ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50775

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.012, 0.032, 0.053, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.045 std_dev=0.035
O4 A 0, -0.002, 0.099, 0.200, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.099 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.215, 0.507, 0.799, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.507 std_dev=0.292
O4' A 0, 0.179, 0.475, 0.770, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.475 std_dev=0.295
O2' A 0, 0.278, 0.599, 0.920, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.599 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.297, 0.619, 0.940, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.619 std_dev=0.321
O2 B 0, 0.314, 0.637, 0.961, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.637 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.405, 0.747, 1.089, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.747 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.406, 0.749, 1.091, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.749 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.275, 0.621, 0.967, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.621 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.477, 0.844, 1.211, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.844 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.464, 0.838, 1.213, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.838 std_dev=0.374
C4' A 0, 0.275, 0.689, 1.103, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.689 std_dev=0.414
C1' B 0, 0.241, 0.662, 1.082, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.662 std_dev=0.420
C3' A 0, 0.326, 0.788, 1.249, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.788 std_dev=0.461
N4 B 0, 0.539, 1.000, 1.462, 1.442 max_d=1.442 avg_d=1.000 std_dev=0.461
O3' B 0, 0.383, 0.978, 1.573, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.978 std_dev=0.595
O3' A 0, 0.497, 1.158, 1.818, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.158 std_dev=0.660
C2' B 0, 0.185, 0.866, 1.546, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.866 std_dev=0.680
C5' A 0, 0.468, 1.191, 1.914, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.191 std_dev=0.723
O4' B 0, 0.488, 1.259, 2.029, 2.218 max_d=2.218 avg_d=1.259 std_dev=0.771
C3' B 0, 0.438, 1.229, 2.021, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.229 std_dev=0.792
O5' A 0, 0.394, 1.195, 1.996, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.195 std_dev=0.801
C4' B 0, 0.590, 1.570, 2.551, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.570 std_dev=0.981
O2' B 0, -0.055, 0.947, 1.949, 3.313 max_d=3.313 avg_d=0.947 std_dev=1.002
P A 0, 0.561, 1.644, 2.728, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.644 std_dev=1.083
OP2 A 0, 0.595, 1.728, 2.861, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.728 std_dev=1.133
OP1 A 0, 0.659, 1.935, 3.210, 4.381 max_d=4.381 avg_d=1.935 std_dev=1.275
O5' B 0, 0.821, 2.128, 3.435, 3.927 max_d=3.927 avg_d=2.128 std_dev=1.307
C5' B 0, 0.900, 2.490, 4.080, 4.404 max_d=4.404 avg_d=2.490 std_dev=1.590
P B 0, 1.109, 2.737, 4.365, 4.770 max_d=4.770 avg_d=2.737 std_dev=1.628
OP2 B 0, 1.385, 3.089, 4.793, 5.014 max_d=5.014 avg_d=3.089 std_dev=1.704
OP1 B 0, 1.083, 3.026, 4.970, 6.137 max_d=6.137 avg_d=3.026 std_dev=1.943

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.07 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.16 0.19 0.28 0.22
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.16 0.01 0.02 0.08 0.01 0.10 0.11 0.16 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.13 0.02 0.00 0.07 0.02 0.09 0.12 0.12 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.26 0.35 0.46 0.38
C4' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02
C5 0.03 0.02 0.07 0.06 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.09 0.02 0.09 0.26 0.34 0.43 0.38
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.16 0.09 0.12 0.04 0.08 0.05 0.20 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.02 0.10 0.22 0.25 0.30 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.16 0.17 0.23 0.19
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.02 0.21 0.27 0.38 0.30
O2 0.02 0.00 0.16 0.13 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.16 0.02 0.07 0.13 0.14 0.24 0.16
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.03 0.07 0.15 0.00 0.05 0.09 0.03 0.07 0.07 0.10 0.07
O3' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.05 0.10 0.02 0.08 0.16 0.05 0.00 0.10 0.02 0.11 0.16 0.12 0.12
O4 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.07 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.10 0.00 0.06 0.29 0.42 0.53 0.44
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.10 0.09
O5' 0.09 0.16 0.10 0.09 0.26 0.03 0.26 0.01 0.22 0.16 0.21 0.13 0.07 0.11 0.29 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.07 0.19 0.11 0.12 0.35 0.04 0.34 0.06 0.25 0.17 0.27 0.14 0.07 0.16 0.42 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.28 0.16 0.12 0.46 0.04 0.43 0.03 0.30 0.23 0.38 0.24 0.10 0.12 0.53 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.22 0.11 0.10 0.38 0.02 0.38 0.02 0.29 0.19 0.30 0.16 0.07 0.12 0.44 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.33 0.28 0.33 0.33 0.39 0.29 0.79 0.28 0.29 0.37 0.35 0.35 0.21 0.28 0.30 0.47 0.28 0.65 0.40
C2 0.27 0.27 0.41 0.41 0.21 0.38 0.22 0.70 0.24 0.26 0.25 0.19 0.30 0.27 0.34 0.27 0.34 0.29 0.58 0.31
C2' 0.28 0.36 0.24 0.30 0.35 0.32 0.28 0.63 0.27 0.30 0.40 0.39 0.39 0.14 0.21 0.30 0.38 0.20 0.67 0.36
C3' 0.24 0.33 0.17 0.24 0.38 0.33 0.30 0.71 0.26 0.27 0.38 0.45 0.34 0.28 0.19 0.28 0.50 0.30 0.70 0.46
C4 0.25 0.19 0.45 0.44 0.17 0.41 0.19 0.72 0.22 0.22 0.18 0.19 0.21 0.26 0.33 0.29 0.34 0.36 0.48 0.26
C4' 0.28 0.34 0.24 0.26 0.40 0.39 0.37 0.85 0.33 0.31 0.39 0.45 0.34 0.45 0.29 0.30 0.61 0.40 0.80 0.57
C5 0.26 0.24 0.33 0.39 0.20 0.47 0.24 0.86 0.28 0.27 0.22 0.17 0.24 0.22 0.28 0.37 0.46 0.34 0.48 0.31
C5' 0.43 0.45 0.42 0.36 0.51 0.48 0.52 0.93 0.48 0.45 0.48 0.54 0.43 0.71 0.42 0.39 0.71 0.53 0.93 0.71
C6 0.27 0.30 0.29 0.36 0.29 0.46 0.30 0.87 0.31 0.30 0.31 0.26 0.29 0.26 0.27 0.37 0.50 0.30 0.54 0.34
N1 0.27 0.31 0.33 0.37 0.28 0.41 0.27 0.79 0.28 0.28 0.32 0.26 0.32 0.19 0.29 0.32 0.44 0.28 0.58 0.34
N3 0.26 0.21 0.47 0.44 0.16 0.38 0.19 0.66 0.22 0.23 0.18 0.19 0.24 0.35 0.36 0.26 0.29 0.32 0.52 0.26
O2 0.28 0.27 0.43 0.42 0.20 0.36 0.21 0.66 0.23 0.25 0.25 0.20 0.32 0.33 0.35 0.26 0.31 0.28 0.61 0.32
O2' 0.30 0.40 0.25 0.31 0.37 0.31 0.28 0.60 0.28 0.32 0.44 0.41 0.44 0.13 0.21 0.31 0.36 0.21 0.69 0.37
O3' 0.20 0.31 0.11 0.20 0.33 0.29 0.24 0.66 0.21 0.23 0.36 0.41 0.33 0.25 0.13 0.26 0.52 0.33 0.66 0.46
O4 0.22 0.18 0.51 0.46 0.20 0.38 0.17 0.62 0.19 0.18 0.23 0.23 0.21 0.38 0.36 0.25 0.28 0.41 0.45 0.24
O4' 0.27 0.31 0.26 0.30 0.35 0.45 0.34 0.93 0.31 0.29 0.35 0.38 0.31 0.39 0.30 0.31 0.64 0.42 0.74 0.56
O5' 0.51 0.56 0.49 0.41 0.62 0.51 0.63 0.95 0.58 0.55 0.59 0.62 0.54 0.79 0.47 0.44 0.71 0.51 0.93 0.72
OP1 0.74 0.73 0.84 0.68 0.75 0.66 0.81 0.97 0.80 0.76 0.71 0.71 0.71 1.15 0.72 0.60 0.86 0.88 1.27 1.04
OP2 0.88 0.89 0.91 0.72 0.88 0.72 0.94 1.03 0.95 0.91 0.86 0.80 0.87 1.26 0.78 0.71 0.81 0.61 1.10 0.87
P 0.75 0.75 0.79 0.65 0.77 0.66 0.82 1.01 0.81 0.77 0.74 0.72 0.73 1.12 0.70 0.61 0.82 0.69 1.15 0.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.36 0.01 0.21 0.25 0.44 0.22
C2 0.03 0.00 0.13 0.06 0.02 0.06 0.03 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.40 0.12 0.27 0.26 0.63 0.36
C2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.03 0.17 0.25 0.19 0.04 0.10 0.07 0.23 0.01 0.12 0.03 0.55 0.39 0.72 0.52
C3' 0.04 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.10 0.02 0.04 0.03 0.13 0.05 0.02 0.03 0.44 0.31 0.39 0.26
C4 0.03 0.02 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.21 0.28 0.04 0.38 0.37 0.75 0.50
C4' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.05 0.07 0.12 0.12 0.02 0.01 0.02 0.44 0.21 0.26
C5 0.03 0.03 0.17 0.09 0.01 0.10 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.33 0.21 0.08 0.45 0.40 0.76 0.55
C5' 0.11 0.23 0.25 0.03 0.35 0.01 0.38 0.00 0.34 0.24 0.28 0.37 0.18 0.13 0.29 0.01 0.01 0.11 0.19 0.03
C6 0.02 0.01 0.19 0.10 0.01 0.09 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.21 0.12 0.42 0.34 0.68 0.48
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.30 0.03 0.29 0.25 0.59 0.36
N3 0.03 0.01 0.10 0.04 0.01 0.05 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.36 0.09 0.30 0.30 0.69 0.43
N4 0.03 0.02 0.07 0.03 0.00 0.07 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.22 0.27 0.04 0.40 0.41 0.78 0.54
O2 0.05 0.01 0.23 0.13 0.03 0.12 0.04 0.18 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.42 0.50 0.21 0.25 0.26 0.59 0.31
O2' 0.02 0.21 0.01 0.05 0.21 0.12 0.33 0.13 0.33 0.11 0.18 0.22 0.42 0.00 0.20 0.05 0.56 0.38 0.91 0.56
O3' 0.36 0.40 0.12 0.02 0.28 0.02 0.21 0.29 0.21 0.30 0.36 0.27 0.50 0.20 0.00 0.25 0.44 0.55 0.29 0.33
O4' 0.01 0.12 0.03 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.12 0.03 0.09 0.04 0.21 0.05 0.25 0.00 0.06 0.31 0.36 0.19
O5' 0.21 0.27 0.55 0.44 0.38 0.02 0.45 0.01 0.42 0.29 0.30 0.40 0.25 0.56 0.44 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.25 0.26 0.39 0.31 0.37 0.44 0.40 0.11 0.34 0.25 0.30 0.41 0.26 0.38 0.55 0.31 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.63 0.72 0.39 0.75 0.21 0.76 0.19 0.68 0.59 0.69 0.78 0.59 0.91 0.29 0.36 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.36 0.52 0.26 0.50 0.26 0.55 0.03 0.48 0.36 0.43 0.54 0.31 0.56 0.33 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00