ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50747

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.015, 0.041, 0.066, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.041 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.014, 0.129, 0.243, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.129 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.013, 0.170, 0.327, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.170 std_dev=0.157
P A 0, 0.068, 0.237, 0.405, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.237 std_dev=0.169
O3' A 0, 0.051, 0.253, 0.456, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.253 std_dev=0.202
OP1 A 0, 0.088, 0.290, 0.493, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.290 std_dev=0.203
C2' A 0, 0.048, 0.254, 0.461, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.254 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.031, 0.252, 0.472, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.252 std_dev=0.221
OP2 A 0, 0.136, 0.357, 0.578, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.357 std_dev=0.221
O5' A 0, 0.060, 0.331, 0.602, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.331 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.180, 0.454, 0.728, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.454 std_dev=0.274
O2' A 0, 0.051, 0.337, 0.623, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.337 std_dev=0.286
C4' B 0, 0.204, 0.493, 0.781, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.493 std_dev=0.289
P B 0, 0.188, 0.488, 0.789, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.488 std_dev=0.301
OP1 B 0, 0.202, 0.536, 0.870, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.536 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.220, 0.574, 0.928, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.574 std_dev=0.354
C5' A 0, -0.058, 0.321, 0.700, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.321 std_dev=0.379
C3' B 0, 0.264, 0.659, 1.053, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.659 std_dev=0.395
N9 B 0, 0.268, 0.668, 1.067, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.668 std_dev=0.399
C8 B 0, 0.281, 0.690, 1.098, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.690 std_dev=0.408
C2' B 0, 0.276, 0.708, 1.140, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.708 std_dev=0.432
C5' B 0, 0.241, 0.677, 1.113, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.677 std_dev=0.436
C4 B 0, 0.296, 0.732, 1.169, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.732 std_dev=0.437
N7 B 0, 0.314, 0.767, 1.220, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.767 std_dev=0.453
N3 B 0, 0.300, 0.756, 1.211, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.756 std_dev=0.456
OP2 B 0, 0.298, 0.760, 1.223, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.760 std_dev=0.462
O5' B 0, 0.269, 0.739, 1.208, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.739 std_dev=0.469
O3' B 0, 0.311, 0.781, 1.250, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.781 std_dev=0.470
C5 B 0, 0.317, 0.787, 1.257, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.787 std_dev=0.470
C2 B 0, 0.321, 0.834, 1.348, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.834 std_dev=0.513
C6 B 0, 0.341, 0.877, 1.413, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.877 std_dev=0.536
N1 B 0, 0.337, 0.891, 1.445, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.891 std_dev=0.554
O2' B 0, 0.362, 0.920, 1.478, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.920 std_dev=0.558
N6 B 0, 0.379, 0.989, 1.600, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.989 std_dev=0.610

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.25 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.07 0.08 0.25 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.04 0.04 0.09 0.00 0.03 0.06 0.01 0.20 0.16 0.15 0.12
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.30 0.22 0.11 0.17
C4 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01 0.10 0.07 0.23 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.04 0.13 0.08 0.25 0.08
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.09 0.01 0.01 0.08 0.27 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.05 0.12 0.07 0.27 0.08
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.07 0.26 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.08 0.25 0.08
O2 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.07 0.07 0.09 0.24 0.08
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.09 0.05 0.09 0.04 0.03 0.08 0.00 0.06 0.07 0.05 0.10 0.13 0.18 0.07
O3' 0.02 0.04 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.04 0.06 0.06 0.00 0.06 0.02 0.28 0.25 0.09 0.19
O4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02 0.11 0.07 0.21 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.13 0.08 0.29 0.11
O5' 0.05 0.07 0.20 0.30 0.10 0.02 0.13 0.01 0.12 0.07 0.08 0.07 0.10 0.28 0.11 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.08 0.16 0.22 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.13 0.25 0.07 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.25 0.15 0.11 0.23 0.24 0.25 0.27 0.27 0.26 0.25 0.24 0.18 0.09 0.21 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.12 0.17 0.08 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.19 0.07 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.07 0.11 0.11 0.12 0.19 0.16 0.20 0.18 0.15 0.14 0.09 0.23 0.18 0.13 0.13 0.16 0.16 0.29 0.21 0.03 0.14
C2 0.10 0.01 0.06 0.11 0.07 0.16 0.12 0.08 0.12 0.13 0.07 0.06 0.16 0.15 0.09 0.07 0.21 0.13 0.17 0.28 0.13 0.13
C2' 0.08 0.09 0.09 0.04 0.11 0.14 0.13 0.22 0.13 0.12 0.11 0.09 0.16 0.13 0.11 0.13 0.06 0.11 0.43 0.29 0.12 0.27
C3' 0.10 0.19 0.14 0.08 0.18 0.12 0.22 0.22 0.26 0.19 0.25 0.14 0.29 0.22 0.16 0.20 0.06 0.08 0.48 0.29 0.23 0.31
C4 0.12 0.16 0.12 0.15 0.11 0.15 0.08 0.13 0.09 0.06 0.11 0.17 0.11 0.11 0.08 0.13 0.22 0.14 0.22 0.30 0.17 0.15
C4' 0.07 0.19 0.10 0.03 0.17 0.15 0.26 0.21 0.32 0.19 0.30 0.12 0.39 0.25 0.14 0.15 0.07 0.10 0.35 0.19 0.13 0.20
C5 0.10 0.18 0.10 0.13 0.10 0.16 0.08 0.18 0.09 0.08 0.12 0.18 0.14 0.12 0.06 0.11 0.18 0.15 0.30 0.28 0.14 0.16
C5' 0.14 0.30 0.18 0.08 0.28 0.12 0.38 0.18 0.46 0.30 0.44 0.22 0.55 0.38 0.23 0.25 0.09 0.07 0.40 0.21 0.20 0.24
C6 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08 0.18 0.12 0.21 0.13 0.12 0.07 0.14 0.20 0.16 0.08 0.10 0.16 0.16 0.32 0.26 0.10 0.15
N1 0.10 0.04 0.08 0.11 0.10 0.18 0.14 0.17 0.15 0.14 0.09 0.09 0.20 0.17 0.11 0.09 0.18 0.16 0.27 0.25 0.09 0.14
N3 0.11 0.08 0.08 0.13 0.05 0.13 0.08 0.08 0.08 0.10 0.05 0.10 0.12 0.13 0.07 0.10 0.23 0.12 0.16 0.30 0.16 0.14
O2 0.10 0.04 0.06 0.10 0.08 0.14 0.12 0.04 0.13 0.14 0.10 0.04 0.17 0.15 0.10 0.07 0.22 0.12 0.08 0.27 0.13 0.12
O2' 0.17 0.13 0.16 0.16 0.14 0.23 0.12 0.29 0.12 0.13 0.12 0.16 0.13 0.12 0.15 0.17 0.18 0.21 0.31 0.16 0.04 0.16
O3' 0.09 0.20 0.15 0.07 0.17 0.11 0.21 0.23 0.25 0.17 0.25 0.15 0.28 0.20 0.15 0.22 0.05 0.06 0.47 0.26 0.27 0.31
O4 0.15 0.19 0.15 0.17 0.15 0.15 0.11 0.14 0.12 0.05 0.15 0.19 0.12 0.09 0.12 0.18 0.24 0.15 0.21 0.32 0.20 0.16
O4' 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.18 0.19 0.19 0.25 0.15 0.21 0.07 0.32 0.20 0.10 0.10 0.15 0.15 0.29 0.19 0.05 0.15
O5' 0.22 0.28 0.22 0.22 0.21 0.27 0.15 0.29 0.13 0.14 0.20 0.28 0.09 0.12 0.19 0.24 0.25 0.26 0.34 0.18 0.08 0.15
OP1 0.05 0.07 0.07 0.10 0.03 0.19 0.12 0.25 0.16 0.11 0.08 0.08 0.28 0.17 0.03 0.10 0.14 0.15 0.38 0.19 0.07 0.18
OP2 0.22 0.17 0.23 0.23 0.22 0.26 0.27 0.31 0.27 0.28 0.21 0.17 0.33 0.30 0.23 0.23 0.26 0.24 0.50 0.40 0.28 0.37
P 0.06 0.10 0.08 0.10 0.03 0.18 0.09 0.23 0.11 0.09 0.05 0.10 0.21 0.13 0.03 0.10 0.15 0.15 0.36 0.21 0.08 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.33 0.41 0.11 0.19
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.16 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.14 0.57 0.37 0.16 0.33
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.38 0.43 0.09 0.23
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.38 0.18 0.11
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.08 0.51 0.41 0.06 0.28
C4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.14 0.15 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.34 0.29 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.05 0.52 0.41 0.08 0.30
C5' 0.04 0.31 0.06 0.01 0.19 0.00 0.17 0.00 0.22 0.05 0.28 0.29 0.21 0.10 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.38 0.40 0.03
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.07 0.56 0.40 0.13 0.32
C8 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.04 0.42 0.43 0.05 0.25
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.11 0.57 0.38 0.17 0.34
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.15 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.14 0.55 0.38 0.10 0.30
N6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.06 0.56 0.40 0.14 0.33
N7 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.08 0.02 0.47 0.43 0.05 0.28
N9 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.44 0.42 0.05 0.25
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.05 0.00 0.04 0.01 0.35 0.41 0.09 0.24
O3' 0.07 0.06 0.03 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.04 0.00 0.05 0.09 0.30 0.20 0.03
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.11 0.14 0.06 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.24 0.39 0.19 0.12
O5' 0.33 0.57 0.38 0.12 0.51 0.01 0.52 0.01 0.56 0.42 0.57 0.55 0.56 0.47 0.44 0.35 0.09 0.24 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.41 0.37 0.43 0.38 0.41 0.34 0.41 0.38 0.40 0.43 0.38 0.38 0.40 0.43 0.42 0.41 0.30 0.39 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.16 0.09 0.18 0.06 0.29 0.08 0.40 0.13 0.05 0.17 0.10 0.14 0.05 0.05 0.09 0.20 0.19 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.33 0.23 0.11 0.28 0.01 0.30 0.03 0.32 0.25 0.34 0.30 0.33 0.28 0.25 0.24 0.03 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00