ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50798

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O2' A 0, 0.030, 0.055, 0.081, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.055 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.032, 0.064, 0.096, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.064 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.037, 0.076, 0.114, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.076 std_dev=0.038
C4' A 0, 0.066, 0.118, 0.169, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.118 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.062, 0.116, 0.169, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.116 std_dev=0.054
C5' A 0, 0.093, 0.169, 0.245, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.169 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.092, 0.179, 0.265, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.179 std_dev=0.087
P A 0, 0.138, 0.233, 0.328, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.233 std_dev=0.095
O5' A 0, 0.096, 0.204, 0.311, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.204 std_dev=0.108
N3 B 0, 0.145, 0.276, 0.406, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.276 std_dev=0.130
C2 B 0, 0.182, 0.317, 0.453, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.317 std_dev=0.136
N2 B 0, 0.205, 0.350, 0.495, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.350 std_dev=0.145
N1 B 0, 0.195, 0.346, 0.498, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.346 std_dev=0.151
OP1 A 0, 0.199, 0.355, 0.511, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.355 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.097, 0.255, 0.413, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.255 std_dev=0.158
C6 B 0, 0.180, 0.341, 0.502, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.341 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.120, 0.289, 0.459, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.289 std_dev=0.170
O6 B 0, 0.213, 0.392, 0.571, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.392 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.041, 0.221, 0.400, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.221 std_dev=0.180
O2' B 0, 0.005, 0.186, 0.367, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.186 std_dev=0.181
O3' B 0, 0.014, 0.198, 0.382, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.198 std_dev=0.184
O4' B 0, 0.073, 0.258, 0.442, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.258 std_dev=0.185
N9 B 0, 0.038, 0.225, 0.412, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.225 std_dev=0.187
C4' B 0, 0.058, 0.251, 0.444, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.251 std_dev=0.193
C2' B 0, -0.007, 0.187, 0.381, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.187 std_dev=0.194
OP2 A 0, 0.237, 0.437, 0.636, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.437 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N7 B 0, 0.088, 0.290, 0.492, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.290 std_dev=0.202
O5' B 0, 0.138, 0.352, 0.565, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.352 std_dev=0.214
C5' B 0, 0.107, 0.321, 0.535, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.321 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.029, 0.248, 0.466, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.248 std_dev=0.218
P B 0, 0.243, 0.500, 0.756, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.500 std_dev=0.256
OP2 B 0, 0.237, 0.501, 0.765, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.501 std_dev=0.264
OP1 B 0, 0.307, 0.606, 0.905, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.606 std_dev=0.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.19 0.08
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.21 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.12 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.20 0.21 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.19 0.20 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.07 0.14 0.20 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.10 0.21 0.11
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.16 0.21 0.13
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.21 0.09
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.17 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.10 0.03
O4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.22 0.20 0.15
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.18 0.07
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.02 0.04 0.20 0.04 0.19 0.07 0.14 0.10 0.16 0.10 0.02 0.09 0.22 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.21 0.16 0.12 0.21 0.12 0.20 0.06 0.20 0.21 0.21 0.21 0.17 0.10 0.20 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.06 0.04 0.14 0.03 0.15 0.01 0.13 0.11 0.13 0.09 0.05 0.03 0.15 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.08 0.09 0.11 0.09 0.14 0.10 0.14 0.14 0.12 0.09 0.09 0.15 0.12 0.08 0.10 0.11 0.12 0.15 0.15 0.14 0.12
C2 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.14 0.12 0.15 0.15 0.13 0.11 0.10 0.16 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.17 0.17 0.16 0.15
C2' 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.09 0.14 0.10 0.15 0.13 0.14 0.09 0.08 0.14 0.11 0.07 0.10 0.10 0.10 0.16 0.12 0.10 0.09
C3' 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.08 0.14 0.09 0.15 0.13 0.13 0.07 0.08 0.15 0.11 0.06 0.09 0.10 0.11 0.16 0.13 0.11 0.09
C4 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.15 0.17 0.17 0.15
C4' 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.13 0.10 0.13 0.14 0.12 0.08 0.09 0.15 0.11 0.07 0.09 0.11 0.12 0.15 0.16 0.14 0.12
C5 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.14 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.15 0.15 0.14
C5' 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.12 0.13 0.09 0.06 0.07 0.14 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.13 0.17 0.15 0.13
C6 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.15 0.14 0.13
N1 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.09 0.15 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.15 0.15 0.14 0.13
N3 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14 0.13 0.11 0.15 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.17 0.17 0.17 0.15
O2 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.17 0.13 0.17 0.18 0.15 0.11 0.10 0.19 0.14 0.13 0.11 0.12 0.15 0.18 0.19 0.19 0.17
O2' 0.08 0.15 0.05 0.06 0.13 0.08 0.15 0.08 0.16 0.12 0.16 0.14 0.13 0.14 0.11 0.05 0.08 0.09 0.09 0.17 0.11 0.09 0.08
O3' 0.08 0.13 0.07 0.07 0.12 0.08 0.15 0.09 0.17 0.13 0.16 0.12 0.11 0.15 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.19 0.12 0.10 0.08
O4 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.15 0.16 0.18 0.18 0.16
O4' 0.11 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.14 0.11 0.08 0.09 0.15 0.12 0.08 0.10 0.11 0.13 0.14 0.17 0.16 0.14
O5' 0.10 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.13 0.09 0.07 0.08 0.13 0.10 0.07 0.08 0.10 0.12 0.13 0.16 0.15 0.13
OP1 0.13 0.10 0.12 0.11 0.15 0.12 0.19 0.15 0.18 0.21 0.13 0.09 0.10 0.23 0.16 0.11 0.09 0.13 0.20 0.21 0.26 0.26 0.23
OP2 0.27 0.17 0.27 0.27 0.25 0.28 0.26 0.30 0.22 0.31 0.17 0.13 0.20 0.30 0.28 0.27 0.26 0.27 0.33 0.21 0.39 0.37 0.35
P 0.15 0.10 0.14 0.13 0.15 0.14 0.18 0.17 0.16 0.20 0.12 0.08 0.11 0.21 0.17 0.13 0.12 0.15 0.20 0.17 0.26 0.25 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.04 0.07 0.00 0.12 0.17 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.10 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.00 0.11 0.15 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.14 0.18 0.14
C5' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.00 0.16 0.20 0.15
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.08 0.00 0.11 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.08 0.00 0.14 0.19 0.15
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.05 0.07 0.00 0.11 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.06 0.00 0.09 0.15 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.18 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.12 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.13 0.10 0.08
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.09 0.06 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.07
O5' 0.03 0.07 0.06 0.05 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.00 0.18 0.21 0.16
OP1 0.03 0.12 0.10 0.09 0.11 0.02 0.14 0.02 0.16 0.11 0.14 0.11 0.09 0.15 0.08 0.13 0.09 0.05 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.17 0.08 0.07 0.15 0.03 0.18 0.01 0.20 0.13 0.19 0.17 0.15 0.18 0.12 0.10 0.06 0.08 0.01 0.21 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.06 0.05 0.12 0.02 0.14 0.00 0.15 0.11 0.15 0.13 0.11 0.14 0.09 0.08 0.04 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00