ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50772

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 0, 1, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.029, 0.057, 0.084, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.057 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.026, 0.074, 0.123, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.074 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.015, 0.127, 0.239, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.127 std_dev=0.112
O4' A 0, 0.016, 0.128, 0.240, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.128 std_dev=0.112
C4 B 0, 0.081, 0.327, 0.572, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.327 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.080, 0.342, 0.603, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.342 std_dev=0.261
N3 B 0, 0.135, 0.398, 0.660, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.398 std_dev=0.262
C4' A 0, 0.015, 0.303, 0.590, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.303 std_dev=0.288
C2 B 0, 0.129, 0.432, 0.735, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.432 std_dev=0.303
N4 B 0, 0.064, 0.379, 0.694, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.379 std_dev=0.315
C6 B 0, 0.089, 0.405, 0.720, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.405 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.133, 0.463, 0.794, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.463 std_dev=0.331
O2 B 0, 0.155, 0.519, 0.883, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.519 std_dev=0.364
C5' A 0, 0.070, 0.465, 0.859, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.465 std_dev=0.394
C1' B 0, 0.151, 0.628, 1.105, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.628 std_dev=0.477
C4' B 0, 0.089, 0.602, 1.115, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.602 std_dev=0.513
O2' A 0, -0.082, 0.433, 0.947, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.433 std_dev=0.515
O4' B 0, 0.149, 0.699, 1.250, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.699 std_dev=0.550
C3' B 0, 0.040, 0.605, 1.169, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.605 std_dev=0.564
O5' A 0, -0.014, 0.564, 1.142, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.564 std_dev=0.578
P A 0, 0.045, 0.627, 1.209, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.627 std_dev=0.582
O5' B 0, 0.112, 0.694, 1.276, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.694 std_dev=0.582
C2' B 0, 0.066, 0.651, 1.235, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.651 std_dev=0.584
C3' A 0, -0.129, 0.475, 1.080, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.475 std_dev=0.604
C5' B 0, 0.137, 0.757, 1.376, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.757 std_dev=0.619
OP1 B 0, 0.025, 0.662, 1.298, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.662 std_dev=0.636
P B 0, -0.088, 0.584, 1.257, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.584 std_dev=0.673
OP1 A 0, 0.001, 0.791, 1.581, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.791 std_dev=0.790
O3' B 0, 0.057, 1.093, 2.129, 3.063 max_d=3.063 avg_d=1.093 std_dev=1.036
OP2 A 0, -0.144, 0.946, 2.036, 3.329 max_d=3.329 avg_d=0.946 std_dev=1.090
O3' A 0, -0.357, 0.845, 2.047, 3.464 max_d=3.464 avg_d=0.845 std_dev=1.202
O2' B 0, 0.148, 1.419, 2.690, 4.231 max_d=4.231 avg_d=1.419 std_dev=1.271
OP2 B 0, -0.141, 1.169, 2.479, 4.081 max_d=4.081 avg_d=1.169 std_dev=1.310

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.30 0.05 0.01 0.11 0.61 0.20 0.23
C2 0.03 0.00 0.06 0.13 0.03 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.33 0.25 0.04 0.05 0.09 0.73 0.45 0.15
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.15 0.05 0.02 0.04 0.09 0.00 0.04 0.05 0.02 0.36 0.53 0.24 0.41
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.33 0.01 0.40 0.02 0.36 0.20 0.22 0.07 0.03 0.01 0.35 0.02 0.14 0.12 0.15 0.09
C4 0.04 0.03 0.03 0.33 0.00 0.17 0.01 0.24 0.02 0.03 0.01 0.04 0.32 0.10 0.01 0.07 0.31 0.79 0.83 0.18
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.20 0.10 0.11 0.06 0.26 0.03 0.18 0.01 0.02 0.11 0.19 0.04
C5 0.04 0.02 0.05 0.40 0.01 0.22 0.00 0.28 0.01 0.02 0.02 0.03 0.23 0.22 0.03 0.07 0.38 0.79 0.83 0.19
C5' 0.05 0.09 0.15 0.02 0.24 0.01 0.28 0.00 0.23 0.10 0.16 0.06 0.10 0.18 0.26 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01
C6 0.04 0.02 0.05 0.36 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.18 0.04 0.06 0.29 0.78 0.58 0.11
N1 0.01 0.02 0.02 0.20 0.03 0.10 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.18 0.12 0.04 0.02 0.10 0.72 0.38 0.14
N3 0.03 0.01 0.04 0.22 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.02 0.37 0.14 0.04 0.06 0.20 0.77 0.65 0.14
O2 0.06 0.01 0.09 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.37 0.45 0.06 0.08 0.08 0.69 0.33 0.19
O2' 0.02 0.33 0.00 0.03 0.32 0.26 0.23 0.10 0.16 0.18 0.37 0.37 0.00 0.05 0.36 0.19 0.24 0.37 0.20 0.30
O3' 0.30 0.25 0.04 0.01 0.10 0.03 0.22 0.18 0.18 0.12 0.14 0.45 0.05 0.00 0.13 0.19 0.27 0.49 0.30 0.34
O4 0.05 0.04 0.05 0.35 0.01 0.18 0.03 0.26 0.04 0.04 0.04 0.06 0.36 0.13 0.00 0.08 0.36 0.78 0.96 0.23
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.06 0.08 0.19 0.19 0.08 0.00 0.13 0.55 0.24 0.20
O5' 0.11 0.09 0.36 0.14 0.31 0.02 0.38 0.01 0.29 0.10 0.20 0.08 0.24 0.27 0.36 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.61 0.73 0.53 0.12 0.79 0.11 0.79 0.12 0.78 0.72 0.77 0.69 0.37 0.49 0.78 0.55 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.45 0.24 0.15 0.83 0.19 0.83 0.29 0.58 0.38 0.65 0.33 0.20 0.30 0.96 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.15 0.41 0.09 0.18 0.04 0.19 0.01 0.11 0.14 0.14 0.19 0.30 0.34 0.23 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.17 0.48 0.53 0.24 0.30 0.23 0.42 0.18 0.10 0.24 0.31 0.21 0.90 0.80 0.20 0.22 0.49 0.45 0.28
C2 0.22 0.20 0.41 0.39 0.22 0.17 0.20 0.30 0.20 0.17 0.25 0.31 0.22 0.94 0.49 0.11 0.34 0.68 0.68 0.18
C2' 0.13 0.15 0.50 0.59 0.23 0.31 0.25 0.32 0.16 0.08 0.20 0.28 0.18 0.76 0.85 0.23 0.26 0.49 0.51 0.22
C3' 0.56 0.44 0.73 0.19 0.43 0.39 0.52 0.58 0.59 0.53 0.40 0.37 0.41 0.97 0.44 0.57 0.45 0.45 0.06 0.58
C4 0.32 0.25 0.35 0.20 0.21 0.13 0.19 0.36 0.23 0.24 0.28 0.27 0.29 1.05 0.28 0.19 0.38 0.74 0.49 0.29
C4' 0.28 0.19 0.53 0.32 0.29 0.36 0.37 0.64 0.38 0.27 0.23 0.30 0.16 0.89 0.78 0.41 0.38 0.33 0.13 0.57
C5 0.33 0.25 0.42 0.21 0.22 0.17 0.22 0.44 0.27 0.25 0.28 0.26 0.30 1.15 0.30 0.18 0.39 0.69 0.34 0.39
C5' 0.16 0.15 0.44 0.38 0.23 0.47 0.26 0.77 0.25 0.16 0.20 0.26 0.15 0.82 0.94 0.40 0.39 0.21 0.20 0.43
C6 0.26 0.22 0.48 0.33 0.22 0.21 0.24 0.47 0.26 0.19 0.27 0.27 0.27 1.10 0.50 0.13 0.34 0.63 0.31 0.41
N1 0.21 0.19 0.47 0.42 0.23 0.21 0.23 0.39 0.22 0.16 0.25 0.30 0.23 0.99 0.59 0.12 0.30 0.62 0.47 0.30
N3 0.27 0.23 0.37 0.29 0.21 0.12 0.18 0.29 0.20 0.21 0.27 0.30 0.26 0.98 0.35 0.14 0.36 0.73 0.65 0.20
O2 0.20 0.19 0.41 0.44 0.22 0.20 0.19 0.25 0.19 0.17 0.24 0.32 0.21 0.87 0.55 0.14 0.36 0.64 0.85 0.10
O2' 0.36 0.49 0.56 0.71 0.50 0.46 0.39 0.37 0.33 0.40 0.53 0.52 0.50 0.71 0.89 0.42 0.39 0.44 0.78 0.12
O3' 0.83 0.49 0.95 0.50 0.36 0.83 0.53 1.02 0.72 0.68 0.36 0.27 0.48 1.08 0.26 0.95 0.98 0.95 0.61 1.23
O4 0.34 0.26 0.29 0.18 0.20 0.18 0.17 0.36 0.22 0.26 0.27 0.27 0.31 1.00 0.34 0.25 0.40 0.78 0.49 0.28
O4' 0.12 0.14 0.46 0.53 0.22 0.39 0.24 0.58 0.21 0.07 0.21 0.29 0.20 0.91 0.92 0.29 0.23 0.38 0.16 0.40
O5' 0.27 0.21 0.62 0.49 0.23 0.39 0.20 0.56 0.20 0.20 0.24 0.26 0.20 1.02 0.96 0.21 0.24 0.30 0.32 0.16
OP1 0.45 0.77 0.59 0.40 0.68 0.40 0.48 0.64 0.40 0.55 0.81 0.72 0.87 0.73 0.91 0.38 0.34 0.19 0.59 0.48
OP2 0.47 0.56 0.55 0.25 0.52 0.32 0.45 0.57 0.43 0.49 0.58 0.53 0.60 1.00 0.58 0.29 0.24 0.47 0.27 0.18
P 0.29 0.30 0.47 0.52 0.29 0.54 0.23 0.64 0.21 0.25 0.32 0.31 0.33 0.82 1.14 0.39 0.20 0.38 0.31 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.34 0.00 0.25 0.69 0.15 0.20
C2 0.02 0.00 0.16 0.23 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.28 0.10 0.29 0.81 0.44 0.15
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.03 0.18 0.23 0.21 0.05 0.12 0.10 0.32 0.01 0.05 0.03 0.62 0.53 0.49 0.51
C3' 0.03 0.23 0.01 0.00 0.28 0.01 0.28 0.02 0.24 0.18 0.26 0.30 0.25 0.05 0.02 0.02 0.35 0.27 0.39 0.23
C4 0.03 0.02 0.09 0.28 0.00 0.09 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.20 0.06 0.37 0.90 0.75 0.21
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.07 0.10 0.07 0.32 0.06 0.01 0.02 0.33 0.19 0.13
C5 0.02 0.02 0.18 0.28 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.21 0.06 0.39 0.91 0.74 0.22
C5' 0.10 0.16 0.23 0.02 0.18 0.01 0.18 0.00 0.17 0.14 0.17 0.19 0.17 0.13 0.23 0.01 0.01 0.16 0.38 0.03
C6 0.02 0.01 0.21 0.24 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.18 0.08 0.35 0.85 0.50 0.16
N1 0.01 0.01 0.05 0.18 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.21 0.02 0.29 0.79 0.35 0.15
N3 0.02 0.01 0.12 0.26 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.32 0.24 0.09 0.32 0.86 0.62 0.17
N4 0.03 0.03 0.10 0.30 0.01 0.10 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.42 0.22 0.07 0.39 0.91 0.88 0.25
O2 0.04 0.01 0.32 0.25 0.02 0.07 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.26 0.40 0.14 0.25 0.76 0.35 0.16
O2' 0.05 0.24 0.01 0.05 0.38 0.32 0.40 0.13 0.33 0.21 0.32 0.42 0.26 0.00 0.04 0.25 0.50 0.57 0.49 0.50
O3' 0.34 0.28 0.05 0.02 0.20 0.06 0.21 0.23 0.18 0.21 0.24 0.22 0.40 0.04 0.00 0.24 0.32 0.50 0.39 0.32
O4' 0.00 0.10 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.14 0.25 0.24 0.00 0.08 0.68 0.24 0.31
O5' 0.25 0.29 0.62 0.35 0.37 0.02 0.39 0.01 0.35 0.29 0.32 0.39 0.25 0.50 0.32 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02
OP1 0.69 0.81 0.53 0.27 0.90 0.33 0.91 0.16 0.85 0.79 0.86 0.91 0.76 0.57 0.50 0.68 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.15 0.44 0.49 0.39 0.75 0.19 0.74 0.38 0.50 0.35 0.62 0.88 0.35 0.49 0.39 0.24 0.04 0.03 0.00 0.02
P 0.20 0.15 0.51 0.23 0.21 0.13 0.22 0.03 0.16 0.15 0.17 0.25 0.16 0.50 0.32 0.31 0.02 0.02 0.02 0.00