0.18 0.31 0.32 0.23 0.16 0.23 0.70 0.60 0.28 0.24 0.21 0.14 0.16
P 0.26 0.25 0.37 0.34 0.19 0.32 0.14 0.32 0.17 0.16 0.22 0.25 0.15 0.12 0.19 0.72 0.60 0.27 0.27 0.19 0.14 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.30 0.00 0.18 0.25 0.12 0.10
C2 0.02 0.00 0.15 0.09 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.34 0.08 0.20 0.22 0.12 0.10
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.19 0.04 0.14 0.09 0.16 0.05 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.36 0.22 0.34 0.30
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.11 0.14 0.10 0.08 0.12 0.15 0.09 0.01 0.01 0.01 0.07 0.23 0.09 0.10
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.25 0.05 0.20 0.22 0.11 0.09
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.03 0.03 0.06 0.09 0.03 0.19 0.04 0.00 0.02 0.19 0.10 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.18 0.04 0.22 0.21 0.12 0.11
C5' 0.07 0.10 0.19 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.13 0.09 0.18 0.20 0.12 0.04 0.17 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.22 0.05 0.22 0.21 0.13 0.12
C8 0.03 0.01 0.14 0.14 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.11 0.06 0.22 0.22 0.12 0.10
N1 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.29 0.07 0.21 0.21 0.12 0.10
N3 0.03 0.00 0.16 0.08 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.35 0.08 0.19 0.23 0.12 0.09
N6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.18 0.05 0.24 0.22 0.15 0.14
N7 0.03 0.01 0.11 0.15 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.11 0.06 0.23 0.22 0.14 0.12
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.20 0.02 0.20 0.23 0.11 0.10
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.17 0.19 0.25 0.04 0.25 0.26 0.20 0.14 0.30 0.30 0.16 0.00 0.05 0.12 0.29 0.22 0.28 0.29
O3' 0.30 0.34 0.03 0.01 0.25 0.04 0.18 0.17 0.22 0.11 0.29 0.35 0.18 0.11 0.20 0.05 0.00 0.23 0.25 0.25 0.22 0.24
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06 0.02 0.12 0.23 0.00 0.10 0.34 0.15 0.18
O5' 0.18 0.20 0.36 0.07 0.20 0.02 0.22 0.01 0.22 0.22 0.21 0.19 0.24 0.23 0.20 0.29 0.25 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.25 0.22 0.22 0.23 0.22 0.19 0.21 0.07 0.21 0.22 0.21 0.23 0.22 0.22 0.23 0.22 0.25 0.34 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.12 0.34 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.15 0.14 0.11 0.28 0.22 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.30 0.10 0.09 0.06 0.11 0.02 0.12 0.10 0.10 0.09 0.14 0.12 0.10 0.29 0.24 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00