ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50756

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C4 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.000, 0.462, 0.925, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.462 std_dev=0.462
N9 B 0, 0.000, 0.622, 1.243, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.622 std_dev=0.622
C2 B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C6 B 0, 0.000, 0.701, 1.402, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.701 std_dev=0.701
N1 B 0, 0.000, 0.776, 1.552, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.776 std_dev=0.776
N7 B 0, 0.000, 0.783, 1.566, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.783 std_dev=0.783
C8 B 0, 0.000, 0.823, 1.647, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.823 std_dev=0.823
O4' B 0, 0.000, 0.861, 1.723, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.861 std_dev=0.861
O4' A 0, 0.000, 0.962, 1.925, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.962 std_dev=0.962
C2' A 0, 0.000, 1.043, 2.087, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.043 std_dev=1.043
C1' B 0, 0.000, 1.082, 2.164, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.082 std_dev=1.082
N6 B 0, 0.000, 1.152, 2.304, 2.304 max_d=2.304 avg_d=1.152 std_dev=1.152
O3' A 0, 0.000, 1.265, 2.530, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.265 std_dev=1.265
C3' A 0, 0.000, 1.289, 2.577, 2.577 max_d=2.577 avg_d=1.289 std_dev=1.289
C5' B 0, 0.000, 1.329, 2.657, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.329 std_dev=1.329
C4' B 0, 0.000, 1.337, 2.674, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.337 std_dev=1.337
C4' A 0, 0.000, 1.386, 2.771, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.386 std_dev=1.386
O2' A 0, 0.000, 1.551, 3.103, 3.103 max_d=3.103 avg_d=1.551 std_dev=1.551
O5' B 0, 0.000, 1.692, 3.383, 3.383 max_d=3.383 avg_d=1.692 std_dev=1.692
C2' B 0, 0.000, 1.733, 3.466, 3.466 max_d=3.466 avg_d=1.733 std_dev=1.733
P B 0, 0.000, 1.959, 3.917, 3.917 max_d=3.917 avg_d=1.959 std_dev=1.959
C3' B 0, 0.000, 2.041, 4.082, 4.082 max_d=4.082 avg_d=2.041 std_dev=2.041
O2' B 0, 0.000, 2.083, 4.165, 4.165 max_d=4.165 avg_d=2.083 std_dev=2.083
OP1 B 0, 0.000, 2.115, 4.230, 4.230 max_d=4.230 avg_d=2.115 std_dev=2.115
O5' A 0, 0.000, 2.169, 4.338, 4.338 max_d=4.338 avg_d=2.169 std_dev=2.169
C5' A 0, 0.000, 2.230, 4.460, 4.460 max_d=4.460 avg_d=2.230 std_dev=2.230
OP2 B 0, 0.000, 2.357, 4.713, 4.713 max_d=4.713 avg_d=2.357 std_dev=2.357
O3' B 0, 0.000, 2.525, 5.050, 5.050 max_d=5.050 avg_d=2.525 std_dev=2.525
OP2 A 0, 0.000, 2.620, 5.240, 5.240 max_d=5.240 avg_d=2.620 std_dev=2.620
P A 0, 0.000, 2.685, 5.371, 5.371 max_d=5.371 avg_d=2.685 std_dev=2.685
OP1 A 0, 0.000, 3.229, 6.457, 6.457 max_d=6.457 avg_d=3.229 std_dev=3.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.24 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01 0.11 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.01 0.23 0.07 0.05 0.02 0.03
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.14 0.20 0.00 0.15 0.35 0.01 0.02 0.02 0.02 0.31 0.38 0.37 0.32
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.24 0.00 0.24 0.00 0.20 0.15 0.20 0.10 0.01 0.00 0.26 0.01 0.05 0.16 0.04 0.07
C4 0.01 0.01 0.01 0.24 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.26 0.06 0.00 0.01 0.21 0.28 0.35 0.29
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.26 0.05 0.05 0.26 0.21 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03
C5 0.00 0.02 0.15 0.24 0.00 0.23 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.03 0.49 0.08 0.00 0.17 0.40 0.48 0.54 0.52
C5' 0.04 0.20 0.14 0.00 0.06 0.00 0.28 0.00 0.31 0.02 0.13 0.38 0.06 0.15 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.20 0.20 0.01 0.26 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.50 0.02 0.00 0.24 0.38 0.40 0.43 0.47
N1 0.00 0.00 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.08 0.00 0.00 0.08 0.10 0.14 0.14
N3 0.01 0.01 0.15 0.20 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.02 0.05 0.13 0.07
O2 0.03 0.01 0.35 0.10 0.03 0.26 0.03 0.38 0.01 0.00 0.02 0.00 0.44 0.14 0.03 0.40 0.23 0.23 0.13 0.21
O2' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.26 0.21 0.49 0.06 0.50 0.15 0.00 0.44 0.00 0.01 0.26 0.14 0.24 0.33 0.43 0.28
O3' 0.24 0.08 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.15 0.02 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.08 0.16 0.10 0.07 0.10 0.10
O4 0.00 0.01 0.02 0.26 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.26 0.08 0.00 0.02 0.22 0.31 0.38 0.31
O4' 0.00 0.23 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.16 0.40 0.14 0.16 0.02 0.00 0.07 0.12 0.13 0.15
O5' 0.04 0.07 0.31 0.05 0.21 0.01 0.40 0.00 0.38 0.08 0.02 0.23 0.24 0.10 0.22 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.05 0.38 0.16 0.28 0.00 0.48 0.05 0.40 0.10 0.05 0.23 0.33 0.07 0.31 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.37 0.04 0.35 0.03 0.54 0.01 0.43 0.14 0.13 0.13 0.43 0.10 0.38 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.32 0.07 0.29 0.03 0.52 0.00 0.47 0.14 0.07 0.21 0.28 0.10 0.31 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.35 0.06 0.05 0.00 0.09 0.12 0.03 0.01 0.27 0.29 0.21 0.10 0.30 0.12 0.00 0.02 0.11 0.00 0.28 0.02 0.03
C2 0.08 0.17 0.24 0.22 0.05 0.09 0.06 0.16 0.06 0.06 0.05 0.17 0.13 0.11 0.03 0.34 0.26 0.01 0.24 0.00 0.28 0.23
C2' 0.24 0.01 0.17 0.19 0.21 0.25 0.30 0.19 0.24 0.37 0.06 0.08 0.31 0.40 0.27 0.08 0.12 0.30 0.15 0.32 0.09 0.11
C3' 0.68 0.17 0.65 0.67 0.61 0.73 0.80 0.74 0.66 0.97 0.28 0.33 0.83 1.04 0.75 0.50 0.53 0.76 0.76 1.00 0.82 0.80
C4 0.07 0.00 0.13 0.08 0.02 0.00 0.10 0.18 0.13 0.06 0.07 0.04 0.17 0.12 0.01 0.13 0.01 0.09 0.37 0.11 0.53 0.39
C4' 0.50 0.11 0.50 0.49 0.40 0.55 0.63 0.56 0.46 0.87 0.03 0.06 0.66 0.94 0.59 0.34 0.35 0.56 0.58 0.93 0.73 0.70
C5 0.27 0.15 0.22 0.23 0.03 0.19 0.11 0.01 0.29 0.13 0.28 0.01 0.36 0.02 0.16 0.30 0.31 0.22 0.18 0.11 0.36 0.21
C5' 0.71 0.01 0.72 0.73 0.57 0.78 0.79 0.81 0.57 1.13 0.12 0.19 0.75 1.18 0.79 0.55 0.58 0.79 0.82 1.22 1.00 0.98
C6 0.23 0.27 0.23 0.23 0.03 0.19 0.01 0.05 0.24 0.24 0.37 0.10 0.29 0.15 0.18 0.25 0.24 0.20 0.06 0.23 0.16 0.07
N1 0.09 0.28 0.02 0.03 0.00 0.07 0.07 0.02 0.05 0.20 0.26 0.16 0.00 0.20 0.10 0.03 0.00 0.11 0.09 0.18 0.13 0.08
N3 0.10 0.01 0.32 0.28 0.05 0.13 0.01 0.23 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.02 0.08 0.43 0.27 0.02 0.36 0.13 0.45 0.37
O2 0.19 0.16 0.37 0.37 0.08 0.19 0.09 0.22 0.16 0.04 0.05 0.22 0.29 0.14 0.09 0.53 0.47 0.09 0.27 0.04 0.26 0.25
O2' 0.27 0.42 0.29 0.29 0.33 0.28 0.31 0.37 0.38 0.23 0.45 0.38 0.37 0.24 0.28 0.30 0.32 0.26 0.39 0.24 0.45 0.45
O3' 0.48 0.09 0.49 0.51 0.41 0.58 0.64 0.66 0.51 0.85 0.06 0.07 0.78 0.94 0.57 0.30 0.31 0.58 0.74 1.01 0.92 0.83
O4 0.03 0.14 0.28 0.18 0.02 0.06 0.16 0.29 0.13 0.23 0.01 0.17 0.20 0.27 0.09 0.26 0.00 0.06 0.55 0.29 0.74 0.58
O4' 0.24 0.34 0.23 0.22 0.14 0.26 0.34 0.24 0.18 0.57 0.21 0.18 0.34 0.61 0.31 0.13 0.11 0.28 0.23 0.60 0.35 0.33
O5' 1.00 0.20 1.02 1.04 0.78 1.06 0.94 1.04 0.64 1.33 0.24 0.44 0.71 1.32 1.04 0.87 0.93 1.06 1.01 1.38 1.10 1.13
OP1 1.32 0.29 1.42 1.49 0.95 1.46 1.06 1.47 0.69 1.62 0.29 0.58 0.70 1.52 1.29 1.27 1.39 1.39 1.44 1.93 1.60 1.63
OP2 1.44 0.44 1.52 1.56 1.03 1.51 1.05 1.42 0.65 1.62 0.36 0.73 0.55 1.45 1.37 1.43 1.53 1.47 1.31 1.72 1.29 1.41
P 1.24 0.30 1.31 1.34 0.91 1.32 1.01 1.28 0.66 1.52 0.29 0.57 0.66 1.43 1.22 1.18 1.27 1.29 1.22 1.66 1.30 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.26 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.27 0.16 0.16 0.09 0.21 0.01 0.04
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.07 0.04 0.10 0.09 0.12 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.35 0.02 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.43 0.12 0.16
C4 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02
C4' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.06 0.07
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.12 0.05 0.08
C5' 0.04 0.12 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.19 0.07 0.11 0.03 0.15 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.09 0.06 0.02 0.11 0.04 0.06
C8 0.00 0.01 0.10 0.05 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.02 0.10 0.18 0.09 0.09 0.16
N1 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.12 0.07 0.16 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.12 0.05 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.15 0.16 0.08 0.23 0.01 0.04
N6 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.00 0.07 0.06 0.09
N7 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.13 0.05 0.10 0.16
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.18 0.03 0.05
O2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.12 0.00 0.04 0.06 0.11 0.15 0.20 0.26 0.06 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.18 0.39 0.02 0.04
O3' 0.06 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.03 0.09 0.02 0.13 0.15 0.07 0.00 0.05 0.03 0.00 0.07 0.05 0.48 0.12 0.18
O4' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.10 0.12 0.16 0.03 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.19 0.07 0.03
O5' 0.06 0.09 0.16 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.18 0.07 0.08 0.00 0.13 0.07 0.18 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.26 0.21 0.35 0.43 0.18 0.22 0.12 0.05 0.11 0.09 0.16 0.23 0.07 0.05 0.18 0.39 0.48 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.06 0.05 0.01 0.04 0.09 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.02 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.05 0.16 0.02 0.07 0.08 0.01 0.06 0.16 0.00 0.04 0.09 0.16 0.05 0.04 0.18 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00