ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50810

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.013, 0.040, 0.066, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.020, 0.063, 0.105, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.063 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.030, 0.077, 0.125, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.077 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.019, 0.069, 0.119, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.069 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.052, 0.138, 0.225, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.138 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.018, 0.117, 0.217, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.117 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.017, 0.125, 0.233, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.125 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.108, 0.261, 0.415, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.261 std_dev=0.154
O3' A 0, 0.082, 0.273, 0.464, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.273 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.129, 0.389, 0.649, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.389 std_dev=0.260
O5' B 0, 0.220, 0.492, 0.764, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.492 std_dev=0.272
P B 0, 0.214, 0.489, 0.765, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.489 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.095, 0.416, 0.736, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.416 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.128, 0.460, 0.792, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.460 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.203, 0.568, 0.932, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.568 std_dev=0.365
N2 B 0, 0.332, 0.717, 1.102, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.717 std_dev=0.385
C4 B 0, 0.067, 0.458, 0.848, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.458 std_dev=0.390
OP2 B 0, 0.343, 0.737, 1.131, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.737 std_dev=0.394
C5' B 0, 0.078, 0.480, 0.882, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.480 std_dev=0.402
N9 B 0, 0.113, 0.529, 0.945, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.529 std_dev=0.416
C1' B 0, 0.138, 0.569, 0.999, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.569 std_dev=0.431
C5 B 0, 0.137, 0.575, 1.013, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.575 std_dev=0.438
N1 B 0, 0.217, 0.668, 1.118, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.668 std_dev=0.451
C8 B 0, 0.211, 0.671, 1.130, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.671 std_dev=0.460
C4' B 0, -0.045, 0.417, 0.878, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.417 std_dev=0.461
N7 B 0, 0.223, 0.690, 1.158, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.690 std_dev=0.467
OP1 B 0, 0.299, 0.774, 1.250, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.774 std_dev=0.475
C6 B 0, 0.203, 0.683, 1.163, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.683 std_dev=0.480
P A 0, 0.474, 0.991, 1.507, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.991 std_dev=0.516
O6 B 0, 0.325, 0.886, 1.447, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.886 std_dev=0.561
C2' B 0, 0.091, 0.713, 1.334, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.713 std_dev=0.621
OP1 A 0, 0.588, 1.215, 1.841, 1.676 max_d=1.676 avg_d=1.215 std_dev=0.627
OP2 A 0, 0.613, 1.261, 1.909, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.261 std_dev=0.648
C3' B 0, -0.098, 0.565, 1.228, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.565 std_dev=0.663
O2' B 0, 0.217, 0.904, 1.591, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.904 std_dev=0.687
O3' B 0, -0.079, 0.753, 1.585, 2.345 max_d=2.345 avg_d=0.753 std_dev=0.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.12 0.13 0.09
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.15 0.18 0.24 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.16 0.15 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.17 0.14 0.10
C4 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.26 0.30 0.36 0.31
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.10 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.05 0.27 0.30 0.34 0.31
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.15 0.07 0.11 0.02 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00
C6 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.22 0.24 0.25 0.23
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.14 0.17 0.20 0.16
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.21 0.24 0.31 0.25
O2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.02 0.11 0.14 0.21 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.15 0.11 0.06
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.24 0.20 0.16
O4 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.29 0.34 0.41 0.35
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.10 0.08
O5' 0.08 0.15 0.06 0.04 0.26 0.01 0.27 0.01 0.22 0.14 0.21 0.11 0.03 0.08 0.29 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.18 0.16 0.17 0.30 0.10 0.30 0.06 0.24 0.17 0.24 0.14 0.15 0.24 0.34 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.24 0.15 0.14 0.36 0.03 0.34 0.01 0.25 0.20 0.31 0.21 0.11 0.20 0.41 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.09 0.10 0.31 0.02 0.31 0.00 0.23 0.16 0.25 0.13 0.06 0.16 0.35 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.21 0.08 0.04 0.11 0.09 0.12 0.16 0.14 0.16 0.18 0.30 0.16 0.16 0.12 0.12 0.07 0.05 0.29 0.14 0.06 0.09 0.07
C2 0.09 0.22 0.09 0.10 0.13 0.15 0.10 0.19 0.11 0.13 0.17 0.27 0.21 0.13 0.09 0.09 0.11 0.15 0.31 0.10 0.10 0.12 0.11
C2' 0.16 0.25 0.12 0.04 0.13 0.06 0.14 0.16 0.15 0.19 0.21 0.35 0.19 0.17 0.16 0.18 0.05 0.08 0.31 0.15 0.12 0.06 0.12
C3' 0.22 0.20 0.18 0.11 0.15 0.12 0.15 0.08 0.15 0.21 0.19 0.32 0.14 0.18 0.20 0.24 0.09 0.19 0.12 0.16 0.03 0.08 0.01
C4 0.09 0.12 0.11 0.10 0.08 0.12 0.13 0.17 0.08 0.21 0.08 0.16 0.10 0.23 0.12 0.11 0.10 0.11 0.24 0.10 0.12 0.19 0.13
C4' 0.18 0.20 0.15 0.09 0.14 0.09 0.15 0.07 0.16 0.19 0.20 0.29 0.15 0.17 0.17 0.20 0.07 0.14 0.12 0.17 0.10 0.14 0.04
C5 0.16 0.05 0.17 0.17 0.17 0.16 0.22 0.20 0.17 0.27 0.06 0.09 0.10 0.28 0.21 0.17 0.16 0.14 0.21 0.19 0.14 0.23 0.14
C5' 0.17 0.19 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.11 0.18 0.16 0.22 0.27 0.14 0.14 0.15 0.20 0.11 0.15 0.01 0.20 0.26 0.22 0.14
C6 0.15 0.06 0.15 0.13 0.15 0.14 0.19 0.19 0.16 0.24 0.10 0.12 0.07 0.24 0.19 0.16 0.13 0.12 0.21 0.17 0.11 0.22 0.12
N1 0.08 0.16 0.08 0.05 0.08 0.09 0.12 0.16 0.11 0.17 0.13 0.23 0.11 0.17 0.11 0.11 0.05 0.07 0.26 0.12 0.06 0.15 0.08
N3 0.07 0.19 0.07 0.08 0.11 0.13 0.09 0.18 0.10 0.14 0.15 0.23 0.18 0.14 0.08 0.07 0.08 0.13 0.28 0.08 0.10 0.15 0.11
O2 0.20 0.27 0.19 0.21 0.21 0.25 0.15 0.26 0.15 0.14 0.21 0.32 0.28 0.13 0.18 0.18 0.23 0.24 0.37 0.12 0.16 0.11 0.14
O2' 0.15 0.28 0.13 0.14 0.16 0.17 0.15 0.26 0.18 0.17 0.24 0.38 0.24 0.16 0.15 0.16 0.18 0.12 0.41 0.17 0.23 0.10 0.19
O3' 0.27 0.16 0.24 0.18 0.15 0.20 0.14 0.09 0.12 0.23 0.16 0.28 0.12 0.18 0.23 0.32 0.15 0.26 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01
O4 0.11 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.15 0.18 0.12 0.21 0.13 0.17 0.13 0.24 0.13 0.12 0.13 0.12 0.23 0.14 0.13 0.21 0.14
O4' 0.13 0.18 0.10 0.04 0.14 0.05 0.16 0.09 0.16 0.18 0.18 0.25 0.14 0.18 0.15 0.14 0.03 0.07 0.19 0.17 0.06 0.17 0.02
O5' 0.12 0.18 0.11 0.11 0.12 0.14 0.15 0.16 0.21 0.12 0.23 0.22 0.13 0.14 0.12 0.15 0.12 0.12 0.07 0.25 0.36 0.32 0.22
OP1 0.10 0.21 0.08 0.08 0.13 0.13 0.19 0.15 0.29 0.11 0.30 0.24 0.12 0.18 0.10 0.14 0.10 0.12 0.19 0.37 0.46 0.23 0.26
OP2 0.06 0.17 0.05 0.07 0.14 0.10 0.24 0.17 0.33 0.17 0.30 0.16 0.10 0.24 0.11 0.03 0.10 0.04 0.19 0.42 0.40 0.32 0.26
P 0.07 0.17 0.05 0.06 0.11 0.11 0.18 0.15 0.27 0.12 0.27 0.19 0.09 0.17 0.09 0.11 0.09 0.08 0.14 0.34 0.42 0.29 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.19 0.13
C2 0.06 0.00 0.06 0.09 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.09 0.16 0.02 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.09 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.12 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.06 0.03
C4 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.01 0.09 0.18 0.10
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.08 0.13 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.09 0.07
C5 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.09 0.01 0.09 0.16 0.09
C5' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.12 0.16 0.10 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.12 0.00 0.08 0.11 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.09 0.20 0.12
N1 0.04 0.00 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.15 0.02 0.08 0.09 0.10
N2 0.08 0.00 0.09 0.12 0.02 0.13 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.14 0.12 0.21 0.02 0.09 0.09 0.16
N3 0.06 0.01 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.08 0.12 0.01 0.08 0.17 0.08
N7 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03 0.09 0.17 0.10
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.20 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.15 0.12
O3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.14 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.15 0.05 0.04
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.12 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.05 0.08 0.20 0.14
O5' 0.06 0.16 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.12 0.06 0.15 0.21 0.12 0.08 0.06 0.04 0.06 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.13 0.00 0.08 0.10 0.09
OP1 0.07 0.08 0.04 0.08 0.09 0.04 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.01 0.15 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.10 0.12 0.06 0.18 0.09 0.16 0.02 0.11 0.20 0.09 0.09 0.17 0.17 0.20 0.15 0.05 0.20 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.09 0.08 0.03 0.10 0.07 0.09 0.01 0.08 0.12 0.10 0.16 0.08 0.10 0.12 0.12 0.04 0.14 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00