ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50794

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 6, 3, 1, 4, 2, 1, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.038 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.023, 0.069, 0.115, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.069 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.066, 0.170, 0.274, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.170 std_dev=0.104
C5 B 0, 0.142, 0.325, 0.507, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.325 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.122, 0.343, 0.564, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.343 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.134, 0.369, 0.604, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.369 std_dev=0.235
N7 B 0, 0.104, 0.373, 0.643, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.373 std_dev=0.270
N9 B 0, 0.124, 0.405, 0.687, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.405 std_dev=0.281
O6 B 0, 0.142, 0.444, 0.747, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.444 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.095, 0.403, 0.711, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.403 std_dev=0.308
C8 B 0, 0.111, 0.422, 0.734, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.422 std_dev=0.311
N1 B 0, 0.099, 0.417, 0.735, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.417 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.073, 0.427, 0.781, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.427 std_dev=0.354
C2' A 0, -0.011, 0.352, 0.715, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.352 std_dev=0.363
O4' A 0, -0.035, 0.346, 0.727, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.346 std_dev=0.381
C1' B 0, 0.130, 0.523, 0.916, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.523 std_dev=0.393
O5' A 0, 0.212, 0.669, 1.127, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.669 std_dev=0.457
C2' B 0, 0.090, 0.561, 1.032, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.561 std_dev=0.471
O4' B 0, 0.141, 0.627, 1.113, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.627 std_dev=0.486
N2 B 0, 0.012, 0.523, 1.034, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.523 std_dev=0.511
C3' B 0, 0.103, 0.637, 1.171, 2.452 max_d=2.452 avg_d=0.637 std_dev=0.534
P A 0, 0.256, 0.802, 1.348, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.802 std_dev=0.546
C4' A 0, 0.023, 0.572, 1.122, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.572 std_dev=0.549
C4' B 0, 0.148, 0.711, 1.274, 2.716 max_d=2.716 avg_d=0.711 std_dev=0.563
O2' B 0, 0.109, 0.681, 1.252, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.681 std_dev=0.572
O5' B 0, 0.189, 0.800, 1.411, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.800 std_dev=0.611
C5' B 0, 0.211, 0.851, 1.491, 3.080 max_d=3.080 avg_d=0.851 std_dev=0.640
C3' A 0, -0.044, 0.614, 1.272, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.614 std_dev=0.658
O3' B 0, 0.109, 0.773, 1.437, 2.832 max_d=2.832 avg_d=0.773 std_dev=0.664
OP2 A 0, 0.263, 0.929, 1.595, 2.860 max_d=2.860 avg_d=0.929 std_dev=0.666
OP1 A 0, 0.418, 1.088, 1.758, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.088 std_dev=0.670
O2' A 0, 0.125, 0.810, 1.496, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.810 std_dev=0.686
OP2 B 0, 0.244, 0.949, 1.654, 2.912 max_d=2.912 avg_d=0.949 std_dev=0.705
C5' A 0, 0.088, 0.801, 1.514, 3.267 max_d=3.267 avg_d=0.801 std_dev=0.713
P B 0, 0.158, 0.899, 1.641, 3.194 max_d=3.194 avg_d=0.899 std_dev=0.742
OP1 B 0, 0.185, 1.025, 1.865, 3.695 max_d=3.695 avg_d=1.025 std_dev=0.840
O3' A 0, -0.095, 0.991, 2.076, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.991 std_dev=1.085

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.26 0.03 0.01 0.34 0.34 0.39 0.28
C2 0.02 0.00 0.17 0.19 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.24 0.02 0.10 0.35 0.27 0.45 0.30
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.03 0.16 0.20 0.19 0.05 0.12 0.30 0.00 0.07 0.08 0.03 0.55 0.56 0.59 0.52
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.33 0.00 0.38 0.04 0.34 0.19 0.26 0.20 0.02 0.01 0.35 0.01 0.28 0.31 0.30 0.21
C4 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.35 0.24 0.01 0.06 0.35 0.26 0.54 0.34
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.18 0.08 0.10 0.09 0.25 0.03 0.17 0.01 0.02 0.24 0.26 0.07
C5 0.02 0.01 0.16 0.38 0.01 0.20 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.33 0.01 0.10 0.36 0.28 0.55 0.36
C5' 0.09 0.11 0.20 0.04 0.19 0.01 0.19 0.00 0.15 0.09 0.14 0.12 0.06 0.17 0.22 0.02 0.01 0.21 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.18 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.29 0.02 0.12 0.37 0.28 0.50 0.34
N1 0.01 0.01 0.05 0.19 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.16 0.02 0.02 0.36 0.28 0.45 0.31
N3 0.02 0.01 0.12 0.26 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.20 0.01 0.08 0.35 0.24 0.49 0.31
O2 0.03 0.01 0.30 0.20 0.02 0.09 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.32 0.41 0.02 0.17 0.35 0.30 0.42 0.28
O2' 0.03 0.24 0.00 0.02 0.35 0.25 0.38 0.06 0.34 0.20 0.29 0.32 0.00 0.10 0.38 0.16 0.35 0.48 0.60 0.40
O3' 0.26 0.24 0.07 0.01 0.24 0.03 0.33 0.17 0.29 0.16 0.20 0.41 0.10 0.00 0.26 0.18 0.35 0.43 0.47 0.36
O4 0.03 0.02 0.08 0.35 0.01 0.17 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.02 0.38 0.26 0.00 0.08 0.35 0.27 0.56 0.36
O4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.08 0.17 0.16 0.18 0.08 0.00 0.23 0.31 0.36 0.23
O5' 0.34 0.35 0.55 0.28 0.35 0.02 0.36 0.01 0.37 0.36 0.35 0.35 0.35 0.35 0.35 0.23 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.34 0.27 0.56 0.31 0.26 0.24 0.28 0.21 0.28 0.28 0.24 0.30 0.48 0.43 0.27 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.45 0.59 0.30 0.54 0.26 0.55 0.24 0.50 0.45 0.49 0.42 0.60 0.47 0.56 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.30 0.52 0.21 0.34 0.07 0.36 0.02 0.34 0.31 0.31 0.28 0.40 0.36 0.36 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.36 0.23 0.16 0.21 0.16 0.15 0.14 0.20 0.12 0.26 0.48 0.33 0.16 0.18 0.31 0.19 0.18 0.16 0.32 0.22 0.31 0.20
C2 0.28 0.27 0.30 0.25 0.20 0.24 0.14 0.20 0.22 0.15 0.23 0.35 0.29 0.14 0.21 0.36 0.28 0.24 0.19 0.32 0.19 0.28 0.19
C2' 0.22 0.36 0.20 0.16 0.24 0.19 0.28 0.23 0.34 0.27 0.30 0.51 0.31 0.34 0.22 0.28 0.16 0.22 0.29 0.50 0.32 0.40 0.33
C3' 0.41 0.42 0.39 0.45 0.40 0.47 0.48 0.56 0.45 0.55 0.38 0.56 0.39 0.60 0.44 0.41 0.45 0.46 0.63 0.59 0.77 0.89 0.77
C4 0.24 0.20 0.23 0.22 0.18 0.21 0.16 0.22 0.17 0.22 0.19 0.24 0.20 0.20 0.22 0.25 0.22 0.21 0.23 0.21 0.24 0.33 0.26
C4' 0.27 0.35 0.23 0.24 0.29 0.28 0.35 0.35 0.35 0.38 0.32 0.47 0.32 0.43 0.30 0.29 0.23 0.31 0.41 0.47 0.56 0.67 0.55
C5 0.17 0.25 0.16 0.13 0.18 0.13 0.15 0.14 0.15 0.15 0.21 0.28 0.23 0.16 0.16 0.20 0.14 0.14 0.17 0.17 0.24 0.32 0.23
C5' 0.35 0.44 0.28 0.29 0.38 0.34 0.42 0.39 0.45 0.44 0.45 0.52 0.39 0.48 0.37 0.31 0.29 0.38 0.42 0.53 0.61 0.68 0.58
C6 0.18 0.31 0.17 0.13 0.19 0.12 0.14 0.13 0.17 0.12 0.26 0.37 0.28 0.13 0.15 0.22 0.14 0.14 0.17 0.21 0.24 0.32 0.22
N1 0.22 0.32 0.22 0.17 0.20 0.16 0.13 0.14 0.19 0.12 0.24 0.41 0.30 0.13 0.17 0.29 0.18 0.17 0.15 0.30 0.20 0.29 0.19
N3 0.30 0.22 0.31 0.28 0.19 0.27 0.15 0.25 0.21 0.20 0.23 0.28 0.24 0.17 0.23 0.35 0.31 0.26 0.24 0.28 0.24 0.31 0.24
O2 0.32 0.27 0.34 0.29 0.21 0.29 0.15 0.24 0.24 0.16 0.25 0.38 0.30 0.14 0.23 0.43 0.34 0.28 0.20 0.36 0.19 0.27 0.19
O2' 0.78 0.93 0.69 0.63 0.80 0.70 0.77 0.68 0.81 0.72 0.90 1.00 0.87 0.73 0.76 0.73 0.58 0.77 0.66 0.81 0.57 0.56 0.60
O3' 0.41 0.47 0.37 0.44 0.43 0.49 0.56 0.62 0.54 0.64 0.42 0.68 0.42 0.73 0.47 0.41 0.41 0.50 0.73 0.74 0.90 1.08 0.92
O4 0.29 0.20 0.27 0.29 0.22 0.29 0.22 0.31 0.19 0.32 0.20 0.24 0.18 0.28 0.29 0.25 0.26 0.29 0.33 0.20 0.32 0.40 0.34
O4' 0.20 0.30 0.19 0.13 0.19 0.15 0.20 0.17 0.22 0.22 0.22 0.43 0.28 0.26 0.18 0.27 0.14 0.18 0.22 0.34 0.35 0.46 0.34
O5' 0.39 0.58 0.36 0.35 0.44 0.34 0.42 0.38 0.48 0.39 0.58 0.67 0.51 0.40 0.39 0.39 0.37 0.36 0.43 0.48 0.55 0.58 0.50
OP1 0.31 0.56 0.27 0.37 0.39 0.37 0.40 0.51 0.50 0.35 0.60 0.66 0.46 0.38 0.33 0.25 0.43 0.31 0.61 0.54 0.76 0.74 0.69
OP2 0.47 0.64 0.49 0.59 0.53 0.53 0.54 0.61 0.63 0.46 0.68 0.68 0.57 0.48 0.48 0.46 0.67 0.44 0.71 0.69 0.74 0.69 0.68
P 0.33 0.55 0.31 0.38 0.40 0.35 0.41 0.44 0.50 0.34 0.58 0.62 0.47 0.36 0.34 0.30 0.45 0.30 0.53 0.53 0.62 0.58 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.19 0.08
C2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.17 0.04 0.13 0.01 0.10 0.20 0.12
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.10 0.15 0.13 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.11 0.17 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.13 0.10 0.14 0.11 0.12 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.14 0.14 0.06
C4 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.15 0.02 0.11 0.20 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.09 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.11 0.12 0.03
C5 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.21 0.02 0.15 0.21 0.16
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.05 0.16 0.08 0.06 0.05 0.02 0.01 0.14 0.12 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.11 0.04 0.21 0.01 0.16 0.22 0.17
C8 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.04 0.23 0.03 0.16 0.19 0.15
N1 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.14 0.04 0.17 0.01 0.14 0.21 0.15
N2 0.04 0.01 0.15 0.14 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.21 0.22 0.05 0.11 0.02 0.09 0.20 0.11
N3 0.03 0.01 0.13 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.16 0.04 0.12 0.01 0.09 0.20 0.10
N7 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.14 0.04 0.25 0.03 0.19 0.22 0.19
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.15 0.02 0.10 0.19 0.11
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.05 0.14 0.21 0.16 0.04 0.03 0.00 0.06 0.05 0.04 0.10 0.16 0.15 0.05
O3' 0.02 0.17 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.05 0.11 0.14 0.14 0.22 0.16 0.14 0.05 0.06 0.00 0.02 0.10 0.12 0.25 0.18 0.13
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.09 0.05 0.08 0.21 0.11
O5' 0.08 0.13 0.04 0.05 0.15 0.01 0.21 0.01 0.21 0.23 0.17 0.11 0.12 0.25 0.15 0.04 0.10 0.09 0.00 0.24 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02 0.07 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.10 0.12 0.05 0.24 0.00 0.19 0.24 0.20
OP1 0.07 0.10 0.11 0.14 0.11 0.11 0.15 0.12 0.16 0.16 0.14 0.09 0.09 0.19 0.10 0.16 0.25 0.08 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.20 0.17 0.14 0.20 0.12 0.21 0.05 0.22 0.19 0.21 0.20 0.20 0.22 0.19 0.15 0.18 0.21 0.02 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.05 0.06 0.12 0.03 0.16 0.02 0.17 0.15 0.15 0.11 0.10 0.19 0.11 0.05 0.13 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00