ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50773

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 3, 3, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.013, 0.020, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.019, 0.053, 0.087, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.053 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.024, 0.070, 0.116, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.070 std_dev=0.046
N1 B 0, 0.118, 0.253, 0.388, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.253 std_dev=0.135
C6 B 0, 0.079, 0.244, 0.409, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.244 std_dev=0.165
C4 B 0, 0.078, 0.286, 0.495, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.286 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.126, 0.344, 0.563, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.344 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.123, 0.375, 0.626, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.375 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.034, 0.292, 0.549, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.292 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.088, 0.352, 0.615, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.352 std_dev=0.264
N4 B 0, 0.065, 0.377, 0.690, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.377 std_dev=0.313
O4' B 0, 0.049, 0.454, 0.859, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.454 std_dev=0.405
O2 B 0, 0.160, 0.573, 0.986, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.573 std_dev=0.413
O4' A 0, -0.174, 0.260, 0.694, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.260 std_dev=0.434
C2' A 0, -0.174, 0.306, 0.786, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.306 std_dev=0.480
C3' A 0, -0.181, 0.337, 0.855, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.337 std_dev=0.518
C4' A 0, -0.204, 0.317, 0.838, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.317 std_dev=0.521
C2' B 0, -0.049, 0.497, 1.043, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.497 std_dev=0.546
O3' A 0, -0.165, 0.390, 0.944, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.390 std_dev=0.555
C3' B 0, -0.181, 0.532, 1.245, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.532 std_dev=0.713
C4' B 0, -0.117, 0.597, 1.310, 2.360 max_d=2.360 avg_d=0.597 std_dev=0.713
O2' A 0, -0.297, 0.477, 1.250, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.477 std_dev=0.774
C5' A 0, -0.348, 0.543, 1.433, 2.537 max_d=2.537 avg_d=0.543 std_dev=0.891
O2' B 0, -0.161, 0.739, 1.638, 3.181 max_d=3.181 avg_d=0.739 std_dev=0.899
O5' A 0, -0.395, 0.575, 1.545, 3.133 max_d=3.133 avg_d=0.575 std_dev=0.970
O3' B 0, -0.252, 0.729, 1.710, 3.715 max_d=3.715 avg_d=0.729 std_dev=0.981
C5' B 0, -0.405, 0.803, 2.010, 3.501 max_d=3.501 avg_d=0.803 std_dev=1.207
P A 0, -0.505, 0.785, 2.074, 4.262 max_d=4.262 avg_d=0.785 std_dev=1.290
OP2 A 0, -0.467, 0.860, 2.186, 4.716 max_d=4.716 avg_d=0.860 std_dev=1.326
O5' B 0, -0.667, 0.854, 2.376, 5.338 max_d=5.338 avg_d=0.854 std_dev=1.521
OP1 A 0, -0.641, 0.892, 2.425, 4.772 max_d=4.772 avg_d=0.892 std_dev=1.533
P B 0, -0.908, 1.102, 3.112, 6.724 max_d=6.724 avg_d=1.102 std_dev=2.010
OP2 B 0, -0.960, 1.142, 3.243, 6.976 max_d=6.976 avg_d=1.142 std_dev=2.101
OP1 B 0, -0.863, 1.256, 3.375, 6.864 max_d=6.864 avg_d=1.256 std_dev=2.119

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.20 0.02 0.01 0.12 0.13 0.15 0.12
C2 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.02 0.18 0.20 0.23 0.23 0.24
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.14 0.15 0.02 0.10 0.25 0.00 0.03 0.03 0.02 0.31 0.30 0.42 0.34
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.11 0.15 0.01 0.00 0.11 0.02 0.10 0.15 0.17 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.04 0.00 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.15 0.10 0.00 0.05 0.17 0.22 0.28 0.24
C4' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.09 0.21 0.14 0.03 0.04 0.01 0.03 0.08 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.06 0.01 0.11 0.18 0.22 0.29 0.25
C5' 0.05 0.21 0.14 0.02 0.13 0.00 0.12 0.00 0.11 0.08 0.20 0.32 0.03 0.12 0.14 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.13 0.02 0.12 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.34 0.07 0.02 0.16 0.15 0.18 0.22 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.13 0.02 0.02 0.11 0.13 0.17 0.15
N3 0.02 0.01 0.10 0.11 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.18 0.01 0.14 0.19 0.25 0.26 0.26
O2 0.06 0.01 0.25 0.15 0.01 0.21 0.01 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.36 0.28 0.02 0.31 0.27 0.32 0.27 0.31
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.15 0.14 0.32 0.03 0.34 0.08 0.05 0.36 0.00 0.06 0.15 0.07 0.27 0.24 0.50 0.31
O3' 0.20 0.20 0.03 0.00 0.10 0.03 0.06 0.12 0.07 0.13 0.18 0.28 0.06 0.00 0.10 0.14 0.07 0.22 0.15 0.14
O4 0.02 0.02 0.03 0.11 0.00 0.04 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.15 0.10 0.00 0.06 0.18 0.24 0.30 0.26
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.05 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.14 0.31 0.07 0.14 0.06 0.00 0.10 0.09 0.11 0.09
O5' 0.12 0.20 0.31 0.10 0.17 0.03 0.18 0.01 0.15 0.11 0.19 0.27 0.27 0.07 0.18 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.23 0.30 0.15 0.22 0.08 0.22 0.06 0.18 0.13 0.25 0.32 0.24 0.22 0.24 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.23 0.42 0.17 0.28 0.05 0.29 0.03 0.22 0.17 0.26 0.27 0.50 0.15 0.30 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.24 0.34 0.12 0.24 0.03 0.25 0.02 0.20 0.15 0.26 0.31 0.31 0.14 0.26 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.22 0.31 0.32 0.08 0.34 0.26 0.72 0.21 0.09 0.22 0.10 0.33 0.73 0.31 0.20 1.25 1.39 1.60 1.48
C2 0.16 0.28 0.21 0.24 0.16 0.26 0.34 0.60 0.24 0.12 0.26 0.23 0.43 0.70 0.11 0.19 0.96 1.00 1.15 1.08
C2' 0.26 0.39 0.39 0.55 0.37 0.56 0.34 0.93 0.33 0.29 0.46 0.44 0.44 0.62 0.52 0.37 1.41 1.54 1.69 1.64
C3' 0.42 0.50 0.62 0.64 0.46 0.59 0.34 0.92 0.36 0.42 0.54 0.51 0.54 0.84 0.70 0.36 1.43 1.77 1.88 1.79
C4 0.22 0.35 0.24 0.23 0.17 0.33 0.28 0.66 0.21 0.13 0.31 0.22 0.55 0.77 0.12 0.28 0.79 0.79 0.83 0.83
C4' 0.36 0.39 0.58 0.44 0.28 0.38 0.21 0.69 0.26 0.33 0.38 0.28 0.45 0.91 0.53 0.19 1.28 1.64 1.77 1.64
C5 0.21 0.34 0.41 0.27 0.13 0.28 0.23 0.66 0.18 0.16 0.30 0.15 0.49 0.88 0.26 0.24 1.01 0.99 1.05 1.06
C5' 0.51 0.51 0.75 0.45 0.42 0.33 0.37 0.53 0.42 0.48 0.49 0.39 0.55 1.05 0.55 0.27 1.13 1.59 1.61 1.52
C6 0.18 0.30 0.41 0.34 0.09 0.31 0.23 0.69 0.18 0.14 0.27 0.10 0.43 0.83 0.35 0.20 1.19 1.23 1.37 1.32
N1 0.14 0.27 0.30 0.28 0.09 0.29 0.29 0.66 0.21 0.11 0.25 0.11 0.40 0.75 0.24 0.18 1.14 1.21 1.38 1.30
N3 0.20 0.31 0.18 0.26 0.20 0.30 0.33 0.60 0.24 0.12 0.29 0.28 0.50 0.69 0.16 0.24 0.80 0.81 0.90 0.87
O2 0.16 0.25 0.17 0.26 0.19 0.26 0.34 0.58 0.24 0.13 0.23 0.28 0.39 0.65 0.12 0.19 0.93 1.00 1.16 1.08
O2' 0.29 0.15 0.14 0.54 0.26 0.67 0.45 1.06 0.45 0.26 0.23 0.37 0.17 0.38 0.42 0.58 1.43 1.47 1.58 1.58
O3' 0.22 0.35 0.41 0.50 0.40 0.54 0.20 0.94 0.18 0.23 0.45 0.55 0.39 0.64 0.57 0.28 1.39 1.78 1.82 1.78
O4 0.23 0.32 0.16 0.34 0.20 0.46 0.27 0.75 0.22 0.09 0.29 0.25 0.57 0.69 0.29 0.36 0.64 0.68 0.66 0.67
O4' 0.28 0.31 0.50 0.32 0.15 0.26 0.15 0.60 0.16 0.23 0.29 0.17 0.40 0.91 0.40 0.06 1.22 1.50 1.69 1.53
O5' 0.67 0.66 0.92 0.60 0.56 0.41 0.54 0.46 0.59 0.64 0.63 0.52 0.69 1.18 0.69 0.42 1.02 1.56 1.48 1.42
OP1 0.82 0.74 1.09 0.77 0.65 0.59 0.68 0.51 0.75 0.77 0.69 0.60 0.76 1.29 0.82 0.62 0.92 1.57 1.26 1.31
OP2 0.97 0.87 1.25 0.89 0.73 0.65 0.76 0.41 0.86 0.90 0.79 0.65 0.90 1.42 0.91 0.75 0.71 1.37 0.93 1.03
P 0.82 0.75 1.09 0.71 0.63 0.50 0.65 0.36 0.72 0.76 0.69 0.57 0.78 1.32 0.76 0.59 0.83 1.45 1.19 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.12 0.08 0.31 0.12
C2 0.01 0.00 0.11 0.15 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.32 0.24 0.42 0.33
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.10 0.02 0.07 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.23 0.11 0.32 0.18
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.20 0.01 0.24 0.02 0.23 0.13 0.17 0.22 0.17 0.01 0.01 0.01 0.34 0.22 0.20 0.27
C4 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.06 0.05 0.57 0.51 0.64 0.60
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.18 0.07 0.06 0.15 0.08 0.16 0.03 0.00 0.02 0.08 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.19 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.16 0.09 0.64 0.55 0.63 0.64
C5' 0.03 0.12 0.03 0.02 0.30 0.01 0.37 0.00 0.32 0.16 0.19 0.34 0.07 0.11 0.08 0.03 0.01 0.07 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.18 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.16 0.10 0.55 0.40 0.45 0.48
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.07 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.02 0.34 0.23 0.36 0.30
N3 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.08 0.03 0.43 0.38 0.55 0.47
N4 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.15 0.02 0.34 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.08 0.06 0.62 0.61 0.76 0.70
O2 0.02 0.01 0.21 0.17 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.26 0.07 0.21 0.16 0.39 0.25
O2' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.22 0.16 0.22 0.11 0.17 0.11 0.18 0.24 0.10 0.00 0.04 0.13 0.21 0.16 0.18 0.10
O3' 0.13 0.12 0.02 0.01 0.06 0.03 0.16 0.08 0.16 0.03 0.08 0.08 0.26 0.04 0.00 0.06 0.32 0.36 0.21 0.31
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.03 0.10 0.02 0.03 0.06 0.07 0.13 0.06 0.00 0.10 0.15 0.42 0.16
O5' 0.12 0.32 0.23 0.34 0.57 0.02 0.64 0.01 0.55 0.34 0.43 0.62 0.21 0.21 0.32 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.24 0.11 0.22 0.51 0.08 0.55 0.07 0.40 0.23 0.38 0.61 0.16 0.16 0.36 0.15 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.31 0.42 0.32 0.20 0.64 0.24 0.63 0.22 0.45 0.36 0.55 0.76 0.39 0.18 0.21 0.42 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.33 0.18 0.27 0.60 0.05 0.64 0.02 0.48 0.30 0.47 0.70 0.25 0.10 0.31 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00