ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50740

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.027, 0.044, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.049, 0.081, 0.112, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.081 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.069, 0.150, 0.232, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.150 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.071, 0.171, 0.270, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.171 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.092, 0.223, 0.353, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.223 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.235, 0.399, 0.563, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.399 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.259, 0.449, 0.639, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.449 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.325, 0.565, 0.806, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.565 std_dev=0.241
O3' A 0, 0.430, 0.751, 1.071, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.751 std_dev=0.321
O5' A 0, 0.220, 0.543, 0.865, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.543 std_dev=0.322
P A 0, 0.382, 0.719, 1.057, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.719 std_dev=0.338
C2 B 0, 0.544, 0.945, 1.346, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.945 std_dev=0.401
N1 B 0, 0.542, 0.947, 1.351, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.947 std_dev=0.405
N3 B 0, 0.548, 0.960, 1.371, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.960 std_dev=0.411
C6 B 0, 0.541, 0.953, 1.365, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.953 std_dev=0.412
OP2 A 0, 0.304, 0.721, 1.138, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.721 std_dev=0.417
C4 B 0, 0.526, 0.945, 1.364, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.945 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.524, 0.944, 1.364, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.944 std_dev=0.420
N6 B 0, 0.559, 0.980, 1.401, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.980 std_dev=0.421
N7 B 0, 0.524, 0.960, 1.397, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.960 std_dev=0.436
N9 B 0, 0.516, 0.962, 1.409, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.962 std_dev=0.446
C8 B 0, 0.498, 0.955, 1.412, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.955 std_dev=0.457
C1' B 0, 0.550, 1.043, 1.536, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.043 std_dev=0.493
O4' B 0, 0.539, 1.222, 1.906, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.222 std_dev=0.683
OP1 A 0, 0.672, 1.360, 2.048, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.360 std_dev=0.688
C4' B 0, 0.811, 1.842, 2.872, 3.740 max_d=3.740 avg_d=1.842 std_dev=1.031
C2' B 0, 0.896, 1.956, 3.016, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.956 std_dev=1.060
C3' B 0, 0.834, 1.898, 2.962, 3.804 max_d=3.804 avg_d=1.898 std_dev=1.064
O3' B 0, 0.821, 2.065, 3.310, 4.841 max_d=4.841 avg_d=2.065 std_dev=1.245
C5' B 0, 1.075, 2.529, 3.982, 4.694 max_d=4.694 avg_d=2.529 std_dev=1.454
O2' B 0, 1.021, 2.487, 3.952, 3.782 max_d=3.782 avg_d=2.487 std_dev=1.466
O5' B 0, 1.142, 2.685, 4.227, 4.671 max_d=4.671 avg_d=2.685 std_dev=1.542
OP2 B 0, 1.159, 2.786, 4.413, 4.662 max_d=4.662 avg_d=2.786 std_dev=1.627
P B 0, 1.227, 2.937, 4.647, 5.222 max_d=5.222 avg_d=2.937 std_dev=1.710
OP1 B 0, 1.418, 3.282, 5.146, 6.047 max_d=6.047 avg_d=3.282 std_dev=1.864

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.21 0.21 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.02 0.03 0.18 0.32 0.27 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.32 0.16 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.02 0.13 0.07 0.09 0.08 0.01 0.01 0.12 0.01 0.06 0.34 0.12 0.11
C4 0.03 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.13 0.00 0.04 0.29 0.41 0.33 0.24
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.09 0.00 0.01 0.20 0.12 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.04 0.31 0.39 0.33 0.24
C5' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.05 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.15 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.03 0.26 0.32 0.29 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.18 0.28 0.26 0.13
N3 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.24 0.38 0.30 0.20
O2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.08 0.02 0.04 0.13 0.30 0.26 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.07 0.04 0.04 0.09 0.14 0.00 0.03 0.08 0.06 0.05 0.32 0.15 0.09
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.13 0.02 0.16 0.01 0.14 0.07 0.09 0.08 0.03 0.00 0.14 0.01 0.12 0.39 0.14 0.15
O4 0.03 0.02 0.05 0.12 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.00 0.04 0.30 0.44 0.35 0.26
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.11 0.22 0.08
O5' 0.09 0.18 0.06 0.06 0.29 0.01 0.31 0.01 0.26 0.18 0.24 0.13 0.05 0.12 0.30 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.21 0.32 0.32 0.34 0.41 0.20 0.39 0.15 0.32 0.28 0.38 0.30 0.32 0.39 0.44 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.27 0.16 0.12 0.33 0.12 0.33 0.06 0.29 0.26 0.30 0.26 0.15 0.14 0.35 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.15 0.09 0.11 0.24 0.03 0.24 0.01 0.18 0.13 0.20 0.13 0.09 0.15 0.26 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.29 0.34 0.45 0.34 0.27 0.34 0.28 0.29 0.37 0.27 0.33 0.24 0.35 0.37 0.76 0.48 0.37 0.29 0.34 0.37 0.33
C2 0.35 0.27 0.36 0.51 0.32 0.32 0.27 0.32 0.20 0.32 0.19 0.33 0.13 0.28 0.34 0.59 0.54 0.38 0.34 0.37 0.41 0.38
C2' 0.37 0.33 0.31 0.31 0.37 0.26 0.39 0.27 0.37 0.41 0.34 0.35 0.37 0.40 0.39 0.70 0.40 0.42 0.26 0.32 0.27 0.25
C3' 0.38 0.30 0.39 0.35 0.36 0.26 0.37 0.25 0.34 0.42 0.30 0.33 0.34 0.41 0.38 0.82 0.40 0.36 0.25 0.32 0.28 0.27
C4 0.43 0.23 0.40 0.61 0.30 0.43 0.17 0.49 0.09 0.29 0.13 0.33 0.18 0.20 0.36 0.84 0.60 0.39 0.55 0.51 0.64 0.59
C4' 0.38 0.29 0.40 0.45 0.34 0.29 0.34 0.30 0.31 0.40 0.28 0.32 0.28 0.38 0.38 0.90 0.47 0.33 0.32 0.38 0.42 0.38
C5 0.46 0.24 0.44 0.56 0.33 0.42 0.22 0.50 0.13 0.34 0.18 0.32 0.18 0.23 0.39 1.05 0.56 0.37 0.57 0.54 0.70 0.63
C5' 0.38 0.24 0.45 0.53 0.31 0.37 0.30 0.42 0.25 0.39 0.23 0.28 0.23 0.35 0.36 0.99 0.54 0.31 0.46 0.50 0.59 0.54
C6 0.43 0.25 0.41 0.51 0.34 0.36 0.28 0.41 0.18 0.37 0.20 0.32 0.12 0.30 0.39 0.98 0.52 0.35 0.46 0.47 0.58 0.52
N1 0.39 0.28 0.36 0.49 0.34 0.31 0.31 0.33 0.23 0.36 0.22 0.33 0.13 0.32 0.37 0.78 0.51 0.37 0.36 0.39 0.45 0.40
N3 0.37 0.25 0.40 0.57 0.30 0.37 0.21 0.39 0.11 0.28 0.11 0.33 0.13 0.23 0.33 0.60 0.58 0.39 0.42 0.42 0.49 0.45
O2 0.31 0.28 0.37 0.49 0.30 0.29 0.28 0.28 0.25 0.30 0.24 0.31 0.20 0.28 0.31 0.44 0.53 0.40 0.29 0.33 0.33 0.31
O2' 0.37 0.38 0.28 0.29 0.39 0.28 0.40 0.30 0.40 0.40 0.39 0.38 0.40 0.40 0.39 0.61 0.40 0.46 0.29 0.33 0.26 0.25
O3' 0.40 0.33 0.42 0.29 0.39 0.30 0.42 0.32 0.39 0.47 0.34 0.36 0.42 0.47 0.42 0.81 0.38 0.42 0.32 0.37 0.29 0.29
O4 0.46 0.23 0.44 0.68 0.28 0.51 0.15 0.58 0.14 0.25 0.15 0.33 0.23 0.18 0.35 0.86 0.65 0.43 0.65 0.57 0.71 0.66
O4' 0.40 0.29 0.39 0.49 0.35 0.31 0.34 0.33 0.29 0.39 0.26 0.33 0.24 0.36 0.38 0.90 0.51 0.35 0.36 0.41 0.48 0.43
O5' 0.36 0.20 0.46 0.58 0.27 0.43 0.26 0.50 0.20 0.36 0.19 0.24 0.19 0.32 0.34 1.00 0.58 0.32 0.53 0.54 0.66 0.61
OP1 0.53 0.46 0.62 0.80 0.48 0.76 0.49 0.85 0.49 0.55 0.48 0.45 0.53 0.53 0.52 1.06 0.80 0.64 0.87 0.88 1.01 0.97
OP2 0.48 0.28 0.64 0.65 0.35 0.60 0.32 0.71 0.28 0.43 0.27 0.33 0.32 0.37 0.42 1.27 0.69 0.47 0.76 0.74 0.94 0.86
P 0.43 0.25 0.56 0.64 0.32 0.57 0.31 0.68 0.27 0.41 0.26 0.29 0.30 0.36 0.39 1.16 0.65 0.44 0.72 0.73 0.90 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.32 0.00 0.16 0.35 0.18 0.17
C2 0.05 0.00 0.35 0.25 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.28 0.29 0.24 0.28 0.20 0.19
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.21 0.15 0.21 0.27 0.35 0.10 0.13 0.02 0.00 0.04 0.01 0.35 0.76 0.50 0.51
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.26 0.00 0.33 0.01 0.34 0.33 0.30 0.21 0.38 0.36 0.23 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.17 0.26 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.16 0.15 0.15 0.25 0.14 0.12
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.24 0.09 0.14 0.08 0.20 0.09 0.31 0.01 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.33 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.26 0.10 0.06 0.09 0.17 0.09 0.06
C5' 0.06 0.23 0.21 0.01 0.11 0.01 0.08 0.00 0.11 0.21 0.18 0.22 0.09 0.17 0.05 0.09 0.24 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.15 0.34 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.13 0.13 0.12 0.17 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.21 0.33 0.01 0.24 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.50 0.15 0.18 0.15 0.13 0.05 0.11
N1 0.04 0.00 0.27 0.30 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.20 0.23 0.19 0.23 0.16 0.15
N3 0.05 0.00 0.35 0.21 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.31 0.29 0.24 0.30 0.20 0.19
N6 0.03 0.01 0.10 0.38 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.27 0.15 0.08 0.09 0.13 0.14 0.10
N7 0.00 0.01 0.13 0.36 0.01 0.20 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.48 0.18 0.10 0.13 0.10 0.09 0.12
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.10 0.01 0.08 0.25 0.11 0.08
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.08 0.31 0.26 0.09 0.18 0.50 0.09 0.25 0.27 0.48 0.21 0.00 0.03 0.23 0.24 0.72 0.57 0.46
O3' 0.32 0.28 0.04 0.01 0.16 0.01 0.10 0.24 0.13 0.15 0.20 0.31 0.15 0.18 0.10 0.03 0.00 0.23 0.35 0.28 0.37 0.32
O4' 0.00 0.29 0.01 0.01 0.15 0.00 0.06 0.01 0.13 0.18 0.23 0.29 0.08 0.10 0.01 0.23 0.23 0.00 0.10 0.11 0.09 0.06
O5' 0.16 0.24 0.35 0.16 0.15 0.02 0.09 0.01 0.12 0.15 0.19 0.24 0.09 0.13 0.08 0.24 0.35 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.28 0.76 0.26 0.25 0.09 0.17 0.05 0.17 0.13 0.23 0.30 0.13 0.10 0.25 0.72 0.28 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.20 0.50 0.14 0.14 0.04 0.09 0.02 0.12 0.05 0.16 0.20 0.14 0.09 0.11 0.57 0.37 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.19 0.51 0.09 0.12 0.02 0.06 0.01 0.09 0.11 0.15 0.19 0.10 0.12 0.08 0.46 0.32 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00