ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50774

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.029, 0.053, 0.077, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.053 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.014, 0.054, 0.094, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.054 std_dev=0.040
C2' B 0, 0.180, 0.414, 0.648, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.414 std_dev=0.234
O2 B 0, 0.072, 0.316, 0.559, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.316 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.203, 0.460, 0.717, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.460 std_dev=0.257
O4' A 0, -0.019, 0.248, 0.515, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.248 std_dev=0.267
N1 B 0, 0.129, 0.397, 0.665, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.397 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.049, 0.324, 0.598, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.324 std_dev=0.275
C2' A 0, -0.003, 0.275, 0.553, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.275 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.146, 0.445, 0.744, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.445 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.095, 0.420, 0.745, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.420 std_dev=0.325
N3 B 0, -0.027, 0.304, 0.635, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.304 std_dev=0.331
C4 B 0, 0.009, 0.355, 0.701, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.355 std_dev=0.346
C4' A 0, 0.097, 0.453, 0.809, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.453 std_dev=0.356
O4' B 0, 0.228, 0.587, 0.947, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.587 std_dev=0.360
N4 B 0, 0.037, 0.407, 0.777, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.407 std_dev=0.370
C4' B 0, 0.268, 0.692, 1.116, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.692 std_dev=0.424
O2' A 0, 0.136, 0.679, 1.222, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.679 std_dev=0.543
C3' A 0, 0.072, 0.665, 1.258, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.665 std_dev=0.593
O2' B 0, 0.130, 0.748, 1.366, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.748 std_dev=0.618
C5' A 0, 0.127, 0.747, 1.367, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.747 std_dev=0.620
C3' B 0, 0.239, 0.863, 1.488, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.863 std_dev=0.625
O5' A 0, 0.070, 0.821, 1.572, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.821 std_dev=0.751
C5' B 0, 0.166, 0.949, 1.731, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.949 std_dev=0.782
P A 0, 0.065, 1.002, 1.939, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.002 std_dev=0.937
OP1 B 0, 0.315, 1.283, 2.250, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.283 std_dev=0.968
OP1 A 0, 0.114, 1.126, 2.138, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.126 std_dev=1.012
O3' B 0, 0.256, 1.317, 2.377, 2.830 max_d=2.830 avg_d=1.317 std_dev=1.061
O3' A 0, 0.067, 1.149, 2.231, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.149 std_dev=1.082
P B 0, 0.176, 1.306, 2.436, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.306 std_dev=1.130
O5' B 0, 0.226, 1.370, 2.514, 3.025 max_d=3.025 avg_d=1.370 std_dev=1.144
OP2 A 0, 0.040, 1.589, 3.137, 3.700 max_d=3.700 avg_d=1.589 std_dev=1.548
OP2 B 0, 0.088, 1.688, 3.288, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.688 std_dev=1.600

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.22 0.02 0.00 0.17 0.48 0.17 0.25
C2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.13 0.04 0.05 0.09 0.76 0.47 0.24
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.16 0.10 0.02 0.07 0.17 0.01 0.02 0.04 0.01 0.33 0.40 0.22 0.36
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.01 0.33 0.18 0.22 0.10 0.02 0.01 0.30 0.02 0.03 0.33 0.09 0.08
C4 0.02 0.03 0.03 0.29 0.00 0.13 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.26 0.18 0.01 0.03 0.08 0.97 0.83 0.19
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.15 0.07 0.10 0.03 0.23 0.02 0.12 0.00 0.00 0.15 0.24 0.01
C5 0.02 0.04 0.09 0.35 0.01 0.16 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.05 0.23 0.30 0.01 0.06 0.13 0.97 0.85 0.20
C5' 0.07 0.04 0.16 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.06 0.04 0.10 0.16 0.10 0.01 0.01 0.24 0.43 0.01
C6 0.01 0.02 0.10 0.33 0.02 0.15 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.17 0.27 0.02 0.07 0.12 0.84 0.62 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.11 0.01 0.01 0.11 0.71 0.41 0.26
N3 0.03 0.00 0.07 0.22 0.02 0.10 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.26 0.05 0.03 0.04 0.04 0.88 0.66 0.21
O2 0.05 0.01 0.17 0.10 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.28 0.05 0.08 0.11 0.67 0.35 0.24
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.26 0.23 0.23 0.10 0.17 0.15 0.26 0.24 0.00 0.02 0.29 0.17 0.25 0.38 0.14 0.29
O3' 0.22 0.13 0.02 0.01 0.18 0.02 0.30 0.16 0.27 0.11 0.05 0.28 0.02 0.00 0.19 0.16 0.21 0.78 0.35 0.34
O4 0.02 0.04 0.04 0.30 0.01 0.12 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.05 0.29 0.19 0.00 0.02 0.09 1.03 0.95 0.17
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.08 0.17 0.16 0.02 0.00 0.07 0.38 0.14 0.14
O5' 0.17 0.09 0.33 0.03 0.08 0.00 0.13 0.01 0.12 0.11 0.04 0.11 0.25 0.21 0.09 0.07 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.48 0.76 0.40 0.33 0.97 0.15 0.97 0.24 0.84 0.71 0.88 0.67 0.38 0.78 1.03 0.38 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.47 0.22 0.09 0.83 0.24 0.85 0.43 0.62 0.41 0.66 0.35 0.14 0.35 0.95 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.24 0.36 0.08 0.19 0.01 0.20 0.01 0.25 0.26 0.21 0.24 0.29 0.34 0.17 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.20 0.15 0.49 0.28 0.20 0.22 0.29 0.15 0.13 0.27 0.34 0.18 0.43 0.81 0.18 0.43 0.97 0.50 0.59
C2 0.12 0.10 0.17 0.46 0.18 0.18 0.11 0.06 0.14 0.09 0.19 0.25 0.10 0.49 0.52 0.05 0.13 1.00 0.84 0.27
C2' 0.25 0.29 0.17 0.45 0.27 0.32 0.25 0.46 0.25 0.26 0.29 0.26 0.29 0.37 0.76 0.41 0.54 1.10 0.54 0.65
C3' 0.55 0.47 0.64 0.23 0.33 0.27 0.34 0.45 0.46 0.50 0.39 0.25 0.50 0.76 0.54 0.50 0.63 0.74 0.26 0.75
C4 0.26 0.10 0.21 0.33 0.08 0.21 0.14 0.08 0.23 0.20 0.12 0.14 0.09 0.55 0.23 0.19 0.09 0.88 0.70 0.23
C4' 0.27 0.23 0.38 0.37 0.22 0.03 0.20 0.30 0.25 0.24 0.23 0.23 0.24 0.55 0.91 0.20 0.55 0.57 0.15 0.73
C5 0.21 0.13 0.19 0.32 0.17 0.17 0.10 0.08 0.17 0.14 0.20 0.21 0.13 0.57 0.33 0.14 0.22 0.83 0.47 0.38
C5' 0.16 0.08 0.28 0.49 0.13 0.25 0.08 0.19 0.12 0.08 0.13 0.18 0.11 0.42 1.16 0.07 0.44 0.09 0.14 0.50
C6 0.13 0.17 0.16 0.39 0.22 0.17 0.15 0.19 0.14 0.11 0.24 0.26 0.16 0.52 0.56 0.10 0.35 0.86 0.41 0.50
N1 0.10 0.16 0.16 0.46 0.24 0.17 0.16 0.17 0.13 0.10 0.24 0.29 0.15 0.48 0.63 0.10 0.29 0.96 0.60 0.45
N3 0.21 0.08 0.20 0.41 0.09 0.20 0.15 0.08 0.22 0.17 0.12 0.17 0.07 0.52 0.34 0.13 0.11 0.95 0.86 0.19
O2 0.11 0.09 0.17 0.48 0.16 0.17 0.11 0.07 0.13 0.08 0.16 0.25 0.09 0.47 0.56 0.05 0.14 1.05 0.95 0.23
O2' 0.44 0.53 0.23 0.55 0.58 0.53 0.55 0.65 0.49 0.49 0.57 0.58 0.50 0.31 0.80 0.65 0.72 1.26 0.69 0.82
O3' 0.83 0.58 0.90 0.47 0.33 0.75 0.38 0.96 0.61 0.68 0.43 0.23 0.63 0.95 0.36 0.89 1.04 1.01 0.53 1.28
O4 0.31 0.15 0.21 0.27 0.06 0.24 0.17 0.16 0.26 0.26 0.06 0.06 0.13 0.53 0.10 0.27 0.13 0.84 0.73 0.17
O4' 0.18 0.09 0.30 0.54 0.19 0.20 0.14 0.18 0.15 0.11 0.17 0.27 0.08 0.49 0.99 0.02 0.41 0.70 0.27 0.61
O5' 0.23 0.08 0.29 0.61 0.16 0.45 0.21 0.28 0.25 0.16 0.13 0.20 0.05 0.41 1.19 0.28 0.31 0.17 0.22 0.23
OP1 0.61 0.78 0.62 0.42 0.71 0.26 0.58 0.32 0.54 0.66 0.80 0.73 0.81 0.89 1.09 0.42 0.65 0.29 0.74 0.77
OP2 0.58 0.82 0.65 0.22 0.62 0.04 0.38 0.06 0.36 0.60 0.80 0.62 0.98 0.89 0.49 0.28 0.32 0.61 0.29 0.19
P 0.38 0.28 0.33 0.62 0.31 0.60 0.35 0.34 0.38 0.34 0.30 0.32 0.22 0.32 1.39 0.49 0.24 0.45 0.12 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.31 0.00 0.16 0.59 0.14 0.18
C2 0.02 0.00 0.10 0.13 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.35 0.34 0.08 0.18 0.83 0.56 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.19 0.08 0.02 0.08 0.04 0.15 0.00 0.03 0.02 0.38 0.57 0.21 0.40
C3' 0.03 0.13 0.00 0.00 0.29 0.01 0.38 0.02 0.35 0.18 0.19 0.31 0.14 0.02 0.01 0.03 0.06 0.37 0.24 0.14
C4 0.03 0.02 0.04 0.29 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.14 0.03 0.26 1.00 0.94 0.07
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.12 0.07 0.26 0.02 0.00 0.01 0.20 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.15 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.22 0.10 0.25 1.03 0.94 0.09
C5' 0.07 0.11 0.19 0.02 0.14 0.01 0.12 0.00 0.07 0.06 0.14 0.16 0.15 0.12 0.18 0.01 0.01 0.24 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.35 0.01 0.14 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.13 0.18 0.93 0.66 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.21 0.15 0.02 0.15 0.80 0.46 0.10
N3 0.03 0.01 0.08 0.19 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.41 0.26 0.05 0.23 0.93 0.78 0.04
N4 0.03 0.03 0.04 0.31 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.42 0.16 0.03 0.29 1.03 1.08 0.13
O2 0.05 0.01 0.15 0.14 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.37 0.58 0.16 0.19 0.76 0.43 0.10
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.38 0.26 0.28 0.12 0.19 0.21 0.41 0.42 0.37 0.00 0.07 0.19 0.30 0.42 0.16 0.33
O3' 0.31 0.34 0.03 0.01 0.14 0.02 0.22 0.18 0.18 0.15 0.26 0.16 0.58 0.07 0.00 0.21 0.24 0.68 0.37 0.36
O4' 0.00 0.08 0.02 0.03 0.03 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.05 0.03 0.16 0.19 0.21 0.00 0.07 0.44 0.12 0.16
O5' 0.16 0.18 0.38 0.06 0.26 0.01 0.25 0.01 0.18 0.15 0.23 0.29 0.19 0.30 0.24 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.59 0.83 0.57 0.37 1.00 0.20 1.03 0.24 0.93 0.80 0.93 1.03 0.76 0.42 0.68 0.44 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.56 0.21 0.24 0.94 0.15 0.94 0.39 0.66 0.46 0.78 1.08 0.43 0.16 0.37 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.06 0.40 0.14 0.07 0.04 0.09 0.01 0.09 0.10 0.04 0.13 0.10 0.33 0.36 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00