ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50741

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.008, 0.047, 0.086, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.047 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.030, 0.079, 0.129, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.079 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.041, 0.109, 0.176, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.109 std_dev=0.068
C5 B 0, 0.106, 0.178, 0.250, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.178 std_dev=0.072
C6 B 0, 0.117, 0.189, 0.262, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.189 std_dev=0.072
C4 B 0, 0.113, 0.187, 0.261, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.187 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.032, 0.107, 0.181, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.107 std_dev=0.075
N1 B 0, 0.130, 0.206, 0.281, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.206 std_dev=0.075
C2 B 0, 0.124, 0.202, 0.279, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.202 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.068, 0.149, 0.229, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.149 std_dev=0.080
N3 B 0, 0.114, 0.195, 0.275, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.195 std_dev=0.081
N7 B 0, 0.109, 0.191, 0.274, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.191 std_dev=0.083
N9 B 0, 0.128, 0.212, 0.295, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.212 std_dev=0.084
N6 B 0, 0.123, 0.209, 0.295, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.209 std_dev=0.086
C8 B 0, 0.129, 0.216, 0.303, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.216 std_dev=0.087
C2' B 0, 0.152, 0.247, 0.341, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.247 std_dev=0.095
C1' B 0, 0.143, 0.247, 0.352, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.247 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.070, 0.175, 0.280, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.175 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.107, 0.214, 0.322, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.214 std_dev=0.107
C3' B 0, 0.131, 0.247, 0.363, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.247 std_dev=0.116
O2' B 0, 0.190, 0.313, 0.437, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.313 std_dev=0.123
C4' B 0, 0.152, 0.284, 0.415, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.284 std_dev=0.131
O4' B 0, 0.150, 0.291, 0.432, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.291 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.046, 0.190, 0.335, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.190 std_dev=0.145
O3' B 0, 0.123, 0.284, 0.445, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.284 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.051, 0.223, 0.396, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.223 std_dev=0.172
C5' B 0, 0.127, 0.312, 0.498, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.312 std_dev=0.186
O5' B 0, 0.123, 0.327, 0.531, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.327 std_dev=0.204
OP2 B 0, 0.115, 0.339, 0.563, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.339 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.028, 0.257, 0.485, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.257 std_dev=0.229
P B 0, 0.113, 0.344, 0.575, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.344 std_dev=0.231
P A 0, 0.048, 0.286, 0.525, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.286 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.098, 0.378, 0.658, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.378 std_dev=0.280
OP1 A 0, 0.042, 0.388, 0.734, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.388 std_dev=0.346

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.08 0.09 0.13 0.08
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.08 0.10 0.13 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.08 0.10 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.07 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.08 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.08 0.10 0.14 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.05 0.02 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.05 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.04 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.07 0.10 0.07 0.04 0.08 0.14 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.12 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.12 0.10 0.08
C2 0.07 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.08 0.06 0.12 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09
C2' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.07 0.17 0.12 0.08 0.05 0.06 0.08 0.08 0.12 0.11 0.09
C3' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.12 0.12 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.11 0.08 0.06
C4 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.12 0.10
C4' 0.04 0.08 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.10 0.06 0.05
C5 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.11 0.11 0.09
C5' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.04 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.04 0.08 0.05 0.04
C6 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.11 0.10 0.09
N1 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.05 0.11 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.06 0.11 0.10 0.08
N3 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.05 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09
O2 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.10 0.07 0.13 0.05 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.11 0.09
O2' 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.12 0.10 0.19 0.14 0.10 0.07 0.07 0.11 0.10 0.13 0.12 0.10
O3' 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.14 0.08 0.08 0.13 0.15 0.11 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.10 0.08
O4 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.13 0.11
O4' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.06 0.12 0.09 0.08
O5' 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.07 0.10 0.06 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05
OP1 0.17 0.19 0.16 0.17 0.18 0.16 0.18 0.16 0.19 0.17 0.20 0.18 0.20 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.16 0.10 0.16 0.15
OP2 0.16 0.18 0.16 0.15 0.17 0.14 0.17 0.11 0.18 0.16 0.19 0.17 0.19 0.16 0.16 0.17 0.16 0.14 0.11 0.06 0.10 0.09
P 0.12 0.15 0.12 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.10 0.06 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.13 0.14 0.18 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.10 0.12 0.14 0.12
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.12 0.15 0.17 0.15
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.10 0.04 0.10 0.08 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.14 0.17 0.21 0.18
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.06 0.11 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.14 0.16 0.21 0.18
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.11 0.11 0.15 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.14 0.20 0.23 0.19
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.15 0.15 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.09 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.04
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.06 0.14 0.11 0.14 0.09 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.14 0.06 0.06 0.12 0.04 0.15 0.04 0.17 0.11 0.16 0.11 0.20 0.15 0.09 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.18 0.05 0.05 0.14 0.01 0.17 0.01 0.21 0.09 0.21 0.15 0.23 0.15 0.09 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.15 0.04 0.03 0.12 0.01 0.15 0.01 0.18 0.08 0.18 0.13 0.19 0.13 0.08 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00