ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50744

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.039, 0.063, 0.086, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.063 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.161, 0.274, 0.387, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.274 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.218, 0.352, 0.485, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.352 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.295, 0.456, 0.616, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.456 std_dev=0.161
O2' A 0, 0.355, 0.559, 0.763, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.559 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.351, 0.555, 0.759, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.555 std_dev=0.204
N9 B 0, 0.339, 0.594, 0.848, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.594 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.207, 0.475, 0.743, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.475 std_dev=0.268
C5' A 0, 0.502, 0.781, 1.060, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.781 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.431, 0.729, 1.028, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.729 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.448, 0.762, 1.076, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.762 std_dev=0.314
C4 B 0, 0.394, 0.713, 1.032, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.713 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.217, 0.542, 0.866, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.542 std_dev=0.325
C5 B 0, 0.351, 0.677, 1.002, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.677 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.441, 0.769, 1.096, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.769 std_dev=0.327
O3' A 0, 0.576, 0.913, 1.250, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.913 std_dev=0.337
O2' B 0, 0.389, 0.727, 1.066, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.727 std_dev=0.339
O5' A 0, 0.349, 0.691, 1.032, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.691 std_dev=0.342
O4' B 0, 0.498, 0.871, 1.243, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.871 std_dev=0.373
C4' B 0, 0.500, 0.879, 1.258, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.879 std_dev=0.379
P A 0, 0.358, 0.738, 1.118, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.738 std_dev=0.380
O3' B 0, 0.312, 0.709, 1.107, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.709 std_dev=0.397
OP2 A 0, 0.378, 0.780, 1.183, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.780 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.606, 1.017, 1.429, 1.520 max_d=1.520 avg_d=1.017 std_dev=0.411
OP1 A 0, 0.415, 0.826, 1.237, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.826 std_dev=0.411
C6 B 0, 0.540, 0.965, 1.390, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.965 std_dev=0.425
C2 B 0, 0.740, 1.202, 1.664, 1.774 max_d=1.774 avg_d=1.202 std_dev=0.462
N1 B 0, 0.718, 1.194, 1.670, 1.805 max_d=1.805 avg_d=1.194 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.552, 1.031, 1.510, 1.577 max_d=1.577 avg_d=1.031 std_dev=0.479
N6 B 0, 0.619, 1.135, 1.651, 1.791 max_d=1.791 avg_d=1.135 std_dev=0.516
OP2 B 0, 0.716, 1.309, 1.902, 2.072 max_d=2.072 avg_d=1.309 std_dev=0.593
O5' B 0, 0.662, 1.260, 1.858, 1.926 max_d=1.926 avg_d=1.260 std_dev=0.598
P B 0, 0.573, 1.261, 1.950, 2.072 max_d=2.072 avg_d=1.261 std_dev=0.688
OP1 B 0, 1.043, 1.963, 2.884, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.963 std_dev=0.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.10 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.13 0.14 0.11 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.12 0.00 0.05 0.10 0.08 0.05
C4 0.03 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.21 0.21 0.20 0.21
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.10 0.01 0.02 0.09 0.05 0.03
C5 0.03 0.01 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.07 0.22 0.21 0.18 0.21
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.06 0.08 0.04 0.04 0.02 0.15 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02
C6 0.03 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.06 0.18 0.16 0.10 0.14
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.12 0.12 0.08 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.17 0.17 0.16 0.16
O2 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.04 0.12 0.13 0.10 0.10
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.11 0.09 0.06
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.11 0.02 0.12 0.02 0.09 0.04 0.07 0.07 0.05 0.00 0.13 0.02 0.09 0.13 0.12 0.08
O4 0.04 0.02 0.05 0.12 0.01 0.10 0.02 0.15 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.13 0.00 0.07 0.24 0.25 0.26 0.25
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.08 0.10 0.06 0.05
O5' 0.07 0.13 0.03 0.05 0.21 0.02 0.22 0.01 0.18 0.12 0.17 0.12 0.04 0.09 0.24 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.10 0.14 0.10 0.10 0.21 0.09 0.21 0.09 0.16 0.12 0.17 0.13 0.11 0.13 0.25 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.11 0.08 0.08 0.20 0.05 0.18 0.04 0.10 0.08 0.16 0.10 0.09 0.12 0.26 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.04 0.11 0.05 0.05 0.21 0.03 0.21 0.02 0.14 0.09 0.16 0.10 0.06 0.08 0.25 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.31 0.21 0.20 0.22 0.16 0.15 0.12 0.17 0.11 0.26 0.30 0.10 0.10 0.18 0.31 0.27 0.17 0.17 0.17 0.49 0.26
C2 0.23 0.33 0.21 0.22 0.21 0.21 0.16 0.14 0.19 0.13 0.28 0.30 0.24 0.15 0.18 0.29 0.29 0.21 0.20 0.16 0.45 0.25
C2' 0.19 0.28 0.18 0.17 0.20 0.12 0.15 0.10 0.16 0.13 0.25 0.25 0.10 0.12 0.17 0.27 0.21 0.14 0.15 0.18 0.49 0.26
C3' 0.18 0.25 0.17 0.15 0.18 0.10 0.14 0.15 0.16 0.14 0.23 0.23 0.11 0.12 0.16 0.25 0.18 0.14 0.10 0.17 0.47 0.24
C4 0.25 0.29 0.23 0.24 0.20 0.24 0.17 0.20 0.17 0.19 0.19 0.30 0.24 0.23 0.20 0.29 0.31 0.23 0.24 0.20 0.42 0.25
C4' 0.20 0.28 0.20 0.17 0.20 0.10 0.14 0.17 0.17 0.12 0.24 0.26 0.11 0.09 0.17 0.29 0.23 0.14 0.10 0.17 0.46 0.23
C5 0.25 0.28 0.23 0.23 0.21 0.21 0.12 0.21 0.08 0.15 0.17 0.31 0.15 0.18 0.20 0.34 0.31 0.21 0.23 0.20 0.45 0.26
C5' 0.21 0.26 0.21 0.19 0.20 0.11 0.14 0.23 0.17 0.12 0.23 0.25 0.14 0.09 0.18 0.30 0.24 0.16 0.10 0.19 0.45 0.23
C6 0.24 0.31 0.23 0.22 0.23 0.18 0.12 0.18 0.11 0.10 0.23 0.32 0.07 0.10 0.19 0.34 0.29 0.19 0.21 0.19 0.48 0.27
N1 0.23 0.32 0.22 0.21 0.22 0.18 0.13 0.13 0.15 0.10 0.26 0.31 0.13 0.10 0.18 0.31 0.28 0.19 0.20 0.17 0.48 0.26
N3 0.24 0.33 0.21 0.23 0.21 0.24 0.17 0.17 0.21 0.16 0.27 0.30 0.27 0.19 0.19 0.27 0.30 0.23 0.22 0.17 0.43 0.24
O2 0.22 0.32 0.20 0.22 0.21 0.22 0.18 0.13 0.22 0.14 0.29 0.29 0.28 0.16 0.18 0.27 0.28 0.21 0.20 0.15 0.46 0.25
O2' 0.18 0.27 0.18 0.16 0.19 0.12 0.15 0.09 0.16 0.14 0.24 0.24 0.12 0.14 0.16 0.27 0.20 0.14 0.14 0.18 0.48 0.26
O3' 0.12 0.21 0.12 0.11 0.12 0.08 0.10 0.21 0.14 0.12 0.21 0.17 0.13 0.10 0.11 0.20 0.12 0.11 0.08 0.14 0.41 0.19
O4 0.27 0.24 0.26 0.27 0.21 0.29 0.23 0.26 0.22 0.27 0.18 0.26 0.28 0.29 0.24 0.29 0.34 0.27 0.27 0.25 0.40 0.26
O4' 0.22 0.31 0.22 0.20 0.22 0.14 0.15 0.16 0.17 0.10 0.26 0.30 0.09 0.08 0.19 0.33 0.28 0.16 0.15 0.17 0.48 0.25
O5' 0.21 0.25 0.21 0.19 0.20 0.12 0.13 0.23 0.15 0.12 0.21 0.25 0.13 0.10 0.18 0.29 0.25 0.16 0.12 0.17 0.43 0.22
OP1 0.27 0.25 0.29 0.28 0.22 0.19 0.17 0.30 0.18 0.17 0.22 0.26 0.19 0.12 0.23 0.33 0.32 0.22 0.20 0.30 0.49 0.30
OP2 0.22 0.21 0.25 0.23 0.17 0.14 0.11 0.30 0.13 0.10 0.17 0.23 0.17 0.13 0.16 0.32 0.31 0.16 0.11 0.18 0.39 0.19
P 0.23 0.23 0.24 0.22 0.19 0.14 0.13 0.29 0.14 0.11 0.19 0.24 0.15 0.09 0.18 0.30 0.29 0.17 0.13 0.21 0.43 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.10 0.22 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.08 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.13 0.02 0.14 0.10 0.28 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.11 0.03 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.11 0.24 0.09
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.19 0.21 0.21 0.14
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.15 0.07 0.32 0.13
C4' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.23 0.06 0.13
C5 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.17 0.12 0.40 0.19
C5' 0.04 0.03 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.13 0.23 0.07 0.03 0.17 0.23 0.12 0.07 0.07 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.08 0.04 0.17 0.12 0.40 0.19
C8 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.23 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.17 0.14 0.43 0.22
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.10 0.03 0.15 0.09 0.34 0.15
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.12 0.02 0.13 0.10 0.25 0.11
N6 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.06 0.05 0.18 0.17 0.46 0.23
N7 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.08 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.18 0.17 0.47 0.24
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.15 0.06 0.32 0.14
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.07 0.04 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.11 0.08 0.07 0.03 0.00 0.06 0.02 0.15 0.17 0.22 0.08
O3' 0.07 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.12 0.06 0.06 0.06 0.06 0.00 0.07 0.13 0.35 0.19 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.11 0.15 0.09
O5' 0.12 0.14 0.15 0.19 0.15 0.01 0.17 0.01 0.17 0.17 0.15 0.13 0.18 0.18 0.15 0.15 0.13 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.10 0.11 0.21 0.07 0.23 0.12 0.09 0.12 0.14 0.09 0.10 0.17 0.17 0.06 0.17 0.35 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.28 0.24 0.21 0.32 0.06 0.40 0.07 0.40 0.43 0.34 0.25 0.46 0.47 0.32 0.22 0.19 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.09 0.14 0.13 0.13 0.19 0.01 0.19 0.22 0.15 0.11 0.23 0.24 0.14 0.08 0.21 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00