ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50799

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 6, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.033, 0.088, 0.142, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.088 std_dev=0.054
O4 A 0, 0.086, 0.192, 0.299, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.192 std_dev=0.106
C2 B 0, 0.206, 0.337, 0.469, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.337 std_dev=0.131
O4' A 0, 0.022, 0.158, 0.295, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.158 std_dev=0.136
N3 B 0, 0.192, 0.335, 0.477, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.335 std_dev=0.142
N2 B 0, 0.202, 0.371, 0.539, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.371 std_dev=0.169
C4 B 0, 0.212, 0.390, 0.568, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.390 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.216, 0.410, 0.604, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.410 std_dev=0.194
C2' A 0, 0.020, 0.239, 0.457, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.239 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.203, 0.451, 0.700, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.451 std_dev=0.248
N7 B 0, 0.247, 0.503, 0.759, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.503 std_dev=0.256
C6 B 0, 0.208, 0.477, 0.746, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.477 std_dev=0.269
N9 B 0, 0.264, 0.548, 0.833, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.548 std_dev=0.285
C4' A 0, 0.070, 0.360, 0.650, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.360 std_dev=0.290
C8 B 0, 0.284, 0.588, 0.891, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.588 std_dev=0.304
C5' A 0, 0.152, 0.499, 0.846, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.499 std_dev=0.347
C2' B 0, 0.390, 0.770, 1.150, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.770 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.321, 0.719, 1.117, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.719 std_dev=0.398
O6 B 0, 0.193, 0.622, 1.051, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.622 std_dev=0.429
O2' A 0, 0.128, 0.622, 1.116, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.622 std_dev=0.494
O4' B 0, 0.362, 0.858, 1.354, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.858 std_dev=0.496
C4' B 0, 0.422, 1.041, 1.660, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.041 std_dev=0.619
C3' A 0, 0.087, 0.795, 1.503, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.795 std_dev=0.708
C3' B 0, 0.462, 1.211, 1.960, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.211 std_dev=0.749
OP1 B 0, 0.796, 1.569, 2.342, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.569 std_dev=0.773
O2' B 0, 0.452, 1.254, 2.056, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.254 std_dev=0.802
O5' A 0, 0.100, 0.906, 1.712, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.906 std_dev=0.806
C5' B 0, 0.343, 1.163, 1.983, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.163 std_dev=0.820
P A 0, 0.147, 1.188, 2.229, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.188 std_dev=1.041
O5' B 0, 0.116, 1.238, 2.359, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.238 std_dev=1.121
OP1 A 0, 0.072, 1.216, 2.360, 3.154 max_d=3.154 avg_d=1.216 std_dev=1.144
O3' B 0, 0.536, 1.732, 2.927, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.732 std_dev=1.195
O3' A 0, 0.086, 1.442, 2.797, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.442 std_dev=1.355
OP2 A 0, 0.221, 1.633, 3.046, 3.506 max_d=3.506 avg_d=1.633 std_dev=1.412
P B 0, 0.197, 1.665, 3.133, 3.919 max_d=3.919 avg_d=1.665 std_dev=1.468
OP2 B 0, 0.864, 2.886, 4.908, 5.748 max_d=5.748 avg_d=2.886 std_dev=2.022

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.00 0.18 0.68 0.31 0.25
C2 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.28 0.01 0.05 0.12 0.92 0.53 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.02 0.11 0.19 0.11 0.03 0.07 0.16 0.00 0.05 0.08 0.02 0.43 0.57 0.45 0.48
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.37 0.00 0.46 0.02 0.42 0.21 0.24 0.09 0.02 0.01 0.40 0.03 0.08 0.22 0.17 0.11
C4 0.01 0.01 0.07 0.37 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.24 0.00 0.03 0.23 1.07 0.88 0.16
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.06 0.05 0.29 0.04 0.12 0.00 0.03 0.17 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.46 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.37 0.00 0.04 0.28 1.08 0.90 0.16
C5' 0.07 0.06 0.19 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.09 0.07 0.11 0.21 0.14 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.42 0.00 0.16 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.31 0.01 0.05 0.22 1.00 0.68 0.17
N1 0.00 0.01 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.17 0.01 0.01 0.14 0.88 0.49 0.21
N3 0.01 0.00 0.07 0.24 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.18 0.01 0.04 0.15 1.01 0.71 0.18
O2 0.01 0.00 0.16 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.35 0.51 0.02 0.08 0.14 0.85 0.43 0.23
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.32 0.29 0.28 0.11 0.23 0.20 0.33 0.35 0.00 0.07 0.33 0.19 0.31 0.39 0.46 0.38
O3' 0.31 0.28 0.05 0.01 0.24 0.04 0.37 0.21 0.31 0.17 0.18 0.51 0.07 0.00 0.27 0.23 0.29 0.58 0.29 0.36
O4 0.01 0.01 0.08 0.40 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.27 0.00 0.03 0.27 1.09 0.99 0.16
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.19 0.23 0.03 0.00 0.06 0.56 0.29 0.17
O5' 0.18 0.12 0.43 0.08 0.23 0.03 0.28 0.01 0.22 0.14 0.15 0.14 0.31 0.29 0.27 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.68 0.92 0.57 0.22 1.07 0.17 1.08 0.12 1.00 0.88 1.01 0.85 0.39 0.58 1.09 0.56 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.53 0.45 0.17 0.88 0.22 0.90 0.35 0.68 0.49 0.71 0.43 0.46 0.29 0.99 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.21 0.48 0.11 0.16 0.06 0.16 0.01 0.17 0.21 0.18 0.23 0.38 0.36 0.16 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.20 0.21 0.53 0.22 0.18 0.21 0.12 0.20 0.25 0.20 0.20 0.21 0.23 0.23 0.64 0.90 0.15 0.31 0.21 1.04 0.36 0.74
C2 0.12 0.17 0.10 0.56 0.13 0.25 0.10 0.12 0.13 0.12 0.16 0.20 0.17 0.10 0.12 0.64 0.64 0.11 0.14 0.17 1.04 0.75 0.37
C2' 0.30 0.29 0.30 0.54 0.32 0.20 0.32 0.17 0.30 0.37 0.29 0.29 0.31 0.35 0.34 0.58 0.95 0.24 0.31 0.28 1.06 0.41 0.74
C3' 0.90 0.71 0.95 0.23 0.78 0.53 0.68 0.69 0.59 0.80 0.63 0.72 0.78 0.67 0.85 1.13 0.47 0.79 0.96 0.49 1.15 0.61 1.29
C4 0.12 0.15 0.14 0.40 0.09 0.18 0.08 0.07 0.15 0.08 0.13 0.19 0.17 0.12 0.09 0.65 0.28 0.09 0.12 0.25 1.04 0.63 0.34
C4' 0.49 0.32 0.54 0.16 0.39 0.20 0.34 0.45 0.28 0.45 0.28 0.32 0.38 0.37 0.46 0.80 0.83 0.41 0.81 0.24 1.06 0.69 1.24
C5 0.21 0.16 0.18 0.39 0.17 0.20 0.13 0.16 0.16 0.14 0.15 0.17 0.20 0.12 0.18 0.71 0.34 0.17 0.26 0.21 1.02 0.40 0.49
C5' 0.29 0.18 0.36 0.25 0.21 0.12 0.17 0.27 0.15 0.23 0.15 0.20 0.22 0.19 0.25 0.61 1.02 0.18 0.68 0.15 0.77 0.68 1.02
C6 0.23 0.17 0.18 0.46 0.20 0.22 0.18 0.18 0.17 0.21 0.16 0.17 0.20 0.18 0.23 0.71 0.58 0.18 0.33 0.20 1.04 0.34 0.63
N1 0.17 0.18 0.15 0.53 0.18 0.21 0.16 0.09 0.16 0.17 0.17 0.19 0.19 0.15 0.18 0.66 0.72 0.11 0.21 0.19 1.04 0.47 0.55
N3 0.11 0.16 0.10 0.50 0.11 0.23 0.09 0.11 0.13 0.13 0.14 0.20 0.16 0.15 0.10 0.64 0.44 0.11 0.15 0.21 1.05 0.80 0.31
O2 0.12 0.18 0.10 0.61 0.13 0.30 0.11 0.20 0.13 0.15 0.17 0.21 0.16 0.14 0.13 0.61 0.74 0.16 0.22 0.16 1.00 0.90 0.33
O2' 0.34 0.42 0.28 0.69 0.41 0.42 0.45 0.31 0.47 0.41 0.45 0.40 0.39 0.46 0.38 0.46 1.02 0.37 0.34 0.50 0.98 0.61 0.60
O3' 1.27 0.82 1.30 0.74 0.94 1.17 0.78 1.44 0.64 1.02 0.69 0.82 0.94 0.79 1.10 1.38 0.29 1.31 1.62 0.52 1.73 1.35 2.09
O4 0.13 0.15 0.17 0.33 0.09 0.16 0.12 0.07 0.20 0.10 0.13 0.21 0.17 0.16 0.09 0.62 0.18 0.10 0.11 0.32 1.05 0.67 0.29
O4' 0.24 0.16 0.26 0.44 0.19 0.17 0.18 0.22 0.16 0.25 0.15 0.15 0.18 0.20 0.23 0.66 0.96 0.18 0.52 0.19 1.01 0.35 0.96
O5' 0.17 0.21 0.29 0.39 0.16 0.32 0.14 0.24 0.14 0.14 0.16 0.26 0.23 0.17 0.14 0.64 1.07 0.13 0.32 0.17 0.45 0.28 0.53
OP1 0.74 1.09 0.76 0.58 0.99 0.51 1.02 0.23 1.10 0.82 1.13 1.09 1.02 0.92 0.87 0.69 1.16 0.60 0.33 1.12 0.63 0.61 0.60
OP2 0.61 0.94 0.69 0.27 0.75 0.37 0.66 0.63 0.72 0.48 0.86 1.05 0.91 0.52 0.62 1.01 0.48 0.37 0.67 0.67 1.07 0.70 0.84
P 0.33 0.24 0.28 0.66 0.30 0.72 0.35 0.61 0.34 0.43 0.28 0.22 0.24 0.42 0.34 0.24 1.39 0.54 0.30 0.38 0.66 0.34 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.01 0.18 0.01 0.73 0.21 0.26
C2 0.02 0.00 0.14 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.47 0.08 0.12 0.01 1.02 0.58 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.24 0.10 0.05 0.13 0.16 0.13 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.52 0.10 0.78 0.40 0.61
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.18 0.00 0.32 0.01 0.30 0.41 0.19 0.06 0.06 0.43 0.22 0.01 0.01 0.02 0.07 0.37 0.18 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.24 0.05 0.13 0.01 1.02 0.56 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.16 0.02 0.08 0.04 0.15 0.07 0.28 0.02 0.00 0.01 0.09 0.18 0.20 0.04
C5 0.00 0.01 0.07 0.32 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.05 0.04 0.20 0.01 1.13 0.77 0.17
C5' 0.10 0.09 0.24 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.07 0.07 0.23 0.01 0.01 0.11 0.17 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.30 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.09 0.06 0.22 0.00 1.16 0.86 0.17
C8 0.01 0.01 0.05 0.41 0.00 0.16 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.21 0.04 0.22 0.01 1.09 0.66 0.18
N1 0.02 0.00 0.13 0.19 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.29 0.07 0.16 0.01 1.11 0.75 0.17
N2 0.03 0.00 0.16 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.62 0.10 0.11 0.01 0.99 0.52 0.18
N3 0.02 0.00 0.13 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.50 0.07 0.11 0.01 0.96 0.46 0.19
N7 0.01 0.01 0.04 0.43 0.01 0.15 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.21 0.02 0.27 0.01 1.17 0.87 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.12 0.01 0.13 0.01 0.95 0.44 0.20
O2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.24 0.28 0.29 0.07 0.30 0.26 0.27 0.22 0.22 0.31 0.20 0.00 0.06 0.19 0.42 0.31 0.64 0.40 0.55
O3' 0.35 0.47 0.04 0.01 0.24 0.02 0.05 0.23 0.09 0.21 0.29 0.62 0.50 0.21 0.12 0.06 0.00 0.25 0.20 0.06 0.50 0.23 0.26
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.07 0.10 0.07 0.02 0.01 0.19 0.25 0.00 0.07 0.05 0.50 0.18 0.09
O5' 0.18 0.12 0.52 0.07 0.13 0.01 0.20 0.01 0.22 0.22 0.16 0.11 0.11 0.27 0.13 0.42 0.20 0.07 0.00 0.27 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.06 0.05 0.27 0.00 1.19 0.99 0.19
OP1 0.73 1.02 0.78 0.18 1.02 0.18 1.13 0.17 1.16 1.09 1.11 0.99 0.96 1.17 0.95 0.64 0.50 0.50 0.02 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.58 0.40 0.11 0.56 0.20 0.77 0.38 0.86 0.66 0.75 0.52 0.46 0.87 0.44 0.40 0.23 0.18 0.01 0.99 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.17 0.61 0.08 0.18 0.04 0.17 0.01 0.17 0.18 0.17 0.18 0.19 0.17 0.20 0.55 0.26 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00