ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50754

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 B 0, 0.065, 0.223, 0.381, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.223 std_dev=0.158
C6 B 0, 0.004, 0.196, 0.388, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.196 std_dev=0.192
N1 B 0, 0.032, 0.263, 0.495, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.263 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.095, 0.341, 0.588, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.341 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.077, 0.389, 0.701, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.389 std_dev=0.312
C4 B 0, 0.110, 0.434, 0.757, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.434 std_dev=0.323
N7 B 0, 0.126, 0.466, 0.807, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.466 std_dev=0.341
N3 B 0, 0.099, 0.460, 0.822, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.460 std_dev=0.361
N9 B 0, 0.168, 0.576, 0.984, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.576 std_dev=0.408
C8 B 0, 0.162, 0.584, 1.007, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.584 std_dev=0.423
O4' A 0, 0.199, 0.686, 1.173, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.686 std_dev=0.487
O2' B 0, 0.072, 0.563, 1.054, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.563 std_dev=0.491
C2' B 0, 0.174, 0.667, 1.161, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.667 std_dev=0.494
O5' A 0, 0.203, 0.702, 1.201, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.702 std_dev=0.499
C1' B 0, 0.200, 0.703, 1.206, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.703 std_dev=0.503
C2' A 0, 0.203, 0.708, 1.213, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.708 std_dev=0.505
C3' A 0, 0.229, 0.789, 1.349, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.789 std_dev=0.560
OP2 A 0, 0.246, 0.841, 1.435, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.841 std_dev=0.594
P A 0, 0.254, 0.868, 1.481, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.868 std_dev=0.614
C3' B 0, 0.208, 0.828, 1.449, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.828 std_dev=0.620
O4' B 0, 0.262, 0.914, 1.566, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.914 std_dev=0.652
O3' A 0, 0.271, 0.934, 1.597, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.934 std_dev=0.663
C4' B 0, 0.267, 0.969, 1.671, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.969 std_dev=0.702
O2' A 0, 0.280, 0.992, 1.704, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.992 std_dev=0.712
C4' A 0, 0.289, 1.003, 1.717, 1.605 max_d=1.605 avg_d=1.003 std_dev=0.714
P B 0, 0.299, 1.043, 1.787, 1.688 max_d=1.688 avg_d=1.043 std_dev=0.744
O3' B 0, 0.191, 0.965, 1.739, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.965 std_dev=0.774
C5' B 0, 0.341, 1.172, 2.002, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.172 std_dev=0.831
OP1 A 0, 0.346, 1.180, 2.014, 1.778 max_d=1.778 avg_d=1.180 std_dev=0.834
OP1 B 0, 0.361, 1.249, 2.137, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.249 std_dev=0.888
O5' B 0, 0.403, 1.389, 2.375, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.389 std_dev=0.986
OP2 B 0, 0.466, 1.591, 2.716, 2.419 max_d=2.419 avg_d=1.591 std_dev=1.125
C5' A 0, 0.502, 1.724, 2.945, 2.694 max_d=2.694 avg_d=1.724 std_dev=1.222

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.00 0.18 0.15 0.04 0.10
C2 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.00 0.09 0.22 0.15 0.08 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.09 0.01 0.08 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01 0.37 0.36 0.18 0.30
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.28 0.31 0.09 0.24
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.22 0.14 0.13 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.18 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 0.01 0.08 0.21 0.14 0.14 0.15
C5' 0.02 0.02 0.04 0.02 0.12 0.00 0.18 0.00 0.17 0.07 0.05 0.05 0.01 0.06 0.12 0.01 0.01 0.11 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.03 0.01 0.10 0.21 0.13 0.10 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.21 0.14 0.06 0.12
N3 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.06 0.23 0.15 0.11 0.15
O2 0.00 0.00 0.16 0.06 0.00 0.09 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.10 0.01 0.15 0.22 0.17 0.05 0.14
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.06 0.04 0.14 0.01 0.15 0.04 0.09 0.23 0.00 0.09 0.06 0.04 0.36 0.39 0.23 0.31
O3' 0.09 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.10 0.09 0.00 0.04 0.06 0.18 0.25 0.00 0.16
O4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.22 0.14 0.15 0.15
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.15 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.06 0.20 0.08
O5' 0.18 0.22 0.37 0.28 0.22 0.01 0.21 0.01 0.21 0.21 0.23 0.22 0.36 0.18 0.22 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.15 0.15 0.36 0.31 0.14 0.07 0.14 0.11 0.13 0.14 0.15 0.17 0.39 0.25 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.18 0.09 0.13 0.18 0.14 0.26 0.10 0.06 0.11 0.05 0.23 0.00 0.15 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.30 0.24 0.15 0.01 0.15 0.01 0.12 0.12 0.15 0.14 0.31 0.16 0.15 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.13 0.12 0.11 0.05 0.18 0.14 0.17 0.21 0.06 0.09 0.23 0.24 0.13 0.12 0.14 0.09 0.27 0.06 0.11 0.08
C2 0.02 0.21 0.12 0.18 0.03 0.17 0.14 0.30 0.09 0.21 0.10 0.14 0.16 0.25 0.09 0.08 0.19 0.07 0.40 0.15 0.32 0.22
C2' 0.20 0.14 0.35 0.38 0.21 0.27 0.25 0.34 0.25 0.26 0.18 0.16 0.28 0.28 0.22 0.34 0.40 0.13 0.45 0.28 0.31 0.32
C3' 0.15 0.15 0.30 0.30 0.19 0.17 0.27 0.22 0.30 0.25 0.23 0.13 0.36 0.30 0.19 0.30 0.32 0.04 0.32 0.11 0.16 0.17
C4 0.09 0.21 0.17 0.21 0.07 0.23 0.14 0.34 0.04 0.25 0.17 0.14 0.11 0.29 0.13 0.11 0.21 0.13 0.40 0.20 0.38 0.25
C4' 0.03 0.07 0.16 0.13 0.11 0.05 0.23 0.08 0.27 0.21 0.18 0.03 0.38 0.28 0.11 0.15 0.13 0.11 0.17 0.16 0.09 0.03
C5 0.07 0.17 0.16 0.18 0.06 0.17 0.16 0.28 0.09 0.24 0.12 0.09 0.19 0.28 0.12 0.14 0.18 0.08 0.35 0.14 0.30 0.20
C5' 0.16 0.23 0.30 0.27 0.25 0.15 0.38 0.20 0.43 0.35 0.35 0.18 0.55 0.43 0.24 0.30 0.26 0.08 0.26 0.08 0.17 0.07
C6 0.05 0.15 0.15 0.16 0.07 0.13 0.17 0.23 0.14 0.22 0.07 0.08 0.23 0.27 0.11 0.14 0.16 0.04 0.32 0.10 0.23 0.15
N1 0.04 0.16 0.13 0.15 0.07 0.12 0.17 0.23 0.14 0.21 0.05 0.09 0.21 0.25 0.11 0.11 0.16 0.05 0.33 0.09 0.22 0.15
N3 0.07 0.24 0.15 0.21 0.05 0.23 0.13 0.36 0.04 0.23 0.16 0.17 0.11 0.27 0.10 0.09 0.22 0.12 0.43 0.21 0.40 0.27
O2 0.02 0.20 0.10 0.18 0.03 0.16 0.13 0.30 0.08 0.20 0.08 0.15 0.14 0.22 0.08 0.06 0.20 0.08 0.43 0.15 0.33 0.23
O2' 0.15 0.07 0.30 0.38 0.11 0.29 0.14 0.35 0.15 0.14 0.13 0.09 0.18 0.14 0.13 0.29 0.43 0.11 0.50 0.41 0.32 0.42
O3' 0.06 0.11 0.21 0.20 0.12 0.10 0.21 0.10 0.27 0.17 0.22 0.07 0.35 0.23 0.11 0.24 0.22 0.09 0.17 0.06 0.13 0.06
O4 0.14 0.22 0.19 0.23 0.10 0.26 0.13 0.37 0.04 0.28 0.18 0.16 0.04 0.29 0.16 0.12 0.23 0.19 0.42 0.24 0.43 0.29
O4' 0.12 0.10 0.07 0.02 0.09 0.09 0.16 0.03 0.17 0.19 0.04 0.12 0.27 0.23 0.12 0.08 0.02 0.19 0.13 0.19 0.10 0.08
O5' 0.23 0.19 0.23 0.14 0.24 0.12 0.30 0.06 0.29 0.34 0.19 0.20 0.38 0.37 0.26 0.25 0.13 0.23 0.09 0.22 0.11 0.12
OP1 0.14 0.09 0.20 0.13 0.16 0.05 0.26 0.04 0.25 0.30 0.11 0.10 0.38 0.35 0.19 0.23 0.13 0.12 0.09 0.24 0.12 0.13
OP2 0.20 0.10 0.31 0.29 0.21 0.20 0.32 0.27 0.29 0.37 0.15 0.10 0.41 0.42 0.25 0.31 0.29 0.11 0.34 0.09 0.22 0.16
P 0.14 0.06 0.22 0.16 0.17 0.04 0.27 0.10 0.26 0.32 0.10 0.07 0.38 0.37 0.21 0.24 0.16 0.08 0.17 0.15 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.38 0.14
C2 0.02 0.00 0.21 0.22 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.25 0.08 0.20 0.24 0.37 0.24
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.13 0.05 0.18 0.20 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.32 0.48 0.23
C3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.19 0.20 0.13 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.35 0.47 0.25
C4 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.04 0.12 0.21 0.39 0.19
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.04 0.09 0.07 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.30 0.12
C5 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.15 0.22 0.38 0.21
C5' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.16 0.09 0.16 0.10 0.17 0.12 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00
C6 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.05 0.19 0.24 0.37 0.23
C8 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.04 0.07 0.20 0.38 0.16
N1 0.02 0.00 0.18 0.19 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.22 0.07 0.22 0.25 0.36 0.25
N3 0.02 0.00 0.20 0.20 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.22 0.09 0.14 0.22 0.40 0.21
N6 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.14 0.04 0.21 0.24 0.36 0.24
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.12 0.21 0.38 0.19
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.20 0.38 0.16
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.12 0.17 0.19 0.09 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.40 0.52 0.27
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.13 0.01 0.10 0.02 0.16 0.03 0.22 0.22 0.14 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.06 0.42 0.46 0.27
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.27 0.06
O5' 0.01 0.20 0.04 0.04 0.12 0.00 0.15 0.00 0.19 0.07 0.22 0.14 0.21 0.12 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.24 0.32 0.35 0.21 0.17 0.22 0.02 0.24 0.20 0.25 0.22 0.24 0.21 0.20 0.40 0.42 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.38 0.37 0.48 0.47 0.39 0.30 0.38 0.13 0.37 0.38 0.36 0.40 0.36 0.38 0.38 0.52 0.46 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.24 0.23 0.25 0.19 0.12 0.21 0.00 0.23 0.16 0.25 0.21 0.24 0.19 0.16 0.27 0.27 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00