ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50793

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 7, 6, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.014, 0.040, 0.067, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O4 A 0, -0.001, 0.064, 0.130, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.064 std_dev=0.065
C5 B 0, 0.142, 0.275, 0.407, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.275 std_dev=0.133
N7 B 0, 0.194, 0.345, 0.495, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.345 std_dev=0.151
C8 B 0, 0.209, 0.362, 0.514, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.362 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.108, 0.265, 0.422, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.265 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.117, 0.288, 0.458, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.288 std_dev=0.170
N9 B 0, 0.156, 0.333, 0.510, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.333 std_dev=0.177
O6 B 0, 0.126, 0.311, 0.496, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.311 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.094, 0.288, 0.481, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.288 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.059, 0.318, 0.577, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.318 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.045, 0.311, 0.577, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.311 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.118, 0.396, 0.673, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.396 std_dev=0.278
N2 B 0, 0.040, 0.395, 0.751, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.395 std_dev=0.356
O4' B 0, -0.162, 0.545, 1.252, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.545 std_dev=0.707
O4' A 0, -0.444, 0.380, 1.204, 2.684 max_d=2.684 avg_d=0.380 std_dev=0.824
C2' A 0, -0.445, 0.393, 1.230, 2.765 max_d=2.765 avg_d=0.393 std_dev=0.838
O2' A 0, -0.473, 0.469, 1.411, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.469 std_dev=0.942
C2' B 0, -0.375, 0.735, 1.845, 4.018 max_d=4.018 avg_d=0.735 std_dev=1.110
C4' B 0, -0.422, 0.707, 1.835, 4.132 max_d=4.132 avg_d=0.707 std_dev=1.128
C4' A 0, -0.604, 0.547, 1.698, 3.819 max_d=3.819 avg_d=0.547 std_dev=1.151
C3' A 0, -0.684, 0.611, 1.906, 4.306 max_d=4.306 avg_d=0.611 std_dev=1.295
C3' B 0, -0.579, 0.805, 2.189, 5.093 max_d=5.093 avg_d=0.805 std_dev=1.384
O2' B 0, -0.530, 1.064, 2.658, 5.386 max_d=5.386 avg_d=1.064 std_dev=1.594
O3' B 0, -0.622, 0.985, 2.592, 5.955 max_d=5.955 avg_d=0.985 std_dev=1.607
O3' A 0, -0.911, 0.850, 2.611, 5.976 max_d=5.976 avg_d=0.850 std_dev=1.761
C5' A 0, -1.112, 0.951, 3.014, 6.753 max_d=6.753 avg_d=0.951 std_dev=2.063
C5' B 0, -1.022, 1.055, 3.131, 6.706 max_d=6.706 avg_d=1.055 std_dev=2.076
O5' A 0, -1.287, 1.093, 3.473, 7.782 max_d=7.782 avg_d=1.093 std_dev=2.380
O5' B 0, -1.310, 1.244, 3.798, 8.547 max_d=8.547 avg_d=1.244 std_dev=2.554
P A 0, -1.838, 1.495, 4.828, 10.637 max_d=10.637 avg_d=1.495 std_dev=3.333
OP2 A 0, -1.861, 1.607, 5.075, 11.086 max_d=11.086 avg_d=1.607 std_dev=3.468
P B 0, -1.914, 1.612, 5.139, 11.216 max_d=11.216 avg_d=1.612 std_dev=3.527
OP2 B 0, -1.982, 1.681, 5.343, 11.573 max_d=11.573 avg_d=1.681 std_dev=3.662
OP1 A 0, -2.176, 1.754, 5.685, 12.683 max_d=12.683 avg_d=1.754 std_dev=3.931
OP1 B 0, -2.251, 1.938, 6.127, 13.345 max_d=13.345 avg_d=1.938 std_dev=4.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.17 0.08
C2 0.01 0.00 0.09 0.24 0.01 0.33 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.21 0.01 0.29 0.54 0.59 0.67 0.59
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.06 0.17 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.15 0.15 0.13
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.07 0.00 0.16 0.02 0.21 0.04 0.19 0.43 0.02 0.01 0.09 0.01 0.21 0.21 0.16 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.02 0.20 0.26 0.24 0.21
C4' 0.00 0.33 0.01 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.31 0.02 0.24 0.63 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.09 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.16 0.00 0.25 0.00 0.43 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.01 0.23 0.66 0.75 0.88 0.80
C5' 0.01 0.51 0.01 0.02 0.09 0.00 0.43 0.00 0.50 0.04 0.40 0.99 0.04 0.02 0.10 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.21 0.01 0.31 0.00 0.50 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.17 0.01 0.30 0.71 0.75 0.84 0.80
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.13 0.13 0.17 0.12
N3 0.01 0.00 0.06 0.19 0.01 0.24 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.19 0.01 0.19 0.40 0.49 0.54 0.46
O2 0.02 0.00 0.17 0.43 0.01 0.63 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.00 0.38 0.37 0.01 0.53 1.12 1.20 1.34 1.24
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.04 0.04 0.16 0.04 0.19 0.02 0.14 0.38 0.00 0.04 0.04 0.03 0.07 0.12 0.13 0.06
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.17 0.04 0.19 0.37 0.04 0.00 0.11 0.01 0.21 0.27 0.18 0.18
O4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.02 0.19 0.27 0.22 0.19
O4' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.02 0.00 0.23 0.01 0.30 0.01 0.19 0.53 0.03 0.01 0.02 0.00 0.10 0.09 0.23 0.12
O5' 0.06 0.54 0.15 0.21 0.20 0.01 0.66 0.01 0.71 0.13 0.40 1.12 0.07 0.21 0.19 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.59 0.15 0.21 0.26 0.09 0.75 0.10 0.75 0.13 0.49 1.20 0.12 0.27 0.27 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.67 0.15 0.16 0.24 0.13 0.88 0.16 0.84 0.17 0.54 1.34 0.13 0.18 0.22 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.59 0.13 0.17 0.21 0.03 0.80 0.01 0.80 0.12 0.46 1.24 0.06 0.18 0.19 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.29 0.62 0.42 0.14 0.50 0.12 1.00 0.13 0.14 0.20 0.39 0.26 0.16 0.11 1.01 0.62 0.65 1.00 0.13 1.40 1.31 1.48
C2 0.18 0.21 0.70 0.77 0.13 0.30 0.10 0.39 0.09 0.16 0.13 0.26 0.21 0.19 0.13 0.79 0.83 0.45 0.20 0.13 0.27 0.21 0.38
C2' 0.66 0.30 0.19 0.46 0.56 1.28 0.51 1.86 0.37 0.67 0.27 0.19 0.45 0.59 0.66 0.38 0.13 1.43 1.86 0.32 2.18 2.05 2.29
C3' 0.54 0.72 0.32 0.51 0.63 1.16 0.55 1.85 0.54 0.49 0.62 0.75 0.73 0.48 0.57 0.36 0.39 1.24 1.98 0.48 2.47 2.46 2.63
C4 0.15 0.14 0.45 0.66 0.10 0.27 0.08 0.34 0.06 0.15 0.10 0.18 0.14 0.16 0.13 0.40 0.67 0.28 0.17 0.13 0.16 0.14 0.23
C4' 0.42 0.36 0.87 0.77 0.23 0.66 0.19 1.21 0.26 0.26 0.36 0.47 0.28 0.19 0.29 1.27 1.14 0.64 1.30 0.27 1.96 1.91 2.02
C5 0.12 0.15 0.36 0.46 0.09 0.26 0.10 0.50 0.08 0.14 0.10 0.20 0.13 0.15 0.11 0.40 0.52 0.37 0.51 0.12 0.74 0.76 0.83
C5' 0.74 0.62 1.20 1.26 0.34 0.88 0.27 1.10 0.38 0.54 0.61 0.89 0.42 0.35 0.53 1.52 1.76 0.70 1.15 0.39 1.82 1.87 1.85
C6 0.12 0.19 0.40 0.39 0.10 0.36 0.11 0.73 0.11 0.13 0.14 0.26 0.16 0.15 0.10 0.56 0.50 0.49 0.80 0.13 1.13 1.15 1.22
N1 0.14 0.23 0.57 0.52 0.12 0.35 0.11 0.69 0.10 0.14 0.16 0.31 0.21 0.16 0.11 0.78 0.64 0.54 0.66 0.12 0.93 0.90 1.04
N3 0.18 0.17 0.61 0.80 0.12 0.33 0.09 0.35 0.09 0.15 0.11 0.21 0.17 0.18 0.14 0.57 0.82 0.32 0.24 0.15 0.20 0.24 0.11
O2 0.22 0.22 0.86 0.93 0.15 0.34 0.13 0.34 0.11 0.19 0.14 0.27 0.23 0.22 0.15 0.98 1.02 0.47 0.20 0.14 0.17 0.18 0.16
O2' 0.69 0.19 0.25 0.61 0.43 1.49 0.41 2.12 0.24 0.70 0.18 0.35 0.26 0.58 0.64 0.58 0.39 1.54 2.00 0.21 2.42 2.10 2.42
O3' 0.84 0.86 0.57 0.86 0.82 1.60 0.69 2.42 0.64 0.69 0.71 0.90 0.93 0.63 0.80 0.08 0.35 1.56 2.58 0.55 3.26 3.01 3.34
O4 0.18 0.14 0.44 0.72 0.12 0.34 0.09 0.41 0.09 0.16 0.13 0.17 0.14 0.15 0.15 0.29 0.70 0.20 0.32 0.14 0.31 0.37 0.20
O4' 0.72 0.32 1.23 1.04 0.45 0.54 0.30 0.78 0.19 0.46 0.21 0.32 0.47 0.33 0.56 1.58 1.31 0.46 0.77 0.14 1.29 1.25 1.36
O5' 0.97 0.87 1.43 1.63 0.44 1.17 0.35 1.12 0.55 0.71 0.87 1.22 0.57 0.43 0.70 1.60 2.12 0.90 1.08 0.57 1.51 1.66 1.56
OP1 1.14 1.13 1.50 1.90 0.50 1.57 0.37 1.44 0.68 0.86 1.12 1.65 0.73 0.50 0.79 1.72 2.64 1.18 1.31 0.72 1.68 1.75 1.62
OP2 1.10 1.23 1.43 2.00 0.48 1.59 0.41 1.45 0.81 0.94 1.31 1.73 0.71 0.57 0.80 1.42 2.55 1.14 1.28 0.88 1.31 1.13 1.18
P 1.27 1.00 1.67 2.11 0.52 1.66 0.40 1.44 0.63 1.00 1.05 1.47 0.62 0.62 0.92 1.81 2.79 1.24 1.26 0.68 1.41 1.40 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.00 0.21 0.01 0.21 0.24 0.21
C2 0.02 0.00 0.24 0.25 0.01 0.40 0.01 0.77 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.14 0.30 1.19 0.01 1.47 1.74 1.52
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.11 0.01 0.04 0.13 0.09 0.14 0.18 0.30 0.25 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.36 0.06 0.37 0.47 0.39
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.17 0.41 0.14 0.37 0.25 0.38 0.18 0.01 0.01 0.01 0.08 0.22 0.15 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.11 0.10 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.07 0.15 0.49 0.01 0.55 0.63 0.59
C4' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.13 0.00 0.07 0.00 0.08 0.37 0.25 0.54 0.39 0.29 0.09 0.20 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.05 0.06 0.21 0.01 0.24 0.28 0.26
C5' 0.05 0.77 0.13 0.01 0.27 0.00 0.16 0.00 0.21 0.63 0.52 1.06 0.73 0.52 0.16 0.06 0.13 0.02 0.01 0.18 0.13 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.17 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.05 0.11 0.37 0.00 0.47 0.54 0.50
C8 0.01 0.01 0.14 0.41 0.00 0.37 0.00 0.63 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.18 0.69 0.01 0.75 0.88 0.77
N1 0.02 0.00 0.18 0.14 0.01 0.25 0.00 0.52 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.05 0.22 0.83 0.00 1.07 1.25 1.10
N2 0.03 0.00 0.30 0.37 0.01 0.54 0.01 1.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.21 0.36 1.57 0.01 2.05 2.44 2.08
N3 0.02 0.00 0.25 0.25 0.00 0.39 0.00 0.73 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.30 1.12 0.01 1.27 1.48 1.34
N7 0.01 0.01 0.09 0.38 0.00 0.29 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.14 0.10 0.55 0.01 0.65 0.79 0.65
N9 0.00 0.01 0.02 0.18 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.06 0.01 0.19 0.01 0.20 0.24 0.21
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.18 0.20 0.25 0.06 0.27 0.22 0.23 0.15 0.14 0.26 0.15 0.00 0.05 0.16 0.24 0.30 0.25 0.49 0.30
O3' 0.23 0.14 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.13 0.05 0.11 0.05 0.21 0.18 0.14 0.06 0.05 0.00 0.15 0.20 0.10 0.30 0.22 0.23
O4' 0.00 0.30 0.01 0.01 0.15 0.00 0.06 0.02 0.11 0.18 0.22 0.36 0.30 0.10 0.01 0.16 0.15 0.00 0.14 0.07 0.14 0.13 0.13
O5' 0.21 1.19 0.36 0.08 0.49 0.01 0.21 0.01 0.37 0.69 0.83 1.57 1.12 0.55 0.19 0.24 0.20 0.14 0.00 0.23 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.22 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.10 0.07 0.23 0.00 0.29 0.33 0.31
OP1 0.21 1.47 0.37 0.15 0.55 0.08 0.24 0.13 0.47 0.75 1.07 2.05 1.27 0.65 0.20 0.25 0.30 0.14 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 1.74 0.47 0.08 0.63 0.07 0.28 0.14 0.54 0.88 1.25 2.44 1.48 0.79 0.24 0.49 0.22 0.13 0.02 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.21 1.52 0.39 0.08 0.59 0.02 0.26 0.01 0.50 0.77 1.10 2.08 1.34 0.65 0.21 0.30 0.23 0.13 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00