Doublet Group distance statistics: 50778

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6	A	0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.009, 0.034, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C1'	A	0, 0.007, 0.034, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C2	A	0, 0.004, 0.033, 0.061, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.028
O4	A	0, 0.003, 0.049, 0.095, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.046
O2	A	0, 0.018, 0.074, 0.130, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.074 std_dev=0.056
C2'	A	0, 0.005, 0.066, 0.126, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.066 std_dev=0.061
O4'	A	0, 0.019, 0.106, 0.193, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.106 std_dev=0.087
N1	B	0, 0.208, 0.505, 0.802, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.505 std_dev=0.297
C6	B	0, 0.181, 0.494, 0.806, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.494 std_dev=0.313
C5'	A	0, 0.239, 0.583, 0.927, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.583 std_dev=0.344
C4'	A	0, 0.229, 0.590, 0.951, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.590 std_dev=0.361
C2	B	0, 0.194, 0.557, 0.919, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.557 std_dev=0.363
C5	B	0, 0.182, 0.602, 1.023, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.602 std_dev=0.420
C1'	B	0, 0.329, 0.796, 1.263, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.796 std_dev=0.467
O2	B	0, 0.298, 0.795, 1.292, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.795 std_dev=0.497
N3	B	0, 0.164, 0.682, 1.200, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.682 std_dev=0.518
C4	B	0, 0.210, 0.739, 1.269, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.739 std_dev=0.530
O4'	B	0, 0.389, 0.939, 1.490, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.939 std_dev=0.550
C2'	B	0, 0.409, 1.011, 1.613, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.011 std_dev=0.602
O2'	A	0, 0.446, 1.058, 1.669, 1.454 max_d=1.454 avg_d=1.058 std_dev=0.611
C3'	A	0, 0.508, 1.229, 1.951, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.229 std_dev=0.722
C3'	B	0, 0.506, 1.247, 1.988, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.247 std_dev=0.741
C4'	B	0, 0.523, 1.284, 2.044, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.284 std_dev=0.761
N4	B	0, 0.375, 1.155, 1.934, 1.886 max_d=1.886 avg_d=1.155 std_dev=0.780
O5'	A	0, 0.564, 1.366, 2.169, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.366 std_dev=0.803
OP1	B	0, 0.548, 1.379, 2.210, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.379 std_dev=0.831
C5'	B	0, 0.648, 1.598, 2.548, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.598 std_dev=0.950
O2'	B	0, 0.687, 1.699, 2.710, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.699 std_dev=1.011
P	A	0, 0.756, 1.805, 2.855, 2.550 max_d=2.550 avg_d=1.805 std_dev=1.049
O3'	B	0, 0.704, 1.764, 2.824, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.764 std_dev=1.060
O5'	B	0, 0.775, 1.873, 2.970, 2.701 max_d=2.701 avg_d=1.873 std_dev=1.098
OP1	A	0, 0.858, 2.041, 3.224, 2.870 max_d=2.870 avg_d=2.041 std_dev=1.183
P	B	0, 0.850, 2.127, 3.403, 3.245 max_d=3.245 avg_d=2.127 std_dev=1.277
O3'	A	0, 0.984, 2.366, 3.748, 3.360 max_d=3.360 avg_d=2.366 std_dev=1.382
OP2	A	0, 1.046, 2.482, 3.919, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.482 std_dev=1.437
OP2	B	0, 1.502, 3.644, 5.786, 5.375 max_d=5.375 avg_d=3.644 std_dev=2.142

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.06	0.02	0.18	0.03	0.00	0.08	0.32	0.06	0.13
C2	0.04	0.00	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.16	0.24	0.02	0.05	0.08	0.43	0.20	0.08
C2'	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.11	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.26	0.38	0.19	0.30
C3'	0.02	0.05	0.01	0.00	0.16	0.00	0.22	0.01	0.21	0.09	0.09	0.12	0.02	0.00	0.17	0.01	0.07	0.11	0.06	0.07
C4	0.02	0.01	0.02	0.16	0.00	0.07	0.01	0.07	0.00	0.02	0.01	0.01	0.19	0.11	0.00	0.03	0.16	0.50	0.38	0.06
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.10	0.04	0.04	0.10	0.15	0.01	0.07	0.00	0.01	0.08	0.11	0.02
C5	0.01	0.02	0.02	0.22	0.01	0.10	0.00	0.09	0.00	0.02	0.02	0.02	0.16	0.13	0.00	0.02	0.18	0.52	0.36	0.08
C5'	0.05	0.06	0.11	0.01	0.07	0.01	0.09	0.00	0.07	0.04	0.05	0.10	0.07	0.09	0.08	0.01	0.00	0.14	0.19	0.01
C6	0.01	0.01	0.01	0.21	0.00	0.10	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.12	0.00	0.03	0.13	0.50	0.23	0.10
N1	0.01	0.01	0.00	0.09	0.02	0.04	0.02	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.11	0.02	0.01	0.08	0.43	0.15	0.11
N3	0.03	0.00	0.01	0.09	0.01	0.04	0.02	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.19	0.18	0.02	0.04	0.11	0.46	0.30	0.05
O2	0.06	0.00	0.03	0.12	0.01	0.10	0.02	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.14	0.40	0.02	0.09	0.08	0.39	0.15	0.11
O2'	0.02	0.16	0.01	0.02	0.19	0.15	0.16	0.07	0.12	0.11	0.19	0.14	0.00	0.04	0.21	0.10	0.21	0.32	0.18	0.26
O3'	0.18	0.24	0.02	0.00	0.11	0.01	0.13	0.09	0.12	0.11	0.18	0.40	0.04	0.00	0.12	0.12	0.06	0.22	0.06	0.09
O4	0.03	0.02	0.02	0.17	0.00	0.07	0.00	0.08	0.00	0.02	0.02	0.02	0.21	0.12	0.00	0.03	0.18	0.51	0.44	0.08
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.09	0.10	0.12	0.03	0.00	0.06	0.20	0.02	0.02
O5'	0.08	0.08	0.26	0.07	0.16	0.01	0.18	0.00	0.13	0.08	0.11	0.08	0.21	0.06	0.18	0.06	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.32	0.43	0.38	0.11	0.50	0.08	0.52	0.14	0.50	0.43	0.46	0.39	0.32	0.22	0.51	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.06	0.20	0.19	0.06	0.38	0.11	0.36	0.19	0.23	0.15	0.30	0.15	0.18	0.06	0.44	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.13	0.08	0.30	0.07	0.06	0.02	0.08	0.01	0.10	0.11	0.05	0.11	0.26	0.09	0.08	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.16	0.05	0.11	0.25	0.08	0.26	0.13	0.20	0.16	0.21	0.28	0.14	0.05	0.26	0.11	0.09	0.19	0.34	0.21
C2	0.14	0.20	0.11	0.07	0.22	0.05	0.15	0.09	0.12	0.16	0.24	0.26	0.21	0.17	0.16	0.09	0.06	0.13	0.42	0.04
C2'	0.08	0.18	0.04	0.21	0.33	0.14	0.35	0.17	0.24	0.17	0.27	0.38	0.13	0.07	0.39	0.09	0.11	0.14	0.44	0.18
C3'	0.40	0.41	0.29	0.15	0.45	0.25	0.49	0.27	0.48	0.43	0.43	0.45	0.39	0.24	0.10	0.40	0.35	0.38	0.49	0.50
C4	0.21	0.20	0.23	0.12	0.08	0.12	0.05	0.10	0.07	0.17	0.14	0.19	0.26	0.33	0.11	0.15	0.07	0.22	0.32	0.07
C4'	0.26	0.25	0.16	0.09	0.31	0.19	0.37	0.28	0.35	0.28	0.27	0.32	0.21	0.11	0.17	0.29	0.38	0.42	0.52	0.56
C5	0.22	0.15	0.23	0.14	0.07	0.15	0.02	0.14	0.10	0.17	0.09	0.16	0.19	0.30	0.13	0.18	0.13	0.28	0.20	0.16
C5'	0.17	0.13	0.09	0.09	0.20	0.18	0.27	0.30	0.26	0.19	0.15	0.21	0.09	0.05	0.21	0.22	0.38	0.43	0.58	0.54
C6	0.17	0.13	0.14	0.07	0.10	0.10	0.11	0.12	0.14	0.15	0.11	0.11	0.14	0.17	0.12	0.15	0.13	0.27	0.20	0.20
N1	0.13	0.16	0.08	0.08	0.19	0.05	0.17	0.09	0.15	0.15	0.18	0.21	0.15	0.12	0.19	0.10	0.05	0.18	0.31	0.13
N3	0.17	0.22	0.17	0.07	0.15	0.07	0.07	0.07	0.08	0.16	0.22	0.19	0.26	0.26	0.09	0.11	0.05	0.16	0.42	0.03
O2	0.11	0.22	0.07	0.11	0.28	0.08	0.18	0.14	0.11	0.15	0.28	0.35	0.22	0.13	0.22	0.07	0.11	0.07	0.51	0.06
O2'	0.15	0.18	0.19	0.32	0.29	0.27	0.27	0.27	0.18	0.16	0.24	0.36	0.16	0.21	0.44	0.18	0.24	0.08	0.51	0.08
O3'	0.53	0.45	0.41	0.32	0.42	0.47	0.48	0.52	0.53	0.50	0.42	0.39	0.44	0.37	0.14	0.60	0.60	0.68	0.62	0.82
O4	0.23	0.20	0.27	0.15	0.12	0.15	0.11	0.11	0.04	0.16	0.10	0.29	0.30	0.41	0.16	0.17	0.06	0.23	0.34	0.05
O4'	0.17	0.16	0.09	0.08	0.23	0.13	0.27	0.21	0.25	0.19	0.19	0.24	0.13	0.06	0.22	0.19	0.24	0.32	0.36	0.39
O5'	0.09	0.09	0.07	0.15	0.16	0.19	0.21	0.23	0.19	0.12	0.12	0.17	0.03	0.08	0.30	0.13	0.12	0.25	0.25	0.21
OP1	0.44	0.61	0.49	0.30	0.57	0.19	0.45	0.07	0.41	0.50	0.63	0.59	0.65	0.52	0.32	0.28	0.19	0.15	0.44	0.30
OP2	0.18	0.23	0.22	0.11	0.16	0.10	0.16	0.20	0.16	0.18	0.21	0.14	0.29	0.21	0.05	0.11	0.19	0.41	0.35	0.28
P	0.24	0.25	0.26	0.28	0.23	0.29	0.22	0.23	0.23	0.24	0.24	0.23	0.26	0.31	0.44	0.24	0.04	0.28	0.23	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.05	0.24	0.12	0.08
C2	0.01	0.00	0.04	0.07	0.02	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.08	0.05	0.03	0.08	0.30	0.28	0.06
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.04	0.01	0.04	0.05	0.06	0.01	0.01	0.01	0.06	0.15	0.00	0.07
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.12	0.00	0.13	0.01	0.12	0.07	0.09	0.13	0.05	0.02	0.01	0.01	0.06	0.08	0.07	0.05
C4	0.00	0.02	0.04	0.12	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.13	0.02	0.15	0.36	0.44	0.12
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.07	0.03	0.03	0.06	0.04	0.08	0.01	0.00	0.01	0.07	0.05	0.03
C5	0.01	0.02	0.04	0.13	0.00	0.07	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.16	0.02	0.17	0.35	0.44	0.12
C5'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.09	0.01	0.10	0.00	0.08	0.03	0.06	0.10	0.03	0.07	0.03	0.01	0.01	0.06	0.13	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.12	0.01	0.07	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.13	0.03	0.13	0.32	0.33	0.09
N1	0.00	0.01	0.01	0.07	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.06	0.01	0.08	0.29	0.25	0.07
N3	0.01	0.00	0.04	0.09	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.07	0.09	0.02	0.12	0.34	0.37	0.10
N4	0.01	0.03	0.05	0.13	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.05	0.16	0.01	0.17	0.37	0.50	0.15
O2	0.04	0.01	0.06	0.05	0.03	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.02	0.04	0.00	0.12	0.06	0.06	0.04	0.27	0.22	0.04
O2'	0.01	0.08	0.01	0.02	0.04	0.08	0.01	0.07	0.02	0.02	0.07	0.05	0.12	0.00	0.04	0.06	0.02	0.06	0.02	0.03
O3'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.13	0.01	0.16	0.03	0.13	0.06	0.09	0.16	0.06	0.04	0.00	0.01	0.07	0.18	0.13	0.08
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.06	0.06	0.01	0.00	0.07	0.23	0.12	0.11
O5'	0.05	0.08	0.06	0.06	0.15	0.01	0.17	0.01	0.13	0.08	0.12	0.17	0.04	0.02	0.07	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.24	0.30	0.15	0.08	0.36	0.07	0.35	0.06	0.32	0.29	0.34	0.37	0.27	0.06	0.18	0.23	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.12	0.28	0.00	0.07	0.44	0.05	0.44	0.13	0.33	0.25	0.37	0.50	0.22	0.02	0.13	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.06	0.07	0.05	0.12	0.03	0.12	0.01	0.09	0.07	0.10	0.15	0.04	0.03	0.08	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00