ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50801

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 5, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.014, 0.024, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.016, 0.025, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.017, 0.028, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.041, 0.068, 0.095, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.068 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.047, 0.078, 0.109, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.078 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.064, 0.108, 0.151, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.108 std_dev=0.043
O4 A 0, 0.030, 0.078, 0.125, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.078 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.085, 0.149, 0.212, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.149 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.059, 0.125, 0.190, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.125 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.095, 0.177, 0.259, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.177 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.078, 0.180, 0.282, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.180 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.155, 0.262, 0.368, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.262 std_dev=0.107
C8 B 0, 0.130, 0.256, 0.381, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.256 std_dev=0.126
N7 B 0, 0.132, 0.260, 0.388, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.260 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.127, 0.257, 0.388, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.257 std_dev=0.131
N9 B 0, 0.118, 0.256, 0.393, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.256 std_dev=0.137
C5 B 0, 0.129, 0.268, 0.407, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.268 std_dev=0.139
OP1 B 0, 0.095, 0.239, 0.383, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.239 std_dev=0.144
C4 B 0, 0.118, 0.265, 0.413, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.265 std_dev=0.148
C2' B 0, 0.117, 0.273, 0.428, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.273 std_dev=0.155
P A 0, 0.153, 0.309, 0.465, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.309 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.109, 0.269, 0.428, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.269 std_dev=0.159
C6 B 0, 0.139, 0.303, 0.467, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.303 std_dev=0.164
P B 0, 0.138, 0.305, 0.472, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.305 std_dev=0.167
OP2 A 0, 0.159, 0.329, 0.499, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.329 std_dev=0.170
O4' B 0, 0.110, 0.280, 0.450, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.280 std_dev=0.170
O5' B 0, 0.136, 0.308, 0.481, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.308 std_dev=0.173
C3' B 0, 0.143, 0.320, 0.497, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.320 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.115, 0.295, 0.476, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.295 std_dev=0.180
O2' B 0, 0.093, 0.274, 0.455, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.274 std_dev=0.181
O6 B 0, 0.140, 0.324, 0.507, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.324 std_dev=0.184
OP2 B 0, 0.171, 0.356, 0.541, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.356 std_dev=0.185
C4' B 0, 0.127, 0.315, 0.503, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.315 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.139, 0.327, 0.516, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.327 std_dev=0.189
O3' B 0, 0.139, 0.330, 0.522, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.330 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.123, 0.321, 0.519, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.321 std_dev=0.198
C5' B 0, 0.129, 0.330, 0.531, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.330 std_dev=0.201
OP1 A 0, 0.174, 0.382, 0.590, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.208
N2 B 0, 0.126, 0.357, 0.589, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.357 std_dev=0.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.10 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.08 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.15 0.09 0.07 0.09
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.16 0.08 0.07 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.14 0.07 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.06 0.08 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.12 0.07 0.07 0.06
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.07 0.06 0.09 0.05
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.08 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.02 0.08 0.04 0.01
O4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.16 0.10 0.08 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.12 0.05
O5' 0.06 0.09 0.03 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.10 0.12 0.07 0.04 0.02 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.04 0.08 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.02 0.02 0.09 0.02 0.09 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.10 0.05 0.10 0.11 0.09 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.11 0.07 0.06 0.06
C2 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.05 0.10 0.10 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.06
C2' 0.07 0.12 0.06 0.06 0.09 0.05 0.09 0.06 0.12 0.06 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.13 0.08 0.08 0.07
C3' 0.06 0.11 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.12 0.06 0.12 0.11 0.09 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.13 0.06 0.09 0.06
C4 0.07 0.03 0.08 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07
C4' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.11 0.06 0.11 0.11 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.12 0.06 0.08 0.06
C5 0.10 0.05 0.10 0.10 0.06 0.10 0.04 0.10 0.03 0.08 0.03 0.05 0.07 0.06 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.05 0.07 0.06 0.07
C5' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.12 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.13 0.07 0.10 0.08
C6 0.09 0.05 0.09 0.09 0.06 0.09 0.04 0.10 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.10 0.08 0.08 0.11 0.06 0.07 0.05 0.07
N1 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07 0.05 0.06
N3 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07
O2 0.09 0.15 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.14 0.07 0.15 0.15 0.13 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.15 0.09 0.10 0.08
O2' 0.08 0.14 0.07 0.07 0.10 0.06 0.11 0.06 0.13 0.07 0.14 0.15 0.12 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.14 0.08 0.10 0.07
O3' 0.07 0.12 0.05 0.05 0.10 0.06 0.10 0.06 0.13 0.07 0.13 0.13 0.11 0.09 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.14 0.06 0.10 0.07
O4 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.07 0.06 0.07 0.13 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.15 0.13 0.12
O4' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.09 0.11 0.06 0.06 0.06
O5' 0.13 0.16 0.13 0.12 0.15 0.12 0.15 0.11 0.16 0.14 0.16 0.16 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13 0.12 0.11 0.17 0.11 0.12 0.11
OP1 0.07 0.12 0.07 0.06 0.10 0.06 0.12 0.07 0.14 0.09 0.14 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.06 0.07 0.07 0.16 0.09 0.12 0.09
OP2 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09
P 0.08 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08 0.08 0.13 0.09 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.06 0.00 0.09 0.06 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.09 0.06 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.10 0.07 0.07
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.00 0.11 0.07 0.07
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.10 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.00 0.10 0.06 0.07
N2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.09 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.06 0.00 0.09 0.06 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.11 0.08 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.07 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05 0.06
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04
O5' 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.08 0.00 0.11 0.08 0.08
OP1 0.07 0.09 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.05 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00