ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50751

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.032, 0.111, 0.190, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.111 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.075, 0.266, 0.457, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.266 std_dev=0.191
C2' A 0, 0.080, 0.274, 0.469, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.274 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.083, 0.289, 0.495, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.289 std_dev=0.206
O2' A 0, 0.084, 0.291, 0.498, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.291 std_dev=0.207
C2' B 0, 0.014, 0.230, 0.446, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.230 std_dev=0.216
N9 B 0, 0.076, 0.310, 0.544, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.310 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.082, 0.331, 0.581, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.331 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.093, 0.351, 0.609, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.351 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.116, 0.431, 0.746, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.431 std_dev=0.315
C3' A 0, 0.133, 0.457, 0.781, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.457 std_dev=0.324
C4' A 0, 0.138, 0.484, 0.830, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.484 std_dev=0.346
C8 B 0, 0.081, 0.436, 0.791, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.436 std_dev=0.355
C5 B 0, 0.087, 0.444, 0.802, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.444 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.103, 0.469, 0.834, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.469 std_dev=0.365
N7 B 0, 0.092, 0.508, 0.924, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.508 std_dev=0.416
O3' A 0, 0.172, 0.589, 1.006, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.589 std_dev=0.417
C6 B 0, 0.099, 0.539, 0.979, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.539 std_dev=0.440
N1 B 0, 0.102, 0.544, 0.986, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.544 std_dev=0.442
N6 B 0, 0.110, 0.658, 1.207, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.658 std_dev=0.548
C5' A 0, 0.279, 0.959, 1.639, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.959 std_dev=0.680
O2' B 0, 0.291, 1.004, 1.717, 1.589 max_d=1.589 avg_d=1.004 std_dev=0.713
C4' B 0, 0.308, 1.073, 1.838, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.073 std_dev=0.765
O5' B 0, 0.373, 1.275, 2.177, 1.956 max_d=1.956 avg_d=1.275 std_dev=0.902
C3' B 0, 0.375, 1.285, 2.194, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.285 std_dev=0.909
O5' A 0, 0.368, 1.279, 2.190, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.279 std_dev=0.911
C5' B 0, 0.371, 1.293, 2.215, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.293 std_dev=0.922
P B 0, 0.481, 1.647, 2.812, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.647 std_dev=1.166
OP2 B 0, 0.523, 1.788, 3.052, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.788 std_dev=1.264
P A 0, 0.547, 1.902, 3.257, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.902 std_dev=1.355
OP2 A 0, 0.569, 2.002, 3.435, 3.277 max_d=3.277 avg_d=2.002 std_dev=1.433
OP1 B 0, 0.609, 2.126, 3.643, 3.439 max_d=3.439 avg_d=2.126 std_dev=1.517
O3' B 0, 0.653, 2.246, 3.839, 3.514 max_d=3.514 avg_d=2.246 std_dev=1.593
OP1 A 0, 0.682, 2.369, 4.056, 3.801 max_d=3.801 avg_d=2.369 std_dev=1.687

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.18 0.08
C2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.18 0.21 0.37 0.24
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.07 0.19 0.11
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.00 0.04 0.02 0.10 0.07 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.21 0.31 0.46 0.33
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01
C5 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.00 0.02 0.18 0.26 0.39 0.29
C5' 0.04 0.12 0.01 0.01 0.16 0.01 0.16 0.00 0.13 0.11 0.14 0.10 0.04 0.04 0.17 0.03 0.00 0.11 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.14 0.18 0.31 0.22
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.14 0.15 0.30 0.19
N3 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.21 0.29 0.44 0.30
O2 0.05 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.10 0.02 0.06 0.18 0.19 0.36 0.23
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.08 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.07 0.13 0.04
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.10 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.03 0.05
O4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.22 0.34 0.48 0.34
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.11 0.05
O5' 0.06 0.18 0.10 0.10 0.21 0.01 0.18 0.00 0.14 0.14 0.21 0.18 0.05 0.07 0.22 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.03 0.21 0.07 0.07 0.31 0.08 0.26 0.11 0.18 0.15 0.29 0.19 0.07 0.07 0.34 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.37 0.19 0.11 0.46 0.05 0.39 0.02 0.31 0.30 0.44 0.36 0.13 0.03 0.48 0.11 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.24 0.11 0.09 0.33 0.01 0.29 0.01 0.22 0.19 0.30 0.23 0.04 0.05 0.34 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.07 0.25 0.13 0.11 0.20 0.16 0.23 0.18 0.16 0.11 0.31 0.23 0.13 0.35 0.16 0.10 0.23 0.36 0.41 0.31
C2 0.11 0.10 0.08 0.21 0.14 0.10 0.19 0.11 0.20 0.17 0.15 0.10 0.24 0.21 0.13 0.34 0.10 0.10 0.16 0.25 0.30 0.22
C2' 0.10 0.10 0.10 0.24 0.14 0.12 0.22 0.13 0.26 0.20 0.18 0.09 0.36 0.26 0.14 0.28 0.11 0.12 0.20 0.31 0.38 0.27
C3' 0.15 0.07 0.18 0.37 0.18 0.24 0.28 0.27 0.30 0.29 0.16 0.08 0.41 0.34 0.20 0.24 0.25 0.18 0.33 0.43 0.49 0.40
C4 0.07 0.14 0.05 0.32 0.10 0.16 0.10 0.19 0.09 0.13 0.12 0.12 0.07 0.13 0.09 0.37 0.32 0.04 0.22 0.32 0.32 0.27
C4' 0.11 0.05 0.15 0.40 0.15 0.26 0.25 0.33 0.26 0.26 0.14 0.05 0.38 0.31 0.17 0.27 0.31 0.15 0.41 0.55 0.60 0.50
C5 0.06 0.17 0.04 0.37 0.10 0.20 0.11 0.26 0.12 0.13 0.16 0.13 0.11 0.14 0.09 0.37 0.40 0.04 0.30 0.44 0.42 0.36
C5' 0.21 0.11 0.26 0.57 0.21 0.43 0.30 0.53 0.28 0.33 0.16 0.14 0.38 0.37 0.25 0.17 0.52 0.26 0.61 0.78 0.82 0.72
C6 0.08 0.14 0.05 0.34 0.10 0.18 0.14 0.23 0.13 0.15 0.13 0.11 0.16 0.18 0.10 0.37 0.34 0.07 0.29 0.43 0.44 0.36
N1 0.10 0.11 0.07 0.27 0.13 0.13 0.18 0.17 0.19 0.18 0.13 0.11 0.24 0.21 0.13 0.36 0.20 0.09 0.23 0.35 0.38 0.29
N3 0.09 0.06 0.08 0.23 0.10 0.10 0.14 0.12 0.11 0.15 0.06 0.08 0.13 0.16 0.11 0.35 0.14 0.08 0.15 0.24 0.27 0.20
O2 0.12 0.16 0.10 0.15 0.17 0.09 0.22 0.07 0.25 0.18 0.22 0.14 0.29 0.22 0.15 0.32 0.05 0.13 0.11 0.18 0.26 0.16
O2' 0.11 0.14 0.05 0.16 0.14 0.06 0.21 0.06 0.26 0.18 0.20 0.13 0.36 0.23 0.13 0.31 0.01 0.14 0.15 0.26 0.36 0.23
O3' 0.20 0.11 0.21 0.37 0.23 0.26 0.33 0.28 0.35 0.34 0.21 0.12 0.48 0.40 0.25 0.22 0.23 0.23 0.33 0.42 0.48 0.39
O4 0.11 0.18 0.02 0.33 0.16 0.17 0.16 0.19 0.15 0.15 0.17 0.17 0.13 0.15 0.14 0.38 0.39 0.04 0.19 0.29 0.26 0.23
O4' 0.07 0.08 0.07 0.32 0.11 0.17 0.19 0.24 0.20 0.18 0.11 0.07 0.30 0.24 0.11 0.36 0.26 0.08 0.32 0.47 0.50 0.41
O5' 0.32 0.29 0.35 0.67 0.32 0.54 0.37 0.64 0.35 0.39 0.30 0.29 0.40 0.42 0.34 0.11 0.65 0.37 0.71 0.86 0.89 0.81
OP1 0.56 0.45 0.54 0.91 0.55 0.82 0.60 0.97 0.55 0.65 0.47 0.48 0.60 0.67 0.58 0.20 0.90 0.65 1.04 1.24 1.28 1.19
OP2 0.66 0.59 0.65 1.03 0.65 0.92 0.66 1.04 0.61 0.70 0.57 0.62 0.59 0.70 0.67 0.38 1.05 0.73 1.09 1.25 1.25 1.19
P 0.50 0.43 0.50 0.87 0.49 0.77 0.53 0.90 0.50 0.57 0.44 0.45 0.53 0.59 0.52 0.20 0.88 0.58 0.96 1.15 1.17 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.01 0.11 0.10 0.15 0.11
C2 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.12 0.07 0.13 0.15 0.29 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.10 0.06 0.07 0.09 0.11 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.24 0.30 0.25
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.15 0.00 0.23 0.02 0.23 0.25 0.17 0.09 0.27 0.27 0.15 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.10 0.08
C4 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.02 0.04 0.15 0.17 0.27 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.15 0.02 0.05 0.10 0.15 0.06 0.17 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.23 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.10 0.03 0.23 0.28 0.38 0.28
C5' 0.05 0.05 0.10 0.02 0.10 0.00 0.17 0.00 0.16 0.23 0.10 0.04 0.21 0.24 0.11 0.08 0.11 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.23 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.09 0.04 0.24 0.30 0.42 0.31
C8 0.01 0.00 0.07 0.25 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.19 0.03 0.25 0.27 0.31 0.27
N1 0.01 0.00 0.09 0.17 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.03 0.06 0.18 0.23 0.37 0.25
N3 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.16 0.07 0.10 0.10 0.23 0.14
N6 0.01 0.01 0.06 0.27 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.16 0.03 0.29 0.38 0.50 0.38
N7 0.01 0.00 0.05 0.27 0.00 0.15 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.21 0.02 0.29 0.35 0.42 0.35
N9 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.02 0.01 0.14 0.15 0.21 0.16
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.17 0.19 0.08 0.19 0.18 0.16 0.08 0.21 0.21 0.12 0.00 0.04 0.12 0.15 0.19 0.34 0.21
O3' 0.15 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.11 0.09 0.19 0.03 0.16 0.16 0.21 0.02 0.04 0.00 0.09 0.20 0.27 0.27 0.24
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.12 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07
O5' 0.11 0.13 0.21 0.07 0.15 0.00 0.23 0.00 0.24 0.25 0.18 0.10 0.29 0.29 0.14 0.15 0.20 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.15 0.24 0.07 0.17 0.02 0.28 0.06 0.30 0.27 0.23 0.10 0.38 0.35 0.15 0.19 0.27 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.29 0.30 0.10 0.27 0.00 0.38 0.01 0.42 0.31 0.37 0.23 0.50 0.42 0.21 0.34 0.27 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.25 0.08 0.19 0.01 0.28 0.01 0.31 0.27 0.25 0.14 0.38 0.35 0.16 0.21 0.24 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00