ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50792

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 4, 3, 7, 10, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.003, 0.011, 0.024, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.011 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.006, 0.014, 0.035, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.014 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.023, 0.058, 0.093, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.058 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.028, 0.098, 0.167, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.098 std_dev=0.069
N9 B 0, 0.234, 0.376, 0.518, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.376 std_dev=0.142
C5 B 0, 0.232, 0.379, 0.527, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.379 std_dev=0.148
N7 B 0, 0.185, 0.334, 0.482, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.334 std_dev=0.149
C8 B 0, 0.167, 0.319, 0.471, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.319 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.246, 0.400, 0.553, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.400 std_dev=0.154
C1' B 0, 0.407, 0.596, 0.785, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.596 std_dev=0.189
N3 B 0, 0.417, 0.616, 0.815, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.616 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.418, 0.629, 0.840, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.629 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.383, 0.610, 0.838, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.610 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.493, 0.739, 0.986, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.739 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.481, 0.743, 1.005, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.743 std_dev=0.262
O6 B 0, 0.485, 0.778, 1.072, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.778 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.451, 0.763, 1.076, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.763 std_dev=0.312
N2 B 0, 0.629, 0.960, 1.291, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.960 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.700, 1.071, 1.442, 1.651 max_d=1.651 avg_d=1.071 std_dev=0.371
C4' B 0, 0.319, 0.730, 1.141, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.730 std_dev=0.411
C5' B 0, 0.858, 1.349, 1.840, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.349 std_dev=0.491
O4' A 0, 0.576, 1.182, 1.787, 1.667 max_d=1.667 avg_d=1.182 std_dev=0.606
O2' B 0, 0.787, 1.396, 2.004, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.396 std_dev=0.608
C2' A 0, 0.620, 1.264, 1.908, 1.761 max_d=1.761 avg_d=1.264 std_dev=0.644
O5' B 0, 0.807, 1.574, 2.341, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.574 std_dev=0.767
O3' B 0, 1.141, 1.936, 2.730, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.936 std_dev=0.795
C3' A 0, 0.672, 1.582, 2.492, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.582 std_dev=0.910
C4' A 0, 0.895, 1.823, 2.752, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.823 std_dev=0.929
O2' A 0, 1.019, 1.961, 2.903, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.961 std_dev=0.942
O3' A 0, 0.759, 1.781, 2.804, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.781 std_dev=1.022
P B 0, 1.374, 2.488, 3.602, 3.802 max_d=3.802 avg_d=2.488 std_dev=1.114
OP2 B 0, 1.793, 3.008, 4.223, 4.355 max_d=4.355 avg_d=3.008 std_dev=1.215
O5' A 0, 1.439, 2.698, 3.957, 3.676 max_d=3.676 avg_d=2.698 std_dev=1.259
OP1 B 0, 1.933, 3.253, 4.573, 4.767 max_d=4.767 avg_d=3.253 std_dev=1.320
C5' A 0, 1.423, 2.768, 4.114, 3.785 max_d=3.785 avg_d=2.768 std_dev=1.345
OP2 A 0, 1.900, 3.392, 4.884, 4.597 max_d=4.597 avg_d=3.392 std_dev=1.492
P A 0, 1.877, 3.401, 4.924, 4.532 max_d=4.532 avg_d=3.401 std_dev=1.524
OP1 A 0, 2.345, 4.247, 6.149, 5.788 max_d=5.788 avg_d=4.247 std_dev=1.902

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.35 0.01 0.00 0.12 0.46 0.09 0.18
C2 0.02 0.00 0.21 0.17 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.25 0.02 0.24 0.08 0.66 0.26 0.22
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.21 0.19 0.03 0.17 0.35 0.00 0.07 0.07 0.07 0.48 0.63 0.60 0.56
C3' 0.07 0.17 0.00 0.00 0.34 0.00 0.37 0.03 0.32 0.20 0.25 0.07 0.06 0.01 0.38 0.02 0.11 0.25 0.18 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.12 0.01 0.02 0.38 0.96 0.72 0.56
C4' 0.07 0.14 0.01 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.31 0.11 0.10 0.31 0.30 0.04 0.15 0.00 0.01 0.13 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.13 0.37 0.01 0.29 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.53 0.15 0.02 0.18 0.54 1.08 0.81 0.72
C5' 0.10 0.18 0.21 0.03 0.18 0.01 0.37 0.00 0.37 0.11 0.12 0.37 0.11 0.20 0.19 0.07 0.01 0.06 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.19 0.32 0.01 0.31 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.53 0.11 0.02 0.25 0.48 0.93 0.59 0.60
N1 0.00 0.01 0.03 0.20 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.17 0.01 0.01 0.18 0.66 0.28 0.30
N3 0.01 0.00 0.17 0.25 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.16 0.02 0.17 0.18 0.79 0.47 0.34
O2 0.04 0.01 0.35 0.07 0.01 0.31 0.01 0.37 0.02 0.02 0.01 0.00 0.38 0.41 0.03 0.42 0.16 0.61 0.12 0.20
O2' 0.02 0.13 0.00 0.06 0.33 0.30 0.53 0.11 0.53 0.20 0.14 0.38 0.00 0.04 0.34 0.19 0.36 0.47 0.68 0.47
O3' 0.35 0.25 0.07 0.01 0.12 0.04 0.15 0.20 0.11 0.17 0.16 0.41 0.04 0.00 0.14 0.22 0.14 0.23 0.11 0.14
O4 0.01 0.02 0.07 0.38 0.01 0.15 0.02 0.19 0.02 0.01 0.02 0.03 0.34 0.14 0.00 0.02 0.42 1.00 0.83 0.61
O4' 0.00 0.24 0.07 0.02 0.02 0.00 0.18 0.07 0.25 0.01 0.17 0.42 0.19 0.22 0.02 0.00 0.17 0.22 0.21 0.18
O5' 0.12 0.08 0.48 0.11 0.38 0.01 0.54 0.01 0.48 0.18 0.18 0.16 0.36 0.14 0.42 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.66 0.63 0.25 0.96 0.13 1.08 0.06 0.93 0.66 0.79 0.61 0.47 0.23 1.00 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.26 0.60 0.18 0.72 0.08 0.81 0.16 0.59 0.28 0.47 0.12 0.68 0.11 0.83 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.22 0.56 0.16 0.56 0.04 0.72 0.01 0.60 0.30 0.34 0.20 0.47 0.14 0.61 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.17 0.59 0.09 0.43 0.10 0.54 0.16 0.07 0.16 0.14 0.10 0.08 0.09 0.64 0.71 0.26 0.94 0.21 1.41 1.52 1.26
C2 0.12 0.13 0.17 0.48 0.08 0.32 0.07 0.41 0.12 0.14 0.15 0.16 0.10 0.11 0.11 0.61 0.45 0.19 0.90 0.15 1.26 1.50 1.18
C2' 0.20 0.22 0.22 0.83 0.22 0.58 0.29 0.66 0.33 0.25 0.28 0.21 0.19 0.33 0.20 0.32 1.06 0.38 1.16 0.39 1.72 1.65 1.49
C3' 0.88 0.66 0.82 0.56 0.76 0.85 0.68 1.15 0.57 0.84 0.59 0.65 0.74 0.71 0.85 1.13 0.62 0.95 0.81 0.47 1.06 0.99 0.90
C4 0.09 0.11 0.19 0.33 0.08 0.20 0.11 0.26 0.12 0.14 0.11 0.13 0.09 0.15 0.10 0.54 0.39 0.13 0.65 0.15 0.87 1.15 0.83
C4' 0.84 0.39 0.92 0.77 0.54 0.97 0.39 1.29 0.25 0.66 0.27 0.38 0.53 0.44 0.70 1.28 0.81 0.94 0.94 0.19 0.88 0.90 0.87
C5 0.10 0.12 0.17 0.35 0.10 0.23 0.11 0.28 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.10 0.59 0.36 0.14 0.57 0.14 0.81 1.03 0.75
C5' 1.16 0.55 1.27 1.19 0.73 1.39 0.52 1.74 0.32 0.85 0.37 0.54 0.74 0.57 0.94 1.57 1.13 1.30 1.41 0.17 1.01 1.06 1.16
C6 0.12 0.12 0.17 0.46 0.09 0.32 0.10 0.38 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12 0.09 0.64 0.47 0.19 0.69 0.15 1.00 1.17 0.91
N1 0.12 0.12 0.16 0.51 0.08 0.36 0.08 0.44 0.13 0.09 0.14 0.13 0.10 0.07 0.09 0.64 0.53 0.21 0.85 0.17 1.23 1.41 1.13
N3 0.10 0.13 0.17 0.39 0.08 0.25 0.10 0.33 0.11 0.15 0.13 0.16 0.10 0.15 0.10 0.57 0.38 0.15 0.79 0.15 1.08 1.36 1.03
O2 0.13 0.15 0.16 0.50 0.10 0.34 0.10 0.45 0.15 0.16 0.17 0.18 0.12 0.13 0.12 0.61 0.48 0.21 0.98 0.18 1.41 1.64 1.31
O2' 0.82 0.51 0.89 1.51 0.60 1.16 0.49 1.00 0.39 0.68 0.42 0.51 0.60 0.51 0.71 0.50 1.71 0.89 1.82 0.34 2.47 2.38 2.22
O3' 0.79 0.45 0.79 0.51 0.56 0.85 0.47 1.21 0.39 0.68 0.39 0.44 0.54 0.51 0.69 1.03 0.56 0.92 0.69 0.37 0.96 0.79 0.76
O4 0.11 0.13 0.18 0.25 0.13 0.15 0.18 0.22 0.20 0.16 0.17 0.14 0.11 0.19 0.13 0.47 0.50 0.14 0.56 0.23 0.72 1.04 0.72
O4' 0.54 0.18 0.64 0.53 0.28 0.62 0.16 0.89 0.16 0.36 0.15 0.18 0.28 0.18 0.41 1.15 0.61 0.58 0.69 0.26 0.89 1.03 0.83
O5' 1.36 0.85 1.45 1.35 0.98 1.53 0.76 1.81 0.58 1.00 0.66 0.86 1.01 0.74 1.14 1.73 1.23 1.47 1.53 0.40 1.06 1.14 1.25
OP1 1.83 1.34 1.94 1.98 1.39 2.11 1.12 2.38 0.99 1.28 1.12 1.40 1.50 1.02 1.52 2.09 1.77 1.98 2.25 0.80 1.65 1.68 1.87
OP2 1.72 1.35 1.79 1.78 1.36 1.83 1.09 1.97 0.98 1.18 1.13 1.42 1.49 0.96 1.44 2.06 1.52 1.78 1.83 0.79 1.23 1.28 1.47
P 1.62 1.09 1.72 1.76 1.18 1.86 0.92 2.09 0.75 1.13 0.87 1.13 1.26 0.86 1.34 1.97 1.65 1.75 1.91 0.55 1.32 1.39 1.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.36 0.01 0.28 0.02 0.45 0.39 0.30
C2 0.05 0.00 0.13 0.13 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.74 0.14 0.53 0.01 0.52 0.77 0.52
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.22 0.07 0.07 0.11 0.16 0.12 0.05 0.02 0.00 0.06 0.03 0.15 0.07 0.50 0.34 0.27
C3' 0.03 0.13 0.01 0.00 0.11 0.01 0.23 0.02 0.20 0.40 0.10 0.22 0.13 0.39 0.18 0.02 0.01 0.03 0.07 0.26 0.50 0.30 0.23
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.42 0.08 0.63 0.01 0.71 0.86 0.65
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.17 0.08 0.17 0.12 0.15 0.06 0.30 0.04 0.01 0.01 0.10 0.27 0.16 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.23 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.24 0.04 0.83 0.01 0.97 1.17 0.92
C5' 0.10 0.20 0.22 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.18 0.15 0.19 0.22 0.18 0.17 0.10 0.10 0.23 0.02 0.01 0.20 0.33 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.20 0.01 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.34 0.07 0.84 0.01 0.98 1.22 0.94
C8 0.01 0.01 0.07 0.40 0.01 0.17 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.21 0.08 0.86 0.02 1.08 1.14 0.99
N1 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.56 0.11 0.70 0.01 0.75 1.02 0.74
N2 0.06 0.01 0.16 0.22 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.92 0.17 0.43 0.02 0.37 0.64 0.38
N3 0.05 0.00 0.12 0.13 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.27 0.72 0.14 0.46 0.01 0.47 0.66 0.43
N7 0.01 0.01 0.05 0.39 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.19 0.05 0.95 0.03 1.19 1.35 1.12
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.22 0.01 0.61 0.01 0.74 0.79 0.64
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.27 0.30 0.34 0.10 0.36 0.29 0.35 0.31 0.27 0.35 0.21 0.00 0.06 0.17 0.13 0.39 0.58 0.38 0.31
O3' 0.36 0.74 0.06 0.01 0.42 0.04 0.24 0.23 0.34 0.21 0.56 0.92 0.72 0.19 0.22 0.06 0.00 0.23 0.23 0.26 0.74 0.46 0.37
O4' 0.01 0.14 0.03 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.11 0.17 0.14 0.05 0.01 0.17 0.23 0.00 0.31 0.06 0.37 0.23 0.21
O5' 0.28 0.53 0.15 0.07 0.63 0.01 0.83 0.01 0.84 0.86 0.70 0.43 0.46 0.95 0.61 0.13 0.23 0.31 0.00 0.95 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.26 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.39 0.26 0.06 0.95 0.00 1.14 1.41 1.10
OP1 0.45 0.52 0.50 0.50 0.71 0.27 0.97 0.33 0.98 1.08 0.75 0.37 0.47 1.19 0.74 0.58 0.74 0.37 0.03 1.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.77 0.34 0.30 0.86 0.16 1.17 0.32 1.22 1.14 1.02 0.64 0.66 1.35 0.79 0.38 0.46 0.23 0.02 1.41 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.52 0.27 0.23 0.65 0.07 0.92 0.01 0.94 0.99 0.74 0.38 0.43 1.12 0.64 0.31 0.37 0.21 0.01 1.10 0.01 0.01 0.00