ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50797

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 4, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.046 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.003, 0.061, 0.120, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.061 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.116, 0.332, 0.548, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.332 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.196, 0.434, 0.672, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.434 std_dev=0.238
C2' A 0, 0.163, 0.419, 0.675, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.419 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.335, 0.631, 0.927, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.631 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.360, 0.666, 0.972, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.666 std_dev=0.306
C4' A 0, 0.186, 0.525, 0.864, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.525 std_dev=0.339
N9 B 0, 0.437, 0.833, 1.230, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.833 std_dev=0.396
C6 B 0, 0.473, 0.888, 1.302, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.888 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.582, 1.001, 1.420, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.001 std_dev=0.419
C3' A 0, -0.034, 0.394, 0.821, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.394 std_dev=0.427
O2' A 0, 0.268, 0.725, 1.182, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.725 std_dev=0.457
C2 B 0, 0.307, 0.770, 1.232, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.770 std_dev=0.462
O2' B 0, 0.617, 1.085, 1.553, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.085 std_dev=0.468
N1 B 0, 0.390, 0.871, 1.351, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.871 std_dev=0.480
C2' B 0, 0.705, 1.222, 1.740, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.222 std_dev=0.517
C1' B 0, 0.727, 1.267, 1.807, 1.851 max_d=1.851 avg_d=1.267 std_dev=0.540
C8 B 0, 0.586, 1.128, 1.669, 1.720 max_d=1.720 avg_d=1.128 std_dev=0.541
N7 B 0, 0.533, 1.080, 1.627, 1.635 max_d=1.635 avg_d=1.080 std_dev=0.547
O6 B 0, 0.672, 1.313, 1.955, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.313 std_dev=0.642
N2 B 0, 0.601, 1.265, 1.930, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.265 std_dev=0.665
O5' A 0, 0.569, 1.312, 2.054, 3.611 max_d=3.611 avg_d=1.312 std_dev=0.743
O3' A 0, -0.123, 0.635, 1.392, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.635 std_dev=0.757
O4' B 0, 1.281, 2.157, 3.033, 3.047 max_d=3.047 avg_d=2.157 std_dev=0.876
P A 0, 0.727, 1.788, 2.848, 5.012 max_d=5.012 avg_d=1.788 std_dev=1.061
C4' B 0, 1.743, 3.027, 4.310, 4.335 max_d=4.335 avg_d=3.027 std_dev=1.284
C3' B 0, 1.645, 2.960, 4.276, 4.068 max_d=4.068 avg_d=2.960 std_dev=1.316
OP1 A 0, 1.130, 2.614, 4.099, 6.212 max_d=6.212 avg_d=2.614 std_dev=1.485
C5' B 0, 2.070, 3.601, 5.132, 5.317 max_d=5.317 avg_d=3.601 std_dev=1.531
OP2 A 0, 0.439, 2.099, 3.759, 7.505 max_d=7.505 avg_d=2.099 std_dev=1.660
O3' B 0, 2.129, 3.921, 5.713, 5.344 max_d=5.344 avg_d=3.921 std_dev=1.792
O5' B 0, 3.043, 4.959, 6.875, 6.027 max_d=6.027 avg_d=4.959 std_dev=1.916
OP2 B 0, 3.530, 5.624, 7.717, 7.361 max_d=7.361 avg_d=5.624 std_dev=2.094
P B 0, 3.601, 5.836, 8.071, 7.170 max_d=7.170 avg_d=5.836 std_dev=2.235
OP1 B 0, 4.269, 6.932, 9.595, 8.432 max_d=8.432 avg_d=6.932 std_dev=2.663

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.24 0.02 0.01 0.29 0.46 0.32 0.22
C2 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.17 0.01 0.06 0.37 0.74 0.54 0.30
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.16 0.11 0.05 0.11 0.22 0.00 0.03 0.07 0.02 0.51 0.45 0.54 0.48
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.23 0.01 0.24 0.02 0.21 0.16 0.20 0.12 0.03 0.01 0.25 0.03 0.17 0.18 0.31 0.16
C4 0.02 0.01 0.07 0.23 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.10 0.00 0.05 0.59 1.06 0.92 0.58
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.05 0.07 0.24 0.02 0.07 0.01 0.02 0.14 0.20 0.06
C5 0.01 0.02 0.09 0.24 0.01 0.10 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.03 0.27 0.14 0.01 0.06 0.68 1.15 1.03 0.71
C5' 0.07 0.09 0.16 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.23 0.13 0.13 0.06 0.12 0.17 0.20 0.02 0.01 0.12 0.37 0.04
C6 0.02 0.02 0.11 0.21 0.01 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.03 0.24 0.10 0.01 0.07 0.65 0.98 0.88 0.63
N1 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.10 0.01 0.01 0.45 0.71 0.59 0.38
N3 0.02 0.00 0.11 0.20 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.12 0.02 0.06 0.46 0.89 0.71 0.41
O2 0.05 0.01 0.22 0.12 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.24 0.28 0.02 0.10 0.24 0.66 0.37 0.17
O2' 0.06 0.20 0.00 0.03 0.26 0.24 0.27 0.12 0.24 0.16 0.23 0.24 0.00 0.05 0.28 0.17 0.43 0.35 0.55 0.43
O3' 0.24 0.17 0.03 0.01 0.10 0.02 0.14 0.17 0.10 0.10 0.12 0.28 0.05 0.00 0.12 0.19 0.18 0.43 0.23 0.24
O4 0.02 0.01 0.07 0.25 0.00 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.12 0.00 0.06 0.60 1.13 1.00 0.62
O4' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.10 0.17 0.19 0.06 0.00 0.14 0.39 0.22 0.15
O5' 0.29 0.37 0.51 0.17 0.59 0.02 0.68 0.01 0.65 0.45 0.46 0.24 0.43 0.18 0.60 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.46 0.74 0.45 0.18 1.06 0.14 1.15 0.12 0.98 0.71 0.89 0.66 0.35 0.43 1.13 0.39 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.54 0.54 0.31 0.92 0.20 1.03 0.37 0.88 0.59 0.71 0.37 0.55 0.23 1.00 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.48 0.16 0.58 0.06 0.71 0.04 0.63 0.38 0.41 0.17 0.43 0.24 0.62 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.41 0.18 0.57 1.09 0.16 0.88 0.20 0.99 0.33 0.10 0.23 0.22 0.24 0.24 0.23 0.62 1.20 0.56 1.55 0.52 2.04 1.91 1.81
C2 0.34 0.24 0.48 0.82 0.21 0.60 0.10 0.69 0.22 0.17 0.21 0.28 0.29 0.13 0.25 0.56 0.76 0.38 1.22 0.38 1.65 1.64 1.44
C2' 0.45 0.15 0.57 1.20 0.14 1.03 0.25 1.17 0.38 0.14 0.26 0.15 0.18 0.31 0.24 0.50 1.31 0.69 1.80 0.58 2.30 2.11 2.06
C3' 0.59 0.43 0.71 1.10 0.47 1.02 0.52 1.20 0.56 0.52 0.47 0.41 0.46 0.60 0.50 0.81 1.32 0.74 1.77 0.69 2.40 2.03 2.09
C4 0.20 0.25 0.32 0.50 0.13 0.29 0.21 0.31 0.30 0.15 0.25 0.32 0.25 0.25 0.11 0.49 0.44 0.15 0.70 0.39 1.00 1.05 0.83
C4' 0.57 0.26 0.76 1.23 0.31 1.09 0.35 1.22 0.41 0.38 0.29 0.29 0.35 0.46 0.38 0.85 1.56 0.74 1.70 0.60 2.27 1.88 1.96
C5 0.20 0.25 0.33 0.56 0.16 0.35 0.29 0.35 0.33 0.27 0.26 0.33 0.26 0.37 0.14 0.57 0.55 0.16 0.74 0.42 0.98 1.00 0.84
C5' 0.75 0.38 0.96 1.39 0.40 1.27 0.28 1.32 0.28 0.38 0.23 0.46 0.51 0.38 0.49 1.04 1.85 0.90 1.67 0.44 2.14 1.66 1.82
C6 0.27 0.20 0.45 0.79 0.14 0.55 0.28 0.56 0.33 0.23 0.21 0.27 0.25 0.38 0.12 0.63 0.85 0.30 1.01 0.45 1.30 1.25 1.15
N1 0.35 0.20 0.51 0.91 0.16 0.68 0.18 0.74 0.30 0.08 0.20 0.24 0.26 0.23 0.19 0.61 0.93 0.42 1.26 0.46 1.65 1.59 1.46
N3 0.25 0.25 0.39 0.63 0.17 0.41 0.13 0.47 0.21 0.14 0.18 0.30 0.28 0.18 0.17 0.50 0.53 0.23 0.95 0.34 1.32 1.36 1.12
O2 0.39 0.29 0.51 0.89 0.27 0.68 0.17 0.81 0.22 0.31 0.27 0.32 0.31 0.20 0.33 0.56 0.82 0.47 1.38 0.36 1.90 1.90 1.66
O2' 0.62 0.42 0.60 1.21 0.46 1.08 0.46 1.22 0.48 0.51 0.44 0.41 0.45 0.48 0.53 0.42 1.25 0.84 1.89 0.58 2.40 2.40 2.22
O3' 0.71 0.41 0.82 1.05 0.50 1.05 0.53 1.26 0.55 0.63 0.46 0.38 0.47 0.62 0.60 0.90 1.21 0.86 1.76 0.70 2.46 2.07 2.17
O4 0.22 0.26 0.27 0.39 0.15 0.24 0.24 0.22 0.34 0.19 0.32 0.35 0.22 0.26 0.15 0.43 0.44 0.21 0.51 0.42 0.80 0.88 0.61
O4' 0.43 0.19 0.63 1.12 0.19 0.93 0.24 1.04 0.33 0.21 0.21 0.25 0.27 0.33 0.25 0.74 1.37 0.59 1.53 0.52 2.02 1.80 1.78
O5' 1.32 0.86 1.54 1.85 0.90 1.71 0.62 1.62 0.48 0.78 0.61 0.93 1.03 0.55 1.02 1.66 2.23 1.40 1.72 0.34 1.93 1.38 1.64
OP1 1.54 1.31 1.80 1.87 1.15 1.74 0.79 1.47 0.74 0.78 1.00 1.48 1.43 0.56 1.17 2.04 2.46 1.51 1.41 0.58 1.33 0.79 1.16
OP2 1.65 1.21 1.88 1.88 1.23 1.94 0.98 1.86 0.87 1.11 0.99 1.28 1.36 0.91 1.33 2.24 2.31 1.66 1.59 0.75 1.72 0.93 1.36
P 1.54 1.01 1.76 2.02 1.02 1.95 0.68 1.75 0.51 0.85 0.70 1.11 1.20 0.58 1.15 1.96 2.63 1.63 1.64 0.29 1.71 1.07 1.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.05 0.30 0.01 0.24 0.04 0.54 0.40 0.29
C2 0.05 0.00 0.25 0.17 0.02 0.15 0.03 0.14 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.24 0.40 0.21 0.31 0.02 0.70 0.55 0.32
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.14 0.04 0.09 0.18 0.13 0.14 0.20 0.29 0.24 0.11 0.05 0.01 0.03 0.02 0.30 0.12 0.47 0.26 0.29
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.19 0.00 0.27 0.01 0.28 0.30 0.23 0.16 0.14 0.33 0.19 0.01 0.02 0.04 0.30 0.32 0.34 0.23 0.22
C4 0.04 0.02 0.14 0.19 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.24 0.10 0.43 0.02 0.79 0.65 0.46
C4' 0.03 0.15 0.04 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.22 0.11 0.22 0.16 0.20 0.09 0.25 0.02 0.01 0.01 0.11 0.16 0.31 0.09
C5 0.03 0.03 0.09 0.27 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.32 0.16 0.05 0.62 0.01 1.01 0.91 0.70
C5' 0.06 0.14 0.18 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.11 0.23 0.10 0.21 0.15 0.23 0.07 0.10 0.19 0.01 0.01 0.16 0.21 0.37 0.01
C6 0.04 0.01 0.13 0.28 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.31 0.21 0.08 0.60 0.00 1.01 0.93 0.68
C8 0.02 0.03 0.14 0.30 0.01 0.22 0.02 0.23 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.38 0.13 0.15 0.79 0.03 1.12 0.96 0.87
N1 0.05 0.01 0.20 0.23 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.25 0.30 0.15 0.45 0.01 0.84 0.75 0.48
N2 0.06 0.01 0.29 0.16 0.03 0.22 0.04 0.21 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.29 0.50 0.26 0.26 0.04 0.65 0.45 0.25
N3 0.06 0.01 0.24 0.14 0.01 0.16 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.40 0.21 0.26 0.02 0.64 0.48 0.27
N7 0.02 0.03 0.11 0.33 0.01 0.20 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.41 0.16 0.09 0.82 0.04 1.22 1.12 0.95
N9 0.01 0.02 0.05 0.19 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.22 0.14 0.02 0.48 0.03 0.80 0.63 0.52
O2' 0.05 0.24 0.01 0.01 0.22 0.25 0.32 0.10 0.31 0.38 0.25 0.29 0.22 0.41 0.22 0.00 0.06 0.18 0.26 0.36 0.43 0.28 0.29
O3' 0.30 0.40 0.03 0.02 0.24 0.02 0.16 0.19 0.21 0.13 0.30 0.50 0.40 0.16 0.14 0.06 0.00 0.19 0.33 0.19 0.54 0.32 0.36
O4' 0.01 0.21 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.15 0.15 0.26 0.21 0.09 0.02 0.18 0.19 0.00 0.22 0.06 0.46 0.42 0.26
O5' 0.24 0.31 0.30 0.30 0.43 0.01 0.62 0.01 0.60 0.79 0.45 0.26 0.26 0.82 0.48 0.26 0.33 0.22 0.00 0.70 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.12 0.32 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.36 0.19 0.06 0.70 0.00 1.14 1.09 0.83
OP1 0.54 0.70 0.47 0.34 0.79 0.16 1.01 0.21 1.01 1.12 0.84 0.65 0.64 1.22 0.80 0.43 0.54 0.46 0.02 1.14 0.00 0.04 0.01
OP2 0.40 0.55 0.26 0.23 0.65 0.31 0.91 0.37 0.93 0.96 0.75 0.45 0.48 1.12 0.63 0.28 0.32 0.42 0.02 1.09 0.04 0.00 0.01
P 0.29 0.32 0.29 0.22 0.46 0.09 0.70 0.01 0.68 0.87 0.48 0.25 0.27 0.95 0.52 0.29 0.36 0.26 0.01 0.83 0.01 0.01 0.00