ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50757

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C3' A 0, 0.000, 0.289, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C2' A 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.000, 0.414, 0.828, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.414 std_dev=0.414
OP2 B 0, 0.000, 0.473, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.473 std_dev=0.473
P A 0, 0.000, 0.496, 0.992, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C5' A 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
OP2 A 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
OP1 A 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
O2' A 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C6 B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
C5 B 0, 0.000, 0.571, 1.141, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.571 std_dev=0.571
N7 B 0, 0.000, 0.574, 1.148, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C8 B 0, 0.000, 0.575, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.575 std_dev=0.575
N1 B 0, 0.000, 0.578, 1.157, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.578 std_dev=0.578
N6 B 0, 0.000, 0.582, 1.163, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.582 std_dev=0.582
P B 0, 0.000, 0.586, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C4 B 0, 0.000, 0.615, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.615 std_dev=0.615
N9 B 0, 0.000, 0.620, 1.240, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.620 std_dev=0.620
C2 B 0, 0.000, 0.643, 1.286, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.643 std_dev=0.643
OP1 B 0, 0.000, 0.655, 1.311, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.655 std_dev=0.655
N3 B 0, 0.000, 0.679, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.679 std_dev=0.679
O5' B 0, 0.000, 0.715, 1.429, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.715 std_dev=0.715
C5' B 0, 0.000, 0.720, 1.440, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.720 std_dev=0.720
C1' B 0, 0.000, 0.727, 1.455, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.727 std_dev=0.727
O4' B 0, 0.000, 0.743, 1.485, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.743 std_dev=0.743
C4' B 0, 0.000, 0.816, 1.632, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.816 std_dev=0.816
C3' B 0, 0.000, 0.886, 1.772, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.886 std_dev=0.886
C2' B 0, 0.000, 0.952, 1.904, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.952 std_dev=0.952
O3' B 0, 0.000, 1.157, 2.314, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.157 std_dev=1.157
O2' B 0, 0.000, 1.225, 2.451, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.225 std_dev=1.225

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.03 0.10 0.04 0.11 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.12 0.05 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.11 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.00
C5' 0.01 0.09 0.04 0.02 0.13 0.00 0.11 0.00 0.07 0.06 0.12 0.07 0.04 0.03 0.13 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00
O2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.03
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.04 0.13 0.01 0.06 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.19 0.11 0.12
O3' 0.08 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.11 0.03 0.11 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.08 0.02 0.04
O4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.06 0.04 0.09 0.08
O5' 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.12 0.10 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.19 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.06 0.11 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.12 0.04 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.17 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.14 0.11 0.11 0.02 0.14 0.08 0.02 0.08 0.13 0.05 0.12 0.17 0.15
C2 0.07 0.28 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.15 0.07 0.16 0.22 0.18 0.05 0.14 0.07 0.03 0.09 0.09 0.05 0.11 0.15 0.15
C2' 0.02 0.16 0.05 0.11 0.05 0.10 0.01 0.15 0.00 0.04 0.07 0.14 0.03 0.06 0.01 0.08 0.18 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01
C3' 0.03 0.15 0.07 0.13 0.05 0.10 0.01 0.13 0.00 0.05 0.07 0.14 0.04 0.07 0.01 0.11 0.21 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02
C4 0.17 0.11 0.19 0.09 0.11 0.05 0.16 0.07 0.06 0.27 0.10 0.01 0.06 0.27 0.19 0.19 0.06 0.16 0.10 0.12 0.16 0.17
C4' 0.03 0.14 0.01 0.09 0.01 0.07 0.07 0.12 0.04 0.14 0.06 0.11 0.08 0.15 0.06 0.06 0.18 0.09 0.03 0.06 0.10 0.06
C5 0.21 0.01 0.24 0.14 0.17 0.09 0.22 0.03 0.15 0.28 0.02 0.07 0.15 0.29 0.22 0.24 0.11 0.21 0.12 0.14 0.19 0.19
C5' 0.08 0.10 0.03 0.06 0.06 0.04 0.14 0.11 0.11 0.20 0.01 0.06 0.16 0.22 0.11 0.01 0.16 0.13 0.00 0.08 0.10 0.08
C6 0.19 0.04 0.20 0.12 0.14 0.08 0.18 0.02 0.12 0.25 0.00 0.04 0.12 0.25 0.19 0.19 0.08 0.21 0.11 0.15 0.20 0.18
N1 0.12 0.16 0.11 0.03 0.05 0.02 0.10 0.07 0.02 0.19 0.11 0.08 0.03 0.18 0.12 0.09 0.02 0.16 0.08 0.13 0.18 0.17
N3 0.10 0.25 0.10 0.00 0.00 0.02 0.05 0.13 0.07 0.20 0.22 0.14 0.06 0.18 0.11 0.09 0.03 0.10 0.06 0.10 0.14 0.15
O2 0.02 0.35 0.06 0.14 0.12 0.13 0.06 0.23 0.14 0.09 0.27 0.28 0.11 0.07 0.01 0.09 0.20 0.01 0.01 0.08 0.12 0.13
O2' 0.10 0.12 0.11 0.16 0.09 0.16 0.04 0.20 0.02 0.04 0.05 0.15 0.02 0.02 0.09 0.14 0.21 0.04 0.12 0.12 0.08 0.10
O3' 0.01 0.12 0.07 0.12 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.07 0.05 0.11 0.05 0.08 0.01 0.13 0.23 0.07 0.02 0.04 0.07 0.04
O4 0.18 0.09 0.21 0.10 0.12 0.05 0.17 0.08 0.06 0.28 0.09 0.00 0.06 0.29 0.20 0.22 0.08 0.15 0.10 0.12 0.15 0.17
O4' 0.09 0.17 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.18 0.10 0.10 0.04 0.18 0.10 0.01 0.11 0.14 0.04 0.15 0.20 0.16
O5' 0.08 0.08 0.06 0.02 0.06 0.02 0.13 0.09 0.10 0.18 0.00 0.04 0.15 0.19 0.10 0.04 0.09 0.13 0.02 0.07 0.10 0.09
OP1 0.11 0.00 0.11 0.04 0.09 0.04 0.13 0.03 0.12 0.16 0.05 0.02 0.16 0.18 0.11 0.09 0.01 0.16 0.06 0.11 0.15 0.12
OP2 0.07 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.10 0.09 0.14 0.00 0.03 0.14 0.16 0.08 0.09 0.03 0.11 0.02 0.05 0.09 0.08
P 0.08 0.06 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.09 0.09 0.15 0.00 0.03 0.13 0.17 0.09 0.06 0.06 0.12 0.01 0.06 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.08 0.01
C2 0.04 0.00 0.15 0.06 0.01 0.03 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.09 0.02 0.05 0.11 0.09 0.07
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.14 0.14 0.11 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.19 0.21 0.12
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.23 0.15
C4 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06 0.01
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.13 0.13 0.10
C5 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04
C5' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.00 0.12 0.03 0.14 0.15 0.13 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.12 0.04 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.07 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.15 0.00 0.01 0.09
N1 0.03 0.00 0.14 0.06 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.09 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03
N3 0.03 0.01 0.14 0.05 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.01 0.03 0.12 0.11 0.08
N6 0.01 0.00 0.11 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03
N7 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.03 0.09
N9 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.10 0.05 0.04 0.03
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.12 0.03 0.11 0.02 0.15 0.02 0.17 0.15 0.15 0.06 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03 0.31 0.32 0.23
O3' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.00 0.09 0.07 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.33 0.42 0.32
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.02
O5' 0.10 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.15 0.02 0.03 0.02 0.13 0.10 0.03 0.12 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.19 0.19 0.07 0.13 0.04 0.02 0.06 0.00 0.08 0.12 0.05 0.00 0.05 0.31 0.33 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.08 0.09 0.21 0.23 0.06 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.04 0.32 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.07 0.12 0.15 0.01 0.10 0.04 0.00 0.01 0.09 0.03 0.08 0.03 0.09 0.03 0.23 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00