ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50749

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, -0.002, 0.020, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.006, 0.044, 0.081, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.044 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.025, 0.065, 0.106, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.065 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.050, 0.147, 0.244, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.147 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.063, 0.174, 0.285, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.174 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.088, 0.241, 0.394, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.241 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.041, 0.226, 0.411, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.226 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.097, 0.308, 0.519, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.308 std_dev=0.211
O4' B 0, 0.172, 0.412, 0.653, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.412 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.133, 0.376, 0.619, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.376 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.088, 0.353, 0.619, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.353 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.183, 0.450, 0.717, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.450 std_dev=0.267
C5' A 0, 0.148, 0.419, 0.689, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.419 std_dev=0.270
O5' A 0, 0.131, 0.417, 0.703, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.417 std_dev=0.286
C4 B 0, 0.140, 0.434, 0.727, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.434 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.220, 0.537, 0.853, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.537 std_dev=0.317
C5 B 0, 0.212, 0.533, 0.853, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.533 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.187, 0.508, 0.829, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.508 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.131, 0.463, 0.795, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.463 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.073, 0.409, 0.744, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.409 std_dev=0.335
P A 0, 0.199, 0.547, 0.895, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.547 std_dev=0.348
C8 B 0, 0.211, 0.570, 0.929, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.570 std_dev=0.359
O3' A 0, 0.146, 0.508, 0.871, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.508 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.205, 0.572, 0.940, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.572 std_dev=0.367
N7 B 0, 0.253, 0.625, 0.997, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.625 std_dev=0.372
C2' B 0, 0.192, 0.569, 0.945, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.569 std_dev=0.377
N6 B 0, 0.257, 0.634, 1.011, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.634 std_dev=0.377
C5' B 0, 0.180, 0.564, 0.947, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.564 std_dev=0.384
O5' B 0, 0.181, 0.595, 1.009, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.595 std_dev=0.414
OP1 A 0, 0.252, 0.681, 1.109, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.681 std_dev=0.429
P B 0, 0.169, 0.617, 1.064, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.617 std_dev=0.447
C3' B 0, 0.255, 0.712, 1.170, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.712 std_dev=0.457
OP2 B 0, 0.168, 0.627, 1.086, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.627 std_dev=0.459
OP1 B 0, 0.168, 0.726, 1.284, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.726 std_dev=0.558
O2' B 0, 0.258, 0.948, 1.639, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.948 std_dev=0.690
O3' B 0, 0.209, 1.079, 1.948, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.079 std_dev=0.870

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.02 0.10 0.10 0.08 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.11 0.00 0.08 0.02 0.09 0.05
C4 0.02 0.03 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.11 0.00 0.02 0.18 0.18 0.18 0.16
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.03 0.03 0.02 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.14 0.01 0.03 0.20 0.19 0.18 0.17
C5' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.11 0.06 0.09 0.02 0.01 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.02 0.16 0.13 0.09 0.10
N1 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.10 0.09 0.05 0.05
N3 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.07 0.01 0.01 0.14 0.14 0.14 0.12
O2 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.08 0.10 0.00 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02
O3' 0.03 0.04 0.03 0.01 0.11 0.02 0.14 0.01 0.11 0.05 0.07 0.05 0.08 0.00 0.13 0.02 0.11 0.07 0.13 0.08
O4 0.02 0.03 0.02 0.11 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.13 0.00 0.02 0.19 0.21 0.21 0.18
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05
O5' 0.03 0.10 0.04 0.08 0.18 0.01 0.20 0.00 0.16 0.10 0.14 0.05 0.02 0.11 0.19 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.10 0.02 0.02 0.18 0.04 0.19 0.05 0.13 0.09 0.14 0.06 0.04 0.07 0.21 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.07 0.09 0.18 0.03 0.18 0.01 0.09 0.05 0.14 0.05 0.05 0.13 0.21 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.04 0.05 0.16 0.02 0.17 0.01 0.10 0.05 0.12 0.03 0.02 0.08 0.18 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.14 0.10 0.03 0.06 0.09 0.04 0.12 0.05 0.08 0.05 0.16 0.10 0.04 0.03 0.07 0.08 0.07 0.02 0.04 0.02
C2 0.17 0.10 0.12 0.22 0.11 0.13 0.09 0.09 0.12 0.08 0.10 0.14 0.17 0.08 0.14 0.12 0.10 0.14 0.16 0.09 0.14 0.10
C2' 0.02 0.04 0.19 0.07 0.06 0.04 0.12 0.04 0.12 0.11 0.07 0.04 0.15 0.15 0.06 0.01 0.08 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03
C3' 0.08 0.08 0.31 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.10 0.04 0.06 0.05 0.09 0.08 0.16 0.15 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01
C4 0.16 0.16 0.19 0.30 0.15 0.18 0.12 0.16 0.13 0.14 0.15 0.16 0.13 0.11 0.17 0.31 0.20 0.16 0.25 0.21 0.26 0.21
C4' 0.04 0.06 0.27 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.07 0.09 0.04 0.06 0.09 0.10 0.07 0.09 0.13 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04
C5 0.13 0.13 0.21 0.27 0.12 0.17 0.10 0.16 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.09 0.13 0.32 0.23 0.15 0.25 0.22 0.27 0.22
C5' 0.08 0.11 0.35 0.02 0.09 0.02 0.09 0.03 0.08 0.10 0.09 0.10 0.06 0.09 0.10 0.23 0.17 0.04 0.03 0.07 0.08 0.05
C6 0.10 0.08 0.20 0.22 0.07 0.14 0.07 0.14 0.09 0.07 0.09 0.09 0.12 0.06 0.09 0.23 0.20 0.13 0.21 0.16 0.20 0.17
N1 0.11 0.07 0.16 0.18 0.06 0.11 0.08 0.09 0.11 0.06 0.09 0.09 0.15 0.08 0.08 0.13 0.12 0.12 0.15 0.08 0.12 0.10
N3 0.18 0.14 0.16 0.28 0.15 0.16 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.16 0.17 0.11 0.18 0.21 0.15 0.16 0.21 0.15 0.20 0.16
O2 0.19 0.09 0.12 0.18 0.11 0.10 0.11 0.05 0.15 0.09 0.11 0.14 0.20 0.12 0.14 0.14 0.11 0.13 0.10 0.04 0.08 0.05
O2' 0.09 0.08 0.16 0.09 0.13 0.09 0.19 0.09 0.19 0.20 0.12 0.08 0.23 0.24 0.13 0.19 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08
O3' 0.11 0.14 0.32 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.13 0.10 0.08 0.03 0.11 0.10 0.12 0.18 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
O4 0.19 0.18 0.20 0.35 0.19 0.21 0.16 0.19 0.17 0.18 0.19 0.18 0.13 0.16 0.20 0.35 0.25 0.18 0.28 0.25 0.30 0.24
O4' 0.04 0.06 0.22 0.06 0.06 0.03 0.09 0.03 0.12 0.06 0.09 0.05 0.15 0.10 0.05 0.06 0.10 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02
O5' 0.09 0.08 0.39 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.36 0.21 0.01 0.08 0.15 0.10 0.11
OP1 0.15 0.15 0.44 0.05 0.14 0.04 0.13 0.03 0.13 0.14 0.15 0.15 0.11 0.13 0.15 0.44 0.28 0.08 0.05 0.03 0.06 0.03
OP2 0.07 0.09 0.38 0.13 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.49 0.33 0.06 0.13 0.17 0.15 0.15
P 0.10 0.11 0.41 0.05 0.10 0.02 0.09 0.04 0.09 0.10 0.11 0.10 0.07 0.09 0.11 0.43 0.25 0.03 0.05 0.09 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.29 0.01 0.12 0.10 0.17 0.13
C2 0.03 0.00 0.16 0.38 0.02 0.25 0.01 0.23 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.47 0.34 0.16 0.30 0.28 0.24 0.25
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.15 0.06 0.11 0.10 0.17 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.34 0.29 0.47 0.37
C3' 0.02 0.38 0.00 0.00 0.25 0.00 0.25 0.02 0.31 0.10 0.38 0.34 0.30 0.17 0.13 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04
C4 0.00 0.02 0.09 0.25 0.00 0.12 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.37 0.06 0.05 0.10 0.08 0.03 0.04
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.13 0.04 0.21 0.24 0.10 0.01 0.03 0.27 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.25 0.00 0.08 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.04 0.00 0.11 0.10 0.08 0.06
C5' 0.06 0.23 0.15 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.10 0.07 0.19 0.20 0.08 0.04 0.02 0.12 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03
C6 0.01 0.03 0.06 0.31 0.01 0.13 0.02 0.10 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.44 0.14 0.04 0.18 0.18 0.17 0.14
C8 0.02 0.03 0.11 0.10 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.00 0.00 0.15 0.27 0.09 0.04 0.04 0.05 0.06
N1 0.04 0.01 0.10 0.38 0.04 0.21 0.03 0.19 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.47 0.30 0.12 0.28 0.27 0.26 0.23
N3 0.03 0.00 0.17 0.34 0.00 0.24 0.02 0.20 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.42 0.26 0.17 0.22 0.18 0.09 0.14
N6 0.02 0.04 0.06 0.30 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.04 0.00 0.06 0.03 0.44 0.11 0.00 0.18 0.18 0.20 0.15
N7 0.03 0.01 0.07 0.17 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.26 0.16 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02
N9 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.21 0.15 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06
O2' 0.01 0.47 0.01 0.01 0.37 0.27 0.38 0.12 0.44 0.15 0.47 0.42 0.44 0.26 0.21 0.00 0.02 0.13 0.22 0.13 0.48 0.26
O3' 0.29 0.34 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04 0.16 0.14 0.27 0.30 0.26 0.11 0.16 0.15 0.02 0.00 0.15 0.24 0.37 0.30 0.29
O4' 0.01 0.16 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.12 0.17 0.00 0.08 0.02 0.13 0.15 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.12 0.30 0.34 0.03 0.10 0.02 0.11 0.01 0.18 0.04 0.28 0.22 0.18 0.03 0.02 0.22 0.24 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.10 0.28 0.29 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.18 0.04 0.27 0.18 0.18 0.02 0.02 0.13 0.37 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.24 0.47 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03 0.17 0.05 0.26 0.09 0.20 0.03 0.07 0.48 0.30 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.25 0.37 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.14 0.06 0.23 0.14 0.15 0.02 0.06 0.26 0.29 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00