ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50780

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C6 B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C5 B 0, 0.000, 0.345, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.000, 0.480, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.480 std_dev=0.480
C2 B 0, 0.000, 0.531, 1.062, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.531 std_dev=0.531
C2' A 0, 0.000, 0.539, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.539 std_dev=0.539
O4' A 0, 0.000, 0.556, 1.111, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.556 std_dev=0.556
N3 B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
C1' B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
O4' B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662
O2' A 0, 0.000, 0.717, 1.434, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.717 std_dev=0.717
N4 B 0, 0.000, 0.782, 1.564, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.782 std_dev=0.782
O2 B 0, 0.000, 0.839, 1.678, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.839 std_dev=0.839
C3' A 0, 0.000, 0.856, 1.712, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.856 std_dev=0.856
C4' A 0, 0.000, 0.908, 1.816, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.908 std_dev=0.908
O3' A 0, 0.000, 0.996, 1.992, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.996 std_dev=0.996
C4' B 0, 0.000, 1.293, 2.586, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.293 std_dev=1.293
C2' B 0, 0.000, 1.533, 3.067, 3.067 max_d=3.067 avg_d=1.533 std_dev=1.533
C3' B 0, 0.000, 1.592, 3.184, 3.184 max_d=3.184 avg_d=1.592 std_dev=1.592
C5' A 0, 0.000, 1.624, 3.248, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.624 std_dev=1.624
O5' A 0, 0.000, 1.805, 3.610, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.805 std_dev=1.805
C5' B 0, 0.000, 1.807, 3.614, 3.614 max_d=3.614 avg_d=1.807 std_dev=1.807
O2' B 0, 0.000, 1.922, 3.844, 3.844 max_d=3.844 avg_d=1.922 std_dev=1.922
O3' B 0, 0.000, 2.047, 4.094, 4.094 max_d=4.094 avg_d=2.047 std_dev=2.047
O5' B 0, 0.000, 2.117, 4.233, 4.233 max_d=4.233 avg_d=2.117 std_dev=2.117
P A 0, 0.000, 2.358, 4.717, 4.717 max_d=4.717 avg_d=2.358 std_dev=2.358
OP1 A 0, 0.000, 2.543, 5.086, 5.086 max_d=5.086 avg_d=2.543 std_dev=2.543
OP2 A 0, 0.000, 2.680, 5.360, 5.360 max_d=5.360 avg_d=2.680 std_dev=2.680
P B 0, 0.000, 2.953, 5.907, 5.907 max_d=5.907 avg_d=2.953 std_dev=2.953
OP1 B 0, 0.000, 3.166, 6.332, 6.332 max_d=6.332 avg_d=3.166 std_dev=3.166
OP2 B 0, 0.000, 3.604, 7.209, 7.209 max_d=7.209 avg_d=3.604 std_dev=3.604

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.10 0.19 0.18
C2 0.02 0.00 0.18 0.20 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.16 0.01 0.07 0.26 0.28 0.47 0.37
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.14 0.29 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.24 0.00 0.21 0.00 0.16 0.15 0.24 0.20 0.01 0.00 0.26 0.00 0.02 0.14 0.00 0.05
C4 0.02 0.00 0.05 0.24 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.22 0.00 0.04 0.52 0.63 0.85 0.72
C4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.21 0.07 0.05 0.08 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.21 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.19 0.01 0.13 0.61 0.73 0.92 0.83
C5' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.28 0.01 0.40 0.00 0.37 0.15 0.14 0.08 0.09 0.01 0.31 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.21 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.13 0.01 0.15 0.54 0.60 0.72 0.69
N1 0.01 0.02 0.03 0.15 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.10 0.02 0.02 0.31 0.33 0.46 0.41
N3 0.02 0.00 0.14 0.24 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.21 0.00 0.04 0.37 0.43 0.65 0.52
O2 0.03 0.00 0.29 0.20 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.19 0.16 0.00 0.14 0.14 0.11 0.33 0.21
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.10 0.10 0.16 0.09 0.15 0.05 0.01 0.19 0.00 0.05 0.11 0.10 0.05 0.06 0.04 0.04
O3' 0.03 0.16 0.00 0.00 0.22 0.01 0.19 0.01 0.13 0.10 0.21 0.16 0.05 0.00 0.25 0.01 0.04 0.25 0.04 0.12
O4 0.02 0.01 0.06 0.26 0.00 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.25 0.00 0.05 0.56 0.71 0.95 0.80
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.13 0.03 0.15 0.02 0.04 0.14 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.14 0.13 0.16
O5' 0.11 0.26 0.01 0.02 0.52 0.01 0.61 0.00 0.54 0.31 0.37 0.14 0.05 0.04 0.56 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.28 0.08 0.14 0.63 0.01 0.73 0.06 0.60 0.33 0.43 0.11 0.06 0.25 0.71 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.47 0.03 0.00 0.85 0.04 0.92 0.02 0.72 0.46 0.65 0.33 0.04 0.04 0.95 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.37 0.01 0.05 0.72 0.03 0.83 0.01 0.69 0.41 0.52 0.21 0.04 0.12 0.80 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.07 0.28 0.23 0.21 0.29 0.20 0.39 0.10 0.04 0.14 0.26 0.04 0.79 0.13 0.25 1.13 1.49 1.99 1.61
C2 0.13 0.12 0.14 0.55 0.05 0.44 0.07 0.48 0.11 0.12 0.09 0.02 0.13 0.37 0.52 0.29 1.20 1.46 1.83 1.51
C2' 0.00 0.02 0.30 0.20 0.09 0.30 0.12 0.37 0.07 0.03 0.05 0.11 0.00 0.68 0.12 0.29 1.15 1.51 1.93 1.64
C3' 0.60 0.46 0.96 0.44 0.26 0.31 0.33 0.19 0.48 0.52 0.34 0.11 0.48 1.29 0.51 0.29 0.55 1.09 1.52 1.18
C4 0.23 0.02 0.48 0.84 0.13 0.65 0.04 0.72 0.16 0.14 0.16 0.25 0.03 0.11 0.86 0.39 1.30 1.52 1.78 1.50
C4' 0.64 0.36 1.03 0.53 0.08 0.38 0.19 0.26 0.42 0.48 0.18 0.12 0.40 1.46 0.66 0.34 0.39 0.92 1.45 1.03
C5 0.11 0.11 0.20 0.74 0.08 0.66 0.10 0.80 0.17 0.06 0.17 0.13 0.18 0.50 0.68 0.41 1.38 1.62 1.91 1.62
C5' 1.07 0.68 1.52 1.02 0.30 0.83 0.42 0.66 0.72 0.83 0.45 0.05 0.76 1.95 1.20 0.75 0.11 0.54 1.08 0.62
C6 0.01 0.07 0.11 0.48 0.03 0.51 0.15 0.68 0.15 0.03 0.07 0.01 0.13 0.75 0.40 0.36 1.35 1.64 2.06 1.71
N1 0.03 0.04 0.09 0.42 0.10 0.42 0.15 0.52 0.12 0.07 0.05 0.09 0.01 0.64 0.35 0.30 1.24 1.54 1.99 1.62
N3 0.21 0.10 0.38 0.72 0.07 0.55 0.03 0.58 0.13 0.16 0.03 0.21 0.13 0.15 0.73 0.33 1.24 1.47 1.78 1.47
O2 0.13 0.18 0.12 0.49 0.09 0.37 0.04 0.37 0.07 0.13 0.17 0.04 0.22 0.33 0.47 0.25 1.12 1.38 1.74 1.43
O2' 0.33 0.45 0.04 0.37 0.57 0.48 0.54 0.47 0.42 0.40 0.51 0.62 0.42 0.39 0.25 0.56 1.21 1.46 1.80 1.62
O3' 0.65 0.44 1.05 0.62 0.23 0.51 0.35 0.48 0.53 0.55 0.30 0.04 0.46 1.29 0.71 0.42 0.23 0.73 1.01 0.82
O4 0.32 0.02 0.74 0.98 0.19 0.72 0.01 0.76 0.16 0.17 0.23 0.33 0.02 0.21 1.06 0.41 1.27 1.46 1.66 1.40
O4' 0.36 0.16 0.67 0.13 0.06 0.02 0.00 0.13 0.16 0.24 0.03 0.19 0.21 1.20 0.25 0.04 0.80 1.28 1.84 1.38
O5' 1.37 1.03 1.83 1.26 0.60 1.00 0.64 0.70 0.95 1.13 0.80 0.36 1.14 2.27 1.39 0.97 0.16 0.67 1.18 0.68
OP1 1.64 1.17 2.21 1.84 0.59 1.46 0.62 1.14 1.00 1.28 0.85 0.29 1.35 2.66 2.17 1.27 0.85 0.06 0.48 0.01
OP2 1.95 1.58 2.44 1.93 0.99 1.50 0.92 0.97 1.25 1.60 1.29 0.73 1.78 2.98 2.13 1.48 0.62 0.48 0.85 0.34
P 1.68 1.29 2.20 1.69 0.74 1.33 0.74 0.93 1.08 1.36 1.00 0.47 1.46 2.72 1.93 1.26 0.55 0.38 0.88 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.30 0.30 0.29 0.26
C2 0.00 0.00 0.16 0.14 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.52 0.53 0.66 0.53
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.14 0.17 0.00 0.11 0.01 0.29 0.00 0.08 0.01 0.02 0.09 0.10 0.03
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.17 0.00 0.14 0.00 0.10 0.10 0.17 0.17 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.11 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.16 0.00 0.75 0.82 1.01 0.87
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.01 0.05 0.05 0.20 0.09 0.00 0.01 0.14 0.11 0.05
C5 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.12 0.08 0.80 0.89 1.03 0.95
C5' 0.04 0.06 0.14 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.04 0.08 0.01 0.01 0.33 0.25 0.00
C6 0.00 0.00 0.17 0.10 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.09 0.11 0.73 0.76 0.83 0.80
N1 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.00 0.55 0.55 0.61 0.55
N3 0.00 0.00 0.11 0.17 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.19 0.08 0.63 0.67 0.85 0.70
N4 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.17 0.00 0.79 0.91 1.12 0.96
O2 0.01 0.00 0.29 0.13 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.18 0.17 0.39 0.37 0.51 0.36
O2' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.21 0.20 0.30 0.04 0.28 0.12 0.08 0.24 0.20 0.00 0.13 0.13 0.04 0.09 0.09 0.04
O3' 0.03 0.17 0.08 0.01 0.16 0.09 0.12 0.08 0.09 0.11 0.19 0.17 0.18 0.13 0.00 0.07 0.27 0.17 0.11 0.24
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.00 0.08 0.00 0.17 0.13 0.07 0.00 0.35 0.36 0.18 0.25
O5' 0.30 0.52 0.02 0.02 0.75 0.01 0.80 0.01 0.73 0.55 0.63 0.79 0.39 0.04 0.27 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.30 0.53 0.09 0.10 0.82 0.14 0.89 0.33 0.76 0.55 0.67 0.91 0.37 0.09 0.17 0.36 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.66 0.10 0.11 1.01 0.11 1.03 0.25 0.83 0.61 0.85 1.12 0.51 0.09 0.11 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.53 0.03 0.01 0.87 0.05 0.95 0.00 0.80 0.55 0.70 0.96 0.36 0.04 0.24 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00