ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50802

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.018, 0.029, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.026, 0.039, 0.052, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.039 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.032, 0.060, 0.088, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.060 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.025, 0.066, 0.107, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.066 std_dev=0.041
O3' A 0, 0.141, 0.313, 0.484, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.313 std_dev=0.172
N3 B 0, 0.298, 0.490, 0.682, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.490 std_dev=0.192
C3' A 0, 0.123, 0.320, 0.517, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.320 std_dev=0.197
C2' A 0, 0.125, 0.336, 0.547, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.336 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.093, 0.305, 0.516, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.305 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.202, 0.429, 0.656, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.429 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.107, 0.380, 0.652, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.380 std_dev=0.273
C2 B 0, 0.387, 0.660, 0.933, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.660 std_dev=0.273
C5 B 0, 0.221, 0.550, 0.878, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.550 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.377, 0.710, 1.044, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.710 std_dev=0.334
N9 B 0, 0.190, 0.534, 0.877, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.534 std_dev=0.344
O2' A 0, 0.248, 0.604, 0.961, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.604 std_dev=0.357
C6 B 0, 0.280, 0.645, 1.010, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.645 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.236, 0.607, 0.978, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.607 std_dev=0.371
N2 B 0, 0.505, 0.918, 1.330, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.918 std_dev=0.413
O4' B 0, 0.226, 0.644, 1.061, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.644 std_dev=0.418
O5' A 0, 0.418, 0.883, 1.347, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.883 std_dev=0.464
N7 B 0, 0.287, 0.758, 1.230, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.758 std_dev=0.472
O6 B 0, 0.322, 0.794, 1.265, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.794 std_dev=0.472
C8 B 0, 0.269, 0.755, 1.242, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.755 std_dev=0.487
C5' A 0, 0.278, 0.769, 1.259, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.769 std_dev=0.490
O3' B 0, 0.460, 1.030, 1.601, 1.660 max_d=1.660 avg_d=1.030 std_dev=0.571
C3' B 0, 0.392, 0.962, 1.533, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.962 std_dev=0.571
C4' B 0, 0.306, 0.916, 1.527, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.916 std_dev=0.610
OP2 A 0, 0.385, 1.065, 1.745, 2.350 max_d=2.350 avg_d=1.065 std_dev=0.680
P A 0, 0.511, 1.293, 2.075, 2.301 max_d=2.301 avg_d=1.293 std_dev=0.782
C2' B 0, 0.270, 1.061, 1.852, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.061 std_dev=0.791
O5' B 0, 0.372, 1.225, 2.078, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.225 std_dev=0.853
P B 0, 0.508, 1.455, 2.402, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.455 std_dev=0.947
OP2 B 0, 0.560, 1.531, 2.502, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.531 std_dev=0.971
C5' B 0, 0.428, 1.408, 2.389, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.408 std_dev=0.980
OP1 B 0, 0.571, 1.643, 2.715, 3.156 max_d=3.156 avg_d=1.643 std_dev=1.072
O2' B 0, 0.016, 1.470, 2.925, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.470 std_dev=1.454
OP1 A 0, 0.526, 2.221, 3.915, 4.885 max_d=4.885 avg_d=2.221 std_dev=1.694

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.01 0.15 0.18 0.23 0.16
C2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.11 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.10 0.02 0.11 0.31 0.48 0.46 0.40
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.14 0.04 0.03 0.07 0.13 0.00 0.03 0.04 0.02 0.12 0.27 0.25 0.12
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.09 0.03 0.02 0.04 0.03 0.12 0.37 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.13 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.05 0.45 0.92 0.75 0.66
C4' 0.02 0.11 0.03 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.11 0.08 0.12 0.15 0.01 0.03 0.14 0.00 0.04 0.35 0.27 0.07
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.13 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.09 0.46 1.01 0.77 0.68
C5' 0.13 0.32 0.14 0.04 0.42 0.01 0.41 0.00 0.37 0.30 0.38 0.28 0.12 0.09 0.44 0.02 0.01 0.39 0.35 0.03
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.11 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.11 0.41 0.82 0.62 0.55
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.30 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.03 0.30 0.51 0.44 0.38
N3 0.03 0.00 0.07 0.03 0.01 0.12 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.09 0.02 0.09 0.38 0.69 0.61 0.54
O2 0.07 0.00 0.13 0.09 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.00 0.26 0.15 0.03 0.20 0.24 0.31 0.35 0.30
O2' 0.01 0.16 0.00 0.03 0.09 0.01 0.10 0.12 0.12 0.05 0.15 0.26 0.00 0.10 0.10 0.01 0.15 0.37 0.34 0.18
O3' 0.08 0.10 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.09 0.05 0.07 0.09 0.15 0.10 0.00 0.07 0.15 0.15 0.53 0.39 0.30
O4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.14 0.01 0.44 0.01 0.02 0.02 0.03 0.10 0.07 0.00 0.06 0.48 1.03 0.84 0.74
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.05 0.00 0.09 0.02 0.11 0.03 0.09 0.20 0.01 0.15 0.06 0.00 0.20 0.12 0.27 0.19
O5' 0.15 0.31 0.12 0.12 0.45 0.04 0.46 0.01 0.41 0.30 0.38 0.24 0.15 0.15 0.48 0.20 0.00 0.05 0.04 0.01
OP1 0.18 0.48 0.27 0.37 0.92 0.35 1.01 0.39 0.82 0.51 0.69 0.31 0.37 0.53 1.03 0.12 0.05 0.00 0.02 0.00
OP2 0.23 0.46 0.25 0.27 0.75 0.27 0.77 0.35 0.62 0.44 0.61 0.35 0.34 0.39 0.84 0.27 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.40 0.12 0.22 0.66 0.07 0.68 0.03 0.55 0.38 0.54 0.30 0.18 0.30 0.74 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.49 0.26 0.49 0.41 0.28 0.30 0.27 0.50 0.28 0.58 0.34 0.32 0.21 0.46 0.45 1.16 0.25 0.32 0.67 0.37 0.86 1.02 0.85
C2 0.41 0.23 0.23 0.37 0.26 0.19 0.26 0.34 0.10 0.52 0.25 0.34 0.19 0.47 0.40 0.75 0.17 0.35 0.49 0.13 0.60 0.81 0.63
C2' 0.54 0.39 0.67 0.46 0.36 0.36 0.39 0.56 0.49 0.59 0.50 0.40 0.33 0.48 0.48 1.32 0.36 0.32 0.72 0.63 0.98 1.09 0.93
C3' 0.55 0.37 0.69 0.38 0.38 0.30 0.41 0.51 0.47 0.60 0.46 0.38 0.33 0.52 0.50 1.41 0.33 0.28 0.65 0.58 0.96 1.01 0.88
C4 0.36 0.13 0.18 0.41 0.21 0.13 0.19 0.23 0.15 0.38 0.20 0.22 0.11 0.31 0.34 0.51 0.22 0.34 0.38 0.21 0.39 0.65 0.47
C4' 0.51 0.30 0.54 0.36 0.32 0.24 0.35 0.48 0.38 0.58 0.39 0.35 0.26 0.49 0.46 1.36 0.34 0.21 0.62 0.46 0.89 0.95 0.83
C5 0.45 0.13 0.17 0.40 0.21 0.19 0.15 0.35 0.18 0.42 0.22 0.18 0.12 0.28 0.39 0.87 0.18 0.29 0.51 0.26 0.53 0.76 0.61
C5' 0.48 0.50 0.51 0.52 0.42 0.42 0.46 0.63 0.54 0.56 0.56 0.55 0.42 0.53 0.46 1.34 0.59 0.26 0.71 0.61 0.91 0.93 0.85
C6 0.49 0.16 0.37 0.40 0.24 0.26 0.21 0.45 0.24 0.52 0.26 0.20 0.15 0.37 0.43 1.10 0.23 0.29 0.61 0.33 0.71 0.89 0.74
N1 0.47 0.22 0.36 0.39 0.26 0.25 0.24 0.42 0.21 0.55 0.29 0.28 0.18 0.45 0.43 1.01 0.21 0.32 0.59 0.29 0.72 0.91 0.74
N3 0.36 0.18 0.18 0.38 0.24 0.16 0.26 0.25 0.11 0.45 0.18 0.30 0.16 0.42 0.36 0.53 0.21 0.37 0.39 0.19 0.45 0.69 0.51
O2 0.39 0.28 0.24 0.36 0.26 0.21 0.29 0.35 0.13 0.53 0.28 0.41 0.22 0.50 0.40 0.72 0.17 0.37 0.49 0.11 0.62 0.83 0.64
O2' 0.57 0.43 0.76 0.62 0.36 0.54 0.35 0.74 0.51 0.63 0.55 0.47 0.35 0.47 0.50 1.23 0.49 0.44 0.89 0.70 1.14 1.26 1.10
O3' 0.55 0.29 0.69 0.45 0.33 0.40 0.33 0.60 0.34 0.60 0.37 0.32 0.26 0.49 0.49 1.33 0.36 0.36 0.73 0.44 1.02 1.08 0.95
O4 0.29 0.18 0.37 0.46 0.19 0.16 0.21 0.16 0.23 0.28 0.25 0.24 0.12 0.25 0.26 0.26 0.32 0.37 0.28 0.27 0.25 0.54 0.36
O4' 0.55 0.23 0.51 0.29 0.30 0.22 0.29 0.42 0.27 0.61 0.31 0.30 0.20 0.49 0.49 1.31 0.19 0.31 0.57 0.35 0.78 0.90 0.75
O5' 0.40 0.58 0.44 0.50 0.47 0.45 0.58 0.68 0.69 0.57 0.68 0.62 0.46 0.62 0.43 1.29 0.59 0.26 0.73 0.78 0.90 0.90 0.84
OP1 1.52 1.36 1.53 1.29 1.46 1.36 1.45 1.37 1.34 1.66 1.33 1.34 1.40 1.58 1.54 2.00 1.31 1.44 1.32 1.27 1.22 1.19 1.24
OP2 0.50 0.63 0.58 1.20 0.45 1.22 0.44 1.51 0.58 0.24 0.64 0.70 0.56 0.30 0.38 0.95 1.38 0.86 1.48 0.65 1.70 1.40 1.53
P 0.45 0.76 0.43 0.68 0.63 0.71 0.72 0.94 0.81 0.67 0.83 0.80 0.65 0.75 0.55 1.16 0.87 0.53 0.91 0.87 1.00 0.87 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.32 0.00 0.12 0.03 0.26 0.15 0.09
C2 0.04 0.00 0.46 0.25 0.01 0.28 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.15 0.47 0.20 0.02 0.22 0.19 0.11
C2' 0.01 0.46 0.00 0.00 0.24 0.02 0.12 0.20 0.22 0.23 0.36 0.55 0.44 0.11 0.01 0.00 0.04 0.02 0.44 0.16 0.73 0.63 0.56
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.26 0.00 0.34 0.02 0.36 0.30 0.32 0.20 0.20 0.36 0.22 0.02 0.01 0.02 0.10 0.39 0.48 0.18 0.23
C4 0.02 0.01 0.24 0.26 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.25 0.13 0.02 0.15 0.27 0.17
C4' 0.01 0.28 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.10 0.30 0.19 0.39 0.27 0.25 0.09 0.30 0.02 0.01 0.02 0.11 0.20 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.12 0.34 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.06 0.13 0.25 0.02 0.29 0.49 0.37
C5' 0.08 0.43 0.20 0.02 0.22 0.01 0.20 0.00 0.24 0.36 0.34 0.55 0.39 0.33 0.13 0.11 0.21 0.02 0.01 0.25 0.07 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.36 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.07 0.22 0.22 0.00 0.29 0.52 0.35
C8 0.01 0.01 0.23 0.30 0.01 0.30 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.60 0.07 0.26 0.43 0.04 0.41 0.54 0.53
N1 0.03 0.00 0.36 0.32 0.01 0.19 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.06 0.37 0.16 0.02 0.17 0.35 0.18
N2 0.05 0.01 0.55 0.20 0.02 0.39 0.01 0.55 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.62 0.22 0.57 0.29 0.03 0.33 0.12 0.19
N3 0.04 0.01 0.44 0.20 0.00 0.27 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.42 0.19 0.46 0.20 0.01 0.25 0.14 0.12
N7 0.01 0.01 0.11 0.36 0.01 0.25 0.00 0.33 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.52 0.13 0.14 0.44 0.04 0.50 0.68 0.60
N9 0.01 0.02 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.22 0.10 0.04 0.15 0.03 0.15 0.25 0.21
O2' 0.03 0.42 0.00 0.02 0.08 0.30 0.22 0.11 0.13 0.60 0.21 0.62 0.42 0.52 0.22 0.00 0.08 0.21 0.33 0.22 0.69 0.72 0.51
O3' 0.32 0.15 0.04 0.01 0.09 0.02 0.06 0.21 0.07 0.07 0.06 0.22 0.19 0.13 0.10 0.08 0.00 0.20 0.19 0.13 0.27 0.19 0.14
O4' 0.00 0.47 0.02 0.02 0.25 0.01 0.13 0.02 0.22 0.26 0.37 0.57 0.46 0.14 0.04 0.21 0.20 0.00 0.10 0.18 0.08 0.22 0.17
O5' 0.12 0.20 0.44 0.10 0.13 0.02 0.25 0.01 0.22 0.43 0.16 0.29 0.20 0.44 0.15 0.33 0.19 0.10 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.39 0.02 0.11 0.02 0.25 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.22 0.13 0.18 0.30 0.00 0.41 0.65 0.46
OP1 0.26 0.22 0.73 0.48 0.15 0.20 0.29 0.07 0.29 0.41 0.17 0.33 0.25 0.50 0.15 0.69 0.27 0.08 0.02 0.41 0.00 0.02 0.00
OP2 0.15 0.19 0.63 0.18 0.27 0.05 0.49 0.02 0.52 0.54 0.35 0.12 0.14 0.68 0.25 0.72 0.19 0.22 0.02 0.65 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.56 0.23 0.17 0.04 0.37 0.02 0.35 0.53 0.18 0.19 0.12 0.60 0.21 0.51 0.14 0.17 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00