ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50809

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.174, 0.372, 0.569, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.372 std_dev=0.197
O4' A 0, 0.161, 0.362, 0.563, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.362 std_dev=0.201
O2' A 0, 0.214, 0.446, 0.678, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.446 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.280, 0.529, 0.778, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.529 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.278, 0.536, 0.793, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.536 std_dev=0.258
C4' A 0, 0.234, 0.512, 0.790, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.512 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.301, 0.597, 0.893, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.597 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.320, 0.620, 0.920, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.620 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.236, 0.542, 0.848, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.542 std_dev=0.306
C3' A 0, 0.270, 0.578, 0.887, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.578 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.292, 0.600, 0.909, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.600 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.069, 0.379, 0.688, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.379 std_dev=0.309
N7 B 0, 0.274, 0.595, 0.916, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.595 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.311, 0.637, 0.963, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.637 std_dev=0.326
C8 B 0, 0.217, 0.552, 0.887, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.552 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.374, 0.718, 1.062, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.718 std_dev=0.344
P B 0, 0.338, 0.684, 1.029, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.684 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.343, 0.696, 1.050, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.696 std_dev=0.353
C5' B 0, 0.255, 0.617, 0.979, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.617 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.372, 0.741, 1.109, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.741 std_dev=0.368
P A 0, 0.410, 0.778, 1.146, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.778 std_dev=0.368
O2' B 0, 0.419, 0.794, 1.170, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.794 std_dev=0.376
C1' B 0, 0.294, 0.675, 1.056, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.675 std_dev=0.381
O6 B 0, 0.361, 0.751, 1.141, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.751 std_dev=0.390
O5' A 0, 0.335, 0.731, 1.128, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.731 std_dev=0.396
C3' B 0, 0.386, 0.788, 1.189, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.788 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.327, 0.755, 1.182, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.755 std_dev=0.428
OP1 A 0, 0.481, 0.918, 1.355, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.918 std_dev=0.437
N2 B 0, 0.357, 0.795, 1.234, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.795 std_dev=0.439
O3' A 0, 0.377, 0.828, 1.278, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.828 std_dev=0.451
O4' B 0, 0.265, 0.727, 1.189, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.727 std_dev=0.462
C5' A 0, 0.416, 0.892, 1.368, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.892 std_dev=0.476
O3' B 0, 0.462, 0.956, 1.451, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.956 std_dev=0.494
OP1 B 0, 0.417, 0.913, 1.408, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.913 std_dev=0.495

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.19 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.10 0.18 0.10
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.17 0.16 0.21 0.17
C4 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.10 0.16 0.29 0.18
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.11 0.18 0.29 0.20
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.09 0.12 0.22 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.17 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.08 0.11 0.24 0.14
O2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.05 0.05 0.17 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.12 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.08 0.12 0.02 0.00 0.08 0.01 0.20 0.23 0.24 0.21
O4 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.11 0.19 0.31 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.15 0.13 0.14
O5' 0.04 0.06 0.10 0.17 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.05 0.08 0.05 0.05 0.20 0.11 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.07 0.10 0.16 0.16 0.07 0.18 0.06 0.12 0.06 0.11 0.05 0.09 0.23 0.19 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.19 0.18 0.21 0.29 0.02 0.29 0.05 0.22 0.17 0.24 0.17 0.12 0.24 0.31 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.10 0.17 0.18 0.02 0.20 0.01 0.15 0.09 0.14 0.07 0.04 0.21 0.20 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.23 0.20 0.20 0.14 0.12 0.09 0.10 0.13 0.08 0.20 0.27 0.21 0.06 0.11 0.25 0.23 0.11 0.09 0.13 0.25 0.04 0.10
C2 0.15 0.23 0.16 0.17 0.14 0.12 0.10 0.10 0.12 0.19 0.20 0.27 0.20 0.17 0.14 0.14 0.20 0.16 0.12 0.09 0.15 0.06 0.07
C2' 0.16 0.20 0.22 0.23 0.14 0.17 0.11 0.18 0.14 0.07 0.18 0.22 0.18 0.05 0.11 0.27 0.23 0.12 0.20 0.13 0.28 0.10 0.16
C3' 0.13 0.14 0.21 0.22 0.10 0.12 0.09 0.07 0.10 0.11 0.13 0.16 0.13 0.10 0.09 0.28 0.23 0.12 0.05 0.11 0.06 0.04 0.01
C4 0.17 0.24 0.20 0.20 0.13 0.15 0.12 0.06 0.09 0.21 0.19 0.30 0.20 0.21 0.16 0.18 0.25 0.17 0.05 0.10 0.11 0.07 0.07
C4' 0.23 0.22 0.28 0.28 0.18 0.20 0.13 0.15 0.14 0.16 0.19 0.26 0.22 0.13 0.18 0.36 0.32 0.20 0.16 0.13 0.10 0.12 0.04
C5 0.15 0.28 0.18 0.19 0.16 0.13 0.14 0.06 0.16 0.17 0.24 0.33 0.25 0.18 0.14 0.14 0.25 0.15 0.04 0.16 0.12 0.07 0.08
C5' 0.35 0.27 0.39 0.40 0.26 0.35 0.21 0.32 0.19 0.26 0.23 0.29 0.28 0.21 0.29 0.45 0.44 0.35 0.34 0.18 0.05 0.24 0.16
C6 0.15 0.28 0.15 0.16 0.18 0.11 0.13 0.05 0.16 0.14 0.23 0.32 0.25 0.13 0.13 0.15 0.22 0.13 0.03 0.14 0.12 0.06 0.07
N1 0.14 0.24 0.16 0.17 0.15 0.11 0.08 0.08 0.13 0.12 0.21 0.29 0.22 0.10 0.11 0.18 0.21 0.13 0.08 0.11 0.16 0.04 0.07
N3 0.17 0.23 0.18 0.18 0.15 0.14 0.13 0.08 0.10 0.22 0.19 0.28 0.20 0.22 0.17 0.15 0.23 0.18 0.10 0.03 0.11 0.07 0.07
O2 0.16 0.23 0.16 0.17 0.15 0.13 0.14 0.13 0.16 0.20 0.21 0.27 0.19 0.19 0.16 0.15 0.20 0.18 0.16 0.15 0.20 0.08 0.09
O2' 0.17 0.20 0.23 0.25 0.15 0.21 0.13 0.24 0.15 0.12 0.19 0.22 0.18 0.11 0.13 0.29 0.25 0.16 0.26 0.16 0.47 0.16 0.25
O3' 0.12 0.11 0.23 0.26 0.08 0.15 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.13 0.10 0.08 0.06 0.31 0.28 0.10 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00
O4 0.19 0.22 0.23 0.23 0.15 0.17 0.17 0.07 0.12 0.21 0.15 0.30 0.18 0.23 0.17 0.24 0.28 0.18 0.05 0.17 0.13 0.08 0.08
O4' 0.25 0.26 0.30 0.29 0.20 0.21 0.13 0.14 0.14 0.17 0.21 0.31 0.26 0.12 0.20 0.35 0.34 0.22 0.12 0.12 0.16 0.08 0.02
O5' 0.12 0.11 0.14 0.22 0.05 0.21 0.08 0.26 0.08 0.18 0.09 0.17 0.10 0.17 0.09 0.24 0.27 0.20 0.33 0.11 0.25 0.21 0.23
OP1 0.09 0.08 0.09 0.17 0.11 0.22 0.15 0.34 0.14 0.20 0.11 0.08 0.07 0.20 0.13 0.13 0.16 0.17 0.42 0.16 0.26 0.22 0.25
OP2 0.16 0.12 0.22 0.27 0.18 0.27 0.24 0.34 0.23 0.29 0.17 0.09 0.11 0.30 0.21 0.08 0.26 0.21 0.40 0.25 0.36 0.23 0.29
P 0.08 0.06 0.10 0.20 0.08 0.21 0.13 0.30 0.12 0.21 0.08 0.10 0.04 0.21 0.12 0.11 0.22 0.17 0.38 0.15 0.26 0.20 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.26 0.06 0.05
C2 0.08 0.00 0.10 0.11 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.15 0.06 0.10 0.01 0.16 0.06 0.04
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.09 0.12 0.10 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.11 0.14 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.14 0.12 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.11 0.17 0.09
C4 0.04 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.13 0.01 0.18 0.06 0.03
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.21 0.10 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.01 0.21 0.01 0.11 0.10 0.07
C5' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.09 0.00 0.16 0.00 0.16 0.20 0.10 0.03 0.03 0.22 0.10 0.01 0.03 0.02 0.01 0.22 0.15 0.06 0.01
C6 0.04 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.01 0.22 0.00 0.07 0.12 0.09
C8 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.21 0.02 0.18 0.08 0.04
N1 0.06 0.00 0.09 0.08 0.02 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.12 0.04 0.16 0.00 0.10 0.09 0.07
N2 0.09 0.00 0.12 0.14 0.01 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.19 0.07 0.07 0.01 0.17 0.05 0.03
N3 0.08 0.00 0.10 0.12 0.00 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.14 0.06 0.07 0.01 0.21 0.04 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.25 0.02 0.09 0.11 0.07
N9 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.11 0.01 0.23 0.05 0.03
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.03 0.09 0.01 0.12 0.03 0.15 0.18 0.15 0.05 0.04 0.00 0.12 0.03 0.04 0.11 0.07 0.18 0.11
O3' 0.02 0.15 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.12 0.19 0.14 0.04 0.03 0.12 0.00 0.05 0.08 0.05 0.11 0.18 0.08
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.03 0.39 0.04 0.15
O5' 0.03 0.10 0.03 0.06 0.13 0.03 0.21 0.01 0.22 0.21 0.16 0.07 0.07 0.25 0.11 0.04 0.08 0.06 0.00 0.27 0.02 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.05 0.03 0.27 0.00 0.09 0.16 0.14
OP1 0.26 0.16 0.11 0.11 0.18 0.21 0.11 0.15 0.07 0.18 0.10 0.17 0.21 0.09 0.23 0.07 0.11 0.39 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.14 0.17 0.06 0.10 0.10 0.06 0.12 0.08 0.09 0.05 0.04 0.11 0.05 0.18 0.18 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.07 0.09 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.03 0.11 0.08 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00