ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50753

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.020, 0.082, 0.144, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.082 std_dev=0.062
O4 A 0, 0.013, 0.077, 0.141, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.077 std_dev=0.064
C2 B 0, 0.119, 0.407, 0.695, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.407 std_dev=0.288
C4 B 0, 0.134, 0.481, 0.828, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.481 std_dev=0.347
C5 B 0, 0.110, 0.464, 0.819, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.464 std_dev=0.354
N3 B 0, 0.042, 0.432, 0.823, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.432 std_dev=0.390
N1 B 0, 0.169, 0.578, 0.988, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.578 std_dev=0.410
C6 B 0, 0.177, 0.603, 1.030, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.603 std_dev=0.426
N7 B 0, 0.145, 0.643, 1.141, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.643 std_dev=0.498
N9 B 0, 0.216, 0.781, 1.346, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.781 std_dev=0.565
C8 B 0, 0.220, 0.787, 1.354, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.787 std_dev=0.567
N6 B 0, 0.248, 0.924, 1.599, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.924 std_dev=0.676
C5' B 0, 0.280, 0.957, 1.634, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.957 std_dev=0.677
O3' A 0, 0.056, 0.748, 1.440, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.748 std_dev=0.692
C4' B 0, 0.227, 0.975, 1.722, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.975 std_dev=0.747
O4' B 0, 0.164, 0.950, 1.736, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.950 std_dev=0.786
C3' B 0, 0.292, 1.100, 1.907, 1.915 max_d=1.915 avg_d=1.100 std_dev=0.807
P B 0, 0.303, 1.141, 1.980, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.141 std_dev=0.838
O3' B 0, 0.355, 1.212, 2.069, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.212 std_dev=0.857
C1' B 0, 0.195, 1.088, 1.980, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.088 std_dev=0.893
O5' B 0, 0.350, 1.257, 2.164, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.257 std_dev=0.907
C3' A 0, 0.003, 1.098, 2.192, 2.592 max_d=2.592 avg_d=1.098 std_dev=1.095
C2' B 0, 0.292, 1.394, 2.495, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.394 std_dev=1.101
O4' A 0, -0.037, 1.090, 2.216, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.090 std_dev=1.126
C2' A 0, -0.004, 1.125, 2.254, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.125 std_dev=1.129
C4' A 0, -0.100, 1.273, 2.645, 3.178 max_d=3.178 avg_d=1.273 std_dev=1.372
OP1 B 0, 0.470, 1.904, 3.339, 3.463 max_d=3.463 avg_d=1.904 std_dev=1.435
O2' B 0, 0.198, 2.066, 3.934, 4.524 max_d=4.524 avg_d=2.066 std_dev=1.868
OP2 B 0, 0.227, 2.119, 4.011, 4.593 max_d=4.593 avg_d=2.119 std_dev=1.892
C5' A 0, -0.193, 2.453, 5.099, 6.127 max_d=6.127 avg_d=2.453 std_dev=2.646
O5' A 0, 0.482, 3.523, 6.564, 7.421 max_d=7.421 avg_d=3.523 std_dev=3.041
P A 0, 0.757, 4.767, 8.778, 9.812 max_d=9.812 avg_d=4.767 std_dev=4.011
OP2 A 0, 1.039, 5.446, 9.853, 10.793 max_d=10.793 avg_d=5.446 std_dev=4.407
OP1 A 0, 0.513, 5.372, 10.231, 11.769 max_d=11.769 avg_d=5.372 std_dev=4.859

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02 0.00 0.20 0.42 0.68 0.48
C2 0.02 0.00 0.21 0.28 0.01 0.37 0.03 0.67 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.24 0.52 0.47 0.21 0.41
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.06 0.01 0.25 0.07 0.29 0.02 0.12 0.40 0.01 0.07 0.01 0.29 0.37 0.40 0.41
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.04 0.01 0.26 0.01 0.31 0.03 0.20 0.53 0.00 0.04 0.01 0.28 0.35 0.19 0.28
C4 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.06 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.29 0.83 1.11 0.76
C4' 0.01 0.37 0.01 0.01 0.06 0.00 0.25 0.01 0.32 0.04 0.29 0.66 0.02 0.08 0.01 0.02 0.14 0.34 0.13
C5 0.03 0.03 0.25 0.26 0.01 0.25 0.00 0.48 0.00 0.02 0.02 0.04 0.11 0.02 0.13 0.73 1.33 1.74 1.29
C5' 0.04 0.67 0.07 0.01 0.17 0.01 0.48 0.00 0.57 0.12 0.56 1.21 0.04 0.20 0.01 0.00 0.13 0.27 0.01
C6 0.02 0.03 0.29 0.31 0.00 0.32 0.00 0.57 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.19 0.77 1.26 1.69 1.29
N1 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.12 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.24 0.60 0.90 0.63
N3 0.02 0.00 0.12 0.20 0.00 0.29 0.02 0.56 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.19 0.40 0.48 0.43 0.42
O2 0.06 0.01 0.40 0.53 0.01 0.66 0.04 1.21 0.05 0.05 0.00 0.00 0.09 0.02 0.37 1.07 0.93 0.61 0.89
O3' 0.06 0.06 0.01 0.00 0.07 0.02 0.11 0.04 0.11 0.06 0.05 0.09 0.00 0.07 0.07 0.26 0.44 0.11 0.20
O4 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.08 0.02 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.07 0.27 0.85 1.11 0.74
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.19 0.03 0.19 0.37 0.07 0.07 0.00 0.19 0.41 0.81 0.50
O5' 0.20 0.52 0.29 0.28 0.29 0.02 0.73 0.00 0.77 0.24 0.40 1.07 0.26 0.27 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.47 0.37 0.35 0.83 0.14 1.33 0.13 1.26 0.60 0.48 0.93 0.44 0.85 0.41 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.68 0.21 0.40 0.19 1.11 0.34 1.74 0.27 1.69 0.90 0.43 0.61 0.11 1.11 0.81 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.48 0.41 0.41 0.28 0.76 0.13 1.29 0.01 1.29 0.63 0.42 0.89 0.20 0.74 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.21 0.33 0.35 0.09 0.40 0.26 0.45 0.19 0.48 0.19 0.12 0.39 0.56 0.25 0.90 0.25 0.39 1.07 1.09 1.13 0.80
C2 0.24 0.21 0.42 0.21 0.10 0.23 0.31 0.23 0.30 0.47 0.21 0.16 0.52 0.59 0.25 1.06 0.11 0.26 0.86 0.91 0.73 0.50
C2' 0.51 0.24 0.14 0.56 0.49 0.79 0.77 0.88 0.66 1.02 0.38 0.22 0.93 1.16 0.65 0.69 0.39 0.86 1.57 1.69 1.73 1.45
C3' 0.26 0.44 0.23 0.42 0.10 0.64 0.33 0.83 0.22 0.72 0.39 0.25 0.41 0.78 0.34 0.92 0.25 0.65 1.50 1.75 1.77 1.45
C4 0.28 0.18 0.46 0.33 0.05 0.27 0.15 0.20 0.20 0.38 0.22 0.12 0.29 0.35 0.23 0.90 0.34 0.25 0.79 0.82 0.44 0.29
C4' 0.36 1.18 0.62 0.22 0.60 0.31 0.44 0.54 0.78 0.20 1.17 0.94 0.69 0.13 0.32 1.33 0.23 0.23 1.19 1.49 1.47 1.11
C5 0.24 0.17 0.35 0.48 0.06 0.44 0.16 0.43 0.20 0.41 0.22 0.07 0.28 0.37 0.23 0.71 0.51 0.37 1.03 0.98 0.64 0.56
C5' 0.62 1.92 0.88 0.34 1.05 0.37 0.86 0.70 1.36 0.22 1.93 1.54 1.24 0.18 0.59 1.68 0.47 0.28 1.38 1.89 1.77 1.44
C6 0.23 0.17 0.32 0.46 0.09 0.47 0.21 0.49 0.21 0.46 0.22 0.07 0.32 0.48 0.25 0.75 0.45 0.42 1.10 1.07 0.93 0.72
N1 0.21 0.21 0.35 0.34 0.08 0.36 0.25 0.38 0.23 0.47 0.22 0.12 0.41 0.55 0.24 0.91 0.26 0.34 1.01 1.02 0.92 0.67
N3 0.30 0.19 0.49 0.19 0.09 0.18 0.25 0.13 0.26 0.42 0.22 0.17 0.42 0.49 0.25 1.09 0.12 0.22 0.73 0.81 0.52 0.31
O2 0.25 0.22 0.43 0.11 0.11 0.16 0.35 0.16 0.37 0.46 0.20 0.20 0.66 0.61 0.23 1.16 0.10 0.22 0.80 0.89 0.75 0.49
O3' 0.37 0.13 0.17 0.48 0.33 0.63 0.52 0.72 0.43 0.73 0.22 0.11 0.63 0.81 0.46 0.73 0.31 0.67 1.34 1.41 1.59 1.20
O4 0.36 0.19 0.55 0.30 0.10 0.20 0.04 0.09 0.16 0.28 0.22 0.16 0.22 0.18 0.24 0.90 0.36 0.23 0.59 0.68 0.47 0.03
O4' 0.47 1.06 0.66 0.18 0.66 0.20 0.55 0.31 0.80 0.25 1.06 0.89 0.72 0.21 0.44 1.31 0.20 0.22 0.91 1.11 1.04 0.70
O5' 0.54 1.98 0.70 0.23 1.04 0.43 0.89 0.85 1.40 0.41 1.99 1.55 1.32 0.47 0.57 1.53 0.18 0.37 1.50 2.29 1.77 1.66
OP1 0.76 2.39 0.69 0.69 1.29 0.91 1.19 1.44 1.79 0.75 2.45 1.85 1.76 0.78 0.82 1.44 0.48 0.79 2.00 3.01 2.29 2.28
OP2 0.75 1.86 0.49 0.95 0.90 1.26 0.87 1.78 1.18 1.20 1.82 1.37 1.10 1.14 0.81 1.09 0.64 1.15 2.47 3.39 2.57 2.67
P 0.77 2.30 0.73 0.59 1.25 0.80 1.12 1.24 1.64 0.77 2.31 1.80 1.55 0.80 0.81 1.53 0.41 0.75 1.84 2.79 2.05 2.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.30 0.00 0.10 0.35 0.36 0.08
C2 0.05 0.00 0.15 0.26 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.45 0.47 0.04 0.22 0.68 0.40 0.09
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.20 0.08 0.07 0.12 0.15 0.07 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.28 0.64 0.23
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.19 0.01 0.23 0.02 0.24 0.25 0.25 0.23 0.26 0.26 0.15 0.01 0.00 0.02 0.24 0.37 0.31 0.08
C4 0.03 0.01 0.08 0.19 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.36 0.28 0.01 0.25 0.61 0.45 0.10
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.05 0.26 0.01 0.00 0.01 0.21 0.27 0.04
C5 0.03 0.01 0.05 0.23 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.17 0.01 0.34 0.68 0.59 0.16
C5' 0.07 0.14 0.20 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.11 0.09 0.13 0.13 0.11 0.11 0.01 0.05 0.19 0.02 0.00 0.20 0.41 0.01
C6 0.04 0.01 0.08 0.24 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.46 0.24 0.01 0.34 0.74 0.59 0.16
C8 0.01 0.01 0.07 0.25 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.05 0.03 0.36 0.52 0.61 0.16
N1 0.05 0.00 0.12 0.25 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.48 0.38 0.03 0.28 0.74 0.49 0.13
N3 0.05 0.00 0.15 0.23 0.00 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.47 0.04 0.18 0.61 0.37 0.06
N6 0.04 0.01 0.07 0.26 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.48 0.19 0.01 0.38 0.76 0.68 0.19
N7 0.01 0.01 0.05 0.26 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.03 0.03 0.41 0.63 0.72 0.20
N9 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.15 0.00 0.24 0.50 0.44 0.09
O2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.36 0.26 0.40 0.05 0.46 0.22 0.48 0.39 0.48 0.33 0.21 0.00 0.01 0.17 0.17 0.30 0.54 0.07
O3' 0.30 0.47 0.03 0.00 0.28 0.01 0.17 0.19 0.24 0.05 0.38 0.47 0.19 0.03 0.15 0.01 0.00 0.19 0.26 0.48 0.20 0.19
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.17 0.19 0.00 0.02 0.28 0.24 0.09
O5' 0.10 0.22 0.12 0.24 0.25 0.01 0.34 0.00 0.34 0.36 0.28 0.18 0.38 0.41 0.24 0.17 0.26 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01
OP1 0.35 0.68 0.28 0.37 0.61 0.21 0.68 0.20 0.74 0.52 0.74 0.61 0.76 0.63 0.50 0.30 0.48 0.28 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.40 0.64 0.31 0.45 0.27 0.59 0.41 0.59 0.61 0.49 0.37 0.68 0.72 0.44 0.54 0.20 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.23 0.08 0.10 0.04 0.16 0.01 0.16 0.16 0.13 0.06 0.19 0.20 0.09 0.07 0.19 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00