ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50812

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2' A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C2' A 0, -0.003, 0.041, 0.084, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.041 std_dev=0.043
O4' A 0, -0.007, 0.049, 0.105, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.049 std_dev=0.056
C3' A 0, -0.010, 0.079, 0.168, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.079 std_dev=0.089
C4' A 0, -0.013, 0.081, 0.175, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.081 std_dev=0.094
O5' A 0, -0.016, 0.082, 0.181, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.082 std_dev=0.098
N2 B 0, 0.039, 0.148, 0.257, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.148 std_dev=0.109
O3' A 0, -0.006, 0.108, 0.222, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.108 std_dev=0.114
C2 B 0, 0.042, 0.194, 0.347, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.194 std_dev=0.152
P A 0, 0.043, 0.197, 0.350, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.197 std_dev=0.153
C5' A 0, -0.027, 0.126, 0.280, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.126 std_dev=0.154
OP2 A 0, 0.080, 0.280, 0.481, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.280 std_dev=0.200
OP1 A 0, 0.074, 0.293, 0.511, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.293 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.050, 0.280, 0.511, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.280 std_dev=0.230
N1 B 0, -0.010, 0.228, 0.466, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.228 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.025, 0.361, 0.697, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.361 std_dev=0.336
C6 B 0, -0.051, 0.317, 0.685, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.317 std_dev=0.368
C5 B 0, -0.017, 0.381, 0.778, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.381 std_dev=0.397
N9 B 0, 0.032, 0.477, 0.922, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.477 std_dev=0.445
O6 B 0, -0.087, 0.376, 0.839, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.376 std_dev=0.463
C1' B 0, 0.052, 0.538, 1.024, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.538 std_dev=0.486
N7 B 0, -0.018, 0.503, 1.023, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.503 std_dev=0.521
O4' B 0, 0.050, 0.572, 1.094, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.572 std_dev=0.522
C8 B 0, 0.010, 0.547, 1.084, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.547 std_dev=0.537
OP2 B 0, 0.070, 0.674, 1.278, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.674 std_dev=0.604
C2' B 0, 0.034, 0.650, 1.266, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.650 std_dev=0.616
C4' B 0, 0.028, 0.651, 1.273, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.651 std_dev=0.623
O2' B 0, 0.046, 0.670, 1.293, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.670 std_dev=0.623
O5' B 0, 0.027, 0.656, 1.285, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.656 std_dev=0.629
O3' B 0, 0.024, 0.673, 1.321, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.673 std_dev=0.648
C3' B 0, 0.020, 0.690, 1.360, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.690 std_dev=0.670
P B 0, 0.018, 0.695, 1.373, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.695 std_dev=0.677
C5' B 0, 0.003, 0.707, 1.411, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.707 std_dev=0.704
OP1 B 0, -0.027, 0.733, 1.493, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.733 std_dev=0.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.10 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.04 0.04 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05
O2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.11 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04
O5' 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.05 0.08 0.08 0.11 0.07 0.05 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.13 0.06 0.03 0.15 0.05 0.18 0.09 0.19 0.14 0.17 0.10 0.12 0.18 0.12 0.01 0.05 0.07 0.12 0.20 0.11 0.12 0.11
C2 0.10 0.11 0.15 0.16 0.07 0.10 0.14 0.05 0.21 0.03 0.18 0.11 0.06 0.11 0.04 0.23 0.21 0.07 0.03 0.26 0.07 0.07 0.05
C2' 0.14 0.16 0.16 0.12 0.19 0.13 0.19 0.15 0.17 0.18 0.16 0.13 0.17 0.18 0.17 0.14 0.07 0.13 0.18 0.16 0.17 0.16 0.17
C3' 0.15 0.17 0.17 0.14 0.17 0.14 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.17 0.11 0.14 0.17 0.14 0.15 0.14 0.15
C4 0.20 0.03 0.24 0.24 0.10 0.20 0.08 0.19 0.03 0.20 0.08 0.07 0.06 0.15 0.17 0.27 0.25 0.18 0.17 0.09 0.21 0.22 0.20
C4' 0.14 0.16 0.16 0.13 0.17 0.13 0.17 0.16 0.17 0.17 0.16 0.15 0.17 0.17 0.16 0.15 0.08 0.13 0.16 0.16 0.14 0.12 0.14
C5 0.15 0.01 0.18 0.17 0.10 0.15 0.09 0.15 0.02 0.16 0.04 0.06 0.05 0.14 0.14 0.19 0.18 0.14 0.12 0.02 0.17 0.19 0.16
C5' 0.12 0.16 0.14 0.11 0.15 0.11 0.15 0.13 0.15 0.13 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.12 0.08 0.11 0.13 0.14 0.11 0.09 0.10
C6 0.09 0.05 0.10 0.10 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.08 0.01 0.04 0.06 0.12 0.13 0.07 0.05 0.07 0.10 0.12 0.09
N1 0.05 0.10 0.07 0.08 0.06 0.05 0.11 0.01 0.16 0.03 0.15 0.10 0.06 0.08 0.02 0.13 0.13 0.03 0.03 0.18 0.07 0.08 0.06
N3 0.17 0.08 0.23 0.23 0.05 0.17 0.05 0.15 0.15 0.11 0.15 0.09 0.04 0.04 0.12 0.29 0.26 0.14 0.13 0.22 0.16 0.15 0.14
O2 0.07 0.14 0.12 0.14 0.13 0.07 0.22 0.02 0.26 0.13 0.21 0.12 0.10 0.22 0.08 0.25 0.22 0.05 0.03 0.31 0.06 0.07 0.05
O2' 0.22 0.15 0.26 0.21 0.23 0.20 0.22 0.23 0.18 0.25 0.15 0.09 0.19 0.24 0.24 0.27 0.14 0.20 0.25 0.17 0.23 0.21 0.23
O3' 0.21 0.18 0.24 0.22 0.20 0.20 0.17 0.21 0.15 0.19 0.15 0.17 0.21 0.17 0.20 0.25 0.19 0.19 0.22 0.13 0.20 0.17 0.20
O4 0.24 0.02 0.29 0.29 0.15 0.25 0.14 0.25 0.03 0.26 0.05 0.06 0.09 0.23 0.22 0.31 0.29 0.22 0.23 0.04 0.28 0.29 0.27
O4' 0.08 0.14 0.09 0.06 0.15 0.07 0.17 0.11 0.18 0.14 0.16 0.12 0.13 0.17 0.13 0.05 0.04 0.08 0.11 0.18 0.11 0.10 0.10
O5' 0.06 0.12 0.07 0.06 0.10 0.06 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.08 0.05 0.04 0.07 0.08 0.11 0.07 0.07 0.07
OP1 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.02 0.06 0.03
OP2 0.13 0.09 0.13 0.14 0.10 0.13 0.09 0.11 0.08 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.16 0.17 0.13 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09
P 0.07 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.14 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.09 0.11 0.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.07 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.08 0.11 0.08
N2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.05 0.08 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.06 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.16 0.11
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04
O5' 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.06 0.05 0.10 0.06 0.08 0.07 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.13 0.10
OP1 0.02 0.06 0.08 0.07 0.06 0.01 0.09 0.03 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.10 0.05 0.11 0.06 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.14 0.11 0.07 0.03 0.10 0.02 0.11 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.06 0.16 0.10 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.09 0.08 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.04 0.11 0.07 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00