ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50743

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.008, 0.053, 0.098, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.053 std_dev=0.045
O2 A 0, 0.036, 0.081, 0.127, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.081 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.074, 0.178, 0.282, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.178 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.024, 0.240, 0.456, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.240 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.150, 0.376, 0.602, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.376 std_dev=0.226
N7 B 0, 0.159, 0.388, 0.618, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.388 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.137, 0.367, 0.597, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.367 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.150, 0.387, 0.624, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.387 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.115, 0.354, 0.593, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.354 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.184, 0.434, 0.684, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.434 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.170, 0.430, 0.689, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.430 std_dev=0.259
C8 B 0, 0.126, 0.390, 0.653, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.390 std_dev=0.263
C2' A 0, -0.036, 0.234, 0.504, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.234 std_dev=0.270
N9 B 0, 0.104, 0.377, 0.649, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.377 std_dev=0.273
O4' A 0, -0.045, 0.252, 0.549, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.252 std_dev=0.297
O5' A 0, 0.134, 0.447, 0.761, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.447 std_dev=0.313
N6 B 0, 0.215, 0.536, 0.856, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.536 std_dev=0.320
C4' A 0, -0.030, 0.307, 0.645, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.307 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.195, 0.541, 0.887, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.541 std_dev=0.346
C1' B 0, 0.139, 0.510, 0.880, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.510 std_dev=0.371
O4' B 0, 0.159, 0.614, 1.069, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.614 std_dev=0.455
O2' A 0, -0.111, 0.395, 0.901, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.395 std_dev=0.506
C3' B 0, 0.240, 0.761, 1.281, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.761 std_dev=0.521
C4' B 0, 0.224, 0.747, 1.270, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.747 std_dev=0.523
O5' B 0, 0.222, 0.819, 1.417, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.819 std_dev=0.598
C5' A 0, -0.078, 0.521, 1.120, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.521 std_dev=0.599
C5' B 0, 0.222, 0.858, 1.495, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.858 std_dev=0.637
P A 0, 0.171, 0.813, 1.454, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.813 std_dev=0.641
OP1 A 0, 0.133, 0.862, 1.591, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.862 std_dev=0.729
O2' B 0, 0.237, 1.074, 1.911, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.074 std_dev=0.837
O3' B 0, 0.343, 1.218, 2.094, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.218 std_dev=0.875
OP2 A 0, 0.258, 1.140, 2.022, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.140 std_dev=0.882
OP2 B 0, 0.309, 1.230, 2.151, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.230 std_dev=0.921
P B 0, 0.128, 1.050, 1.973, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.050 std_dev=0.923
OP1 B 0, 0.097, 1.280, 2.462, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.280 std_dev=1.183

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.09 0.04 0.00 0.10 0.12 0.18 0.10
C2 0.04 0.00 0.07 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.07 0.14 0.14 0.09 0.12
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.02 0.13 0.04 0.14 0.04 0.05 0.14 0.01 0.03 0.07 0.01 0.33 0.33 0.44 0.35
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.22 0.25 0.47 0.26
C4 0.04 0.01 0.07 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.14 0.11 0.01 0.06 0.13 0.13 0.25 0.16
C4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.10 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.09 0.28 0.06
C5 0.03 0.02 0.13 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.10 0.03 0.09 0.12 0.13 0.28 0.16
C5' 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.08 0.02 0.06 0.08 0.01 0.01 0.05 0.24 0.03
C6 0.03 0.01 0.14 0.07 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.10 0.03 0.10 0.13 0.12 0.16 0.13
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.10 0.03 0.02 0.14 0.13 0.08 0.12
N3 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.11 0.01 0.05 0.13 0.12 0.14 0.12
O2 0.07 0.00 0.14 0.06 0.01 0.10 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.19 0.14 0.03 0.14 0.16 0.17 0.12 0.13
O2' 0.04 0.09 0.01 0.01 0.14 0.02 0.20 0.02 0.20 0.09 0.08 0.19 0.00 0.03 0.15 0.03 0.32 0.35 0.54 0.38
O3' 0.09 0.11 0.03 0.00 0.11 0.02 0.10 0.06 0.10 0.10 0.11 0.14 0.03 0.00 0.11 0.06 0.11 0.18 0.52 0.20
O4 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.03 0.01 0.03 0.15 0.11 0.00 0.07 0.13 0.15 0.33 0.18
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.05 0.14 0.03 0.06 0.07 0.00 0.09 0.08 0.18 0.09
O5' 0.10 0.14 0.33 0.22 0.13 0.02 0.12 0.01 0.13 0.14 0.13 0.16 0.32 0.11 0.13 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.14 0.33 0.25 0.13 0.09 0.13 0.05 0.12 0.13 0.12 0.17 0.35 0.18 0.15 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.09 0.44 0.47 0.25 0.28 0.28 0.24 0.16 0.08 0.14 0.12 0.54 0.52 0.33 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.12 0.35 0.26 0.16 0.06 0.16 0.03 0.13 0.12 0.12 0.13 0.38 0.20 0.18 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.19 0.11 0.18 0.13 0.10 0.10 0.15 0.14 0.08 0.18 0.17 0.14 0.09 0.09 0.50 0.30 0.09 0.25 0.18 0.27 0.18
C2 0.14 0.19 0.19 0.18 0.13 0.14 0.08 0.16 0.05 0.12 0.11 0.19 0.11 0.13 0.12 0.22 0.45 0.13 0.31 0.24 0.28 0.22
C2' 0.26 0.19 0.26 0.31 0.18 0.24 0.12 0.29 0.14 0.15 0.16 0.20 0.18 0.09 0.20 0.70 0.36 0.22 0.38 0.29 0.39 0.30
C3' 0.10 0.15 0.11 0.24 0.11 0.13 0.12 0.18 0.16 0.09 0.16 0.13 0.20 0.12 0.08 0.69 0.27 0.11 0.24 0.16 0.22 0.16
C4 0.10 0.11 0.23 0.19 0.07 0.16 0.14 0.13 0.18 0.12 0.14 0.11 0.23 0.17 0.07 0.22 0.66 0.14 0.30 0.24 0.33 0.23
C4' 0.15 0.13 0.19 0.28 0.12 0.21 0.14 0.22 0.14 0.21 0.14 0.11 0.18 0.20 0.15 0.60 0.29 0.19 0.25 0.19 0.19 0.19
C5 0.14 0.16 0.19 0.20 0.15 0.17 0.18 0.15 0.19 0.15 0.17 0.16 0.21 0.18 0.12 0.13 0.62 0.17 0.28 0.26 0.37 0.24
C5' 0.27 0.15 0.30 0.39 0.22 0.36 0.26 0.37 0.21 0.38 0.17 0.17 0.24 0.35 0.29 0.61 0.40 0.34 0.42 0.36 0.33 0.38
C6 0.16 0.16 0.14 0.18 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15 0.16 0.18 0.18 0.13 0.26 0.47 0.15 0.27 0.24 0.35 0.23
N1 0.13 0.16 0.14 0.17 0.11 0.11 0.08 0.14 0.10 0.09 0.13 0.16 0.12 0.12 0.09 0.33 0.40 0.11 0.27 0.20 0.29 0.19
N3 0.13 0.15 0.23 0.18 0.10 0.15 0.10 0.14 0.11 0.13 0.06 0.17 0.19 0.16 0.11 0.17 0.56 0.13 0.31 0.25 0.30 0.23
O2 0.16 0.24 0.18 0.19 0.18 0.16 0.15 0.21 0.12 0.16 0.18 0.23 0.11 0.17 0.16 0.28 0.42 0.16 0.34 0.29 0.28 0.27
O2' 0.49 0.38 0.46 0.47 0.44 0.47 0.41 0.52 0.33 0.47 0.33 0.42 0.26 0.43 0.47 0.78 0.52 0.47 0.64 0.54 0.60 0.55
O3' 0.16 0.27 0.14 0.26 0.20 0.15 0.20 0.19 0.25 0.12 0.27 0.23 0.27 0.14 0.15 0.68 0.27 0.14 0.29 0.20 0.23 0.20
O4 0.12 0.12 0.26 0.24 0.11 0.21 0.18 0.17 0.23 0.15 0.21 0.08 0.28 0.19 0.10 0.36 0.77 0.17 0.31 0.27 0.36 0.25
O4' 0.19 0.13 0.24 0.27 0.13 0.23 0.14 0.22 0.12 0.24 0.13 0.12 0.15 0.21 0.18 0.53 0.33 0.21 0.27 0.22 0.23 0.21
O5' 0.12 0.15 0.08 0.19 0.12 0.13 0.11 0.18 0.12 0.11 0.14 0.14 0.11 0.09 0.12 0.63 0.28 0.10 0.12 0.16 0.30 0.18
OP1 0.15 0.15 0.14 0.22 0.17 0.20 0.18 0.28 0.17 0.22 0.15 0.15 0.17 0.22 0.19 0.63 0.51 0.19 0.28 0.20 0.29 0.26
OP2 0.31 0.15 0.42 0.38 0.17 0.35 0.19 0.35 0.19 0.23 0.14 0.20 0.25 0.27 0.21 0.86 0.53 0.30 0.27 0.12 0.20 0.15
P 0.10 0.10 0.12 0.21 0.10 0.18 0.12 0.22 0.12 0.15 0.11 0.10 0.14 0.15 0.12 0.62 0.43 0.14 0.18 0.11 0.21 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.39 0.01 0.21 0.17 0.28 0.16
C2 0.06 0.00 0.10 0.09 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.62 0.12 0.27 0.23 0.24 0.19
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.21 0.04 0.15 0.07 0.11 0.07 0.12 0.04 0.00 0.07 0.04 0.36 0.36 0.51 0.41
C3' 0.04 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.07 0.17 0.05 0.10 0.09 0.16 0.07 0.02 0.01 0.02 0.11 0.12 0.19 0.06
C4 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.45 0.06 0.28 0.21 0.24 0.18
C4' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.09 0.08 0.11 0.04 0.07 0.03 0.14 0.05 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.34 0.03 0.32 0.25 0.25 0.22
C5' 0.09 0.17 0.21 0.02 0.15 0.00 0.17 0.00 0.17 0.18 0.17 0.16 0.17 0.19 0.14 0.07 0.22 0.03 0.01 0.15 0.12 0.02
C6 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.40 0.06 0.33 0.28 0.26 0.24
C8 0.04 0.01 0.15 0.17 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.45 0.14 0.06 0.33 0.23 0.26 0.21
N1 0.05 0.01 0.07 0.05 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.53 0.09 0.30 0.27 0.24 0.22
N3 0.06 0.01 0.11 0.10 0.01 0.11 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.16 0.62 0.13 0.25 0.20 0.24 0.17
N6 0.02 0.03 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.28 0.35 0.04 0.36 0.31 0.27 0.28
N7 0.03 0.02 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.44 0.18 0.04 0.35 0.26 0.27 0.25
N9 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.30 0.01 0.27 0.19 0.25 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.09 0.14 0.25 0.07 0.18 0.45 0.06 0.16 0.28 0.44 0.18 0.00 0.09 0.07 0.36 0.36 0.69 0.49
O3' 0.39 0.62 0.07 0.01 0.45 0.05 0.34 0.22 0.40 0.14 0.53 0.62 0.35 0.18 0.30 0.09 0.00 0.27 0.26 0.34 0.45 0.31
O4' 0.01 0.12 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.09 0.13 0.04 0.04 0.01 0.07 0.27 0.00 0.25 0.22 0.25 0.18
O5' 0.21 0.27 0.36 0.11 0.28 0.01 0.32 0.01 0.33 0.33 0.30 0.25 0.36 0.35 0.27 0.36 0.26 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.23 0.36 0.12 0.21 0.09 0.25 0.15 0.28 0.23 0.27 0.20 0.31 0.26 0.19 0.36 0.34 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.24 0.51 0.19 0.24 0.15 0.25 0.12 0.26 0.26 0.24 0.24 0.27 0.27 0.25 0.69 0.45 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.19 0.41 0.06 0.18 0.03 0.22 0.02 0.24 0.21 0.22 0.17 0.28 0.25 0.17 0.49 0.31 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00