Doublet Group distance statistics: 50811

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N1	A	0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N3	A	0, 0.004, 0.028, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C2	A	0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C1'	A	0, 0.013, 0.045, 0.076, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.045 std_dev=0.031
C4	A	0, 0.013, 0.046, 0.078, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.046 std_dev=0.032
C6	A	0, 0.015, 0.056, 0.098, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.056 std_dev=0.041
O4'	A	0, 0.013, 0.058, 0.103, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.058 std_dev=0.045
O2	A	0, 0.032, 0.109, 0.186, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.109 std_dev=0.077
C2'	A	0, 0.035, 0.134, 0.232, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.134 std_dev=0.098
C5'	A	0, 0.048, 0.165, 0.281, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.165 std_dev=0.116
C4'	A	0, 0.046, 0.169, 0.292, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.169 std_dev=0.123
O2'	A	0, 0.032, 0.190, 0.348, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.190 std_dev=0.158
O5'	B	0, 0.065, 0.223, 0.381, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.223 std_dev=0.158
C3'	A	0, 0.065, 0.232, 0.400, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.232 std_dev=0.168
O4	A	0, 0.071, 0.251, 0.431, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.251 std_dev=0.180
O5'	A	0, 0.085, 0.290, 0.496, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.290 std_dev=0.206
P	A	0, 0.047, 0.267, 0.488, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.267 std_dev=0.220
O3'	A	0, 0.090, 0.381, 0.671, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.381 std_dev=0.291
P	B	0, 0.124, 0.467, 0.809, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.467 std_dev=0.343
C6	B	0, 0.164, 0.590, 1.016, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.590 std_dev=0.426
O6	B	0, 0.157, 0.598, 1.038, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.598 std_dev=0.441
C5	B	0, 0.200, 0.682, 1.165, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.682 std_dev=0.483
C5'	B	0, 0.207, 0.707, 1.207, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.707 std_dev=0.500
N1	B	0, 0.200, 0.708, 1.217, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.708 std_dev=0.509
C2	B	0, 0.219, 0.757, 1.295, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.757 std_dev=0.538
OP1	B	0, 0.200, 0.753, 1.307, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.753 std_dev=0.554
N3	B	0, 0.242, 0.828, 1.413, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.828 std_dev=0.585
N7	B	0, 0.235, 0.827, 1.418, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.827 std_dev=0.591
OP2	B	0, 0.224, 0.819, 1.414, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.819 std_dev=0.595
C4	B	0, 0.249, 0.851, 1.454, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.851 std_dev=0.603
N2	B	0, 0.265, 0.926, 1.587, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.926 std_dev=0.661
C4'	B	0, 0.311, 1.064, 1.816, 1.616 max_d=1.616 avg_d=1.064 std_dev=0.752
C8	B	0, 0.324, 1.130, 1.936, 1.825 max_d=1.825 avg_d=1.130 std_dev=0.806
N9	B	0, 0.330, 1.140, 1.949, 1.801 max_d=1.801 avg_d=1.140 std_dev=0.809
O4'	B	0, 0.359, 1.232, 2.105, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.232 std_dev=0.873
C1'	B	0, 0.435, 1.488, 2.542, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.488 std_dev=1.054
C3'	B	0, 0.446, 1.533, 2.620, 2.393 max_d=2.393 avg_d=1.533 std_dev=1.087
OP2	A	0, 0.488, 1.670, 2.853, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.670 std_dev=1.183
O3'	B	0, 0.506, 1.742, 2.979, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.742 std_dev=1.237
C2'	B	0, 0.539, 1.854, 3.168, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.854 std_dev=1.315
O2'	B	0, 0.614, 2.127, 3.640, 3.396 max_d=3.396 avg_d=2.127 std_dev=1.513
OP1	A	0, 0.640, 2.195, 3.750, 3.413 max_d=3.413 avg_d=2.195 std_dev=1.555

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.03	0.00	0.04	0.39	0.10	0.10
C2	0.02	0.00	0.02	0.03	0.03	0.03	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.06	0.60	0.27	0.12
C2'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.05	0.01	0.03	0.21	0.10	0.05
C3'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.04	0.03	0.04	0.03	0.01	0.01	0.07	0.02	0.03	0.10	0.09	0.03
C4	0.02	0.03	0.03	0.06	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.07	0.00	0.03	0.08	0.77	0.41	0.12
C4'	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.08	0.09	0.02
C5	0.01	0.01	0.02	0.06	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.01	0.07	0.01	0.02	0.09	0.77	0.41	0.12
C5'	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.00	0.04	0.04	0.04	0.01	0.02	0.00	0.09	0.21	0.02
C6	0.02	0.02	0.02	0.04	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.04	0.02	0.00	0.05	0.01	0.02	0.09	0.66	0.32	0.13
N1	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.07	0.56	0.24	0.12
N3	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.03	0.02	0.06	0.70	0.34	0.12
O2	0.03	0.01	0.04	0.03	0.03	0.04	0.02	0.04	0.02	0.01	0.02	0.00	0.05	0.04	0.04	0.04	0.06	0.53	0.23	0.13
O2'	0.03	0.03	0.00	0.01	0.03	0.03	0.01	0.04	0.00	0.01	0.02	0.05	0.00	0.03	0.04	0.02	0.03	0.12	0.02	0.03
O3'	0.02	0.01	0.02	0.01	0.07	0.01	0.07	0.04	0.05	0.02	0.04	0.04	0.03	0.00	0.09	0.01	0.04	0.29	0.14	0.10
O4	0.03	0.03	0.05	0.07	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.04	0.04	0.09	0.00	0.04	0.08	0.81	0.44	0.11
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.04	0.02	0.01	0.04	0.00	0.04	0.36	0.10	0.11
O5'	0.04	0.06	0.03	0.03	0.08	0.01	0.09	0.00	0.09	0.07	0.06	0.06	0.03	0.04	0.08	0.04	0.00	0.04	0.03	0.01
OP1	0.39	0.60	0.21	0.10	0.77	0.08	0.77	0.09	0.66	0.56	0.70	0.53	0.12	0.29	0.81	0.36	0.04	0.00	0.00	0.01
OP2	0.10	0.27	0.10	0.09	0.41	0.09	0.41	0.21	0.32	0.24	0.34	0.23	0.02	0.14	0.44	0.10	0.03	0.00	0.00	0.00
P	0.10	0.12	0.05	0.03	0.12	0.02	0.12	0.02	0.13	0.12	0.12	0.13	0.03	0.10	0.11	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.29	0.20	0.27	0.19	0.28	0.15	0.26	0.05	0.21	0.30	0.17	0.16	0.26	0.27	0.30	0.35	0.16	0.22	0.05	0.16	0.01	0.07	0.01
C2	0.23	0.09	0.22	0.18	0.22	0.10	0.22	0.05	0.14	0.28	0.08	0.06	0.15	0.26	0.25	0.25	0.17	0.13	0.05	0.11	0.03	0.17	0.05
C2'	0.27	0.31	0.26	0.20	0.32	0.16	0.29	0.09	0.27	0.28	0.27	0.30	0.34	0.27	0.30	0.33	0.17	0.24	0.04	0.23	0.02	0.10	0.03
C3'	0.16	0.34	0.13	0.09	0.29	0.06	0.29	0.04	0.30	0.24	0.32	0.37	0.32	0.26	0.24	0.22	0.05	0.13	0.07	0.28	0.01	0.02	0.01
C4	0.07	0.09	0.06	0.06	0.07	0.04	0.13	0.03	0.09	0.18	0.04	0.20	0.04	0.20	0.11	0.09	0.06	0.08	0.04	0.09	0.13	0.23	0.11
C4'	0.23	0.28	0.20	0.12	0.28	0.11	0.27	0.04	0.26	0.27	0.25	0.28	0.28	0.26	0.27	0.31	0.08	0.19	0.07	0.23	0.01	0.05	0.03
C5	0.04	0.04	0.00	0.03	0.07	0.07	0.13	0.07	0.12	0.15	0.04	0.15	0.01	0.17	0.09	0.06	0.03	0.11	0.06	0.12	0.12	0.17	0.09
C5'	0.16	0.25	0.11	0.09	0.24	0.06	0.25	0.09	0.25	0.23	0.25	0.27	0.24	0.24	0.22	0.23	0.07	0.11	0.11	0.23	0.06	0.14	0.08
C6	0.09	0.06	0.05	0.01	0.12	0.05	0.16	0.07	0.14	0.17	0.09	0.03	0.07	0.18	0.13	0.12	0.02	0.09	0.07	0.14	0.08	0.11	0.05
N1	0.19	0.12	0.17	0.12	0.21	0.07	0.21	0.02	0.17	0.24	0.12	0.05	0.16	0.23	0.22	0.23	0.10	0.12	0.05	0.14	0.04	0.13	0.04
N3	0.15	0.08	0.16	0.15	0.15	0.07	0.18	0.05	0.11	0.25	0.06	0.15	0.08	0.24	0.19	0.17	0.14	0.08	0.03	0.09	0.09	0.22	0.09
O2	0.31	0.10	0.32	0.26	0.25	0.15	0.23	0.08	0.13	0.33	0.08	0.06	0.18	0.28	0.32	0.33	0.24	0.19	0.05	0.09	0.02	0.15	0.02
O2'	0.39	0.32	0.40	0.33	0.35	0.30	0.29	0.19	0.25	0.31	0.26	0.31	0.37	0.28	0.36	0.49	0.31	0.39	0.10	0.21	0.05	0.10	0.05
O3'	0.13	0.38	0.12	0.09	0.29	0.07	0.29	0.04	0.32	0.21	0.36	0.45	0.34	0.24	0.22	0.21	0.04	0.13	0.07	0.30	0.01	0.02	0.00
O4	0.08	0.09	0.10	0.11	0.08	0.03	0.15	0.04	0.10	0.21	0.05	0.21	0.02	0.23	0.13	0.09	0.11	0.05	0.04	0.12	0.17	0.27	0.15
O4'	0.25	0.19	0.22	0.13	0.25	0.11	0.24	0.01	0.20	0.27	0.17	0.15	0.23	0.25	0.27	0.33	0.10	0.19	0.05	0.16	0.01	0.01	0.01
O5'	0.03	0.22	0.08	0.16	0.18	0.13	0.23	0.20	0.26	0.18	0.25	0.23	0.16	0.22	0.15	0.07	0.21	0.05	0.16	0.26	0.03	0.19	0.11
OP1	0.26	0.34	0.25	0.23	0.31	0.19	0.36	0.15	0.41	0.30	0.41	0.33	0.29	0.35	0.28	0.11	0.19	0.26	0.09	0.46	0.55	0.09	0.26
OP2	0.28	0.59	0.21	0.14	0.51	0.14	0.60	0.10	0.68	0.50	0.68	0.60	0.48	0.58	0.43	0.28	0.07	0.21	0.10	0.71	0.24	0.15	0.16
P	0.06	0.11	0.13	0.19	0.09	0.15	0.13	0.19	0.15	0.11	0.14	0.11	0.07	0.13	0.08	0.02	0.23	0.12	0.09	0.15	0.18	0.10	0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.07	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.05	0.07	0.07	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.11	0.05
C2	0.07	0.00	0.03	0.10	0.01	0.11	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.13	0.11	0.26	0.01	0.46	0.56	0.44
C2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.04	0.08	0.00	0.05	0.03	0.07	0.04	0.01	0.02	0.03	0.01	0.06	0.06	0.05	0.03
C3'	0.02	0.10	0.01	0.00	0.15	0.00	0.19	0.02	0.19	0.18	0.15	0.05	0.08	0.20	0.14	0.08	0.01	0.01	0.01	0.21	0.07	0.03	0.02
C4	0.03	0.01	0.02	0.15	0.00	0.11	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.05	0.18	0.01	0.28	0.39	0.30
C4'	0.01	0.11	0.02	0.00	0.11	0.00	0.12	0.01	0.13	0.09	0.12	0.11	0.10	0.10	0.08	0.13	0.02	0.00	0.02	0.13	0.05	0.08	0.02
C5	0.01	0.00	0.05	0.19	0.00	0.12	0.00	0.22	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.21	0.04	0.19	0.01	0.31	0.45	0.32
C5'	0.00	0.24	0.02	0.02	0.20	0.01	0.22	0.00	0.25	0.15	0.25	0.23	0.21	0.19	0.14	0.12	0.01	0.04	0.00	0.25	0.04	0.07	0.00
C6	0.01	0.00	0.04	0.19	0.01	0.13	0.01	0.25	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.23	0.06	0.22	0.01	0.39	0.53	0.39
C8	0.03	0.00	0.08	0.18	0.01	0.09	0.01	0.15	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.18	0.02	0.11	0.03	0.15	0.30	0.19
N1	0.05	0.00	0.00	0.15	0.01	0.12	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.18	0.10	0.24	0.01	0.46	0.58	0.43
N2	0.07	0.01	0.05	0.05	0.02	0.11	0.01	0.23	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.09	0.12	0.31	0.04	0.57	0.64	0.53
N3	0.07	0.00	0.03	0.08	0.01	0.10	0.02	0.21	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.11	0.23	0.02	0.36	0.44	0.36
N7	0.01	0.00	0.07	0.20	0.01	0.10	0.00	0.19	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.22	0.02	0.14	0.04	0.22	0.39	0.26
N9	0.01	0.01	0.04	0.14	0.01	0.08	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.13	0.01	0.11	0.02	0.16	0.26	0.19
O2'	0.02	0.00	0.01	0.08	0.01	0.13	0.03	0.12	0.02	0.06	0.01	0.02	0.01	0.06	0.03	0.00	0.09	0.13	0.11	0.03	0.12	0.08	0.11
O3'	0.02	0.13	0.02	0.01	0.16	0.02	0.21	0.01	0.23	0.18	0.18	0.09	0.11	0.22	0.13	0.09	0.00	0.01	0.03	0.25	0.10	0.09	0.05
O4'	0.01	0.11	0.03	0.01	0.05	0.00	0.04	0.04	0.06	0.02	0.10	0.12	0.11	0.02	0.01	0.13	0.01	0.00	0.00	0.05	0.02	0.13	0.06
O5'	0.01	0.26	0.01	0.01	0.18	0.02	0.19	0.00	0.22	0.11	0.24	0.31	0.23	0.14	0.11	0.11	0.03	0.00	0.00	0.21	0.03	0.03	0.01
O6	0.00	0.01	0.06	0.21	0.01	0.13	0.01	0.25	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.03	0.25	0.05	0.21	0.00	0.39	0.54	0.38
OP1	0.03	0.46	0.06	0.07	0.28	0.05	0.31	0.04	0.39	0.15	0.46	0.57	0.36	0.22	0.16	0.12	0.10	0.02	0.03	0.39	0.00	0.01	0.01
OP2	0.11	0.56	0.05	0.03	0.39	0.08	0.45	0.07	0.53	0.30	0.58	0.64	0.44	0.39	0.26	0.08	0.09	0.13	0.03	0.54	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.44	0.03	0.02	0.30	0.02	0.32	0.00	0.39	0.19	0.43	0.53	0.36	0.26	0.19	0.11	0.05	0.06	0.01	0.38	0.01	0.00	0.00