ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50789

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 3, 2, 7, 10, 10, 12, 6, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.034 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.011, 0.060, 0.109, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.060 std_dev=0.049
C5 B 0, 0.291, 0.487, 0.682, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.487 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.395, 0.602, 0.809, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.602 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.358, 0.571, 0.783, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.571 std_dev=0.213
N7 B 0, 0.258, 0.476, 0.694, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.476 std_dev=0.218
N9 B 0, 0.330, 0.555, 0.781, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.555 std_dev=0.226
C8 B 0, 0.252, 0.483, 0.715, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.483 std_dev=0.232
O6 B 0, 0.444, 0.683, 0.922, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.683 std_dev=0.239
O4' A 0, 0.119, 0.359, 0.599, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.359 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.112, 0.363, 0.615, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.363 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.449, 0.732, 1.014, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.732 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.460, 0.756, 1.053, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.756 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.452, 0.755, 1.059, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.755 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.469, 0.807, 1.144, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.807 std_dev=0.337
C3' A 0, 0.052, 0.399, 0.746, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.399 std_dev=0.347
C4' A 0, 0.091, 0.463, 0.836, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.463 std_dev=0.372
O4' B 0, 0.374, 0.759, 1.145, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.759 std_dev=0.386
O2' A 0, 0.184, 0.585, 0.986, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.585 std_dev=0.401
O3' B 0, 0.549, 0.980, 1.412, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.980 std_dev=0.432
N2 B 0, 0.528, 1.005, 1.482, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.005 std_dev=0.477
C4' B 0, 0.556, 1.036, 1.517, 3.156 max_d=3.156 avg_d=1.036 std_dev=0.481
C3' B 0, 0.604, 1.093, 1.582, 2.136 max_d=2.136 avg_d=1.093 std_dev=0.489
O3' A 0, -0.137, 0.372, 0.881, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.372 std_dev=0.509
C5' A 0, 0.268, 0.842, 1.416, 3.099 max_d=3.099 avg_d=0.842 std_dev=0.574
O5' A 0, 0.315, 0.891, 1.467, 2.822 max_d=2.822 avg_d=0.891 std_dev=0.576
C2' B 0, 0.601, 1.332, 2.063, 2.414 max_d=2.414 avg_d=1.332 std_dev=0.731
P A 0, 0.478, 1.281, 2.085, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.281 std_dev=0.804
C5' B 0, 0.720, 1.561, 2.402, 4.591 max_d=4.591 avg_d=1.561 std_dev=0.841
OP2 A 0, 0.542, 1.444, 2.347, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.444 std_dev=0.903
OP1 A 0, 0.483, 1.421, 2.358, 4.194 max_d=4.194 avg_d=1.421 std_dev=0.938
O5' B 0, 0.833, 1.827, 2.821, 4.113 max_d=4.113 avg_d=1.827 std_dev=0.994
O2' B 0, 0.762, 2.098, 3.434, 3.917 max_d=3.917 avg_d=2.098 std_dev=1.336
P B 0, 0.944, 2.548, 4.153, 5.915 max_d=5.915 avg_d=2.548 std_dev=1.604
OP2 B 0, 0.903, 2.773, 4.642, 5.919 max_d=5.919 avg_d=2.773 std_dev=1.870
OP1 B 0, 1.110, 3.185, 5.261, 7.330 max_d=7.330 avg_d=3.185 std_dev=2.076

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.01 0.00 0.11 0.12 0.13 0.09
C2 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.18 0.01 0.09 0.13 0.15 0.23 0.13
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.10 0.10 0.02 0.09 0.18 0.00 0.04 0.04 0.02 0.21 0.27 0.27 0.23
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.02 0.14 0.09 0.14 0.10 0.02 0.01 0.17 0.01 0.06 0.14 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.11 0.00 0.03 0.23 0.27 0.38 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.04 0.05 0.10 0.12 0.02 0.09 0.00 0.01 0.10 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.09 0.01 0.08 0.26 0.31 0.40 0.31
C5' 0.04 0.08 0.10 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.19 0.09 0.10 0.11 0.07 0.12 0.16 0.01 0.01 0.12 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.01 0.10 0.24 0.25 0.32 0.26
N1 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.01 0.15 0.17 0.22 0.15
N3 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.01 0.06 0.17 0.21 0.30 0.18
O2 0.02 0.00 0.18 0.10 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.26 0.02 0.15 0.10 0.12 0.17 0.09
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.17 0.12 0.21 0.07 0.21 0.10 0.16 0.24 0.00 0.06 0.19 0.08 0.17 0.27 0.32 0.22
O3' 0.18 0.18 0.04 0.01 0.11 0.02 0.09 0.12 0.07 0.11 0.15 0.26 0.06 0.00 0.12 0.12 0.14 0.22 0.21 0.17
O4 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.12 0.00 0.03 0.25 0.31 0.43 0.29
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.15 0.08 0.12 0.03 0.00 0.06 0.08 0.13 0.10
O5' 0.11 0.13 0.21 0.06 0.23 0.01 0.26 0.01 0.24 0.15 0.17 0.10 0.17 0.14 0.25 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.15 0.27 0.14 0.27 0.10 0.31 0.12 0.25 0.17 0.21 0.12 0.27 0.22 0.31 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.23 0.27 0.12 0.38 0.09 0.40 0.12 0.32 0.22 0.30 0.17 0.32 0.21 0.43 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.23 0.08 0.26 0.02 0.31 0.01 0.26 0.15 0.18 0.09 0.22 0.17 0.29 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.19 0.35 0.46 0.13 0.41 0.15 0.66 0.24 0.14 0.23 0.21 0.15 0.15 0.14 1.11 0.31 0.21 0.74 0.34 1.58 1.93 1.49
C2 0.14 0.17 0.13 0.53 0.10 0.33 0.08 0.51 0.11 0.12 0.15 0.21 0.15 0.14 0.10 0.77 0.27 0.13 0.52 0.16 1.17 1.73 1.20
C2' 0.24 0.25 0.50 0.45 0.17 0.44 0.18 0.70 0.29 0.19 0.30 0.27 0.20 0.13 0.19 1.14 0.34 0.25 0.82 0.38 1.74 1.96 1.58
C3' 0.40 0.38 0.66 0.34 0.37 0.38 0.37 0.60 0.40 0.36 0.39 0.38 0.37 0.35 0.38 1.33 0.33 0.30 0.74 0.44 1.81 1.82 1.54
C4 0.17 0.23 0.29 0.62 0.13 0.38 0.09 0.54 0.11 0.16 0.17 0.27 0.21 0.17 0.12 0.61 0.32 0.17 0.49 0.13 0.88 1.60 1.04
C4' 0.44 0.28 0.71 0.30 0.31 0.33 0.28 0.58 0.32 0.34 0.31 0.29 0.30 0.28 0.37 1.51 0.30 0.26 0.68 0.41 1.67 1.77 1.45
C5 0.21 0.22 0.17 0.64 0.16 0.48 0.14 0.71 0.13 0.21 0.15 0.26 0.23 0.24 0.16 0.96 0.38 0.22 0.68 0.15 1.11 1.77 1.24
C5' 0.67 0.34 0.98 0.29 0.43 0.30 0.34 0.50 0.30 0.50 0.29 0.34 0.43 0.36 0.54 1.82 0.29 0.36 0.58 0.35 1.54 1.57 1.29
C6 0.21 0.18 0.24 0.58 0.15 0.49 0.17 0.75 0.18 0.17 0.16 0.20 0.19 0.24 0.15 1.12 0.37 0.24 0.77 0.23 1.36 1.92 1.41
N1 0.17 0.17 0.22 0.52 0.12 0.41 0.13 0.64 0.19 0.12 0.18 0.20 0.16 0.16 0.12 1.01 0.31 0.18 0.67 0.25 1.37 1.88 1.37
N3 0.14 0.17 0.23 0.57 0.09 0.32 0.08 0.46 0.08 0.12 0.12 0.21 0.16 0.15 0.10 0.59 0.28 0.14 0.44 0.13 0.94 1.62 1.05
O2 0.13 0.21 0.14 0.50 0.11 0.29 0.11 0.44 0.15 0.15 0.20 0.25 0.16 0.16 0.12 0.71 0.25 0.13 0.48 0.18 1.18 1.69 1.18
O2' 0.41 0.26 0.52 0.66 0.31 0.68 0.31 0.88 0.29 0.45 0.28 0.26 0.28 0.40 0.39 0.89 0.53 0.55 1.03 0.33 1.87 2.06 1.73
O3' 0.37 0.35 0.59 0.42 0.34 0.45 0.35 0.64 0.37 0.37 0.37 0.35 0.34 0.35 0.36 1.20 0.37 0.38 0.77 0.43 1.90 1.85 1.60
O4 0.19 0.31 0.46 0.62 0.15 0.36 0.14 0.47 0.19 0.18 0.27 0.38 0.26 0.17 0.14 0.36 0.32 0.21 0.39 0.20 0.66 1.43 0.85
O4' 0.32 0.20 0.50 0.39 0.19 0.36 0.18 0.63 0.26 0.21 0.24 0.21 0.21 0.17 0.24 1.36 0.32 0.20 0.70 0.36 1.58 1.86 1.45
O5' 0.80 0.47 1.12 0.33 0.56 0.32 0.42 0.47 0.32 0.58 0.36 0.47 0.57 0.41 0.66 1.96 0.31 0.43 0.53 0.27 1.41 1.48 1.19
OP1 1.02 0.60 1.43 0.58 0.70 0.45 0.54 0.36 0.42 0.73 0.47 0.61 0.72 0.53 0.83 2.20 0.41 0.61 0.50 0.34 1.27 1.08 0.97
OP2 1.17 0.70 1.52 0.79 0.79 0.69 0.56 0.63 0.42 0.75 0.52 0.73 0.85 0.50 0.93 2.32 0.65 0.81 0.45 0.27 0.90 0.98 0.76
P 1.01 0.57 1.37 0.54 0.67 0.44 0.48 0.40 0.36 0.68 0.42 0.58 0.70 0.46 0.80 2.22 0.41 0.60 0.42 0.27 1.14 1.16 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.38 0.00 0.14 0.02 0.17 0.76 0.42
C2 0.02 0.00 0.29 0.14 0.01 0.19 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.47 0.30 0.32 0.01 0.25 0.93 0.41
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.20 0.11 0.18 0.21 0.36 0.28 0.11 0.02 0.00 0.05 0.02 0.24 0.07 0.39 0.42 0.25
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.21 0.01 0.31 0.03 0.30 0.38 0.22 0.10 0.10 0.40 0.22 0.01 0.01 0.01 0.22 0.35 0.35 0.53 0.25
C4 0.01 0.01 0.14 0.21 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.27 0.15 0.23 0.01 0.42 1.08 0.61
C4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.05 0.31 0.09 0.28 0.19 0.26 0.10 0.30 0.02 0.00 0.02 0.10 0.23 0.38 0.10
C5 0.01 0.00 0.05 0.31 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.11 0.05 0.31 0.01 0.75 1.33 0.86
C5' 0.05 0.18 0.20 0.03 0.05 0.01 0.16 0.00 0.12 0.36 0.09 0.28 0.19 0.34 0.11 0.09 0.27 0.01 0.02 0.18 0.19 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.16 0.11 0.30 0.00 0.75 1.31 0.82
C8 0.01 0.01 0.18 0.38 0.00 0.31 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.51 0.13 0.19 0.50 0.02 0.93 1.45 1.05
N1 0.02 0.00 0.21 0.22 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.32 0.22 0.29 0.01 0.47 1.12 0.60
N2 0.02 0.00 0.36 0.10 0.01 0.28 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.59 0.36 0.41 0.01 0.22 0.80 0.28
N3 0.02 0.00 0.28 0.10 0.00 0.19 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.49 0.30 0.29 0.01 0.19 0.87 0.37
N7 0.01 0.00 0.11 0.40 0.01 0.26 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.51 0.13 0.12 0.49 0.02 1.06 1.55 1.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.16 0.01 0.26 0.02 0.48 1.09 0.68
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.13 0.30 0.32 0.09 0.27 0.51 0.11 0.30 0.18 0.51 0.24 0.00 0.08 0.23 0.30 0.35 0.35 0.55 0.41
O3' 0.38 0.47 0.05 0.01 0.27 0.02 0.11 0.27 0.16 0.13 0.32 0.59 0.49 0.13 0.16 0.08 0.00 0.24 0.23 0.10 0.29 0.58 0.27
O4' 0.00 0.30 0.02 0.01 0.15 0.00 0.05 0.01 0.11 0.19 0.22 0.36 0.30 0.12 0.01 0.23 0.24 0.00 0.18 0.07 0.21 0.69 0.43
O5' 0.14 0.32 0.24 0.22 0.23 0.02 0.31 0.02 0.30 0.50 0.29 0.41 0.29 0.49 0.26 0.30 0.23 0.18 0.00 0.35 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.35 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.10 0.07 0.35 0.00 0.95 1.43 0.95
OP1 0.17 0.25 0.39 0.35 0.42 0.23 0.75 0.19 0.75 0.93 0.47 0.22 0.19 1.06 0.48 0.35 0.29 0.21 0.01 0.95 0.00 0.01 0.01
OP2 0.76 0.93 0.42 0.53 1.08 0.38 1.33 0.21 1.31 1.45 1.12 0.80 0.87 1.55 1.09 0.55 0.58 0.69 0.02 1.43 0.01 0.00 0.00
P 0.42 0.41 0.25 0.25 0.61 0.10 0.86 0.02 0.82 1.05 0.60 0.28 0.37 1.11 0.68 0.41 0.27 0.43 0.00 0.95 0.01 0.00 0.00