ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50800

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.002, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O4 A 0, -0.002, 0.024, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.024 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.041, 0.126, 0.212, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.126 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.035, 0.123, 0.210, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.123 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.040, 0.130, 0.221, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.130 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.059, 0.193, 0.327, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.193 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.061, 0.200, 0.339, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.200 std_dev=0.139
N7 B 0, 0.130, 0.269, 0.409, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.269 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.152, 0.294, 0.436, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.294 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.118, 0.265, 0.413, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.265 std_dev=0.147
C8 B 0, 0.164, 0.313, 0.462, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.313 std_dev=0.149
C6 B 0, 0.151, 0.303, 0.455, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.303 std_dev=0.152
O6 B 0, 0.132, 0.286, 0.441, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.286 std_dev=0.155
N9 B 0, 0.197, 0.361, 0.524, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.361 std_dev=0.164
C4 B 0, 0.190, 0.354, 0.518, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.354 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.186, 0.372, 0.558, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.372 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.094, 0.295, 0.495, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.295 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.224, 0.432, 0.640, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.432 std_dev=0.208
C5' A 0, 0.106, 0.317, 0.528, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.317 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.207, 0.418, 0.629, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.418 std_dev=0.211
O4' B 0, 0.290, 0.503, 0.716, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.503 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.205, 0.423, 0.641, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.423 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.239, 0.461, 0.683, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.461 std_dev=0.222
O2' B 0, 0.221, 0.454, 0.688, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.454 std_dev=0.234
O5' B 0, 0.326, 0.567, 0.807, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.567 std_dev=0.240
C5' B 0, 0.375, 0.627, 0.879, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.627 std_dev=0.252
C4' B 0, 0.332, 0.584, 0.837, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.584 std_dev=0.253
P A 0, 0.186, 0.440, 0.694, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.440 std_dev=0.254
OP2 A 0, 0.234, 0.491, 0.748, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.491 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.301, 0.569, 0.837, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.569 std_dev=0.268
N2 B 0, 0.223, 0.497, 0.771, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.497 std_dev=0.274
P B 0, 0.296, 0.603, 0.910, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.603 std_dev=0.307
OP2 B 0, 0.232, 0.542, 0.852, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.542 std_dev=0.310
OP1 A 0, 0.185, 0.506, 0.827, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.506 std_dev=0.321
O3' B 0, 0.285, 0.611, 0.937, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.611 std_dev=0.326
OP1 B 0, 0.388, 0.731, 1.074, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.731 std_dev=0.343

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.10 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.13 0.18 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.18 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.13 0.14 0.11
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.09 0.11 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.12 0.08
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.16 0.20 0.15
O2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.08 0.14 0.21 0.14
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.08 0.04 0.03
O4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.20 0.20 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.05
O5' 0.02 0.07 0.03 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.06 0.05 0.08 0.08 0.01 0.04 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.13 0.04 0.05 0.16 0.02 0.13 0.03 0.09 0.08 0.16 0.14 0.01 0.08 0.20 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.18 0.08 0.06 0.18 0.05 0.14 0.02 0.11 0.12 0.20 0.21 0.08 0.04 0.20 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.04 0.03 0.14 0.02 0.11 0.00 0.08 0.08 0.15 0.14 0.03 0.03 0.16 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.15 0.19 0.21 0.12 0.20 0.09 0.21 0.10 0.12 0.10 0.19 0.17 0.11 0.14 0.20 0.24 0.20 0.21 0.13 0.21 0.22 0.21
C2 0.17 0.20 0.16 0.17 0.16 0.16 0.11 0.17 0.12 0.11 0.16 0.23 0.21 0.11 0.15 0.17 0.18 0.16 0.18 0.11 0.20 0.21 0.20
C2' 0.21 0.14 0.20 0.23 0.15 0.23 0.16 0.23 0.17 0.17 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.20 0.25 0.23 0.22 0.20 0.22 0.24 0.23
C3' 0.22 0.18 0.20 0.23 0.17 0.23 0.17 0.23 0.18 0.16 0.17 0.21 0.20 0.17 0.18 0.20 0.26 0.23 0.22 0.21 0.22 0.24 0.23
C4 0.16 0.26 0.15 0.15 0.18 0.14 0.13 0.15 0.15 0.11 0.23 0.30 0.24 0.10 0.14 0.16 0.16 0.14 0.16 0.11 0.19 0.19 0.17
C4' 0.20 0.16 0.19 0.22 0.14 0.22 0.12 0.21 0.14 0.13 0.14 0.20 0.18 0.13 0.15 0.20 0.26 0.21 0.21 0.17 0.21 0.22 0.21
C5 0.18 0.27 0.16 0.16 0.17 0.16 0.10 0.16 0.11 0.10 0.21 0.33 0.25 0.09 0.15 0.17 0.19 0.16 0.17 0.08 0.19 0.20 0.18
C5' 0.20 0.18 0.19 0.22 0.14 0.22 0.11 0.21 0.12 0.12 0.14 0.23 0.19 0.11 0.15 0.20 0.26 0.21 0.21 0.14 0.21 0.22 0.21
C6 0.19 0.24 0.17 0.18 0.16 0.18 0.08 0.18 0.07 0.10 0.15 0.30 0.24 0.09 0.14 0.18 0.21 0.18 0.18 0.09 0.20 0.21 0.20
N1 0.19 0.20 0.17 0.18 0.14 0.18 0.08 0.18 0.08 0.10 0.13 0.24 0.21 0.10 0.14 0.18 0.21 0.18 0.19 0.11 0.20 0.21 0.20
N3 0.16 0.23 0.15 0.15 0.18 0.14 0.13 0.15 0.15 0.11 0.20 0.25 0.22 0.11 0.15 0.16 0.16 0.14 0.16 0.12 0.20 0.19 0.18
O2 0.18 0.18 0.18 0.17 0.16 0.17 0.13 0.19 0.13 0.13 0.15 0.20 0.19 0.12 0.16 0.18 0.18 0.17 0.20 0.12 0.21 0.21 0.21
O2' 0.22 0.14 0.22 0.24 0.16 0.25 0.17 0.24 0.18 0.18 0.17 0.15 0.15 0.18 0.18 0.21 0.27 0.24 0.24 0.20 0.23 0.25 0.24
O3' 0.23 0.21 0.21 0.24 0.20 0.25 0.21 0.24 0.23 0.19 0.22 0.23 0.21 0.20 0.20 0.20 0.27 0.25 0.23 0.25 0.22 0.25 0.24
O4 0.15 0.25 0.13 0.13 0.17 0.13 0.14 0.13 0.17 0.11 0.24 0.29 0.22 0.12 0.14 0.15 0.14 0.13 0.14 0.14 0.18 0.17 0.16
O4' 0.19 0.15 0.19 0.22 0.12 0.21 0.09 0.21 0.10 0.10 0.11 0.19 0.17 0.10 0.13 0.21 0.25 0.20 0.20 0.13 0.21 0.21 0.21
O5' 0.21 0.22 0.20 0.22 0.16 0.21 0.09 0.21 0.09 0.11 0.15 0.28 0.23 0.08 0.16 0.21 0.25 0.21 0.21 0.08 0.22 0.22 0.22
OP1 0.21 0.27 0.18 0.20 0.18 0.20 0.12 0.19 0.12 0.10 0.20 0.34 0.25 0.07 0.16 0.19 0.23 0.20 0.20 0.08 0.21 0.22 0.21
OP2 0.20 0.26 0.19 0.20 0.19 0.19 0.14 0.20 0.15 0.13 0.21 0.31 0.25 0.11 0.17 0.20 0.22 0.19 0.20 0.11 0.22 0.21 0.21
P 0.18 0.23 0.17 0.18 0.15 0.18 0.09 0.18 0.09 0.09 0.17 0.29 0.22 0.06 0.14 0.18 0.22 0.18 0.18 0.06 0.19 0.19 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.10 0.00 0.14 0.22 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.09 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.00 0.15 0.21 0.16
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.00 0.19 0.25 0.19
C5' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.12 0.00 0.20 0.26 0.20
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.12 0.01 0.18 0.21 0.18
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.11 0.00 0.18 0.25 0.18
N2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.04 0.09 0.00 0.13 0.22 0.15
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.09 0.00 0.12 0.20 0.14
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.01 0.21 0.26 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.13 0.18 0.14
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04
O5' 0.06 0.10 0.06 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10 0.06 0.02 0.02 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.13 0.00 0.23 0.27 0.21
OP1 0.06 0.14 0.06 0.03 0.15 0.01 0.19 0.02 0.20 0.18 0.18 0.13 0.12 0.21 0.13 0.07 0.03 0.02 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.22 0.09 0.04 0.21 0.03 0.25 0.01 0.26 0.21 0.25 0.22 0.20 0.26 0.18 0.10 0.05 0.06 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.16 0.07 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.20 0.18 0.18 0.15 0.14 0.20 0.14 0.08 0.02 0.04 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00