ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50768

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 23, 23, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.009, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.022, 0.080, 0.137, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.080 std_dev=0.058
C5 B 0, 0.085, 0.177, 0.269, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.177 std_dev=0.092
C6 B 0, 0.130, 0.236, 0.342, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.236 std_dev=0.106
N1 B 0, 0.233, 0.352, 0.471, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.352 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.480, 0.606, 0.731, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.606 std_dev=0.125
O4' A 0, 0.331, 0.456, 0.582, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.456 std_dev=0.126
C2 B 0, 0.282, 0.416, 0.550, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.416 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.121, 0.265, 0.408, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.265 std_dev=0.143
C4' A 0, 0.579, 0.728, 0.878, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.728 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.856, 1.008, 1.160, 1.126 max_d=1.126 avg_d=1.008 std_dev=0.152
O5' A 0, 0.500, 0.656, 0.812, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.656 std_dev=0.156
N4 B 0, 0.272, 0.433, 0.594, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.433 std_dev=0.161
O2 B 0, 0.448, 0.610, 0.771, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.610 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.219, 0.381, 0.543, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.381 std_dev=0.162
C1' B 0, 0.389, 0.556, 0.723, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.556 std_dev=0.167
C3' B 0, 0.648, 0.817, 0.986, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.817 std_dev=0.169
C5' B 0, 0.692, 0.863, 1.033, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.863 std_dev=0.170
C2' B 0, 0.588, 0.763, 0.937, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.763 std_dev=0.175
OP2 B 0, 0.761, 0.935, 1.110, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.935 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.454, 0.630, 0.807, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.630 std_dev=0.177
P A 0, 0.526, 0.703, 0.880, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.703 std_dev=0.177
C4' B 0, 0.626, 0.808, 0.989, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.808 std_dev=0.181
OP2 A 0, 0.688, 0.873, 1.058, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.873 std_dev=0.185
O5' B 0, 0.702, 0.892, 1.082, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.892 std_dev=0.190
P B 0, 0.867, 1.060, 1.253, 1.464 max_d=1.464 avg_d=1.060 std_dev=0.193
C5' A 0, 0.482, 0.686, 0.890, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.686 std_dev=0.204
O3' B 0, 0.812, 1.017, 1.222, 1.328 max_d=1.328 avg_d=1.017 std_dev=0.205
O2' A 0, 1.179, 1.403, 1.626, 1.700 max_d=1.700 avg_d=1.403 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.691, 0.918, 1.145, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.918 std_dev=0.227
O2' B 0, 0.752, 0.984, 1.215, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.984 std_dev=0.231
OP1 B 0, 1.159, 1.397, 1.636, 1.779 max_d=1.779 avg_d=1.397 std_dev=0.239
O3' A 0, 1.867, 2.184, 2.501, 2.401 max_d=2.401 avg_d=2.184 std_dev=0.317

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.07 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.07 0.10 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.08 0.07 0.07 0.06
O2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.09 0.10 0.11 0.07 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.09 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.04 0.03
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.07 0.06 0.09 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05
O5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.08 0.10 0.06 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04 0.07 0.11 0.09 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.06 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.04 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.09 0.07 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.14 0.13 0.12 0.12
C2 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.10 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.12 0.11 0.10
C2' 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.13 0.12 0.12
C3' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.13 0.12 0.12
C4 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.10 0.11 0.10 0.09
C4' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.12 0.10 0.10
C5 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.12 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.12 0.11 0.11
C5' 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.13 0.09 0.09
C6 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.10 0.08 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.13 0.12 0.12
N1 0.08 0.06 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.12 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.13 0.12 0.12 0.11
N3 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.05 0.08 0.09 0.09 0.06 0.08 0.06 0.10 0.11 0.10 0.09
O2 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.12 0.11 0.10
O2' 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.14 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.10 0.10 0.17 0.15 0.15 0.15
O3' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.16 0.13 0.13 0.13
O4 0.06 0.11 0.06 0.06 0.10 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.12 0.06 0.08 0.06 0.08 0.10 0.10 0.08
O4' 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.13 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.13 0.11 0.10
O5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.13 0.09 0.09
OP1 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.11 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.16 0.08 0.09
OP2 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.09 0.17 0.09 0.11
P 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.15 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.12 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.07 0.12 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.07 0.12 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.12 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.12 0.06
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.12 0.07
O2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.04 0.05 0.12 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.08 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.05
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.12 0.08 0.07 0.12 0.06 0.12 0.04 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.08 0.06 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.02 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00