ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50813

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.003, 0.032, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.015, 0.050, 0.086, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.050 std_dev=0.036
O5' A 0, 0.009, 0.058, 0.106, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.058 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.013, 0.065, 0.117, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.065 std_dev=0.052
C2' A 0, -0.002, 0.056, 0.115, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.056 std_dev=0.058
C5 B 0, 0.020, 0.085, 0.150, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.085 std_dev=0.065
C6 B 0, 0.017, 0.083, 0.150, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.083 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.011, 0.078, 0.144, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.078 std_dev=0.067
C4 B 0, 0.029, 0.098, 0.168, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.098 std_dev=0.070
OP2 A 0, 0.022, 0.092, 0.162, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.092 std_dev=0.070
P A 0, 0.017, 0.088, 0.158, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.088 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.016, 0.087, 0.158, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.087 std_dev=0.071
N1 B 0, 0.029, 0.100, 0.172, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.100 std_dev=0.072
O2' B 0, 0.030, 0.103, 0.176, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.103 std_dev=0.073
N7 B 0, 0.024, 0.098, 0.171, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.098 std_dev=0.074
O6 B 0, 0.012, 0.091, 0.170, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.091 std_dev=0.079
C8 B 0, 0.034, 0.116, 0.197, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.116 std_dev=0.082
C2' B 0, 0.027, 0.110, 0.193, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.110 std_dev=0.083
N9 B 0, 0.034, 0.119, 0.203, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.119 std_dev=0.084
C2 B 0, 0.026, 0.111, 0.196, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.111 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.025, 0.111, 0.196, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.111 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.015, 0.101, 0.188, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.101 std_dev=0.086
OP1 A 0, 0.038, 0.134, 0.230, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.134 std_dev=0.096
N2 B 0, 0.034, 0.133, 0.232, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.133 std_dev=0.099
C1' B 0, 0.040, 0.141, 0.241, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.141 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.003, 0.109, 0.215, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.109 std_dev=0.106
C3' B 0, 0.041, 0.150, 0.259, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.150 std_dev=0.109
C4' B 0, 0.056, 0.190, 0.324, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.190 std_dev=0.134
O3' B 0, 0.056, 0.190, 0.324, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.190 std_dev=0.134
O4' B 0, 0.055, 0.194, 0.334, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.194 std_dev=0.139
C5' B 0, 0.059, 0.203, 0.347, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.203 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.056, 0.215, 0.374, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.215 std_dev=0.159
P B 0, 0.047, 0.237, 0.428, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.237 std_dev=0.190
OP2 B 0, 0.042, 0.235, 0.427, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.049, 0.265, 0.481, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.216

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
O2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.02 0.03 0.06 0.07 0.02 0.05
O2' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05
O4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03
C2 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02
C2' 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.05 0.04 0.04 0.05 0.10 0.06 0.06
C4 0.05 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.07 0.04
C4' 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.02 0.09 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02
C5' 0.10 0.09 0.06 0.07 0.10 0.13 0.09 0.15 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.04 0.04 0.15 0.09 0.09 0.01 0.07 0.07
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
N1 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01
N3 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04
O2 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01
O2' 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.08 0.04 0.02 0.04 0.02 0.10 0.08 0.06
O3' 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.10 0.05 0.05 0.06 0.05 0.12 0.08 0.07
O4 0.10 0.09 0.05 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.10 0.10 0.11 0.03 0.08 0.10 0.09 0.05 0.08 0.11 0.08
O4' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.09 0.04 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.04
OP1 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.01 0.04 0.10 0.03 0.05
OP2 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
P 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C5' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03
C8 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01
N1 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04
N2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.07 0.02 0.02 0.03 0.08 0.02 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.05
N7 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.09 0.12 0.10 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04
O5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03
OP1 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00