ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50788

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 10, 15, 6, 2, 5, 15, 12, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.017, 0.023, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.025, 0.033, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.023, 0.032, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.018, 0.027, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.027, 0.036, 0.046, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.034, 0.060, 0.087, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.060 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.035, 0.077, 0.119, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.077 std_dev=0.042
N3 B 0, 0.296, 0.456, 0.617, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.456 std_dev=0.161
C2 B 0, 0.339, 0.506, 0.672, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.506 std_dev=0.167
N1 B 0, 0.479, 0.706, 0.934, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.706 std_dev=0.227
N2 B 0, 0.345, 0.578, 0.811, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.578 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.413, 0.659, 0.906, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.659 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.563, 0.848, 1.133, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.848 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.539, 0.836, 1.133, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.836 std_dev=0.297
O6 B 0, 0.677, 1.067, 1.456, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.067 std_dev=0.390
C2' A 0, 0.094, 0.496, 0.898, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.496 std_dev=0.402
N9 B 0, 0.456, 0.868, 1.280, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.868 std_dev=0.412
O4' A 0, 0.074, 0.496, 0.917, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.496 std_dev=0.422
N7 B 0, 0.646, 1.099, 1.551, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.099 std_dev=0.452
C8 B 0, 0.599, 1.107, 1.615, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.107 std_dev=0.508
C1' B 0, 0.442, 0.953, 1.463, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.953 std_dev=0.510
O5' A 0, 0.362, 0.964, 1.566, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.964 std_dev=0.602
C2' B 0, 0.494, 1.165, 1.836, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.165 std_dev=0.671
C4' A 0, 0.225, 0.899, 1.572, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.899 std_dev=0.674
O4' B 0, 0.608, 1.319, 2.031, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.319 std_dev=0.711
O2' A 0, 0.259, 0.998, 1.737, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.998 std_dev=0.739
C3' A 0, 0.240, 1.005, 1.769, 2.206 max_d=2.206 avg_d=1.005 std_dev=0.764
OP2 A 0, 0.320, 1.087, 1.853, 3.786 max_d=3.786 avg_d=1.087 std_dev=0.766
C5' A 0, 0.300, 1.078, 1.856, 3.262 max_d=3.262 avg_d=1.078 std_dev=0.778
O2' B 0, 0.494, 1.272, 2.050, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.272 std_dev=0.778
P A 0, 0.253, 1.056, 1.858, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.056 std_dev=0.803
C3' B 0, 0.633, 1.485, 2.337, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.485 std_dev=0.852
C4' B 0, 0.679, 1.581, 2.483, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.581 std_dev=0.902
OP2 B 0, 0.647, 1.574, 2.501, 3.703 max_d=3.703 avg_d=1.574 std_dev=0.927
O5' B 0, 0.985, 1.976, 2.967, 3.578 max_d=3.578 avg_d=1.976 std_dev=0.991
P B 0, 0.847, 1.848, 2.849, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.848 std_dev=1.001
O3' B 0, 0.826, 1.851, 2.877, 3.865 max_d=3.865 avg_d=1.851 std_dev=1.025
OP1 B 0, 0.821, 1.848, 2.875, 4.031 max_d=4.031 avg_d=1.848 std_dev=1.027
OP1 A 0, 0.315, 1.357, 2.399, 4.734 max_d=4.734 avg_d=1.357 std_dev=1.042
C5' B 0, 0.908, 1.961, 3.014, 3.773 max_d=3.773 avg_d=1.961 std_dev=1.053
O3' A 0, 0.426, 1.698, 2.970, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.698 std_dev=1.272

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.33 0.02 0.01 0.23 0.25 0.32 0.23
C2 0.02 0.00 0.20 0.27 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.17 0.01 0.11 0.15 0.15 0.21 0.14
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.05 0.02 0.13 0.23 0.17 0.03 0.15 0.34 0.00 0.05 0.06 0.02 0.51 0.58 0.68 0.56
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.42 0.01 0.41 0.02 0.35 0.25 0.36 0.19 0.03 0.01 0.45 0.03 0.11 0.18 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.42 0.00 0.15 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.22 0.00 0.03 0.21 0.17 0.18 0.14
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.19 0.09 0.08 0.08 0.34 0.03 0.16 0.00 0.01 0.10 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.13 0.41 0.01 0.19 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.45 0.28 0.01 0.10 0.24 0.18 0.18 0.17
C5' 0.10 0.08 0.23 0.02 0.11 0.00 0.15 0.00 0.13 0.06 0.07 0.13 0.12 0.22 0.12 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.35 0.01 0.19 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.20 0.01 0.14 0.20 0.16 0.20 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.09 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.12 0.01 0.01 0.17 0.17 0.24 0.16
N3 0.02 0.00 0.15 0.36 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.14 0.01 0.08 0.16 0.14 0.17 0.12
O2 0.03 0.00 0.34 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.33 0.02 0.20 0.16 0.17 0.23 0.17
O2' 0.02 0.22 0.00 0.03 0.40 0.34 0.45 0.12 0.39 0.23 0.30 0.24 0.00 0.07 0.43 0.22 0.35 0.44 0.73 0.45
O3' 0.33 0.17 0.05 0.01 0.22 0.03 0.28 0.22 0.20 0.12 0.14 0.33 0.07 0.00 0.26 0.24 0.28 0.39 0.32 0.32
O4 0.02 0.01 0.06 0.45 0.00 0.16 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.26 0.00 0.03 0.23 0.20 0.21 0.17
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.03 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.08 0.20 0.22 0.24 0.03 0.00 0.08 0.10 0.20 0.11
O5' 0.23 0.15 0.51 0.11 0.21 0.01 0.24 0.01 0.20 0.17 0.16 0.16 0.35 0.28 0.23 0.08 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.25 0.15 0.58 0.18 0.17 0.10 0.18 0.10 0.16 0.17 0.14 0.17 0.44 0.39 0.20 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.21 0.68 0.11 0.18 0.13 0.18 0.10 0.20 0.24 0.17 0.23 0.73 0.32 0.21 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.14 0.56 0.08 0.14 0.03 0.17 0.01 0.15 0.16 0.12 0.17 0.45 0.32 0.17 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.15 0.30 0.32 0.20 0.26 0.22 0.25 0.26 0.26 0.24 0.18 0.16 0.25 0.24 0.46 0.30 0.26 0.25 0.34 0.27 0.35 0.30
C2 0.36 0.17 0.39 0.41 0.23 0.37 0.21 0.36 0.19 0.33 0.24 0.26 0.17 0.26 0.32 0.49 0.38 0.35 0.35 0.22 0.30 0.37 0.36
C2' 0.27 0.25 0.32 0.31 0.18 0.23 0.22 0.18 0.30 0.23 0.17 0.40 0.27 0.29 0.21 0.44 0.28 0.23 0.20 0.52 0.30 0.43 0.30
C3' 0.72 0.69 0.71 0.74 0.70 0.71 0.65 0.68 0.61 0.67 0.65 0.66 0.71 0.64 0.70 0.70 0.65 0.71 0.65 0.52 0.59 0.62 0.66
C4 0.36 0.14 0.33 0.38 0.22 0.37 0.21 0.39 0.10 0.42 0.15 0.24 0.11 0.34 0.36 0.54 0.31 0.37 0.41 0.11 0.33 0.41 0.41
C4' 0.46 0.40 0.44 0.48 0.44 0.46 0.43 0.44 0.40 0.46 0.40 0.38 0.43 0.44 0.46 0.53 0.39 0.46 0.42 0.38 0.36 0.41 0.43
C5 0.28 0.12 0.25 0.30 0.19 0.27 0.20 0.29 0.12 0.34 0.15 0.19 0.11 0.30 0.28 0.53 0.24 0.29 0.32 0.15 0.30 0.38 0.35
C5' 0.38 0.39 0.33 0.41 0.39 0.38 0.41 0.36 0.43 0.40 0.42 0.38 0.38 0.41 0.39 0.48 0.30 0.39 0.34 0.46 0.28 0.32 0.35
C6 0.26 0.11 0.25 0.29 0.18 0.25 0.19 0.26 0.16 0.30 0.16 0.17 0.12 0.27 0.26 0.49 0.24 0.26 0.28 0.20 0.29 0.36 0.32
N1 0.29 0.14 0.31 0.34 0.20 0.29 0.21 0.28 0.20 0.29 0.21 0.19 0.15 0.26 0.27 0.48 0.30 0.29 0.29 0.26 0.28 0.36 0.32
N3 0.40 0.17 0.42 0.44 0.24 0.41 0.21 0.41 0.13 0.39 0.19 0.28 0.15 0.30 0.37 0.52 0.39 0.40 0.41 0.14 0.33 0.40 0.41
O2 0.38 0.21 0.45 0.44 0.24 0.40 0.21 0.38 0.22 0.32 0.27 0.30 0.21 0.25 0.32 0.51 0.45 0.38 0.36 0.26 0.31 0.37 0.37
O2' 0.56 0.67 0.40 0.43 0.72 0.55 0.89 0.65 1.03 0.80 0.93 0.55 0.60 0.91 0.68 0.44 0.40 0.66 0.72 1.18 0.82 0.93 0.82
O3' 0.65 0.63 0.57 0.61 0.67 0.65 0.71 0.67 0.72 0.71 0.68 0.57 0.63 0.72 0.68 0.56 0.49 0.69 0.68 0.74 0.65 0.73 0.75
O4 0.41 0.17 0.35 0.42 0.23 0.43 0.24 0.46 0.13 0.50 0.16 0.26 0.14 0.40 0.41 0.59 0.32 0.44 0.50 0.14 0.38 0.47 0.48
O4' 0.31 0.15 0.32 0.35 0.25 0.32 0.25 0.32 0.19 0.33 0.14 0.14 0.21 0.31 0.31 0.50 0.30 0.31 0.32 0.20 0.28 0.35 0.34
O5' 0.39 0.42 0.33 0.46 0.42 0.42 0.45 0.39 0.48 0.43 0.46 0.40 0.40 0.45 0.41 0.43 0.36 0.41 0.37 0.51 0.30 0.34 0.37
OP1 0.36 0.47 0.27 0.45 0.43 0.42 0.47 0.39 0.53 0.42 0.53 0.47 0.43 0.45 0.40 0.40 0.38 0.41 0.37 0.60 0.33 0.35 0.38
OP2 0.26 0.39 0.19 0.42 0.35 0.36 0.41 0.33 0.50 0.35 0.47 0.39 0.33 0.41 0.31 0.40 0.38 0.33 0.32 0.61 0.27 0.29 0.31
P 0.29 0.38 0.22 0.41 0.36 0.36 0.41 0.33 0.47 0.37 0.45 0.38 0.34 0.41 0.33 0.41 0.35 0.34 0.32 0.56 0.26 0.28 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.18 0.01 0.14 0.02 0.13 0.23 0.17
C2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.22 0.08 0.12 0.01 0.14 0.26 0.19
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.12 0.07 0.07 0.11 0.17 0.14 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.26 0.06 0.30 0.36 0.29
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.21 0.23 0.17 0.11 0.11 0.25 0.15 0.01 0.01 0.02 0.06 0.23 0.18 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.05 0.12 0.01 0.14 0.26 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.12 0.04 0.06 0.04 0.11 0.05 0.20 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.21 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.10 0.03 0.12 0.01 0.16 0.27 0.20
C5' 0.05 0.08 0.12 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.05 0.08 0.14 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.11 0.04 0.12 0.01 0.18 0.28 0.21
C8 0.01 0.01 0.07 0.23 0.01 0.12 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.15 0.06 0.11 0.02 0.15 0.25 0.18
N1 0.03 0.01 0.11 0.17 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.15 0.06 0.12 0.01 0.16 0.27 0.20
N2 0.04 0.01 0.17 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.29 0.10 0.13 0.02 0.14 0.26 0.19
N3 0.03 0.00 0.14 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.22 0.08 0.13 0.01 0.13 0.25 0.18
N7 0.01 0.01 0.06 0.25 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.04 0.13 0.02 0.18 0.27 0.20
N9 0.00 0.02 0.02 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.11 0.02 0.13 0.24 0.17
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.14 0.20 0.20 0.08 0.21 0.19 0.18 0.15 0.12 0.22 0.12 0.00 0.04 0.14 0.17 0.24 0.22 0.37 0.21
O3' 0.18 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.14 0.11 0.15 0.15 0.29 0.22 0.17 0.06 0.04 0.00 0.12 0.20 0.14 0.43 0.32 0.29
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.10 0.08 0.04 0.01 0.14 0.12 0.00 0.08 0.03 0.08 0.14 0.11
O5' 0.14 0.12 0.26 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.17 0.20 0.08 0.00 0.13 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.23 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.14 0.03 0.13 0.00 0.20 0.29 0.22
OP1 0.13 0.14 0.30 0.18 0.14 0.09 0.16 0.08 0.18 0.15 0.16 0.14 0.13 0.18 0.13 0.22 0.43 0.08 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.26 0.36 0.13 0.26 0.04 0.27 0.02 0.28 0.25 0.27 0.26 0.25 0.27 0.24 0.37 0.32 0.14 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.19 0.29 0.09 0.18 0.02 0.20 0.02 0.21 0.18 0.20 0.19 0.18 0.20 0.17 0.21 0.29 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00