ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50795

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 7, 3, 1, 1, 1, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.002, 0.025, 0.049, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.025 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.008, 0.056, 0.104, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.056 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.052, 0.140, 0.229, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.140 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.049, 0.145, 0.241, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.145 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.096, 0.252, 0.408, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.252 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.070, 0.234, 0.398, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.234 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.045, 0.210, 0.374, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.210 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.167, 0.344, 0.521, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.344 std_dev=0.177
C3' B 0, 0.211, 0.397, 0.583, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.397 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.024, 0.232, 0.440, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.232 std_dev=0.208
C4' B 0, 0.231, 0.444, 0.658, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.444 std_dev=0.213
O3' B 0, 0.276, 0.497, 0.718, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.497 std_dev=0.221
C5' B 0, 0.241, 0.467, 0.692, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.467 std_dev=0.226
O5' B 0, 0.162, 0.405, 0.649, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.405 std_dev=0.244
P B 0, 0.158, 0.423, 0.687, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.423 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.149, 0.417, 0.686, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.417 std_dev=0.269
P A 0, 0.193, 0.465, 0.736, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.465 std_dev=0.272
C8 B 0, 0.121, 0.394, 0.668, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.394 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.211, 0.486, 0.760, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.486 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.224, 0.500, 0.776, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.500 std_dev=0.276
O6 B 0, 0.262, 0.541, 0.821, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.541 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.125, 0.405, 0.686, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.405 std_dev=0.281
OP2 B 0, 0.321, 0.603, 0.884, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.603 std_dev=0.282
O4' B 0, 0.180, 0.466, 0.752, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.466 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.128, 0.415, 0.701, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.415 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.092, 0.387, 0.682, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.387 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.270, 0.571, 0.871, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.571 std_dev=0.301
N9 B 0, 0.078, 0.381, 0.684, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.381 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.104, 0.411, 0.718, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.411 std_dev=0.307
C1' B 0, 0.110, 0.422, 0.734, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.422 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.237, 0.568, 0.900, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.568 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.157, 0.490, 0.823, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.490 std_dev=0.333
O2' B 0, 0.163, 0.522, 0.881, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.522 std_dev=0.359
N2 B 0, 0.294, 0.681, 1.068, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.681 std_dev=0.387
OP1 A 0, 0.401, 0.815, 1.228, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.815 std_dev=0.414
OP2 A 0, 0.264, 0.686, 1.109, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.686 std_dev=0.423

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.31 0.12 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.05 0.14 0.49 0.09 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.15 0.28 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.31 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.00 0.04 0.22 0.66 0.17 0.30
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.08 0.04 0.01 0.03 0.11 0.01 0.01 0.10 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.04 0.23 0.65 0.20 0.31
C5' 0.04 0.14 0.03 0.03 0.24 0.00 0.26 0.00 0.22 0.14 0.19 0.10 0.02 0.04 0.25 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.20 0.54 0.14 0.25
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.13 0.45 0.09 0.17
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.01 0.04 0.18 0.59 0.11 0.25
O2 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.01 0.07 0.10 0.44 0.11 0.14
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.09 0.01 0.08 0.02 0.06 0.05 0.10 0.12 0.00 0.06 0.10 0.01 0.06 0.14 0.37 0.11
O3' 0.05 0.08 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.11 0.06 0.00 0.06 0.07 0.03 0.10 0.34 0.11
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.00 0.04 0.23 0.70 0.21 0.33
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.07 0.04 0.00 0.07 0.33 0.05 0.14
O5' 0.05 0.14 0.05 0.02 0.22 0.01 0.23 0.00 0.20 0.13 0.18 0.10 0.06 0.03 0.23 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.31 0.49 0.15 0.07 0.66 0.10 0.65 0.06 0.54 0.45 0.59 0.44 0.14 0.10 0.70 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.09 0.28 0.31 0.17 0.12 0.20 0.08 0.14 0.09 0.11 0.11 0.37 0.34 0.21 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.19 0.07 0.11 0.30 0.02 0.31 0.01 0.25 0.17 0.25 0.14 0.11 0.11 0.33 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 0.06 0.11 0.12 0.15 0.11 0.20 0.14 0.14 0.18 0.22 0.16 0.13 0.10 0.05 0.08 0.15 0.22 0.14 0.17 0.29 0.24
C2 0.11 0.25 0.11 0.14 0.15 0.14 0.14 0.16 0.18 0.12 0.24 0.29 0.21 0.13 0.11 0.11 0.13 0.14 0.17 0.18 0.14 0.21 0.19
C2' 0.13 0.16 0.08 0.11 0.12 0.17 0.12 0.21 0.14 0.15 0.15 0.18 0.14 0.15 0.12 0.08 0.07 0.19 0.23 0.15 0.16 0.27 0.24
C3' 0.11 0.16 0.07 0.09 0.12 0.17 0.13 0.24 0.14 0.17 0.15 0.18 0.14 0.17 0.11 0.08 0.07 0.18 0.27 0.16 0.22 0.37 0.30
C4 0.09 0.24 0.12 0.15 0.11 0.12 0.13 0.12 0.17 0.13 0.21 0.30 0.18 0.16 0.09 0.14 0.19 0.09 0.11 0.18 0.10 0.14 0.12
C4' 0.08 0.19 0.06 0.07 0.10 0.15 0.10 0.24 0.13 0.14 0.17 0.24 0.16 0.13 0.08 0.07 0.02 0.15 0.28 0.13 0.24 0.34 0.28
C5 0.13 0.20 0.12 0.15 0.14 0.13 0.15 0.14 0.16 0.18 0.18 0.25 0.17 0.19 0.14 0.13 0.19 0.12 0.12 0.16 0.09 0.12 0.11
C5' 0.06 0.25 0.08 0.06 0.12 0.15 0.10 0.27 0.15 0.13 0.22 0.31 0.20 0.11 0.06 0.10 0.02 0.14 0.30 0.14 0.28 0.27 0.27
C6 0.10 0.17 0.10 0.15 0.09 0.14 0.10 0.16 0.10 0.17 0.14 0.22 0.14 0.16 0.11 0.10 0.16 0.12 0.16 0.11 0.11 0.16 0.14
N1 0.09 0.20 0.09 0.13 0.10 0.14 0.08 0.17 0.12 0.12 0.18 0.24 0.16 0.11 0.08 0.08 0.12 0.12 0.18 0.11 0.13 0.22 0.18
N3 0.09 0.26 0.13 0.15 0.13 0.13 0.12 0.14 0.17 0.11 0.24 0.31 0.20 0.13 0.09 0.13 0.16 0.11 0.14 0.18 0.12 0.17 0.15
O2 0.15 0.28 0.12 0.13 0.20 0.16 0.21 0.18 0.26 0.17 0.29 0.31 0.24 0.19 0.16 0.11 0.11 0.17 0.19 0.26 0.16 0.25 0.22
O2' 0.18 0.18 0.13 0.16 0.16 0.22 0.18 0.24 0.20 0.18 0.19 0.18 0.17 0.19 0.17 0.13 0.12 0.24 0.25 0.22 0.18 0.26 0.27
O3' 0.14 0.18 0.07 0.09 0.16 0.17 0.18 0.24 0.20 0.20 0.19 0.20 0.16 0.22 0.15 0.07 0.06 0.21 0.27 0.22 0.24 0.42 0.33
O4 0.10 0.27 0.13 0.15 0.14 0.12 0.16 0.12 0.20 0.14 0.25 0.35 0.20 0.17 0.11 0.16 0.21 0.10 0.11 0.22 0.10 0.13 0.12
O4' 0.09 0.18 0.09 0.12 0.08 0.16 0.08 0.23 0.12 0.14 0.17 0.23 0.14 0.12 0.08 0.11 0.15 0.14 0.25 0.14 0.21 0.32 0.25
O5' 0.05 0.23 0.08 0.06 0.11 0.15 0.09 0.25 0.13 0.12 0.20 0.29 0.19 0.10 0.05 0.10 0.02 0.12 0.27 0.12 0.20 0.18 0.20
OP1 0.16 0.46 0.20 0.08 0.31 0.06 0.29 0.17 0.35 0.18 0.43 0.54 0.41 0.22 0.20 0.21 0.02 0.05 0.17 0.35 0.35 0.08 0.19
OP2 0.19 0.15 0.09 0.15 0.20 0.26 0.27 0.39 0.24 0.38 0.18 0.16 0.14 0.37 0.26 0.02 0.01 0.27 0.47 0.27 0.58 0.51 0.53
P 0.01 0.20 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06 0.16 0.10 0.13 0.16 0.27 0.17 0.11 0.03 0.09 0.00 0.05 0.18 0.09 0.27 0.15 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.03 0.09 0.00 0.11 0.21 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.11 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.10 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.11 0.20 0.15
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.11 0.01 0.16 0.25 0.19
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.11 0.00 0.17 0.27 0.20
C8 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.10 0.01 0.15 0.23 0.18
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.11 0.00 0.14 0.24 0.18
N2 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.03 0.09 0.01 0.10 0.20 0.14
N3 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.03 0.08 0.00 0.09 0.18 0.13
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.19 0.28 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.17 0.13
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.13 0.09 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.09 0.05 0.03
O3' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.09 0.17 0.11 0.08 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.05 0.15 0.10 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.10 0.08
O5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.03 0.05 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.12 0.00 0.20 0.29 0.22
OP1 0.04 0.11 0.07 0.10 0.11 0.07 0.16 0.06 0.17 0.15 0.14 0.10 0.09 0.19 0.09 0.09 0.15 0.05 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.21 0.05 0.06 0.20 0.02 0.25 0.01 0.27 0.23 0.24 0.20 0.18 0.28 0.17 0.05 0.10 0.10 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.04 0.04 0.15 0.02 0.19 0.01 0.20 0.18 0.18 0.14 0.13 0.21 0.13 0.03 0.07 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00