ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50742

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.017, 0.037, 0.058, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.026, 0.074, 0.122, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.074 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.045, 0.207, 0.369, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.207 std_dev=0.162
C2' A 0, 0.025, 0.189, 0.353, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.189 std_dev=0.164
O2' A 0, 0.023, 0.267, 0.512, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.267 std_dev=0.244
C5 B 0, 0.510, 0.800, 1.090, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.800 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.486, 0.790, 1.094, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.790 std_dev=0.304
C4' A 0, 0.100, 0.410, 0.721, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.410 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.464, 0.788, 1.112, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.788 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.509, 0.839, 1.169, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.839 std_dev=0.330
N7 B 0, 0.553, 0.896, 1.238, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.896 std_dev=0.342
O5' A 0, 0.302, 0.645, 0.988, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.645 std_dev=0.343
C3' A 0, 0.077, 0.422, 0.767, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.422 std_dev=0.345
C2 B 0, 0.475, 0.827, 1.179, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.827 std_dev=0.352
N9 B 0, 0.469, 0.833, 1.196, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.833 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.406, 0.781, 1.156, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.781 std_dev=0.375
C8 B 0, 0.529, 0.905, 1.281, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.905 std_dev=0.376
N6 B 0, 0.486, 0.873, 1.260, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.873 std_dev=0.387
C1' B 0, 0.511, 0.912, 1.314, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.912 std_dev=0.401
C2' B 0, 0.551, 0.956, 1.362, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.956 std_dev=0.406
P A 0, 0.420, 0.841, 1.261, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.841 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.223, 0.656, 1.089, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.656 std_dev=0.433
OP2 A 0, 0.443, 0.878, 1.312, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.878 std_dev=0.435
O2' B 0, 0.595, 1.052, 1.509, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.052 std_dev=0.457
O4' B 0, 0.566, 1.043, 1.520, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.043 std_dev=0.477
C3' B 0, 0.585, 1.098, 1.610, 1.720 max_d=1.720 avg_d=1.098 std_dev=0.513
C4' B 0, 0.646, 1.161, 1.676, 1.774 max_d=1.774 avg_d=1.161 std_dev=0.515
O3' A 0, 0.164, 0.709, 1.254, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.709 std_dev=0.545
C5' B 0, 0.754, 1.323, 1.892, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.323 std_dev=0.569
O5' B 0, 0.577, 1.146, 1.716, 1.697 max_d=1.697 avg_d=1.146 std_dev=0.569
OP1 A 0, 0.462, 1.070, 1.678, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.070 std_dev=0.608
O3' B 0, 0.698, 1.328, 1.959, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.328 std_dev=0.631
P B 0, 0.657, 1.423, 2.189, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.423 std_dev=0.766
OP2 B 0, 0.611, 1.397, 2.183, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.397 std_dev=0.786
OP1 B 0, 0.642, 1.634, 2.625, 3.125 max_d=3.125 avg_d=1.634 std_dev=0.992

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.17 0.09 0.37 0.09
C2 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.09 0.02 0.07 0.23 0.10 0.36 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.10 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.10 0.15 0.51 0.20
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.25 0.01 0.26 0.02 0.23 0.15 0.20 0.12 0.02 0.01 0.27 0.01 0.09 0.17 0.54 0.26
C4 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.23 0.01 0.03 0.31 0.24 0.35 0.19
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.06 0.07 0.14 0.04 0.12 0.01 0.02 0.09 0.34 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.26 0.01 0.16 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.28 0.01 0.04 0.32 0.25 0.35 0.21
C5' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.20 0.01 0.24 0.00 0.21 0.11 0.14 0.08 0.11 0.04 0.21 0.02 0.01 0.20 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.23 0.01 0.05 0.28 0.17 0.35 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.09 0.02 0.02 0.22 0.09 0.36 0.08
N3 0.01 0.00 0.10 0.20 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.02 0.06 0.27 0.17 0.35 0.13
O2 0.03 0.00 0.16 0.12 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.03 0.11 0.20 0.07 0.37 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.09 0.14 0.09 0.11 0.09 0.06 0.11 0.15 0.00 0.04 0.09 0.11 0.08 0.15 0.50 0.21
O3' 0.06 0.09 0.01 0.01 0.23 0.04 0.28 0.04 0.23 0.09 0.15 0.12 0.04 0.00 0.27 0.06 0.31 0.36 0.63 0.41
O4 0.02 0.02 0.08 0.27 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.09 0.27 0.00 0.03 0.32 0.29 0.35 0.23
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.11 0.11 0.06 0.03 0.00 0.20 0.17 0.25 0.11
O5' 0.17 0.23 0.10 0.09 0.31 0.02 0.32 0.01 0.28 0.22 0.27 0.20 0.08 0.31 0.32 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.10 0.15 0.17 0.24 0.09 0.25 0.20 0.17 0.09 0.17 0.07 0.15 0.36 0.29 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.36 0.51 0.54 0.35 0.34 0.35 0.24 0.35 0.36 0.35 0.37 0.50 0.63 0.35 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.09 0.20 0.26 0.19 0.09 0.21 0.02 0.14 0.08 0.13 0.09 0.21 0.41 0.23 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.20 0.30 0.29 0.16 0.24 0.22 0.29 0.23 0.26 0.09 0.23 0.39 0.31 0.19 0.58 0.34 0.20 0.36 0.45 0.54 0.43
C2 0.23 0.16 0.33 0.33 0.13 0.28 0.17 0.35 0.20 0.22 0.18 0.16 0.28 0.23 0.19 0.60 0.35 0.23 0.42 0.49 0.53 0.46
C2' 0.27 0.37 0.37 0.33 0.22 0.28 0.19 0.30 0.20 0.22 0.17 0.36 0.42 0.28 0.22 0.68 0.46 0.24 0.34 0.40 0.50 0.40
C3' 0.36 0.55 0.43 0.38 0.36 0.35 0.25 0.37 0.27 0.22 0.45 0.50 0.20 0.19 0.31 0.71 0.46 0.33 0.39 0.42 0.46 0.39
C4 0.10 0.20 0.16 0.18 0.07 0.17 0.09 0.30 0.12 0.19 0.19 0.14 0.12 0.17 0.11 0.40 0.14 0.12 0.39 0.52 0.56 0.48
C4' 0.23 0.40 0.30 0.27 0.23 0.25 0.17 0.31 0.19 0.18 0.32 0.35 0.21 0.19 0.20 0.58 0.30 0.21 0.36 0.46 0.53 0.43
C5 0.14 0.20 0.16 0.22 0.08 0.19 0.13 0.29 0.12 0.27 0.20 0.12 0.13 0.27 0.16 0.41 0.17 0.16 0.37 0.51 0.58 0.48
C5' 0.24 0.45 0.30 0.29 0.27 0.26 0.22 0.32 0.28 0.19 0.41 0.39 0.25 0.20 0.22 0.54 0.27 0.23 0.37 0.47 0.54 0.45
C6 0.14 0.19 0.20 0.21 0.10 0.19 0.18 0.28 0.11 0.28 0.14 0.14 0.19 0.32 0.17 0.47 0.15 0.16 0.36 0.49 0.58 0.47
N1 0.18 0.17 0.27 0.25 0.13 0.22 0.20 0.30 0.18 0.25 0.09 0.17 0.30 0.29 0.18 0.55 0.26 0.18 0.37 0.47 0.54 0.45
N3 0.17 0.20 0.28 0.27 0.07 0.25 0.11 0.36 0.13 0.19 0.19 0.13 0.17 0.18 0.15 0.52 0.24 0.19 0.44 0.52 0.54 0.48
O2 0.32 0.19 0.42 0.45 0.18 0.37 0.19 0.42 0.26 0.23 0.25 0.21 0.34 0.22 0.24 0.67 0.53 0.31 0.46 0.51 0.52 0.47
O2' 0.31 0.25 0.35 0.35 0.30 0.31 0.40 0.34 0.45 0.39 0.30 0.30 0.64 0.46 0.32 0.61 0.47 0.31 0.39 0.46 0.59 0.48
O3' 0.41 0.58 0.44 0.40 0.42 0.40 0.33 0.41 0.35 0.29 0.50 0.54 0.27 0.26 0.38 0.70 0.50 0.39 0.42 0.42 0.43 0.39
O4 0.11 0.25 0.12 0.19 0.17 0.14 0.18 0.30 0.21 0.16 0.25 0.22 0.20 0.17 0.12 0.34 0.24 0.08 0.40 0.55 0.58 0.51
O4' 0.19 0.24 0.26 0.25 0.15 0.22 0.18 0.29 0.16 0.24 0.16 0.23 0.28 0.28 0.17 0.52 0.25 0.18 0.38 0.50 0.59 0.47
O5' 0.38 0.49 0.47 0.38 0.39 0.42 0.37 0.55 0.39 0.38 0.48 0.44 0.36 0.38 0.37 0.76 0.37 0.39 0.63 0.77 0.83 0.73
OP1 0.33 0.61 0.32 0.36 0.42 0.34 0.41 0.37 0.52 0.31 0.63 0.51 0.53 0.34 0.34 0.50 0.30 0.33 0.39 0.47 0.50 0.45
OP2 0.36 0.64 0.32 0.42 0.45 0.36 0.44 0.36 0.56 0.33 0.67 0.54 0.54 0.34 0.36 0.34 0.40 0.34 0.38 0.53 0.58 0.48
P 0.24 0.50 0.27 0.30 0.31 0.28 0.30 0.36 0.40 0.24 0.52 0.40 0.40 0.25 0.24 0.46 0.25 0.25 0.40 0.55 0.59 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.10 0.10 0.16 0.11
C2 0.07 0.00 0.16 0.13 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.38 0.33 0.08 0.10 0.10 0.19 0.12
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.14 0.10 0.04 0.14 0.15 0.10 0.04 0.03 0.00 0.05 0.02 0.24 0.30 0.30 0.26
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.10 0.21 0.10 0.13 0.12 0.19 0.10 0.03 0.01 0.01 0.13 0.14 0.15 0.12
C4 0.03 0.02 0.09 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.17 0.04 0.09 0.09 0.18 0.11
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.18 0.04 0.00 0.02 0.07 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.28 0.09 0.01 0.09 0.12 0.20 0.13
C5' 0.04 0.05 0.14 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.03 0.07 0.07 0.02 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.04 0.01 0.10 0.10 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.33 0.14 0.02 0.10 0.13 0.21 0.14
C8 0.02 0.01 0.04 0.21 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.14 0.12 0.06 0.09 0.11 0.18 0.13
N1 0.06 0.01 0.14 0.10 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.38 0.25 0.06 0.10 0.11 0.20 0.13
N3 0.06 0.01 0.15 0.13 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.33 0.08 0.10 0.11 0.18 0.11
N6 0.04 0.02 0.10 0.12 0.02 0.05 0.02 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.33 0.10 0.02 0.12 0.17 0.24 0.17
N7 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.20 0.10 0.04 0.09 0.13 0.20 0.14
N9 0.00 0.03 0.03 0.10 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.14 0.08 0.01 0.09 0.09 0.17 0.11
O2' 0.01 0.38 0.00 0.03 0.27 0.18 0.28 0.07 0.33 0.14 0.38 0.34 0.33 0.20 0.14 0.00 0.12 0.12 0.19 0.28 0.35 0.24
O3' 0.17 0.33 0.05 0.01 0.17 0.04 0.09 0.07 0.14 0.12 0.25 0.33 0.10 0.10 0.08 0.12 0.00 0.15 0.15 0.21 0.21 0.17
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.08 0.02 0.04 0.01 0.12 0.15 0.00 0.10 0.09 0.13 0.10
O5' 0.10 0.10 0.24 0.13 0.09 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.19 0.15 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.10 0.30 0.14 0.09 0.07 0.12 0.08 0.13 0.11 0.11 0.11 0.17 0.13 0.09 0.28 0.21 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.19 0.30 0.15 0.18 0.04 0.20 0.03 0.21 0.18 0.20 0.18 0.24 0.20 0.17 0.35 0.21 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.12 0.26 0.12 0.11 0.02 0.13 0.02 0.14 0.13 0.13 0.11 0.17 0.14 0.11 0.24 0.17 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00