ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50765

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 34, 38, 35, 19, 25, 8, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.032 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.009, 0.059, 0.110, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.059 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.051, 0.124, 0.197, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.124 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.097, 0.175, 0.254, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.175 std_dev=0.078
C2' B 0, 0.207, 0.355, 0.503, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.355 std_dev=0.148
N4 B 0, 0.144, 0.307, 0.471, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.307 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.158, 0.324, 0.491, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.324 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.124, 0.291, 0.459, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.291 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.194, 0.371, 0.549, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.371 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.200, 0.379, 0.558, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.379 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.242, 0.421, 0.601, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.421 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.263, 0.446, 0.630, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.446 std_dev=0.183
O2 B 0, 0.266, 0.460, 0.655, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.460 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.335, 0.542, 0.748, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.542 std_dev=0.207
O4' B 0, 0.457, 0.732, 1.006, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.732 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.380, 0.729, 1.078, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.729 std_dev=0.349
C5' A 0, 0.503, 0.876, 1.249, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.876 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.630, 1.052, 1.475, 1.791 max_d=1.791 avg_d=1.052 std_dev=0.422
C4' B 0, 0.642, 1.071, 1.499, 1.665 max_d=1.665 avg_d=1.071 std_dev=0.428
O2' A 0, 0.515, 1.053, 1.592, 1.695 max_d=1.695 avg_d=1.053 std_dev=0.538
OP1 A 0, 0.807, 1.380, 1.954, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.380 std_dev=0.573
O5' B 0, 0.737, 1.380, 2.022, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.380 std_dev=0.643
O2' B 0, 0.691, 1.344, 1.997, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.344 std_dev=0.653
C3' B 0, 0.778, 1.459, 2.140, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.459 std_dev=0.681
O5' A 0, 0.705, 1.415, 2.125, 2.340 max_d=2.340 avg_d=1.415 std_dev=0.710
P B 0, 0.748, 1.467, 2.186, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.467 std_dev=0.719
C3' A 0, 0.596, 1.325, 2.054, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.325 std_dev=0.729
P A 0, 0.905, 1.723, 2.541, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.723 std_dev=0.818
OP1 B 0, 0.954, 1.997, 3.040, 3.479 max_d=3.479 avg_d=1.997 std_dev=1.043
O3' B 0, 1.200, 2.517, 3.833, 3.731 max_d=3.731 avg_d=2.517 std_dev=1.316
OP2 B 0, 1.081, 2.426, 3.770, 4.156 max_d=4.156 avg_d=2.426 std_dev=1.344
O3' A 0, 1.055, 2.464, 3.874, 3.718 max_d=3.718 avg_d=2.464 std_dev=1.409
OP2 A 0, 1.370, 3.045, 4.720, 5.107 max_d=5.107 avg_d=3.045 std_dev=1.675

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.02 0.00 0.12 0.72 0.12 0.22
C2 0.02 0.00 0.07 0.16 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.29 0.01 0.04 0.14 0.87 0.61 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.21 0.06 0.03 0.06 0.11 0.00 0.03 0.06 0.03 0.45 0.71 0.31 0.52
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.41 0.00 0.49 0.02 0.44 0.24 0.27 0.07 0.02 0.01 0.43 0.02 0.05 0.12 0.18 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.41 0.00 0.17 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.13 0.00 0.03 0.37 0.93 1.12 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.17 0.00 0.22 0.01 0.21 0.10 0.10 0.05 0.30 0.02 0.17 0.00 0.02 0.15 0.20 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.49 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.28 0.01 0.03 0.43 0.93 1.12 0.27
C5' 0.07 0.07 0.21 0.02 0.21 0.01 0.26 0.00 0.21 0.09 0.13 0.05 0.10 0.22 0.24 0.01 0.01 0.13 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.44 0.01 0.21 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.01 0.04 0.33 0.91 0.78 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.12 0.01 0.01 0.14 0.85 0.51 0.13
N3 0.01 0.00 0.06 0.27 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.16 0.01 0.03 0.25 0.92 0.88 0.17
O2 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.55 0.02 0.05 0.08 0.83 0.45 0.15
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.38 0.30 0.31 0.10 0.24 0.22 0.38 0.30 0.00 0.07 0.41 0.21 0.33 0.55 0.30 0.43
O3' 0.35 0.29 0.03 0.01 0.13 0.02 0.28 0.22 0.23 0.12 0.16 0.55 0.07 0.00 0.15 0.23 0.21 0.47 0.28 0.28
O4 0.02 0.01 0.06 0.43 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.15 0.00 0.03 0.42 0.93 1.27 0.31
O4' 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.21 0.23 0.03 0.00 0.06 0.58 0.09 0.13
O5' 0.12 0.14 0.45 0.05 0.37 0.02 0.43 0.01 0.33 0.14 0.25 0.08 0.33 0.21 0.42 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.72 0.87 0.71 0.12 0.93 0.15 0.93 0.13 0.91 0.85 0.92 0.83 0.55 0.47 0.93 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.61 0.31 0.18 1.12 0.20 1.12 0.39 0.78 0.51 0.88 0.45 0.30 0.28 1.27 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.13 0.52 0.07 0.25 0.05 0.27 0.02 0.16 0.13 0.17 0.15 0.43 0.28 0.31 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.19 0.12 0.76 0.13 0.41 0.13 0.23 0.13 0.14 0.18 0.13 0.24 0.42 1.10 0.19 0.09 0.72 0.55 0.37
C2 0.11 0.18 0.11 0.63 0.10 0.31 0.13 0.17 0.12 0.11 0.17 0.11 0.24 0.54 0.74 0.13 0.12 0.98 0.79 0.29
C2' 0.16 0.17 0.13 0.83 0.14 0.48 0.14 0.33 0.13 0.14 0.16 0.16 0.21 0.27 1.18 0.24 0.21 0.70 0.60 0.31
C3' 0.65 0.57 0.76 0.11 0.46 0.27 0.48 0.35 0.58 0.61 0.51 0.38 0.58 0.94 0.57 0.52 0.56 0.66 0.18 0.78
C4 0.12 0.13 0.13 0.43 0.13 0.20 0.19 0.12 0.17 0.11 0.11 0.17 0.22 0.64 0.38 0.11 0.17 1.05 0.58 0.39
C4' 0.31 0.26 0.40 0.35 0.22 0.10 0.26 0.17 0.30 0.29 0.23 0.20 0.27 0.66 0.97 0.21 0.46 0.53 0.25 0.78
C5 0.12 0.13 0.13 0.45 0.12 0.22 0.19 0.13 0.18 0.11 0.11 0.15 0.23 0.65 0.48 0.11 0.23 0.96 0.38 0.47
C5' 0.18 0.17 0.29 0.40 0.13 0.23 0.14 0.13 0.16 0.16 0.16 0.13 0.21 0.54 1.14 0.08 0.37 0.24 0.31 0.59
C6 0.11 0.16 0.12 0.59 0.10 0.30 0.16 0.13 0.15 0.11 0.14 0.12 0.24 0.56 0.77 0.13 0.20 0.87 0.35 0.48
N1 0.12 0.18 0.11 0.68 0.10 0.34 0.13 0.17 0.13 0.12 0.16 0.11 0.24 0.51 0.88 0.15 0.09 0.89 0.57 0.38
N3 0.11 0.15 0.11 0.53 0.09 0.24 0.16 0.14 0.13 0.10 0.14 0.12 0.22 0.59 0.52 0.10 0.12 1.06 0.76 0.31
O2 0.12 0.19 0.11 0.67 0.14 0.34 0.12 0.22 0.12 0.13 0.20 0.14 0.24 0.50 0.80 0.15 0.20 0.96 0.96 0.21
O2' 0.54 0.65 0.35 0.99 0.68 0.72 0.67 0.54 0.63 0.62 0.67 0.65 0.64 0.19 1.24 0.61 0.53 0.57 0.96 0.18
O3' 1.02 0.66 1.13 0.55 0.39 0.93 0.50 1.12 0.76 0.82 0.48 0.23 0.71 1.23 0.10 1.04 1.23 1.24 0.78 1.56
O4 0.16 0.14 0.15 0.34 0.17 0.16 0.21 0.14 0.19 0.15 0.13 0.21 0.21 0.66 0.22 0.14 0.19 1.09 0.58 0.38
O4' 0.14 0.17 0.16 0.67 0.11 0.35 0.13 0.16 0.14 0.13 0.16 0.12 0.24 0.48 1.17 0.16 0.20 0.60 0.22 0.56
O5' 0.07 0.14 0.17 0.64 0.10 0.56 0.13 0.48 0.14 0.08 0.15 0.12 0.21 0.52 1.29 0.29 0.13 0.30 0.26 0.17
OP1 0.59 0.85 0.57 0.59 0.85 0.48 0.74 0.16 0.68 0.73 0.90 0.87 0.87 0.37 1.17 0.52 0.25 0.16 0.40 0.43
OP2 0.53 0.86 0.58 0.20 0.72 0.41 0.50 0.56 0.44 0.62 0.88 0.74 1.00 1.03 0.90 0.21 0.32 0.62 0.36 0.36
P 0.35 0.23 0.28 0.83 0.24 0.85 0.32 0.70 0.37 0.31 0.21 0.21 0.22 0.15 1.61 0.60 0.24 0.49 0.24 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.32 0.00 0.15 0.70 0.09 0.24
C2 0.02 0.00 0.09 0.20 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.21 0.04 0.09 0.96 0.49 0.19
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.22 0.08 0.02 0.07 0.04 0.16 0.00 0.02 0.02 0.47 0.71 0.30 0.54
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.37 0.00 0.42 0.01 0.37 0.23 0.28 0.40 0.11 0.02 0.01 0.02 0.05 0.11 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.37 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.12 0.02 0.21 1.12 0.87 0.16
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.16 0.08 0.09 0.14 0.03 0.31 0.02 0.00 0.01 0.08 0.21 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.42 0.00 0.16 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.24 0.04 0.26 1.13 0.87 0.16
C5' 0.08 0.05 0.22 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.11 0.05 0.07 0.13 0.06 0.10 0.23 0.01 0.01 0.18 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.37 0.01 0.16 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.18 0.05 0.19 1.03 0.60 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.08 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.01 0.08 0.92 0.39 0.19
N3 0.02 0.00 0.07 0.28 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.11 0.03 0.14 1.06 0.70 0.17
N4 0.02 0.01 0.04 0.40 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.40 0.17 0.03 0.25 1.15 1.01 0.17
O2 0.03 0.01 0.16 0.11 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.24 0.43 0.06 0.11 0.88 0.36 0.22
O2' 0.03 0.29 0.00 0.02 0.36 0.31 0.31 0.10 0.24 0.21 0.35 0.40 0.24 0.00 0.04 0.22 0.35 0.54 0.27 0.44
O3' 0.32 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.24 0.23 0.18 0.10 0.11 0.17 0.43 0.04 0.00 0.23 0.22 0.50 0.23 0.29
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.06 0.22 0.23 0.00 0.06 0.48 0.08 0.09
O5' 0.15 0.09 0.47 0.05 0.21 0.01 0.26 0.01 0.19 0.08 0.14 0.25 0.11 0.35 0.22 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.70 0.96 0.71 0.11 1.12 0.08 1.13 0.18 1.03 0.92 1.06 1.15 0.88 0.54 0.50 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.49 0.30 0.07 0.87 0.21 0.87 0.40 0.60 0.39 0.70 1.01 0.36 0.27 0.23 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.19 0.54 0.05 0.16 0.03 0.16 0.01 0.16 0.19 0.17 0.17 0.22 0.44 0.29 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00