ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50770

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 4, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.027, 0.050, 0.073, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.050 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.067, 0.126, 0.186, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.126 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.018, 0.168, 0.317, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.168 std_dev=0.150
O4' A 0, 0.001, 0.166, 0.331, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.166 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.130, 0.296, 0.463, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.296 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.051, 0.232, 0.414, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.232 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.061, 0.272, 0.484, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.272 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.305, 0.527, 0.750, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.527 std_dev=0.222
N1 B 0, 0.312, 0.543, 0.774, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.543 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.339, 0.580, 0.822, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.580 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.290, 0.546, 0.803, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.546 std_dev=0.257
OP2 A 0, 0.178, 0.437, 0.696, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.437 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.381, 0.640, 0.899, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.640 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.164, 0.439, 0.714, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.439 std_dev=0.275
O3' A 0, 0.139, 0.415, 0.691, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.415 std_dev=0.276
P A 0, 0.098, 0.399, 0.700, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.399 std_dev=0.301
N4 B 0, 0.302, 0.604, 0.906, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.604 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.423, 0.732, 1.041, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.732 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.453, 0.764, 1.075, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.764 std_dev=0.311
C5' A 0, 0.043, 0.393, 0.742, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.393 std_dev=0.349
O2 B 0, 0.388, 0.746, 1.104, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.746 std_dev=0.358
O5' A 0, 0.002, 0.373, 0.745, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.373 std_dev=0.372
C2' B 0, 0.653, 1.045, 1.438, 1.411 max_d=1.411 avg_d=1.045 std_dev=0.393
O2' B 0, 0.682, 1.086, 1.490, 1.455 max_d=1.455 avg_d=1.086 std_dev=0.404
O5' B 0, 0.604, 1.020, 1.437, 1.462 max_d=1.462 avg_d=1.020 std_dev=0.417
O3' B 0, 0.613, 1.041, 1.468, 1.525 max_d=1.525 avg_d=1.041 std_dev=0.428
P B 0, 0.616, 1.063, 1.511, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.063 std_dev=0.448
OP1 B 0, 0.666, 1.116, 1.566, 1.768 max_d=1.768 avg_d=1.116 std_dev=0.450
O4' B 0, 0.651, 1.111, 1.570, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.111 std_dev=0.460
C3' B 0, 0.786, 1.298, 1.810, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.298 std_dev=0.512
OP2 B 0, 0.718, 1.307, 1.895, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.307 std_dev=0.589
C4' B 0, 0.875, 1.485, 2.095, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.485 std_dev=0.610
C5' B 0, 1.279, 2.152, 3.026, 3.070 max_d=3.070 avg_d=2.152 std_dev=0.874

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.09 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01 0.04 0.11 0.09 0.07 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.03 0.06 0.13 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.09 0.10 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.15 0.02 0.16 0.06 0.03 0.09 0.02 0.01 0.10 0.01 0.09 0.12 0.10 0.07
C4 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.03 0.19 0.14 0.11 0.12
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.04 0.06 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.09 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.03 0.21 0.15 0.10 0.13
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.08 0.06 0.07 0.03 0.14 0.02 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.02 0.03 0.18 0.12 0.06 0.08
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.12 0.09 0.08 0.05
N3 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01 0.03 0.14 0.11 0.08 0.08
O2 0.06 0.00 0.13 0.09 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.06 0.11 0.10 0.09 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.07 0.08 0.05 0.07 0.05 0.04 0.11 0.19 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04 0.08 0.08 0.06
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.10 0.01 0.17 0.03 0.17 0.06 0.04 0.13 0.05 0.00 0.11 0.02 0.15 0.17 0.14 0.13
O4 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.11 0.00 0.03 0.20 0.17 0.14 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.13 0.12 0.16 0.13
O5' 0.08 0.11 0.03 0.09 0.19 0.02 0.21 0.01 0.18 0.12 0.14 0.11 0.04 0.15 0.20 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.09 0.09 0.12 0.14 0.09 0.15 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.08 0.17 0.17 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.07 0.10 0.10 0.11 0.06 0.10 0.03 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.14 0.14 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.05 0.05 0.07 0.12 0.03 0.13 0.01 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.13 0.16 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.08 0.29 0.28 0.15 0.24 0.27 0.45 0.25 0.15 0.09 0.20 0.16 0.29 0.20 0.16 0.43 0.31 0.25 0.28
C2 0.12 0.12 0.22 0.19 0.19 0.13 0.22 0.30 0.19 0.10 0.18 0.26 0.22 0.25 0.18 0.10 0.45 0.38 0.27 0.33
C2' 0.18 0.12 0.24 0.25 0.14 0.24 0.24 0.48 0.22 0.17 0.10 0.17 0.14 0.22 0.16 0.17 0.43 0.33 0.31 0.31
C3' 0.15 0.12 0.19 0.22 0.15 0.23 0.24 0.49 0.21 0.15 0.12 0.18 0.15 0.17 0.14 0.16 0.46 0.34 0.30 0.32
C4 0.10 0.17 0.20 0.17 0.20 0.12 0.19 0.24 0.16 0.09 0.23 0.23 0.25 0.23 0.19 0.10 0.45 0.43 0.33 0.36
C4' 0.19 0.11 0.28 0.31 0.17 0.31 0.30 0.55 0.28 0.18 0.10 0.18 0.15 0.23 0.20 0.22 0.41 0.27 0.23 0.25
C5 0.15 0.14 0.27 0.26 0.19 0.22 0.22 0.37 0.21 0.11 0.19 0.22 0.20 0.27 0.22 0.15 0.44 0.38 0.33 0.34
C5' 0.23 0.14 0.31 0.37 0.21 0.40 0.35 0.66 0.33 0.22 0.13 0.22 0.15 0.20 0.23 0.30 0.35 0.21 0.18 0.19
C6 0.17 0.10 0.29 0.29 0.17 0.25 0.24 0.44 0.24 0.13 0.15 0.22 0.17 0.29 0.23 0.17 0.44 0.34 0.29 0.30
N1 0.16 0.08 0.27 0.26 0.16 0.21 0.25 0.40 0.23 0.13 0.12 0.22 0.17 0.28 0.20 0.14 0.43 0.33 0.27 0.29
N3 0.10 0.16 0.19 0.15 0.20 0.10 0.19 0.23 0.15 0.08 0.22 0.25 0.26 0.23 0.18 0.10 0.46 0.42 0.30 0.35
O2 0.11 0.13 0.21 0.16 0.20 0.11 0.23 0.27 0.19 0.11 0.18 0.28 0.22 0.25 0.18 0.11 0.46 0.38 0.26 0.33
O2' 0.20 0.15 0.25 0.25 0.16 0.25 0.23 0.49 0.21 0.18 0.13 0.18 0.16 0.24 0.17 0.19 0.42 0.33 0.31 0.31
O3' 0.13 0.13 0.14 0.17 0.14 0.20 0.18 0.47 0.16 0.13 0.13 0.18 0.15 0.15 0.12 0.14 0.51 0.40 0.38 0.39
O4 0.14 0.23 0.16 0.15 0.22 0.13 0.20 0.17 0.18 0.16 0.25 0.23 0.31 0.20 0.21 0.16 0.46 0.49 0.36 0.40
O4' 0.24 0.11 0.36 0.37 0.18 0.33 0.35 0.53 0.34 0.21 0.10 0.20 0.16 0.33 0.27 0.25 0.43 0.28 0.20 0.26
O5' 0.22 0.13 0.30 0.36 0.18 0.39 0.33 0.63 0.31 0.20 0.12 0.18 0.16 0.19 0.23 0.30 0.41 0.24 0.19 0.24
OP1 0.26 0.17 0.32 0.42 0.23 0.50 0.35 0.76 0.35 0.25 0.17 0.25 0.17 0.19 0.30 0.38 0.33 0.22 0.19 0.19
OP2 0.30 0.19 0.36 0.46 0.24 0.53 0.39 0.79 0.41 0.28 0.17 0.23 0.18 0.20 0.32 0.42 0.30 0.17 0.18 0.13
P 0.27 0.15 0.34 0.44 0.21 0.49 0.37 0.75 0.37 0.24 0.14 0.21 0.16 0.20 0.30 0.37 0.33 0.18 0.17 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.41 0.41 0.19 0.30
C2 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.12 0.09 0.38 0.36 0.20 0.26
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07 0.03 0.04 0.06 0.08 0.00 0.03 0.02 0.51 0.57 0.37 0.47
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.12 0.04 0.12 0.04 0.04 0.09 0.11 0.01 0.01 0.01 0.21 0.40 0.28 0.26
C4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.13 0.00 0.40 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05 0.44 0.34 0.25 0.30
C4' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.16 0.07 0.09 0.14 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.29 0.05
C5 0.01 0.02 0.07 0.12 0.00 0.17 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.04 0.51 0.38 0.31 0.36
C5' 0.10 0.24 0.10 0.04 0.40 0.01 0.45 0.00 0.41 0.26 0.32 0.44 0.18 0.09 0.04 0.03 0.02 0.24 0.44 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.16 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.05 0.53 0.41 0.31 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.46 0.40 0.23 0.32
N3 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.09 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.11 0.08 0.39 0.34 0.21 0.26
N4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.00 0.14 0.01 0.44 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.09 0.06 0.05 0.43 0.32 0.26 0.28
O2 0.07 0.01 0.08 0.11 0.02 0.13 0.03 0.18 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.13 0.19 0.14 0.33 0.35 0.18 0.25
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09 0.05 0.09 0.09 0.13 0.00 0.03 0.01 0.50 0.64 0.49 0.53
O3' 0.07 0.12 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.11 0.06 0.19 0.03 0.00 0.09 0.11 0.29 0.29 0.19
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.29 0.29 0.11 0.21
O5' 0.41 0.38 0.51 0.21 0.44 0.02 0.51 0.02 0.53 0.46 0.39 0.43 0.33 0.50 0.11 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.36 0.57 0.40 0.34 0.21 0.38 0.24 0.41 0.40 0.34 0.32 0.35 0.64 0.29 0.29 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.20 0.37 0.28 0.25 0.29 0.31 0.44 0.31 0.23 0.21 0.26 0.18 0.49 0.29 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.26 0.47 0.26 0.30 0.05 0.36 0.03 0.38 0.32 0.26 0.28 0.25 0.53 0.19 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00