ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50790

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 0, 7, 5, 7, 4, 1, 2, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.042, 0.084, 0.126, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.042
O4 A 0, 0.024, 0.084, 0.143, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.084 std_dev=0.059
C4 B 0, 0.220, 0.483, 0.747, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.483 std_dev=0.264
N9 B 0, 0.253, 0.528, 0.802, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.528 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.242, 0.524, 0.806, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.524 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.186, 0.472, 0.758, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.472 std_dev=0.286
C8 B 0, 0.262, 0.554, 0.846, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.554 std_dev=0.292
N1 B 0, 0.247, 0.548, 0.848, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.548 std_dev=0.301
C2 B 0, 0.246, 0.552, 0.857, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.552 std_dev=0.305
N7 B 0, 0.210, 0.519, 0.828, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.519 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.192, 0.501, 0.811, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.501 std_dev=0.310
C1' B 0, 0.288, 0.606, 0.924, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.606 std_dev=0.318
O6 B 0, 0.186, 0.546, 0.906, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.546 std_dev=0.360
N2 B 0, 0.282, 0.647, 1.012, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.647 std_dev=0.365
O4' B 0, -0.002, 0.773, 1.548, 2.766 max_d=2.766 avg_d=0.773 std_dev=0.775
O4' A 0, -0.393, 0.470, 1.334, 2.702 max_d=2.702 avg_d=0.470 std_dev=0.863
C2' A 0, -0.398, 0.465, 1.329, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.465 std_dev=0.864
O2' A 0, -0.442, 0.563, 1.569, 3.152 max_d=3.152 avg_d=0.563 std_dev=1.005
C2' B 0, -0.007, 1.013, 2.033, 3.709 max_d=3.709 avg_d=1.013 std_dev=1.020
C4' B 0, -0.168, 0.956, 2.081, 3.936 max_d=3.936 avg_d=0.956 std_dev=1.125
C4' A 0, -0.492, 0.672, 1.836, 3.673 max_d=3.673 avg_d=0.672 std_dev=1.164
C3' A 0, -0.580, 0.735, 2.050, 4.113 max_d=4.113 avg_d=0.735 std_dev=1.315
C3' B 0, -0.176, 1.155, 2.487, 4.698 max_d=4.698 avg_d=1.155 std_dev=1.331
O2' B 0, -0.081, 1.284, 2.650, 4.826 max_d=4.826 avg_d=1.284 std_dev=1.366
O3' B 0, -0.181, 1.294, 2.769, 5.273 max_d=5.273 avg_d=1.294 std_dev=1.475
O3' A 0, -0.809, 0.984, 2.776, 5.630 max_d=5.630 avg_d=0.984 std_dev=1.793
C5' B 0, -0.830, 1.260, 3.351, 6.746 max_d=6.746 avg_d=1.260 std_dev=2.091
C5' A 0, -0.928, 1.195, 3.318, 6.647 max_d=6.647 avg_d=1.195 std_dev=2.123
O5' A 0, -1.085, 1.366, 3.816, 7.656 max_d=7.656 avg_d=1.366 std_dev=2.450
O5' B 0, -1.076, 1.424, 3.925, 7.987 max_d=7.987 avg_d=1.424 std_dev=2.500
P A 0, -1.476, 1.887, 5.250, 10.547 max_d=10.547 avg_d=1.887 std_dev=3.363
P B 0, -1.644, 1.754, 5.152, 10.626 max_d=10.626 avg_d=1.754 std_dev=3.398
OP2 A 0, -1.555, 1.869, 5.293, 10.729 max_d=10.729 avg_d=1.869 std_dev=3.424
OP2 B 0, -1.646, 1.858, 5.363, 11.205 max_d=11.205 avg_d=1.858 std_dev=3.504
OP1 A 0, -1.607, 2.347, 6.302, 12.514 max_d=12.514 avg_d=2.347 std_dev=3.954
OP1 B 0, -1.988, 2.101, 6.189, 12.760 max_d=12.760 avg_d=2.101 std_dev=4.088

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.15 0.16 0.16 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.31 0.01 0.37 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.27 0.01 0.29 0.33 0.47 0.72 0.54
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.08 0.14 0.00 0.02 0.08 0.00 0.25 0.32 0.12 0.19
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.08 0.00 0.16 0.02 0.22 0.05 0.25 0.52 0.02 0.01 0.11 0.01 0.31 0.39 0.11 0.24
C4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.03 0.41 0.34 0.28 0.31
C4' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.05 0.00 0.26 0.01 0.33 0.03 0.27 0.68 0.05 0.03 0.06 0.00 0.02 0.15 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.26 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.01 0.23 0.90 0.93 0.93 0.91
C5' 0.02 0.57 0.02 0.02 0.08 0.01 0.45 0.00 0.53 0.05 0.44 1.09 0.05 0.04 0.10 0.01 0.01 0.15 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.33 0.00 0.53 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.17 0.01 0.30 0.92 0.93 0.86 0.90
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.28 0.23 0.17 0.17
N3 0.02 0.00 0.08 0.25 0.01 0.27 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.24 0.01 0.19 0.18 0.34 0.54 0.37
O2 0.05 0.01 0.14 0.52 0.01 0.68 0.01 1.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.42 0.44 0.02 0.53 0.91 1.13 1.45 1.21
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.07 0.05 0.16 0.05 0.19 0.03 0.17 0.42 0.00 0.06 0.08 0.04 0.09 0.22 0.12 0.07
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.11 0.03 0.12 0.04 0.17 0.05 0.24 0.44 0.06 0.00 0.14 0.02 0.26 0.44 0.14 0.25
O4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.14 0.00 0.03 0.40 0.33 0.28 0.30
O4' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.03 0.00 0.23 0.01 0.30 0.01 0.19 0.53 0.04 0.02 0.03 0.00 0.06 0.08 0.27 0.10
O5' 0.15 0.33 0.25 0.31 0.41 0.02 0.90 0.01 0.92 0.28 0.18 0.91 0.09 0.26 0.40 0.06 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.16 0.47 0.32 0.39 0.34 0.15 0.93 0.15 0.93 0.23 0.34 1.13 0.22 0.44 0.33 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.72 0.12 0.11 0.28 0.23 0.93 0.29 0.86 0.17 0.54 1.45 0.12 0.14 0.28 0.27 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.54 0.19 0.24 0.31 0.02 0.91 0.02 0.90 0.17 0.37 1.21 0.07 0.25 0.30 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.28 0.68 0.47 0.11 0.42 0.10 0.88 0.14 0.14 0.21 0.37 0.24 0.16 0.09 0.93 0.66 0.66 0.79 0.16 1.21 1.06 1.25
C2 0.21 0.29 0.74 0.81 0.18 0.20 0.16 0.19 0.22 0.18 0.27 0.33 0.25 0.18 0.16 0.70 0.84 0.42 0.24 0.24 0.15 0.25 0.14
C2' 0.78 0.35 0.23 0.44 0.61 1.32 0.53 1.81 0.37 0.71 0.29 0.24 0.53 0.61 0.72 0.22 0.19 1.54 1.69 0.30 2.03 1.80 2.09
C3' 0.62 0.87 0.16 0.23 0.74 1.06 0.65 1.65 0.65 0.53 0.76 0.93 0.88 0.53 0.64 0.33 0.29 1.29 1.72 0.57 2.19 2.17 2.34
C4 0.23 0.30 0.48 0.66 0.17 0.22 0.14 0.17 0.23 0.24 0.32 0.35 0.24 0.20 0.20 0.33 0.61 0.29 0.37 0.26 0.38 0.54 0.29
C4' 0.28 0.45 0.88 0.75 0.17 0.18 0.23 0.80 0.38 0.18 0.49 0.57 0.26 0.17 0.16 1.27 1.22 0.43 0.91 0.41 1.60 1.64 1.67
C5 0.18 0.29 0.38 0.45 0.14 0.18 0.11 0.31 0.12 0.23 0.28 0.36 0.22 0.23 0.17 0.31 0.46 0.39 0.20 0.12 0.33 0.31 0.39
C5' 0.58 0.79 1.16 1.23 0.23 0.41 0.30 0.23 0.59 0.42 0.84 1.07 0.43 0.26 0.35 1.50 1.83 0.17 0.47 0.65 1.20 1.50 1.31
C6 0.14 0.28 0.43 0.40 0.11 0.29 0.09 0.57 0.11 0.18 0.23 0.37 0.22 0.19 0.12 0.48 0.47 0.51 0.50 0.13 0.76 0.73 0.83
N1 0.15 0.28 0.62 0.56 0.12 0.26 0.10 0.53 0.15 0.15 0.23 0.35 0.23 0.16 0.11 0.70 0.65 0.54 0.39 0.17 0.64 0.55 0.71
N3 0.24 0.30 0.64 0.83 0.19 0.28 0.18 0.25 0.26 0.21 0.31 0.34 0.25 0.18 0.20 0.50 0.78 0.31 0.53 0.30 0.52 0.69 0.42
O2 0.24 0.27 0.88 0.98 0.20 0.27 0.21 0.22 0.25 0.21 0.27 0.31 0.25 0.23 0.19 0.86 1.03 0.42 0.40 0.27 0.30 0.41 0.22
O2' 0.80 0.10 0.28 0.65 0.46 1.57 0.41 2.15 0.20 0.74 0.13 0.25 0.28 0.58 0.69 0.31 0.40 1.67 1.92 0.18 2.41 1.95 2.34
O3' 0.94 1.05 0.49 0.70 0.94 1.54 0.78 2.26 0.75 0.72 0.87 1.13 1.11 0.67 0.88 0.22 0.24 1.65 2.35 0.63 3.03 2.76 3.10
O4 0.27 0.31 0.46 0.71 0.21 0.33 0.19 0.36 0.28 0.29 0.35 0.35 0.25 0.24 0.24 0.29 0.62 0.24 0.64 0.33 0.77 0.95 0.67
O4' 0.68 0.18 1.31 1.13 0.35 0.30 0.23 0.34 0.16 0.42 0.15 0.16 0.34 0.28 0.51 1.60 1.43 0.14 0.37 0.21 0.95 0.96 1.00
O5' 0.76 1.09 1.35 1.55 0.34 0.82 0.51 0.24 0.95 0.42 1.25 1.39 0.57 0.29 0.39 1.70 2.22 0.40 0.18 1.06 0.76 1.35 0.97
OP1 0.90 1.50 1.31 1.77 0.47 1.27 0.63 0.80 1.20 0.63 1.65 2.04 0.84 0.40 0.49 1.65 2.68 0.75 0.31 1.34 0.51 1.31 0.69
OP2 0.99 1.37 1.42 2.04 0.37 1.47 0.56 1.21 1.20 0.77 1.64 1.80 0.67 0.45 0.61 1.45 2.62 0.90 0.91 1.39 0.59 0.41 0.31
P 1.13 1.20 1.63 2.12 0.30 1.49 0.45 1.03 1.01 0.78 1.41 1.65 0.54 0.42 0.68 1.86 2.92 0.94 0.59 1.18 0.20 0.82 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.08 0.02 0.08 0.12 0.09
C2 0.03 0.00 0.19 0.24 0.01 0.43 0.01 0.81 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.21 0.34 1.03 0.01 1.27 1.45 1.28
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.13 0.09 0.08 0.15 0.22 0.19 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.31 0.08 0.32 0.33 0.30
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.04 0.00 0.16 0.02 0.10 0.39 0.11 0.38 0.25 0.35 0.16 0.02 0.01 0.01 0.13 0.16 0.14 0.08 0.10
C4 0.01 0.01 0.10 0.04 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.14 0.18 0.32 0.01 0.35 0.38 0.36
C4' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.15 0.00 0.06 0.01 0.09 0.36 0.28 0.58 0.42 0.28 0.08 0.19 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.11 0.07 0.16 0.01 0.22 0.32 0.22
C5' 0.04 0.81 0.13 0.02 0.29 0.01 0.12 0.00 0.22 0.60 0.55 1.10 0.76 0.48 0.12 0.07 0.17 0.02 0.01 0.15 0.07 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.10 0.13 0.21 0.00 0.26 0.31 0.27
C8 0.02 0.02 0.08 0.39 0.01 0.36 0.01 0.60 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.28 0.17 0.21 0.83 0.02 0.94 1.10 0.98
N1 0.02 0.00 0.15 0.11 0.01 0.28 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.13 0.25 0.67 0.01 0.84 0.95 0.85
N2 0.04 0.01 0.22 0.38 0.01 0.58 0.02 1.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.27 0.42 1.42 0.02 1.85 2.13 1.83
N3 0.03 0.01 0.19 0.25 0.00 0.42 0.01 0.76 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.23 0.35 0.97 0.01 1.09 1.20 1.11
N7 0.01 0.02 0.05 0.35 0.00 0.28 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.17 0.12 0.71 0.02 0.87 1.07 0.88
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.14 0.02 0.19 0.02 0.21 0.30 0.24
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.20 0.19 0.28 0.07 0.30 0.28 0.24 0.19 0.16 0.32 0.18 0.00 0.09 0.15 0.26 0.34 0.29 0.39 0.28
O3' 0.26 0.21 0.04 0.01 0.14 0.03 0.11 0.17 0.10 0.17 0.13 0.27 0.23 0.17 0.14 0.09 0.00 0.16 0.22 0.11 0.27 0.21 0.22
O4' 0.00 0.34 0.03 0.01 0.18 0.00 0.07 0.02 0.13 0.21 0.25 0.42 0.35 0.12 0.02 0.15 0.16 0.00 0.09 0.08 0.09 0.14 0.11
O5' 0.08 1.03 0.31 0.13 0.32 0.02 0.16 0.01 0.21 0.83 0.67 1.42 0.97 0.71 0.19 0.26 0.22 0.09 0.00 0.15 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.34 0.11 0.08 0.15 0.00 0.24 0.32 0.22
OP1 0.08 1.27 0.32 0.14 0.35 0.06 0.22 0.07 0.26 0.94 0.84 1.85 1.09 0.87 0.21 0.29 0.27 0.09 0.03 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 1.45 0.33 0.08 0.38 0.09 0.32 0.14 0.31 1.10 0.95 2.13 1.20 1.07 0.30 0.39 0.21 0.14 0.02 0.32 0.01 0.00 0.01
P 0.09 1.28 0.30 0.10 0.36 0.02 0.22 0.01 0.27 0.98 0.85 1.83 1.11 0.88 0.24 0.28 0.22 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00