ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50738

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 5, 1, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.025
O4 A 0, -0.004, 0.079, 0.162, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.079 std_dev=0.083
C2' B 0, 0.177, 0.352, 0.526, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.352 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.191, 0.387, 0.582, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.387 std_dev=0.196
C3' B 0, 0.216, 0.425, 0.633, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.425 std_dev=0.209
N9 B 0, 0.167, 0.379, 0.591, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.379 std_dev=0.212
N3 B 0, 0.211, 0.424, 0.637, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.424 std_dev=0.213
O2' B 0, 0.197, 0.417, 0.637, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.417 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.170, 0.391, 0.611, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.391 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.222, 0.447, 0.673, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.447 std_dev=0.226
O3' B 0, 0.272, 0.505, 0.739, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.505 std_dev=0.234
C2 B 0, 0.254, 0.499, 0.745, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.499 std_dev=0.246
C4' B 0, 0.238, 0.500, 0.761, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.500 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.237, 0.502, 0.766, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.502 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.193, 0.458, 0.723, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.458 std_dev=0.265
C6 B 0, 0.237, 0.508, 0.779, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.508 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.262, 0.534, 0.806, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.534 std_dev=0.272
O4' B 0, 0.197, 0.490, 0.782, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.490 std_dev=0.292
O5' B 0, 0.200, 0.505, 0.810, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.505 std_dev=0.305
C5' B 0, 0.272, 0.608, 0.943, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.608 std_dev=0.335
N6 B 0, 0.259, 0.606, 0.953, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.606 std_dev=0.347
P B 0, 0.308, 0.664, 1.021, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.664 std_dev=0.357
O4' A 0, -0.093, 0.282, 0.656, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.282 std_dev=0.375
OP2 B 0, 0.331, 0.714, 1.097, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.714 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.380, 0.767, 1.155, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.767 std_dev=0.387
C2' A 0, -0.114, 0.284, 0.681, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.284 std_dev=0.397
O2' A 0, -0.193, 0.437, 1.066, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.437 std_dev=0.630
C3' A 0, -0.155, 0.486, 1.127, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.486 std_dev=0.641
C4' A 0, -0.172, 0.478, 1.128, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.478 std_dev=0.650
OP2 A 0, 0.074, 0.768, 1.462, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.768 std_dev=0.694
P A 0, 0.017, 0.736, 1.454, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.736 std_dev=0.718
O5' A 0, -0.121, 0.658, 1.436, 2.678 max_d=2.678 avg_d=0.658 std_dev=0.778
C5' A 0, -0.173, 0.677, 1.527, 2.886 max_d=2.886 avg_d=0.677 std_dev=0.850
OP1 A 0, -0.001, 0.865, 1.731, 2.923 max_d=2.923 avg_d=0.865 std_dev=0.866
O3' A 0, -0.193, 0.701, 1.596, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.701 std_dev=0.895

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.24 0.03 0.01 0.14 0.43 0.20 0.20
C2 0.03 0.00 0.17 0.21 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.02 0.13 0.11 0.28 0.13 0.11
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.14 0.15 0.02 0.13 0.27 0.00 0.03 0.04 0.02 0.31 0.81 0.51 0.52
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.32 0.00 0.32 0.02 0.28 0.20 0.28 0.15 0.03 0.01 0.33 0.01 0.08 0.50 0.12 0.19
C4 0.02 0.01 0.04 0.32 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.19 0.01 0.04 0.22 0.23 0.29 0.25
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.21 0.07 0.04 0.13 0.25 0.03 0.13 0.01 0.02 0.23 0.06 0.07
C5 0.03 0.01 0.11 0.32 0.01 0.20 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.24 0.02 0.09 0.27 0.24 0.29 0.29
C5' 0.06 0.08 0.14 0.02 0.15 0.00 0.23 0.00 0.20 0.06 0.08 0.16 0.12 0.16 0.17 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.28 0.01 0.21 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.18 0.02 0.13 0.20 0.21 0.16 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.09 0.02 0.02 0.09 0.28 0.12 0.11
N3 0.02 0.00 0.13 0.28 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.02 0.10 0.14 0.22 0.20 0.16
O2 0.05 0.01 0.27 0.15 0.02 0.13 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.26 0.02 0.22 0.15 0.35 0.13 0.14
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.29 0.25 0.38 0.12 0.35 0.17 0.17 0.18 0.00 0.08 0.33 0.17 0.20 0.77 0.56 0.47
O3' 0.24 0.14 0.03 0.01 0.19 0.03 0.24 0.16 0.18 0.09 0.13 0.26 0.08 0.00 0.21 0.17 0.22 0.25 0.19 0.11
O4 0.03 0.02 0.04 0.33 0.01 0.13 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.21 0.00 0.05 0.25 0.27 0.37 0.31
O4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02 0.10 0.22 0.17 0.17 0.05 0.00 0.07 0.19 0.13 0.10
O5' 0.14 0.11 0.31 0.08 0.22 0.02 0.27 0.01 0.20 0.09 0.14 0.15 0.20 0.22 0.25 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.28 0.81 0.50 0.23 0.23 0.24 0.07 0.21 0.28 0.22 0.35 0.77 0.25 0.27 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.20 0.13 0.51 0.12 0.29 0.06 0.29 0.02 0.16 0.12 0.20 0.13 0.56 0.19 0.37 0.13 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.11 0.52 0.19 0.25 0.07 0.29 0.02 0.18 0.11 0.16 0.14 0.47 0.11 0.31 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.27 0.21 0.19 0.14 0.15 0.19 0.16 0.22 0.20 0.21 0.24 0.39 0.28 0.13 0.27 0.24 0.13 0.19 0.26 0.34 0.27
C2 0.17 0.23 0.23 0.21 0.15 0.18 0.21 0.18 0.27 0.18 0.22 0.22 0.40 0.26 0.13 0.31 0.26 0.15 0.19 0.25 0.30 0.25
C2' 0.20 0.41 0.26 0.20 0.20 0.17 0.23 0.17 0.27 0.25 0.31 0.35 0.49 0.34 0.17 0.36 0.25 0.17 0.21 0.31 0.46 0.34
C3' 0.60 0.80 0.62 0.55 0.63 0.55 0.57 0.49 0.62 0.51 0.75 0.74 0.58 0.50 0.57 0.67 0.56 0.56 0.45 0.38 0.32 0.36
C4 0.12 0.16 0.21 0.20 0.07 0.16 0.16 0.18 0.20 0.14 0.16 0.16 0.28 0.21 0.07 0.27 0.25 0.11 0.19 0.25 0.28 0.24
C4' 0.39 0.58 0.39 0.34 0.43 0.34 0.41 0.32 0.47 0.36 0.56 0.51 0.47 0.38 0.38 0.43 0.33 0.36 0.30 0.30 0.28 0.28
C5 0.11 0.26 0.19 0.18 0.11 0.14 0.13 0.17 0.17 0.16 0.22 0.22 0.24 0.21 0.09 0.23 0.23 0.11 0.20 0.26 0.31 0.26
C5' 0.43 0.64 0.41 0.35 0.50 0.37 0.50 0.35 0.58 0.43 0.65 0.56 0.59 0.46 0.44 0.44 0.33 0.41 0.34 0.31 0.30 0.31
C6 0.12 0.28 0.19 0.18 0.11 0.14 0.12 0.17 0.15 0.17 0.22 0.23 0.26 0.23 0.10 0.24 0.23 0.12 0.19 0.26 0.33 0.27
N1 0.14 0.25 0.21 0.19 0.12 0.15 0.17 0.17 0.21 0.18 0.19 0.22 0.36 0.25 0.12 0.27 0.25 0.13 0.19 0.26 0.33 0.26
N3 0.16 0.18 0.23 0.21 0.12 0.18 0.20 0.19 0.26 0.16 0.20 0.18 0.36 0.24 0.11 0.31 0.27 0.14 0.19 0.25 0.28 0.23
O2 0.20 0.27 0.24 0.22 0.19 0.20 0.25 0.19 0.32 0.20 0.28 0.25 0.44 0.27 0.17 0.33 0.27 0.18 0.20 0.25 0.30 0.24
O2' 0.42 0.38 0.30 0.35 0.48 0.43 0.63 0.50 0.68 0.63 0.51 0.37 0.89 0.72 0.51 0.26 0.29 0.50 0.54 0.61 0.77 0.68
O3' 0.59 0.74 0.56 0.52 0.62 0.55 0.61 0.53 0.65 0.56 0.72 0.69 0.66 0.57 0.58 0.59 0.49 0.58 0.52 0.45 0.40 0.45
O4 0.10 0.19 0.20 0.21 0.15 0.16 0.23 0.18 0.26 0.16 0.22 0.17 0.29 0.24 0.09 0.26 0.26 0.10 0.19 0.25 0.26 0.23
O4' 0.19 0.34 0.22 0.19 0.20 0.17 0.19 0.18 0.22 0.19 0.30 0.29 0.26 0.22 0.17 0.26 0.22 0.17 0.19 0.27 0.28 0.24
O5' 0.49 0.66 0.48 0.42 0.55 0.44 0.55 0.41 0.62 0.48 0.68 0.60 0.62 0.51 0.50 0.51 0.40 0.46 0.38 0.34 0.32 0.34
OP1 0.49 0.52 0.51 0.51 0.49 0.52 0.49 0.53 0.51 0.51 0.53 0.50 0.51 0.51 0.49 0.51 0.50 0.51 0.54 0.52 0.52 0.53
OP2 0.60 0.61 0.64 0.62 0.60 0.60 0.59 0.57 0.58 0.60 0.60 0.61 0.56 0.59 0.60 0.65 0.62 0.59 0.56 0.49 0.46 0.49
P 0.55 0.61 0.57 0.54 0.56 0.54 0.55 0.52 0.58 0.55 0.62 0.58 0.57 0.55 0.54 0.58 0.54 0.53 0.51 0.45 0.44 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.12 0.09
C2 0.04 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.04 0.18 0.20 0.33 0.23
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.06 0.04
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.10 0.09 0.09 0.06 0.11 0.11 0.06 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.05 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.18 0.20 0.28 0.22
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.04 0.03 0.10 0.12 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.25 0.30 0.38 0.32
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.10 0.00 0.16 0.00 0.16 0.19 0.12 0.05 0.21 0.22 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.03 0.27 0.33 0.43 0.35
C8 0.03 0.01 0.04 0.09 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.07 0.25 0.27 0.29 0.28
N1 0.03 0.00 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.10 0.03 0.23 0.28 0.40 0.30
N3 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.14 0.15 0.26 0.18
N6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.13 0.05 0.31 0.41 0.51 0.42
N7 0.03 0.01 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.06 0.30 0.35 0.41 0.36
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.16 0.16 0.21 0.18
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.09 0.09 0.08 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.12 0.06 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.07 0.03 0.10 0.04 0.11 0.10 0.10 0.07 0.13 0.12 0.06 0.03 0.00 0.02 0.12 0.19 0.10 0.10
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.11 0.08
O5' 0.07 0.18 0.04 0.07 0.18 0.01 0.25 0.01 0.27 0.25 0.23 0.14 0.31 0.30 0.16 0.04 0.12 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.20 0.10 0.13 0.20 0.09 0.30 0.09 0.33 0.27 0.28 0.15 0.41 0.35 0.16 0.12 0.19 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.33 0.06 0.05 0.28 0.04 0.38 0.02 0.43 0.29 0.40 0.26 0.51 0.41 0.21 0.06 0.10 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.23 0.04 0.05 0.22 0.02 0.32 0.01 0.35 0.28 0.30 0.18 0.42 0.36 0.18 0.04 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00