ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50752

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
O4' A 0, -0.022, 0.088, 0.198, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.088 std_dev=0.110
C2' A 0, -0.024, 0.104, 0.232, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.104 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.000, 0.135, 0.271, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.064, 0.237, 0.410, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.237 std_dev=0.173
N7 B 0, 0.075, 0.260, 0.445, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.260 std_dev=0.185
O3' A 0, 0.021, 0.208, 0.396, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.208 std_dev=0.188
C6 B 0, 0.061, 0.259, 0.457, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.259 std_dev=0.198
C4' A 0, -0.055, 0.161, 0.377, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.161 std_dev=0.216
O5' A 0, 0.022, 0.242, 0.461, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.242 std_dev=0.219
N6 B 0, 0.074, 0.299, 0.523, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.299 std_dev=0.224
C4 B 0, 0.085, 0.332, 0.578, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.332 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.105, 0.363, 0.621, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.363 std_dev=0.258
C8 B 0, 0.055, 0.331, 0.607, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.331 std_dev=0.276
O2' A 0, -0.059, 0.223, 0.506, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.223 std_dev=0.283
C5' A 0, -0.048, 0.261, 0.569, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.261 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.106, 0.417, 0.729, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.417 std_dev=0.311
N9 B 0, 0.062, 0.375, 0.689, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.375 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.096, 0.418, 0.740, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.418 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.049, 0.499, 0.949, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.499 std_dev=0.450
O4' B 0, 0.085, 0.595, 1.104, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.595 std_dev=0.510
P A 0, -0.087, 0.452, 0.990, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.452 std_dev=0.538
C2' B 0, 0.021, 0.579, 1.136, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.579 std_dev=0.557
O2' B 0, -0.019, 0.582, 1.182, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.582 std_dev=0.600
OP2 A 0, -0.064, 0.575, 1.214, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.575 std_dev=0.639
C4' B 0, 0.045, 0.707, 1.368, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.707 std_dev=0.662
OP1 A 0, -0.117, 0.556, 1.229, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.556 std_dev=0.673
C3' B 0, 0.007, 0.695, 1.383, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.695 std_dev=0.688
C5' B 0, 0.049, 0.759, 1.469, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.759 std_dev=0.710
O3' B 0, -0.061, 0.798, 1.656, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.798 std_dev=0.859
OP1 B 0, -0.089, 0.970, 2.030, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.970 std_dev=1.060
P B 0, -0.121, 1.092, 2.305, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.092 std_dev=1.213
O5' B 0, -0.135, 1.101, 2.336, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.101 std_dev=1.235
OP2 B 0, -0.064, 1.185, 2.433, 2.911 max_d=2.911 avg_d=1.185 std_dev=1.249

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.09 0.28 0.09
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.11 0.20 0.43 0.22
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.06 0.25 0.04
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.08 0.25 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.01 0.20 0.26 0.40 0.28
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.00 0.02 0.21 0.23 0.31 0.24
C5' 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.00 0.03 0.17 0.18 0.29 0.19
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.10 0.16 0.35 0.18
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.16 0.24 0.45 0.26
O2 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.07 0.18 0.45 0.20
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.02 0.12 0.02 0.10 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.09 0.02 0.17 0.05 0.23 0.03
O3' 0.06 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.07 0.10 0.02 0.00 0.04 0.02 0.12 0.08 0.24 0.05
O4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.01 0.22 0.29 0.39 0.30
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.20 0.04
O5' 0.02 0.11 0.15 0.14 0.20 0.02 0.21 0.00 0.17 0.10 0.16 0.07 0.17 0.12 0.22 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.20 0.06 0.08 0.26 0.04 0.23 0.03 0.18 0.16 0.24 0.18 0.05 0.08 0.29 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.43 0.25 0.25 0.40 0.20 0.31 0.11 0.29 0.35 0.45 0.45 0.23 0.24 0.39 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.22 0.04 0.05 0.28 0.03 0.24 0.00 0.19 0.18 0.26 0.20 0.03 0.05 0.30 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.10 0.24 0.23 0.06 0.19 0.08 0.17 0.17 0.12 0.17 0.05 0.26 0.05 0.13 0.29 0.17 0.16 0.20 0.06 0.31 0.11
C2 0.04 0.13 0.07 0.05 0.06 0.02 0.08 0.02 0.15 0.03 0.17 0.08 0.17 0.02 0.02 0.11 0.05 0.02 0.39 0.12 0.45 0.27
C2' 0.26 0.13 0.34 0.33 0.08 0.27 0.10 0.23 0.22 0.20 0.22 0.07 0.35 0.09 0.19 0.42 0.31 0.21 0.19 0.07 0.30 0.08
C3' 0.19 0.15 0.26 0.27 0.06 0.21 0.14 0.17 0.26 0.09 0.24 0.07 0.37 0.10 0.10 0.34 0.27 0.15 0.21 0.05 0.36 0.12
C4 0.03 0.07 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.18 0.04 0.29 0.08 0.35 0.18
C4' 0.16 0.12 0.20 0.21 0.06 0.19 0.15 0.16 0.24 0.05 0.21 0.06 0.34 0.14 0.07 0.27 0.21 0.13 0.16 0.04 0.32 0.10
C5 0.14 0.12 0.11 0.10 0.10 0.15 0.03 0.17 0.02 0.04 0.07 0.14 0.03 0.05 0.10 0.08 0.03 0.17 0.11 0.12 0.21 0.05
C5' 0.11 0.14 0.15 0.18 0.10 0.17 0.21 0.13 0.28 0.10 0.23 0.07 0.37 0.23 0.04 0.22 0.21 0.11 0.12 0.03 0.31 0.08
C6 0.20 0.06 0.20 0.19 0.09 0.20 0.02 0.20 0.06 0.07 0.04 0.11 0.12 0.03 0.13 0.21 0.10 0.20 0.10 0.12 0.21 0.03
N1 0.14 0.07 0.17 0.15 0.04 0.14 0.06 0.13 0.13 0.07 0.12 0.04 0.19 0.03 0.09 0.20 0.07 0.12 0.24 0.06 0.33 0.13
N3 0.03 0.08 0.02 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.04 0.04 0.02 0.16 0.04 0.42 0.14 0.46 0.29
O2 0.02 0.22 0.06 0.03 0.10 0.03 0.11 0.03 0.21 0.03 0.26 0.15 0.23 0.02 0.02 0.11 0.06 0.04 0.48 0.18 0.53 0.35
O2' 0.36 0.11 0.45 0.43 0.19 0.35 0.15 0.32 0.14 0.36 0.17 0.13 0.24 0.27 0.31 0.50 0.39 0.30 0.15 0.14 0.24 0.03
O3' 0.22 0.12 0.29 0.29 0.08 0.23 0.10 0.20 0.19 0.15 0.19 0.07 0.30 0.08 0.15 0.36 0.29 0.18 0.21 0.05 0.37 0.13
O4 0.11 0.15 0.13 0.15 0.06 0.10 0.06 0.05 0.11 0.11 0.15 0.08 0.11 0.08 0.10 0.15 0.31 0.07 0.33 0.10 0.36 0.21
O4' 0.18 0.08 0.22 0.22 0.05 0.21 0.10 0.18 0.18 0.06 0.15 0.05 0.27 0.09 0.10 0.27 0.18 0.17 0.13 0.07 0.27 0.06
O5' 0.12 0.14 0.18 0.20 0.09 0.17 0.18 0.15 0.23 0.07 0.20 0.08 0.30 0.18 0.05 0.24 0.20 0.11 0.06 0.06 0.22 0.01
OP1 0.11 0.34 0.08 0.05 0.32 0.05 0.45 0.06 0.50 0.39 0.43 0.27 0.58 0.51 0.26 0.05 0.17 0.10 0.20 0.17 0.43 0.20
OP2 0.07 0.45 0.12 0.24 0.42 0.15 0.61 0.10 0.66 0.51 0.58 0.35 0.75 0.69 0.31 0.29 0.41 0.06 0.11 0.04 0.27 0.07
P 0.07 0.31 0.03 0.08 0.30 0.07 0.43 0.03 0.46 0.37 0.40 0.24 0.54 0.49 0.23 0.08 0.18 0.06 0.16 0.10 0.36 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.27 0.10 0.35 0.15
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.48 0.13 0.43 0.31
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.11 0.37 0.13
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.04 0.15 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.46 0.13 0.46 0.29
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.50 0.15 0.53 0.32
C5' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.13 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.53 0.15 0.54 0.35
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.41 0.14 0.50 0.26
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.52 0.15 0.49 0.34
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.44 0.12 0.40 0.27
N6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.55 0.16 0.57 0.36
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.48 0.15 0.55 0.31
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.40 0.12 0.45 0.24
O2' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.10 0.33 0.08
O3' 0.09 0.07 0.02 0.01 0.07 0.04 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.00 0.07 0.34 0.06 0.13 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.29 0.09 0.31 0.15
O5' 0.27 0.48 0.21 0.08 0.46 0.01 0.50 0.00 0.53 0.41 0.52 0.44 0.55 0.48 0.40 0.11 0.34 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.13 0.11 0.04 0.13 0.04 0.15 0.05 0.15 0.14 0.15 0.12 0.16 0.15 0.12 0.10 0.06 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.35 0.43 0.37 0.15 0.46 0.13 0.53 0.13 0.54 0.50 0.49 0.40 0.57 0.55 0.45 0.33 0.13 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.31 0.13 0.06 0.29 0.02 0.32 0.01 0.35 0.26 0.34 0.27 0.36 0.31 0.24 0.08 0.25 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00