ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50776

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.036, 0.069, 0.101, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.069 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.056, 0.112, 0.167, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.112 std_dev=0.056
N1 B 0, 0.215, 0.563, 0.912, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.563 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.327, 0.678, 1.030, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.678 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.466, 0.859, 1.252, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.859 std_dev=0.393
C5 B 0, 0.498, 0.948, 1.398, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.948 std_dev=0.450
C4 B 0, 0.389, 0.843, 1.297, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.843 std_dev=0.454
N3 B 0, 0.523, 1.008, 1.493, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.008 std_dev=0.485
C2 B 0, 0.357, 0.859, 1.362, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.859 std_dev=0.502
N4 B 0, 0.496, 1.071, 1.647, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.071 std_dev=0.575
O4' B 0, 0.820, 1.451, 2.083, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.451 std_dev=0.632
O4' A 0, 0.863, 1.500, 2.138, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.500 std_dev=0.637
C2' A 0, 0.895, 1.553, 2.210, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.553 std_dev=0.657
O2 B 0, 0.491, 1.259, 2.026, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.259 std_dev=0.768
C3' A 0, 1.146, 1.962, 2.778, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.962 std_dev=0.816
O3' A 0, 1.201, 2.045, 2.889, 2.508 max_d=2.508 avg_d=2.045 std_dev=0.844
C4' A 0, 1.290, 2.207, 3.125, 2.806 max_d=2.806 avg_d=2.207 std_dev=0.918
C4' B 0, 0.660, 1.656, 2.653, 3.110 max_d=3.110 avg_d=1.656 std_dev=0.997
O2' A 0, 1.413, 2.423, 3.433, 3.120 max_d=3.120 avg_d=2.423 std_dev=1.010
C2' B 0, 0.073, 1.326, 2.578, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.326 std_dev=1.252
C3' B 0, 0.376, 1.676, 2.975, 3.418 max_d=3.418 avg_d=1.676 std_dev=1.300
O3' B 0, 0.378, 1.715, 3.053, 3.381 max_d=3.381 avg_d=1.715 std_dev=1.338
O5' A 0, 1.900, 3.292, 4.683, 4.260 max_d=4.260 avg_d=3.292 std_dev=1.391
C5' A 0, 1.961, 3.394, 4.826, 4.435 max_d=4.435 avg_d=3.394 std_dev=1.433
O2' B 0, 0.347, 1.876, 3.405, 4.278 max_d=4.278 avg_d=1.876 std_dev=1.529
C5' B 0, 1.092, 2.703, 4.313, 5.242 max_d=5.242 avg_d=2.703 std_dev=1.611
O5' B 0, 0.805, 2.416, 4.028, 4.827 max_d=4.827 avg_d=2.416 std_dev=1.611
OP2 A 0, 2.569, 4.475, 6.381, 5.706 max_d=5.706 avg_d=4.475 std_dev=1.906
P A 0, 2.600, 4.565, 6.530, 5.996 max_d=5.996 avg_d=4.565 std_dev=1.965
P B 0, 1.260, 3.353, 5.446, 6.151 max_d=6.151 avg_d=3.353 std_dev=2.093
OP1 B 0, 1.460, 3.687, 5.913, 6.755 max_d=6.755 avg_d=3.687 std_dev=2.227
OP2 B 0, 1.440, 3.838, 6.235, 6.480 max_d=6.480 avg_d=3.838 std_dev=2.397
OP1 A 0, 3.281, 5.788, 8.294, 7.854 max_d=7.854 avg_d=5.788 std_dev=2.506

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.16 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.10 0.01 0.10 0.10 0.21 0.13 0.10
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.01 0.08 0.16 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.33 0.21 0.18
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.11 0.09 0.01 0.00 0.14 0.01 0.05 0.37 0.17 0.18
C4 0.02 0.00 0.03 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.08 0.01 0.02 0.20 0.30 0.26 0.20
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.03 0.12 0.10 0.01 0.07 0.00 0.01 0.14 0.04 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.16 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.12 0.01 0.09 0.25 0.34 0.29 0.25
C5' 0.02 0.10 0.06 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.17 0.07 0.09 0.16 0.06 0.06 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.12 0.01 0.11 0.22 0.29 0.21 0.20
N1 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01 0.11 0.20 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.07 0.14 0.24 0.18 0.13
O2 0.03 0.00 0.16 0.09 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.17 0.01 0.18 0.12 0.21 0.12 0.13
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.12 0.10 0.19 0.06 0.19 0.07 0.09 0.20 0.00 0.03 0.13 0.08 0.12 0.35 0.24 0.17
O3' 0.10 0.10 0.02 0.00 0.08 0.01 0.12 0.06 0.12 0.05 0.09 0.17 0.03 0.00 0.09 0.06 0.09 0.53 0.26 0.29
O4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.09 0.00 0.02 0.22 0.33 0.30 0.22
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.07 0.18 0.08 0.06 0.02 0.00 0.07 0.07 0.12 0.11
O5' 0.05 0.10 0.14 0.05 0.20 0.01 0.25 0.01 0.22 0.11 0.14 0.12 0.12 0.09 0.22 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.21 0.33 0.37 0.30 0.14 0.34 0.02 0.29 0.20 0.24 0.21 0.35 0.53 0.33 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.13 0.21 0.17 0.26 0.04 0.29 0.01 0.21 0.11 0.18 0.12 0.24 0.26 0.30 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.18 0.18 0.20 0.04 0.25 0.01 0.20 0.09 0.13 0.13 0.17 0.29 0.22 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.22 0.51 0.14 0.12 0.13 0.19 0.19 0.19 0.20 0.17 0.25 0.30 1.13 0.21 0.19 0.89 1.12 1.59 1.25
C2 0.23 0.31 0.30 0.40 0.20 0.27 0.21 0.33 0.18 0.18 0.35 0.30 0.43 0.96 0.42 0.19 1.08 1.16 1.63 1.32
C2' 0.27 0.21 0.52 0.11 0.23 0.17 0.21 0.32 0.23 0.21 0.25 0.37 0.25 1.02 0.17 0.21 0.75 1.06 1.49 1.16
C3' 0.29 0.29 0.67 0.23 0.35 0.19 0.24 0.31 0.21 0.24 0.35 0.52 0.31 1.12 0.25 0.16 0.69 1.05 1.42 1.11
C4 0.30 0.50 0.37 0.41 0.21 0.36 0.27 0.52 0.20 0.21 0.48 0.27 0.71 1.15 0.38 0.22 1.24 1.25 1.69 1.43
C4' 0.29 0.22 0.70 0.15 0.25 0.10 0.19 0.14 0.12 0.19 0.22 0.42 0.27 1.26 0.17 0.11 0.75 1.11 1.47 1.17
C5 0.38 0.42 0.66 0.14 0.20 0.22 0.32 0.39 0.20 0.25 0.36 0.29 0.60 1.37 0.15 0.21 1.15 1.25 1.78 1.45
C5' 0.32 0.26 0.81 0.26 0.35 0.16 0.31 0.17 0.19 0.23 0.29 0.53 0.32 1.37 0.24 0.16 0.73 1.14 1.44 1.17
C6 0.35 0.33 0.66 0.08 0.15 0.15 0.26 0.26 0.17 0.23 0.26 0.30 0.47 1.32 0.14 0.19 1.01 1.19 1.71 1.36
N1 0.29 0.28 0.48 0.20 0.13 0.17 0.20 0.24 0.17 0.20 0.25 0.26 0.40 1.14 0.25 0.18 1.00 1.15 1.65 1.31
N3 0.22 0.42 0.23 0.51 0.23 0.36 0.21 0.45 0.18 0.17 0.47 0.31 0.59 0.92 0.49 0.20 1.17 1.19 1.64 1.36
O2 0.20 0.27 0.24 0.48 0.25 0.29 0.23 0.33 0.21 0.17 0.33 0.35 0.36 0.82 0.50 0.20 1.06 1.13 1.60 1.29
O2' 0.35 0.19 0.49 0.22 0.21 0.34 0.33 0.45 0.37 0.29 0.17 0.26 0.18 0.96 0.24 0.40 0.79 1.11 1.52 1.20
O3' 0.22 0.22 0.63 0.22 0.31 0.24 0.14 0.44 0.16 0.16 0.33 0.50 0.25 1.02 0.23 0.14 0.60 1.02 1.32 1.04
O4 0.30 0.60 0.26 0.58 0.22 0.50 0.27 0.69 0.23 0.21 0.55 0.26 0.88 1.09 0.50 0.27 1.33 1.28 1.63 1.44
O4' 0.31 0.25 0.64 0.10 0.15 0.07 0.15 0.09 0.08 0.19 0.19 0.30 0.35 1.29 0.16 0.14 0.86 1.14 1.57 1.24
O5' 0.38 0.35 0.88 0.37 0.47 0.25 0.44 0.24 0.29 0.31 0.39 0.62 0.40 1.41 0.34 0.24 0.77 1.16 1.50 1.20
OP1 0.46 0.61 0.86 0.50 0.92 0.43 0.90 0.44 0.68 0.57 0.76 1.11 0.54 1.28 0.48 0.56 0.75 0.99 1.21 1.05
OP2 0.46 0.48 1.01 0.59 0.68 0.42 0.75 0.46 0.56 0.46 0.55 0.81 0.49 1.46 0.56 0.46 0.84 1.20 1.57 1.30
P 0.39 0.41 0.94 0.48 0.64 0.34 0.67 0.36 0.47 0.38 0.49 0.80 0.42 1.45 0.45 0.38 0.80 1.17 1.47 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.10 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.26 0.00 0.26 0.29 0.33 0.30
C2 0.03 0.00 0.16 0.23 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.08 0.09 0.50 0.45 0.70 0.59
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.21 0.21 0.24 0.04 0.09 0.08 0.33 0.01 0.03 0.01 0.30 0.26 0.59 0.33
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.25 0.00 0.24 0.01 0.21 0.16 0.26 0.26 0.26 0.01 0.01 0.01 0.38 0.17 0.44 0.30
C4 0.03 0.01 0.07 0.25 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.12 0.04 0.71 0.73 1.04 0.89
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.04 0.06 0.07 0.28 0.01 0.00 0.01 0.30 0.22 0.06
C5 0.03 0.00 0.21 0.24 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.40 0.20 0.03 0.76 0.79 1.05 0.93
C5' 0.10 0.12 0.21 0.01 0.18 0.00 0.22 0.00 0.20 0.13 0.14 0.20 0.12 0.07 0.19 0.02 0.01 0.37 0.35 0.01
C6 0.03 0.01 0.24 0.21 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.18 0.06 0.67 0.63 0.80 0.76
N1 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.09 0.03 0.50 0.44 0.61 0.56
N3 0.03 0.00 0.09 0.26 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.04 0.08 0.61 0.59 0.90 0.75
N4 0.04 0.01 0.08 0.26 0.01 0.06 0.02 0.20 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.39 0.15 0.05 0.75 0.82 1.16 0.97
O2 0.04 0.01 0.33 0.26 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.16 0.22 0.15 0.38 0.36 0.58 0.46
O2' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.35 0.28 0.40 0.07 0.34 0.20 0.25 0.39 0.16 0.00 0.06 0.19 0.10 0.29 0.41 0.11
O3' 0.26 0.08 0.03 0.01 0.12 0.01 0.20 0.19 0.18 0.09 0.04 0.15 0.22 0.06 0.00 0.20 0.29 0.19 0.27 0.14
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.05 0.15 0.19 0.20 0.00 0.40 0.52 0.24 0.40
O5' 0.26 0.50 0.30 0.38 0.71 0.01 0.76 0.01 0.67 0.50 0.61 0.75 0.38 0.10 0.29 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.29 0.45 0.26 0.17 0.73 0.30 0.79 0.37 0.63 0.44 0.59 0.82 0.36 0.29 0.19 0.52 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.70 0.59 0.44 1.04 0.22 1.05 0.35 0.80 0.61 0.90 1.16 0.58 0.41 0.27 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.59 0.33 0.30 0.89 0.06 0.93 0.01 0.76 0.56 0.75 0.97 0.46 0.11 0.14 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00