ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50739

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 3, 0, 2, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.044 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.072, 0.241, 0.409, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.241 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.109, 0.284, 0.458, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.284 std_dev=0.175
N9 B 0, 0.187, 0.362, 0.537, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.362 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.077, 0.258, 0.440, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.258 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.085, 0.322, 0.560, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.322 std_dev=0.238
C5 B 0, 0.111, 0.361, 0.611, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.361 std_dev=0.250
C8 B 0, 0.183, 0.435, 0.688, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.435 std_dev=0.253
C1' B 0, 0.266, 0.521, 0.776, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.521 std_dev=0.255
C4' A 0, 0.115, 0.373, 0.631, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.373 std_dev=0.258
C3' A 0, 0.118, 0.397, 0.677, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.397 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.101, 0.386, 0.670, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.386 std_dev=0.285
O5' A 0, 0.264, 0.582, 0.900, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.582 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.155, 0.476, 0.798, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.476 std_dev=0.321
N7 B 0, 0.151, 0.478, 0.806, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.478 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.168, 0.512, 0.856, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.512 std_dev=0.344
C6 B 0, 0.132, 0.479, 0.826, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.479 std_dev=0.347
P A 0, 0.328, 0.680, 1.032, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.680 std_dev=0.352
OP2 A 0, 0.324, 0.683, 1.042, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.683 std_dev=0.359
O5' B 0, 0.288, 0.668, 1.049, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.668 std_dev=0.381
P B 0, 0.319, 0.704, 1.089, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.704 std_dev=0.385
OP1 A 0, 0.363, 0.772, 1.181, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.772 std_dev=0.409
C5' A 0, 0.210, 0.630, 1.050, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.630 std_dev=0.420
O3' A 0, 0.162, 0.584, 1.007, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.584 std_dev=0.422
O4' B 0, 0.334, 0.764, 1.193, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.764 std_dev=0.430
C2' B 0, 0.268, 0.708, 1.148, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.708 std_dev=0.440
O3' B 0, 0.443, 0.885, 1.328, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.885 std_dev=0.442
OP1 B 0, 0.384, 0.841, 1.299, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.841 std_dev=0.458
N6 B 0, 0.164, 0.672, 1.180, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.672 std_dev=0.508
C3' B 0, 0.330, 0.845, 1.360, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.845 std_dev=0.515
C4' B 0, 0.372, 0.947, 1.523, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.947 std_dev=0.576
O2' B 0, 0.215, 0.849, 1.484, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.849 std_dev=0.634
OP2 B 0, 0.547, 1.183, 1.819, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.183 std_dev=0.636
C5' B 0, 0.360, 1.158, 1.957, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.158 std_dev=0.798

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.05 0.15 0.10
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.09 0.11 0.21 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.05
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.11 0.07 0.07
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.15 0.21 0.29 0.22
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.04 0.16 0.21 0.28 0.23
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.10 0.07 0.02 0.02 0.13 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05 0.13 0.15 0.23 0.18
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.10 0.19 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.01 0.03 0.12 0.16 0.26 0.19
O2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.10 0.02 0.07 0.07 0.08 0.19 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.14 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.07 0.04
O3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.10 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.21 0.12 0.14
O4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.16 0.24 0.32 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.10 0.16 0.13
O5' 0.06 0.09 0.05 0.06 0.15 0.02 0.16 0.01 0.13 0.09 0.12 0.07 0.04 0.10 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.11 0.07 0.11 0.21 0.04 0.21 0.05 0.15 0.10 0.16 0.08 0.09 0.21 0.24 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.21 0.08 0.07 0.29 0.04 0.28 0.02 0.23 0.19 0.26 0.19 0.07 0.12 0.32 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.05 0.07 0.22 0.02 0.23 0.01 0.18 0.14 0.19 0.13 0.04 0.14 0.25 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.35 0.37 0.05 0.22 0.24 0.19 0.42 0.25 0.14 0.32 0.31 0.26 0.16 0.17 0.66 0.11 0.24 0.23 0.18 0.12 0.05
C2 0.18 0.37 0.28 0.05 0.18 0.13 0.11 0.28 0.19 0.20 0.32 0.31 0.17 0.22 0.14 0.60 0.10 0.13 0.33 0.15 0.12 0.04
C2' 0.23 0.30 0.38 0.09 0.23 0.25 0.22 0.37 0.27 0.15 0.30 0.28 0.28 0.17 0.19 0.59 0.11 0.28 0.23 0.19 0.16 0.09
C3' 0.20 0.23 0.38 0.08 0.16 0.28 0.15 0.47 0.19 0.11 0.21 0.21 0.21 0.15 0.13 0.59 0.16 0.28 0.16 0.11 0.02 0.01
C4 0.15 0.37 0.18 0.11 0.13 0.10 0.13 0.23 0.08 0.26 0.25 0.31 0.19 0.32 0.13 0.52 0.13 0.10 0.39 0.25 0.09 0.10
C4' 0.19 0.27 0.37 0.08 0.17 0.31 0.14 0.54 0.19 0.13 0.24 0.25 0.21 0.16 0.12 0.66 0.22 0.28 0.16 0.10 0.04 0.03
C5 0.16 0.37 0.22 0.13 0.16 0.16 0.07 0.31 0.09 0.23 0.25 0.35 0.13 0.28 0.10 0.58 0.12 0.12 0.39 0.26 0.10 0.10
C5' 0.16 0.23 0.32 0.13 0.12 0.34 0.12 0.60 0.15 0.18 0.19 0.21 0.20 0.21 0.08 0.64 0.31 0.27 0.25 0.10 0.16 0.10
C6 0.19 0.37 0.29 0.11 0.21 0.22 0.12 0.39 0.17 0.19 0.29 0.35 0.15 0.23 0.13 0.65 0.10 0.19 0.35 0.23 0.08 0.09
N1 0.20 0.37 0.32 0.06 0.22 0.20 0.15 0.36 0.22 0.17 0.32 0.33 0.20 0.19 0.15 0.64 0.09 0.19 0.31 0.18 0.08 0.04
N3 0.16 0.36 0.22 0.07 0.15 0.09 0.11 0.23 0.11 0.25 0.29 0.30 0.14 0.30 0.14 0.55 0.12 0.10 0.37 0.20 0.10 0.07
O2 0.19 0.36 0.30 0.04 0.18 0.14 0.13 0.27 0.21 0.20 0.33 0.30 0.20 0.20 0.15 0.60 0.10 0.14 0.30 0.13 0.18 0.06
O2' 0.23 0.31 0.37 0.12 0.24 0.25 0.25 0.35 0.30 0.17 0.32 0.27 0.33 0.21 0.20 0.56 0.14 0.29 0.20 0.33 0.28 0.18
O3' 0.18 0.18 0.36 0.13 0.14 0.29 0.15 0.43 0.18 0.11 0.18 0.17 0.22 0.15 0.12 0.51 0.21 0.30 0.02 0.01 0.01 0.01
O4 0.16 0.35 0.16 0.14 0.13 0.10 0.21 0.20 0.18 0.27 0.22 0.28 0.31 0.35 0.16 0.47 0.16 0.13 0.41 0.28 0.11 0.12
O4' 0.23 0.33 0.39 0.09 0.20 0.29 0.14 0.50 0.20 0.13 0.28 0.30 0.22 0.16 0.14 0.72 0.18 0.26 0.20 0.15 0.05 0.01
O5' 0.13 0.18 0.28 0.13 0.10 0.35 0.15 0.61 0.15 0.23 0.14 0.18 0.20 0.27 0.07 0.65 0.25 0.24 0.26 0.18 0.18 0.11
OP1 0.12 0.15 0.12 0.23 0.13 0.47 0.20 0.72 0.19 0.28 0.16 0.13 0.24 0.29 0.15 0.45 0.42 0.33 0.26 0.26 0.28 0.17
OP2 0.09 0.19 0.15 0.29 0.17 0.37 0.29 0.57 0.29 0.35 0.23 0.15 0.36 0.39 0.17 0.54 0.25 0.20 0.33 0.30 0.25 0.17
P 0.09 0.16 0.16 0.23 0.11 0.41 0.20 0.67 0.20 0.28 0.16 0.14 0.26 0.31 0.11 0.56 0.30 0.26 0.26 0.23 0.22 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.24 0.43 0.11 0.13
C2 0.09 0.00 0.11 0.03 0.01 0.11 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.30 0.17 0.32 0.39 0.08 0.09
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.14 0.04 0.11 0.07 0.12 0.03 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.50 0.46 0.43 0.38
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.10 0.18 0.06 0.03 0.12 0.17 0.09 0.02 0.01 0.01 0.38 0.36 0.42 0.26
C4 0.05 0.01 0.06 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.19 0.09 0.31 0.39 0.07 0.08
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.08 0.11 0.05 0.08 0.03 0.13 0.05 0.00 0.02 0.33 0.19 0.08
C5 0.03 0.01 0.02 0.11 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.12 0.03 0.33 0.38 0.20 0.15
C5' 0.04 0.05 0.14 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.07 0.04 0.15 0.13 0.05 0.04 0.08 0.02 0.01 0.22 0.31 0.02
C6 0.05 0.01 0.04 0.10 0.02 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.16 0.07 0.34 0.38 0.24 0.18
C8 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.20 0.07 0.11 0.33 0.40 0.14 0.11
N1 0.08 0.00 0.07 0.06 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.24 0.13 0.33 0.38 0.17 0.13
N3 0.09 0.00 0.12 0.03 0.00 0.11 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.31 0.18 0.31 0.39 0.04 0.06
N6 0.04 0.01 0.03 0.12 0.02 0.05 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.21 0.12 0.04 0.35 0.38 0.35 0.24
N7 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.08 0.07 0.35 0.38 0.26 0.18
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.12 0.02 0.30 0.41 0.04 0.08
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.17 0.13 0.18 0.04 0.19 0.20 0.21 0.24 0.21 0.21 0.11 0.00 0.05 0.10 0.55 0.50 0.48 0.44
O3' 0.21 0.30 0.02 0.01 0.19 0.05 0.12 0.08 0.16 0.07 0.24 0.31 0.12 0.08 0.12 0.05 0.00 0.18 0.29 0.37 0.40 0.24
O4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.09 0.00 0.03 0.02 0.07 0.11 0.13 0.18 0.04 0.07 0.02 0.10 0.18 0.00 0.17 0.44 0.09 0.18
O5' 0.24 0.32 0.50 0.38 0.31 0.02 0.33 0.01 0.34 0.33 0.33 0.31 0.35 0.35 0.30 0.55 0.29 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.43 0.39 0.46 0.36 0.39 0.33 0.38 0.22 0.38 0.40 0.38 0.39 0.38 0.38 0.41 0.50 0.37 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.08 0.43 0.42 0.07 0.19 0.20 0.31 0.24 0.14 0.17 0.04 0.35 0.26 0.04 0.48 0.40 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.09 0.38 0.26 0.08 0.08 0.15 0.02 0.18 0.11 0.13 0.06 0.24 0.18 0.08 0.44 0.24 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00