ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50804

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.023, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.021, 0.033, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.033 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.030, 0.051, 0.071, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.051 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.031, 0.057, 0.083, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.057 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.026, 0.066, 0.106, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.066 std_dev=0.040
O2 A 0, 0.101, 0.161, 0.221, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.161 std_dev=0.060
C5 B 0, 0.181, 0.424, 0.666, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.424 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.299, 0.553, 0.808, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.553 std_dev=0.255
O4' A 0, 0.020, 0.292, 0.565, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.292 std_dev=0.272
C2' A 0, 0.018, 0.327, 0.635, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.327 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.253, 0.565, 0.877, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.565 std_dev=0.312
N1 B 0, 0.404, 0.752, 1.100, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.752 std_dev=0.348
N7 B 0, 0.200, 0.564, 0.928, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.564 std_dev=0.364
N3 B 0, 0.410, 0.785, 1.159, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.785 std_dev=0.374
C2 B 0, 0.474, 0.862, 1.250, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.862 std_dev=0.388
N9 B 0, 0.306, 0.706, 1.107, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.706 std_dev=0.401
O6 B 0, 0.361, 0.768, 1.175, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.768 std_dev=0.407
C4' A 0, 0.245, 0.659, 1.072, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.659 std_dev=0.414
C5' A 0, 0.317, 0.762, 1.206, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.762 std_dev=0.445
C8 B 0, 0.256, 0.706, 1.156, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.706 std_dev=0.450
C2' B 0, 0.297, 0.750, 1.202, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.750 std_dev=0.453
O5' A 0, 0.372, 0.852, 1.332, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.852 std_dev=0.480
P A 0, 0.456, 0.944, 1.432, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.944 std_dev=0.488
C1' B 0, 0.455, 1.001, 1.548, 1.573 max_d=1.573 avg_d=1.001 std_dev=0.546
N2 B 0, 0.692, 1.244, 1.795, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.244 std_dev=0.551
O2' A 0, 0.300, 0.898, 1.496, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.898 std_dev=0.598
C3' A 0, 0.363, 0.968, 1.572, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.968 std_dev=0.605
O2' B 0, 0.510, 1.265, 2.020, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.265 std_dev=0.755
OP1 A 0, 0.492, 1.325, 2.159, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.325 std_dev=0.834
O4' B 0, 0.629, 1.469, 2.310, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.469 std_dev=0.841
O3' A 0, 0.596, 1.740, 2.885, 2.834 max_d=2.834 avg_d=1.740 std_dev=1.144
C4' B 0, 0.838, 2.058, 3.277, 3.210 max_d=3.210 avg_d=2.058 std_dev=1.219
C3' B 0, 0.828, 2.069, 3.311, 3.184 max_d=3.184 avg_d=2.069 std_dev=1.241
C5' B 0, 0.918, 2.317, 3.716, 3.521 max_d=3.521 avg_d=2.317 std_dev=1.399
OP2 A 0, 0.526, 1.995, 3.464, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.995 std_dev=1.469
O3' B 0, 1.098, 2.980, 4.862, 4.815 max_d=4.815 avg_d=2.980 std_dev=1.882
O5' B 0, 1.308, 3.560, 5.812, 5.555 max_d=5.555 avg_d=3.560 std_dev=2.252
P B 0, 1.850, 5.015, 8.180, 7.689 max_d=7.689 avg_d=5.015 std_dev=3.165
OP2 B 0, 1.896, 5.275, 8.653, 8.281 max_d=8.281 avg_d=5.275 std_dev=3.378
OP1 B 0, 2.213, 5.815, 9.416, 9.644 max_d=9.644 avg_d=5.815 std_dev=3.601

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.31 0.03 0.00 0.15 0.72 0.15 0.23
C2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.28 0.01 0.11 0.16 0.95 0.34 0.18
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.18 0.10 0.03 0.11 0.20 0.00 0.04 0.06 0.02 0.41 0.60 0.62 0.51
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.33 0.01 0.39 0.01 0.36 0.19 0.22 0.09 0.02 0.01 0.35 0.03 0.10 0.20 0.46 0.19
C4 0.03 0.01 0.05 0.33 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.16 0.01 0.02 0.22 1.12 0.73 0.22
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.08 0.10 0.28 0.04 0.12 0.01 0.02 0.18 0.25 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.39 0.01 0.16 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.29 0.02 0.07 0.23 1.13 0.72 0.25
C5' 0.06 0.14 0.18 0.01 0.15 0.01 0.14 0.00 0.11 0.10 0.15 0.16 0.14 0.20 0.16 0.01 0.01 0.13 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.36 0.01 0.16 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.25 0.02 0.11 0.18 1.05 0.47 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.15 0.02 0.01 0.15 0.93 0.27 0.20
N3 0.03 0.00 0.11 0.22 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.17 0.01 0.08 0.19 1.05 0.55 0.19
O2 0.04 0.00 0.20 0.09 0.01 0.10 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.33 0.50 0.01 0.18 0.15 0.87 0.23 0.17
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.32 0.28 0.34 0.14 0.30 0.19 0.30 0.33 0.00 0.05 0.34 0.18 0.30 0.41 0.75 0.45
O3' 0.31 0.28 0.04 0.01 0.16 0.04 0.29 0.20 0.25 0.15 0.17 0.50 0.05 0.00 0.19 0.22 0.25 0.52 0.42 0.30
O4 0.03 0.01 0.06 0.35 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.19 0.00 0.03 0.24 1.14 0.86 0.24
O4' 0.00 0.11 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.08 0.18 0.18 0.22 0.03 0.00 0.08 0.67 0.19 0.27
O5' 0.15 0.16 0.41 0.10 0.22 0.02 0.23 0.01 0.18 0.15 0.19 0.15 0.30 0.25 0.24 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.72 0.95 0.60 0.20 1.12 0.18 1.13 0.13 1.05 0.93 1.05 0.87 0.41 0.52 1.14 0.67 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.34 0.62 0.46 0.73 0.25 0.72 0.36 0.47 0.27 0.55 0.23 0.75 0.42 0.86 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.18 0.51 0.19 0.22 0.05 0.25 0.02 0.24 0.20 0.19 0.17 0.45 0.30 0.24 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.38 0.35 0.95 0.25 0.73 0.21 0.76 0.30 0.18 0.37 0.44 0.33 0.14 0.21 0.63 1.15 0.43 1.62 0.32 2.21 2.13 2.04
C2 0.19 0.39 0.26 0.74 0.19 0.50 0.17 0.55 0.28 0.22 0.39 0.48 0.30 0.20 0.17 0.67 0.73 0.27 1.41 0.30 1.95 1.93 1.75
C2' 0.46 0.37 0.53 1.20 0.31 0.98 0.24 1.04 0.30 0.21 0.34 0.40 0.37 0.13 0.33 0.54 1.36 0.64 1.98 0.35 2.58 2.42 2.39
C3' 0.52 0.26 0.68 0.72 0.34 0.58 0.34 0.67 0.32 0.47 0.27 0.26 0.32 0.43 0.44 0.99 0.99 0.43 1.50 0.39 2.19 2.00 2.01
C4 0.16 0.34 0.21 0.44 0.11 0.23 0.19 0.24 0.23 0.28 0.31 0.47 0.22 0.30 0.17 0.66 0.30 0.16 0.94 0.28 1.31 1.31 1.14
C4' 0.28 0.17 0.39 0.75 0.12 0.56 0.16 0.58 0.20 0.30 0.19 0.23 0.15 0.27 0.21 0.77 1.22 0.27 1.26 0.28 1.92 1.72 1.74
C5 0.17 0.35 0.22 0.48 0.14 0.28 0.19 0.25 0.23 0.29 0.30 0.45 0.26 0.29 0.18 0.67 0.38 0.18 0.87 0.25 1.18 1.15 1.04
C5' 0.16 0.19 0.23 0.74 0.09 0.60 0.16 0.56 0.19 0.26 0.19 0.26 0.15 0.27 0.12 0.60 1.41 0.27 0.96 0.26 1.56 1.29 1.34
C6 0.22 0.37 0.28 0.70 0.20 0.47 0.18 0.43 0.24 0.25 0.33 0.44 0.31 0.23 0.18 0.68 0.72 0.28 1.13 0.25 1.48 1.42 1.35
N1 0.23 0.39 0.30 0.81 0.21 0.57 0.18 0.58 0.28 0.21 0.37 0.46 0.32 0.17 0.18 0.67 0.87 0.32 1.40 0.29 1.89 1.84 1.72
N3 0.15 0.37 0.23 0.58 0.14 0.35 0.16 0.39 0.25 0.25 0.36 0.49 0.26 0.26 0.15 0.67 0.47 0.19 1.19 0.29 1.67 1.67 1.47
O2 0.21 0.40 0.28 0.80 0.22 0.56 0.20 0.64 0.31 0.22 0.41 0.49 0.31 0.20 0.19 0.66 0.82 0.31 1.56 0.34 2.19 2.18 1.97
O2' 0.78 0.85 0.70 1.37 0.81 1.23 0.81 1.28 0.84 0.73 0.86 0.86 0.82 0.75 0.77 0.50 1.46 0.98 2.25 0.83 2.93 2.83 2.74
O3' 0.80 0.30 0.95 0.73 0.45 0.76 0.39 0.87 0.35 0.65 0.29 0.29 0.41 0.52 0.63 1.19 0.82 0.76 1.37 0.45 2.07 1.81 1.96
O4 0.18 0.27 0.19 0.31 0.15 0.13 0.27 0.14 0.31 0.31 0.30 0.45 0.13 0.35 0.21 0.64 0.25 0.18 0.76 0.37 1.12 1.13 0.93
O4' 0.18 0.33 0.24 0.82 0.16 0.60 0.16 0.58 0.25 0.17 0.32 0.40 0.26 0.16 0.11 0.69 1.20 0.27 1.29 0.29 1.86 1.77 1.71
O5' 0.11 0.22 0.15 0.80 0.14 0.69 0.20 0.62 0.22 0.24 0.21 0.27 0.19 0.27 0.11 0.57 1.42 0.34 0.95 0.27 1.35 1.12 1.16
OP1 0.60 1.18 0.62 0.71 0.94 0.57 0.93 0.30 1.04 0.65 1.16 1.26 1.07 0.76 0.73 0.53 1.51 0.50 0.31 1.03 0.49 0.24 0.24
OP2 0.54 0.63 0.68 0.23 0.53 0.55 0.48 0.94 0.47 0.54 0.54 0.72 0.63 0.51 0.52 1.06 0.68 0.43 0.89 0.45 1.49 1.06 1.10
P 0.31 0.41 0.24 0.84 0.36 0.88 0.38 0.80 0.40 0.39 0.40 0.45 0.39 0.41 0.33 0.27 1.65 0.58 0.76 0.41 1.08 0.77 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.08 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.00 0.03 0.36 0.01 0.36 0.04 0.44 0.19 0.30
C2 0.06 0.00 0.24 0.18 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.44 0.20 0.54 0.01 0.70 0.76 0.53
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.14 0.01 0.09 0.22 0.13 0.10 0.20 0.28 0.23 0.05 0.03 0.01 0.04 0.03 0.30 0.11 0.37 0.26 0.39
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.25 0.00 0.38 0.01 0.37 0.42 0.28 0.14 0.14 0.46 0.25 0.03 0.01 0.02 0.11 0.43 0.24 0.17 0.09
C4 0.04 0.01 0.14 0.25 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.24 0.11 0.70 0.02 0.86 0.81 0.70
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.11 0.27 0.06 0.20 0.13 0.25 0.11 0.31 0.03 0.00 0.02 0.15 0.19 0.26 0.10
C5 0.03 0.01 0.09 0.38 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.13 0.05 0.96 0.02 1.20 1.21 1.04
C5' 0.08 0.10 0.22 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.20 0.31 0.11 0.16 0.11 0.33 0.12 0.07 0.21 0.01 0.01 0.26 0.34 0.42 0.03
C6 0.04 0.01 0.13 0.37 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.16 0.10 0.96 0.01 1.24 1.31 1.07
C8 0.02 0.01 0.10 0.42 0.00 0.27 0.01 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.21 0.11 1.08 0.02 1.27 1.11 1.13
N1 0.05 0.00 0.20 0.28 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.28 0.16 0.76 0.01 0.99 1.08 0.81
N2 0.07 0.00 0.28 0.14 0.01 0.20 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.59 0.25 0.39 0.01 0.54 0.62 0.35
N3 0.06 0.01 0.23 0.14 0.01 0.13 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.48 0.20 0.46 0.01 0.60 0.58 0.42
N7 0.01 0.01 0.05 0.46 0.01 0.25 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.23 0.06 1.17 0.02 1.46 1.43 1.31
N9 0.00 0.01 0.03 0.25 0.01 0.11 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01 0.71 0.03 0.84 0.67 0.69
O2' 0.03 0.18 0.01 0.03 0.24 0.31 0.34 0.07 0.34 0.35 0.27 0.14 0.15 0.40 0.23 0.00 0.08 0.22 0.26 0.39 0.36 0.29 0.39
O3' 0.36 0.44 0.04 0.01 0.24 0.03 0.13 0.21 0.16 0.21 0.28 0.59 0.48 0.23 0.13 0.08 0.00 0.24 0.25 0.18 0.59 0.25 0.23
O4' 0.01 0.20 0.03 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.11 0.16 0.25 0.20 0.06 0.01 0.22 0.24 0.00 0.31 0.08 0.35 0.09 0.17
O5' 0.36 0.54 0.30 0.11 0.70 0.02 0.96 0.01 0.96 1.08 0.76 0.39 0.46 1.17 0.71 0.26 0.25 0.31 0.00 1.08 0.03 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.11 0.43 0.02 0.15 0.02 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.39 0.18 0.08 1.08 0.00 1.43 1.55 1.25
OP1 0.44 0.70 0.37 0.24 0.86 0.19 1.20 0.34 1.24 1.27 0.99 0.54 0.60 1.46 0.84 0.36 0.59 0.35 0.03 1.43 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.76 0.26 0.17 0.81 0.26 1.21 0.42 1.31 1.11 1.08 0.62 0.58 1.43 0.67 0.29 0.25 0.09 0.01 1.55 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.53 0.39 0.09 0.70 0.10 1.04 0.03 1.07 1.13 0.81 0.35 0.42 1.31 0.69 0.39 0.23 0.17 0.01 1.25 0.01 0.01 0.00