ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50771

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 4, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.046 std_dev=0.035
O4 A 0, -0.012, 0.066, 0.144, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.066 std_dev=0.078
O4' A 0, 0.055, 0.167, 0.279, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.167 std_dev=0.112
C2' A 0, 0.026, 0.193, 0.360, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.193 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.292, 0.472, 0.652, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.472 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.213, 0.397, 0.581, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.397 std_dev=0.184
C4' A 0, 0.527, 0.739, 0.950, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.739 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.360, 0.580, 0.801, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.580 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.397, 0.625, 0.852, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.625 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.476, 0.722, 0.968, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.722 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.488, 0.735, 0.982, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.735 std_dev=0.247
O2 B 0, 0.303, 0.587, 0.872, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.587 std_dev=0.284
C5' A 0, 0.439, 0.732, 1.025, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.732 std_dev=0.293
N4 B 0, 0.484, 0.789, 1.093, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.789 std_dev=0.305
C2' B 0, 0.406, 0.717, 1.029, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.717 std_dev=0.312
C1' B 0, 0.484, 0.815, 1.146, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.815 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.930, 1.287, 1.645, 1.605 max_d=1.605 avg_d=1.287 std_dev=0.358
C3' A 0, 1.096, 1.509, 1.923, 1.731 max_d=1.731 avg_d=1.509 std_dev=0.413
O4' B 0, 0.609, 1.026, 1.443, 1.657 max_d=1.657 avg_d=1.026 std_dev=0.417
C4' B 0, 0.850, 1.372, 1.893, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.372 std_dev=0.522
O2' B 0, 1.206, 1.731, 2.257, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.731 std_dev=0.526
C3' B 0, 1.381, 1.946, 2.512, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.946 std_dev=0.565
O5' A 0, 1.059, 1.631, 2.203, 2.516 max_d=2.516 avg_d=1.631 std_dev=0.572
C5' B 0, 0.995, 1.578, 2.161, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.578 std_dev=0.583
O5' B 0, 1.173, 1.768, 2.363, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.768 std_dev=0.595
P B 0, 1.345, 1.960, 2.576, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.960 std_dev=0.615
OP1 B 0, 1.490, 2.114, 2.739, 2.816 max_d=2.816 avg_d=2.114 std_dev=0.625
P A 0, 1.415, 2.105, 2.794, 3.004 max_d=3.004 avg_d=2.105 std_dev=0.690
OP1 A 0, 1.347, 2.056, 2.766, 2.678 max_d=2.678 avg_d=2.056 std_dev=0.709
O3' A 0, 2.164, 2.976, 3.788, 3.379 max_d=3.379 avg_d=2.976 std_dev=0.812
O3' B 0, 2.238, 3.082, 3.926, 3.641 max_d=3.641 avg_d=3.082 std_dev=0.844
OP2 B 0, 2.516, 3.488, 4.460, 4.073 max_d=4.073 avg_d=3.488 std_dev=0.972
OP2 A 0, 2.420, 3.457, 4.494, 4.660 max_d=4.660 avg_d=3.457 std_dev=1.037

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.12 0.02 0.01 0.16 0.41 0.14 0.16
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02 0.05 0.25 0.48 0.22 0.22
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.13 0.11 0.03 0.05 0.12 0.01 0.04 0.08 0.02 0.23 0.40 0.20 0.24
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.08 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02 0.12 0.30 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.03 0.19 0.10 0.01 0.03 0.30 0.49 0.29 0.24
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.10 0.02 0.06 0.01 0.02 0.27 0.11 0.08
C5 0.01 0.02 0.11 0.09 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.21 0.09 0.02 0.05 0.31 0.50 0.29 0.25
C5' 0.06 0.12 0.13 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.11 0.14 0.11 0.08 0.10 0.16 0.03 0.01 0.16 0.13 0.01
C6 0.01 0.02 0.11 0.08 0.02 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.18 0.08 0.02 0.06 0.30 0.49 0.25 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.10 0.02 0.01 0.25 0.47 0.21 0.21
N3 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.14 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.12 0.01 0.04 0.28 0.49 0.26 0.23
O2 0.04 0.01 0.12 0.06 0.03 0.05 0.03 0.11 0.03 0.03 0.02 0.00 0.16 0.17 0.03 0.10 0.23 0.46 0.20 0.21
O2' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.19 0.10 0.21 0.08 0.18 0.11 0.15 0.16 0.00 0.11 0.21 0.05 0.23 0.42 0.19 0.28
O3' 0.12 0.13 0.04 0.01 0.10 0.02 0.09 0.10 0.08 0.10 0.12 0.17 0.11 0.00 0.11 0.09 0.13 0.31 0.16 0.12
O4 0.02 0.02 0.08 0.08 0.01 0.06 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.03 0.21 0.11 0.00 0.04 0.30 0.49 0.30 0.24
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.10 0.05 0.09 0.04 0.00 0.17 0.41 0.21 0.21
O5' 0.16 0.25 0.23 0.12 0.30 0.02 0.31 0.01 0.30 0.25 0.28 0.23 0.23 0.13 0.30 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.41 0.48 0.40 0.30 0.49 0.27 0.50 0.16 0.49 0.47 0.49 0.46 0.42 0.31 0.49 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.22 0.20 0.12 0.29 0.11 0.29 0.13 0.25 0.21 0.26 0.20 0.19 0.16 0.30 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.22 0.24 0.11 0.24 0.08 0.25 0.01 0.24 0.21 0.23 0.21 0.28 0.12 0.24 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.15 0.21 0.13 0.22 0.13 0.21 0.16 0.18 0.13 0.19 0.26 0.15 0.49 0.19 0.16 0.14 0.16 0.15 0.14
C2 0.07 0.18 0.17 0.14 0.22 0.12 0.19 0.11 0.14 0.12 0.22 0.28 0.19 0.47 0.17 0.13 0.10 0.19 0.19 0.12
C2' 0.28 0.27 0.29 0.30 0.27 0.32 0.29 0.31 0.31 0.29 0.26 0.26 0.27 0.40 0.34 0.36 0.27 0.20 0.17 0.19
C3' 0.16 0.15 0.25 0.12 0.19 0.17 0.21 0.22 0.20 0.16 0.17 0.22 0.15 0.40 0.15 0.22 0.17 0.14 0.21 0.19
C4 0.12 0.16 0.16 0.15 0.12 0.11 0.10 0.13 0.09 0.10 0.18 0.17 0.21 0.44 0.15 0.10 0.16 0.24 0.29 0.21
C4' 0.14 0.11 0.25 0.12 0.17 0.13 0.18 0.19 0.17 0.11 0.14 0.20 0.11 0.48 0.16 0.16 0.17 0.15 0.18 0.19
C5 0.16 0.16 0.19 0.17 0.09 0.14 0.08 0.17 0.11 0.13 0.15 0.12 0.21 0.49 0.18 0.13 0.20 0.25 0.28 0.24
C5' 0.17 0.17 0.23 0.16 0.21 0.17 0.20 0.22 0.19 0.16 0.20 0.24 0.18 0.42 0.20 0.17 0.23 0.22 0.23 0.24
C6 0.13 0.14 0.21 0.16 0.13 0.14 0.10 0.17 0.11 0.11 0.16 0.16 0.18 0.52 0.20 0.12 0.19 0.23 0.23 0.21
N1 0.07 0.15 0.19 0.14 0.19 0.12 0.16 0.13 0.12 0.10 0.19 0.23 0.17 0.50 0.18 0.11 0.12 0.19 0.17 0.14
N3 0.09 0.17 0.15 0.14 0.20 0.11 0.15 0.10 0.11 0.10 0.22 0.26 0.19 0.45 0.15 0.10 0.11 0.22 0.25 0.16
O2 0.08 0.20 0.17 0.15 0.26 0.15 0.24 0.14 0.18 0.14 0.25 0.33 0.20 0.46 0.18 0.17 0.12 0.16 0.19 0.11
O2' 0.55 0.54 0.43 0.48 0.56 0.57 0.62 0.57 0.63 0.58 0.53 0.53 0.52 0.45 0.45 0.65 0.58 0.42 0.51 0.51
O3' 0.20 0.23 0.26 0.13 0.30 0.22 0.30 0.29 0.26 0.22 0.26 0.35 0.22 0.41 0.12 0.28 0.26 0.22 0.33 0.31
O4 0.14 0.16 0.14 0.13 0.15 0.11 0.14 0.13 0.13 0.12 0.18 0.19 0.20 0.38 0.14 0.11 0.16 0.26 0.32 0.23
O4' 0.15 0.10 0.28 0.16 0.15 0.14 0.15 0.17 0.13 0.09 0.13 0.20 0.13 0.57 0.23 0.13 0.15 0.15 0.13 0.15
O5' 0.18 0.23 0.26 0.14 0.25 0.11 0.21 0.17 0.17 0.18 0.26 0.29 0.23 0.41 0.18 0.12 0.13 0.17 0.11 0.13
OP1 0.19 0.39 0.24 0.17 0.43 0.13 0.39 0.16 0.35 0.33 0.43 0.45 0.40 0.23 0.16 0.16 0.24 0.18 0.29 0.24
OP2 0.11 0.18 0.10 0.10 0.16 0.14 0.12 0.15 0.11 0.11 0.19 0.18 0.23 0.15 0.11 0.12 0.20 0.32 0.23 0.24
P 0.07 0.16 0.08 0.11 0.17 0.10 0.14 0.09 0.11 0.11 0.18 0.19 0.19 0.16 0.22 0.08 0.12 0.16 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.11 0.18 0.12
C2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.11 0.19 0.29 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.08 0.02 0.13 0.08 0.13 0.04 0.05 0.09 0.16 0.01 0.03 0.01 0.21 0.21 0.31 0.23
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.07 0.07 0.10 0.11 0.14 0.02 0.01 0.02 0.10 0.13 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.07 0.02 0.12 0.26 0.35 0.22
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.08 0.16 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.13 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.07 0.05 0.12 0.27 0.35 0.23
C5' 0.04 0.09 0.08 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.07 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.06 0.06 0.12 0.22 0.30 0.20
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.01 0.11 0.17 0.26 0.17
N3 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.07 0.03 0.11 0.23 0.32 0.21
N4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.09 0.02 0.12 0.29 0.37 0.23
O2 0.08 0.01 0.16 0.14 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.12 0.12 0.10 0.13 0.17 0.27 0.18
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.20 0.16 0.22 0.09 0.18 0.10 0.15 0.23 0.12 0.00 0.07 0.11 0.14 0.13 0.30 0.17
O3' 0.09 0.07 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04 0.07 0.09 0.12 0.07 0.00 0.06 0.14 0.20 0.15 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.10 0.11 0.06 0.00 0.08 0.10 0.11 0.09
O5' 0.09 0.11 0.21 0.10 0.12 0.02 0.12 0.01 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.19 0.21 0.13 0.26 0.07 0.27 0.09 0.22 0.17 0.23 0.29 0.17 0.13 0.20 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.29 0.31 0.12 0.35 0.06 0.35 0.07 0.30 0.26 0.32 0.37 0.27 0.30 0.15 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.23 0.11 0.22 0.03 0.23 0.02 0.20 0.17 0.21 0.23 0.18 0.17 0.16 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00