ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50808

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.003, 0.029, 0.056, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.029 std_dev=0.026
C4 A 0, -0.002, 0.028, 0.058, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.028 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.023, 0.055, 0.087, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.055 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.009, 0.055, 0.102, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.055 std_dev=0.047
C5 B 0, 0.146, 0.460, 0.773, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.460 std_dev=0.314
N7 B 0, 0.186, 0.503, 0.821, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.503 std_dev=0.318
N9 B 0, 0.197, 0.530, 0.864, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.530 std_dev=0.334
C8 B 0, 0.191, 0.526, 0.861, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.526 std_dev=0.335
C4 B 0, 0.160, 0.507, 0.853, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.507 std_dev=0.346
C1' B 0, 0.286, 0.639, 0.991, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.639 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.091, 0.468, 0.846, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.468 std_dev=0.378
O6 B 0, 0.075, 0.489, 0.903, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.489 std_dev=0.414
N3 B 0, 0.152, 0.612, 1.073, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.612 std_dev=0.461
N1 B 0, 0.089, 0.559, 1.030, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.559 std_dev=0.470
C2 B 0, 0.115, 0.630, 1.146, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.630 std_dev=0.516
N2 B 0, 0.112, 0.794, 1.476, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.794 std_dev=0.682
O4' A 0, -0.094, 0.783, 1.660, 2.631 max_d=2.631 avg_d=0.783 std_dev=0.877
O2' B 0, 0.094, 0.996, 1.898, 2.787 max_d=2.787 avg_d=0.996 std_dev=0.902
C2' A 0, -0.077, 0.842, 1.761, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.842 std_dev=0.919
C2' B 0, -0.020, 0.931, 1.882, 2.947 max_d=2.947 avg_d=0.931 std_dev=0.951
O4' B 0, 0.162, 1.145, 2.129, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.145 std_dev=0.983
O2' A 0, -0.098, 0.928, 1.953, 2.941 max_d=2.941 avg_d=0.928 std_dev=1.025
C4' A 0, -0.087, 1.217, 2.521, 3.918 max_d=3.918 avg_d=1.217 std_dev=1.304
C3' A 0, -0.120, 1.333, 2.787, 4.344 max_d=4.344 avg_d=1.333 std_dev=1.453
C4' B 0, -0.186, 1.296, 2.779, 4.519 max_d=4.519 avg_d=1.296 std_dev=1.483
C3' B 0, -0.408, 1.218, 2.844, 4.814 max_d=4.814 avg_d=1.218 std_dev=1.626
O3' A 0, -0.163, 1.961, 4.085, 6.345 max_d=6.345 avg_d=1.961 std_dev=2.124
O3' B 0, -0.741, 1.445, 3.631, 6.306 max_d=6.306 avg_d=1.445 std_dev=2.186
C5' A 0, -0.275, 1.953, 4.182, 6.730 max_d=6.730 avg_d=1.953 std_dev=2.228
C5' B 0, -0.663, 1.859, 4.380, 7.383 max_d=7.383 avg_d=1.859 std_dev=2.521
O5' A 0, -1.105, 1.731, 4.568, 8.037 max_d=8.037 avg_d=1.731 std_dev=2.837
O5' B 0, -0.794, 2.066, 4.925, 8.363 max_d=8.363 avg_d=2.066 std_dev=2.860
OP2 B 0, -0.553, 2.700, 5.953, 9.593 max_d=9.593 avg_d=2.700 std_dev=3.253
P B 0, -0.777, 2.668, 6.113, 10.112 max_d=10.112 avg_d=2.668 std_dev=3.445
P A 0, -1.616, 1.996, 5.608, 10.057 max_d=10.057 avg_d=1.996 std_dev=3.612
OP2 A 0, -1.729, 2.054, 5.837, 10.497 max_d=10.497 avg_d=2.054 std_dev=3.783
OP1 B 0, -1.023, 3.216, 7.455, 12.314 max_d=12.314 avg_d=3.216 std_dev=4.239
OP1 A 0, -1.987, 2.386, 6.758, 12.149 max_d=12.149 avg_d=2.386 std_dev=4.372

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.06 0.01 0.19 0.06 0.47 0.25
C2 0.02 0.00 0.15 0.21 0.02 0.32 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.20 0.02 0.36 1.04 0.80 0.58 0.73
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.03 0.16 0.12 0.18 0.03 0.09 0.30 0.01 0.04 0.06 0.01 0.42 0.37 0.48 0.35
C3' 0.03 0.21 0.01 0.00 0.31 0.01 0.34 0.03 0.32 0.20 0.25 0.27 0.04 0.01 0.32 0.02 0.35 0.45 0.17 0.21
C4 0.06 0.02 0.06 0.31 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.04 0.01 0.02 0.15 0.30 0.01 0.04 0.46 0.09 0.17 0.08
C4' 0.01 0.32 0.03 0.01 0.11 0.00 0.32 0.01 0.38 0.07 0.22 0.65 0.26 0.02 0.10 0.01 0.02 0.13 0.39 0.19
C5 0.05 0.01 0.16 0.34 0.01 0.32 0.00 0.56 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.27 0.03 0.26 0.18 0.63 0.98 0.67
C5' 0.06 0.47 0.12 0.03 0.13 0.01 0.56 0.00 0.62 0.10 0.33 1.02 0.14 0.13 0.11 0.02 0.01 0.33 0.34 0.01
C6 0.04 0.01 0.18 0.32 0.03 0.38 0.01 0.62 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.21 0.04 0.35 0.30 0.73 1.13 0.83
N1 0.02 0.01 0.03 0.20 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.12 0.05 0.01 0.31 0.03 0.39 0.13
N3 0.03 0.01 0.09 0.25 0.01 0.22 0.01 0.33 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.27 0.01 0.24 0.97 0.73 0.57 0.70
O2 0.03 0.01 0.30 0.27 0.02 0.65 0.01 1.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.42 0.22 0.02 0.65 1.67 1.51 1.31 1.45
O2' 0.03 0.22 0.01 0.04 0.15 0.26 0.24 0.14 0.25 0.10 0.19 0.42 0.00 0.03 0.17 0.18 0.20 0.16 0.52 0.31
O3' 0.08 0.20 0.04 0.01 0.30 0.02 0.27 0.13 0.21 0.12 0.27 0.22 0.03 0.00 0.34 0.07 0.20 0.53 0.16 0.19
O4 0.06 0.02 0.06 0.32 0.01 0.10 0.03 0.11 0.04 0.05 0.01 0.02 0.17 0.34 0.00 0.04 0.53 0.18 0.10 0.19
O4' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.04 0.01 0.26 0.02 0.35 0.01 0.24 0.65 0.18 0.07 0.04 0.00 0.15 0.26 0.60 0.40
O5' 0.19 1.04 0.42 0.35 0.46 0.02 0.18 0.01 0.30 0.31 0.97 1.67 0.20 0.20 0.53 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.80 0.37 0.45 0.09 0.13 0.63 0.33 0.73 0.03 0.73 1.51 0.16 0.53 0.18 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.58 0.48 0.17 0.17 0.39 0.98 0.34 1.13 0.39 0.57 1.31 0.52 0.16 0.10 0.60 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.73 0.35 0.21 0.08 0.19 0.67 0.01 0.83 0.13 0.70 1.45 0.31 0.19 0.19 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.41 0.80 0.68 0.29 0.27 0.23 0.48 0.26 0.22 0.34 0.51 0.38 0.19 0.27 0.72 1.02 0.70 0.76 0.24 1.61 1.70 1.61
C2 0.16 0.25 0.76 0.97 0.15 0.29 0.11 0.36 0.13 0.14 0.20 0.30 0.22 0.12 0.15 0.49 1.21 0.30 0.47 0.13 0.71 0.88 0.65
C2' 0.93 0.58 0.10 0.21 0.64 1.05 0.46 1.24 0.34 0.62 0.42 0.64 0.71 0.47 0.74 0.17 0.46 1.49 1.47 0.22 2.08 2.20 2.22
C3' 0.87 1.00 0.13 0.10 0.87 1.01 0.70 1.31 0.68 0.62 0.81 1.07 1.06 0.58 0.79 0.18 0.58 1.51 1.66 0.57 2.35 2.60 2.53
C4 0.15 0.24 0.58 0.81 0.10 0.35 0.08 0.48 0.07 0.22 0.21 0.32 0.17 0.21 0.16 0.34 0.99 0.25 0.75 0.07 0.70 0.81 0.59
C4' 0.16 0.50 1.09 0.90 0.16 0.14 0.14 0.58 0.26 0.19 0.43 0.72 0.36 0.13 0.13 1.22 1.41 0.60 1.05 0.24 2.08 2.13 2.04
C5 0.14 0.31 0.57 0.64 0.14 0.15 0.11 0.24 0.13 0.17 0.25 0.42 0.24 0.18 0.14 0.42 0.86 0.42 0.36 0.15 0.97 1.09 0.86
C5' 0.52 0.87 1.53 1.40 0.22 0.45 0.24 0.22 0.50 0.42 0.81 1.30 0.50 0.26 0.33 1.77 2.04 0.23 0.59 0.52 1.75 1.90 1.65
C6 0.20 0.35 0.64 0.60 0.20 0.20 0.17 0.36 0.20 0.16 0.29 0.46 0.30 0.17 0.18 0.52 0.87 0.58 0.44 0.20 1.33 1.44 1.24
N1 0.22 0.35 0.73 0.74 0.23 0.14 0.18 0.25 0.21 0.17 0.29 0.42 0.31 0.16 0.21 0.58 1.02 0.54 0.40 0.19 1.18 1.35 1.16
N3 0.17 0.20 0.67 0.98 0.11 0.46 0.07 0.63 0.09 0.19 0.17 0.25 0.16 0.16 0.16 0.37 1.16 0.23 0.86 0.09 0.75 0.80 0.61
O2 0.16 0.25 0.85 1.17 0.15 0.44 0.10 0.54 0.13 0.12 0.20 0.30 0.23 0.10 0.14 0.51 1.43 0.22 0.57 0.12 0.66 0.74 0.53
O2' 1.00 0.58 0.28 0.24 0.58 1.23 0.36 1.46 0.23 0.62 0.40 0.76 0.67 0.42 0.74 0.46 0.18 1.57 1.81 0.13 2.44 2.34 2.51
O3' 1.31 1.13 0.41 0.58 1.13 1.66 0.92 2.04 0.82 0.94 0.91 1.17 1.30 0.84 1.14 0.33 0.13 2.05 2.52 0.68 3.06 3.14 3.30
O4 0.21 0.23 0.52 0.83 0.13 0.50 0.13 0.71 0.11 0.30 0.23 0.31 0.15 0.28 0.21 0.29 0.97 0.28 1.08 0.11 0.84 0.91 0.77
O4' 0.58 0.20 1.49 1.28 0.41 0.35 0.36 0.14 0.22 0.55 0.15 0.25 0.33 0.45 0.54 1.51 1.65 0.25 0.54 0.19 1.55 1.60 1.46
O5' 1.11 0.50 2.10 2.11 0.50 1.10 0.52 0.63 0.22 1.13 0.43 1.05 0.21 0.89 0.95 2.17 2.72 0.54 0.38 0.21 1.25 1.22 1.00
OP1 1.53 0.61 2.52 2.75 0.53 1.93 0.45 1.58 0.20 1.35 0.66 1.22 0.14 0.95 1.17 2.75 3.63 1.17 0.98 0.30 0.50 0.49 0.30
OP2 1.19 1.05 2.08 2.52 0.23 1.76 0.23 1.65 0.51 1.18 1.08 1.72 0.39 0.78 0.91 2.09 3.16 0.97 1.37 0.58 0.98 0.67 0.73
P 1.46 0.62 2.44 2.74 0.52 1.85 0.46 1.53 0.18 1.34 0.63 1.24 0.11 0.97 1.15 2.53 3.53 1.10 1.05 0.24 0.62 0.60 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.02 0.18 0.63 0.30
C2 0.04 0.00 0.42 0.11 0.02 0.46 0.03 0.82 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.58 0.20 0.59 0.71 0.02 1.56 1.97 1.51
C2' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.22 0.01 0.12 0.01 0.21 0.16 0.33 0.50 0.40 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.17 0.27 0.47 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.15 0.20 0.12 0.13 0.10 0.20 0.10 0.02 0.00 0.01 0.30 0.17 0.47 0.41 0.18
C4 0.02 0.02 0.22 0.09 0.00 0.17 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.25 0.14 0.29 0.14 0.02 0.53 1.00 0.58
C4' 0.01 0.46 0.01 0.00 0.17 0.00 0.04 0.01 0.11 0.36 0.30 0.61 0.45 0.27 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.20 0.55 0.20
C5 0.01 0.03 0.12 0.14 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.10 0.47 0.01 0.22 0.52 0.18
C5' 0.02 0.82 0.01 0.01 0.27 0.01 0.08 0.00 0.18 0.62 0.55 1.12 0.76 0.50 0.13 0.07 0.05 0.01 0.01 0.10 0.25 0.39 0.00
C6 0.02 0.02 0.21 0.15 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.21 0.22 0.22 0.30 0.00 0.52 0.79 0.44
C8 0.02 0.03 0.16 0.20 0.01 0.36 0.00 0.62 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.30 0.15 0.34 1.12 0.01 0.79 0.45 0.74
N1 0.03 0.01 0.33 0.12 0.01 0.30 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.43 0.22 0.43 0.36 0.01 1.15 1.45 1.05
N2 0.06 0.01 0.50 0.13 0.03 0.61 0.04 1.12 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.75 0.22 0.72 1.15 0.03 2.21 2.50 2.06
N3 0.04 0.01 0.40 0.10 0.01 0.45 0.01 0.76 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.55 0.16 0.60 0.65 0.02 1.31 1.86 1.37
N7 0.01 0.03 0.07 0.20 0.01 0.27 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.20 0.18 0.20 1.04 0.01 0.67 0.47 0.65
N9 0.01 0.03 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.46 0.02 0.12 0.43 0.07
O2' 0.01 0.58 0.01 0.02 0.25 0.07 0.09 0.07 0.21 0.30 0.43 0.75 0.55 0.20 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05 0.14 0.22 0.51 0.21
O3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.14 0.02 0.18 0.05 0.22 0.15 0.22 0.22 0.16 0.18 0.09 0.03 0.00 0.01 0.26 0.24 0.62 0.41 0.27
O4' 0.00 0.59 0.01 0.01 0.29 0.00 0.10 0.01 0.22 0.34 0.43 0.72 0.60 0.20 0.02 0.07 0.01 0.00 0.16 0.14 0.33 0.82 0.47
O5' 0.18 0.71 0.22 0.30 0.14 0.02 0.47 0.01 0.30 1.12 0.36 1.15 0.65 1.04 0.46 0.05 0.26 0.16 0.00 0.48 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.17 0.17 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.14 0.24 0.14 0.48 0.00 0.38 0.57 0.29
OP1 0.18 1.56 0.27 0.47 0.53 0.20 0.22 0.25 0.52 0.79 1.15 2.21 1.31 0.67 0.12 0.22 0.62 0.33 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00
OP2 0.63 1.97 0.47 0.41 1.00 0.55 0.52 0.39 0.79 0.45 1.45 2.50 1.86 0.47 0.43 0.51 0.41 0.82 0.02 0.57 0.01 0.00 0.00
P 0.30 1.51 0.07 0.18 0.58 0.20 0.18 0.00 0.44 0.74 1.05 2.06 1.37 0.65 0.07 0.21 0.27 0.47 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00